脱氧胞苷酰-(3'-5')-脱氧鸟苷 | 15178-66-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - （3'->5'）-二核苷酸和类似物
• 中文名称: 脱氧胞苷酰-(3'-5')-脱氧鸟苷
• 英文名称: cytosine guanine dinucleotide
• 英文别名: d(CpG)；2'-deoxy-cytidylyl-(3'->5')-2'-deoxy-guanosine；dCpdG；[(2R,3S,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,5R)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate
• CAS: 15178-66-2
• 化学式: C₁₉H₂₅N₈O₁₀P
• 分子量: 556.429
• InChiKey: OBCJQWSXSLYWHI-WKSZEZMPSA-N

物化性质

• 密度：
  2.14±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.6
• 重原子数：
  38
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.53
• 拓扑面积：
  259
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  12

上下游信息

• 上游原料

  中文名称	英文名称	CAS号	化学式	分子量
  3'-O-苯甲酰基-2'-脱氧-N-异丁酰基鸟苷	3'-O-benzoyl-N2-isobutyryl-2'-deoxyguanosine	63660-23-1	C21H23N5O6	441.444
  ——	N-Benzoyl-5'-O-monomethoxytrityl-desoxycytidin	60920-99-2	C36H33N3O6	603.675

• 下游产品

  中文名称	英文名称	CAS号	化学式	分子量
  2ˊ-脱氧鸟苷-5ˊ-一磷酸	2'-deoxyguanosine 5'-monophosphate	902-04-5	C10H14N5O7P	347.224

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  脱氧胞苷酰-(3'-5')-脱氧鸟苷 在 三羟甲基氨基甲烷盐酸盐 、 magnesium chloride 、 6-(氨基羰基)-3,6,7,8-四氢-5-羟基-4-甲氧基苯并[1,2-b:4,3-b]二吡咯-2-羧酸 作用下， 反应 1.5h， 生成 2-Deoxy-D-ribitol
  参考文献：
  名称：

  Identification and quantitation of the lesion accompanying base release in bleomycin-mediated DNA degradation

  摘要：

  DOI：

  10.1021/ja00164a049
• 作为产物：
  描述：

  N-Benzoyl-5'-O-monomethoxytrityl-desoxycytidin 在 吡啶 、 1H-1,2,4-三唑 、 ammonium hydroxide 、 mesitylenesulfonyl 4-nitro-imidazolide 、 溶剂黄146 、 三乙胺 作用下， 以 吡啶 为溶剂， 反应 28.0h， 生成 脱氧胞苷酰-(3'-5')-脱氧鸟苷
  参考文献：
  名称：

  Uesugi, Seiichi; Shida, Toshio; Ikehara, Morio, Chemical and pharmaceutical bulletin, 1981, vol. 29, # 12, p. 3573 - 3585

  摘要：

  DOI：

文献信息

• Synthesis of 1′#,2′,3′,4′#,5′,5″-2H6-β-D-ribonucleosides and 1′#, 2′,2″,3′,4′#,5′,5″-2H7-β-D-2′-deoxyribonucleosides for selective suppression of proton resonances in partially-deuterated oligo-DNA, oligo-RNA and in 2,5A core (1H-NMR window)
  作者：András Földesi、Frans Peder R. Nilson、Corine Glemarec、Carlo Gioeli、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1016/s0040-4020(01)82001-9

  日期：1992.1

  1′#,2′,3′,4′#,5′,5″-2H6-ribonucleosides 13 – 16 were converted in high yields to the corresponding 1′#,2′,2″,3′,4′#,5′,5″-2H7-2′-deoxynucleosides 41 – 44 in the following manner: 3′,5′-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl (TPDS))-1′#,2′,3′,4#′,5′,5″-2H6-nucleosides 29 – 32 were converted to the corresponding 2′-O-phenoxythiocarbonyl derivatives 33 – 36, which were deoxygenated by tri-n-butyltin

  阮内镍-2 H 2 O在甲基α/β-D-呋喃核糖苷[α/β= 〜3：10] 1的差向异构体混合物上的交换反应产生了甲基1 ＃，2,3,4 ＃，5,5'- 2 H 6 -α/β-呋喃核糖苷2 [在C2，C3，C5 / 5'处为97原子％2 H；C 4（C4 ＃）〜85原子％2 H ；在C1（C1 ＃）]处约20个原子％2 H，以60 – 80％的产率获得，同时还得到了差向异构的木糖和阿拉伯糖副产物。在干燥的吡啶中将粗产物2甲苯磺酸化，并在硅胶柱上小心分离，得到纯的1-O-甲基-2,3,5-三-O-（4-甲苯甲酰基）-α/β-D-1＃，2,3,4 ＃，5,5'- 2 H 6-核呋喃糖苷4（48％）。4转化为1-O-乙酰基-2,3,5-三-O-甲苯甲酰基-α/β-D-1 ＃，2,3,4 ＃，5,5'- 2 H 6-核呋喃糖苷6（ 82％的人提供了合成氘核糖核苷用于RNA或DNA合成的关键组成部分。然后将化合物6与甲硅烷基尿嘧啶，N
• Specific Interactions of Antitumor Metallocenes with Deoxydinucleoside Monophosphates
  作者：Rahel P. Eberle、Yvonne Hari、Stefan Schürch

  DOI：10.1007/s13361-017-1697-9

  日期：2017.9.1

  with the hard and soft (Lewis) acids and bases (HSAB) concept. However, the binding specificities were found to be unique for each metallocene. The hard Lewis acids titanium and vanadium predominantly bind to the deprotonated phosphate oxygen, whereas molybdenum, an intermediate Lewis acid, preferentially interacts with the nucleobases. Nucleobases comprise alternative binding sites for titanium and

  已知弯曲的茂金属Cp2MCl2（M = Ti，V，Nb，Mo）对多种癌症表现出细胞毒活性。尽管尚未完全了解其作用机理，但核中金属离子的积累指向DNA作为主要靶标之一。使用一组八种脱氧二核苷单磷酸酯来研究茂金属和顺铂的加合物收率。结合亲和力由加合物的相对强度反映，并发现其遵循的顺序为Pt> V> Ti> Mo（Nb未检测到加合物）。应用高分辨率串联质谱法确定脱氧二核苷单磷酸中的结合模式。顺铂与嘌呤核碱基中的软氮原子结合，而茂金属还与硬磷酸盐氧相互作用，这与硬（软）（路易斯）酸和碱（HSAB）的概念非常吻合。然而，发现每种金属茂的结合特异性都是独特的。硬路易斯酸钛和钒主要与去质子化的磷酸氧结合，而钼（一种中间路易斯酸）则优先与核碱基相互作用。核碱基包含钛和钒的替代结合位点，大概是第一个是氧原子，而第二个是氮原子。总之，加合物的气相离解反映了不同金属药物的固有结合行为。因此，MS / MS可以洞
• Methods of producing and using single-stranded deoxyribonucleic acids and compositions for use in practicing the same
  申请人：Takara Bio USA, Inc.

  公开号：US10584363B2

  公开（公告）日：2020-03-10

  Methods of producing single-stranded deoxyribonucleic acids (ssDNAs) are provided. Aspects of the methods include generating a double stranded deoxyribonucleic acid (dsDNA) and then selectively degrading one strand of the dsDNA to produce a ssDNA. ssDNAs produced using methods of the invention find use in a variety of applications, including genomic modification applications. Also provided are compositions, e.g., kits, that find use in practicing various embodiments of the invention.

  本文提供了生产单链脱氧核糖核酸（ssDNA）的方法。 这些方法的各个方面包括产生双链脱氧核糖核酸（dsDNA），然后选择性地降解dsDNA的一条链以产生ssDNA。使用本发明方法产生的ssDNA可用于各种应用，包括基因组修饰应用。 此外，还提供了可用于实施本发明各种实施方案的组合物，如试剂盒。
• Methods for detecting agglutination and compositions for use in practicing the same
  申请人：The Regents of the University of California

  公开号：US11149296B2

  公开（公告）日：2021-10-19

  Methods are provided for detecting antigen binding agents in samples. Aspects of the methods include detection of the aggregation of antigen binding agents with polynucleotide-bound antigens by sensitive proximity-based association of the antigen-bound polynucleotides. Aspects of the methods also include methods for the detection of such proximity-based association through nucleic acid amplification. In addition, compositions, e.g., reagents, kits, and devices, useful in practicing various embodiments of the methods are provided.

  提供了检测样品中抗原结合剂的方法。这些方法的各个方面包括通过与抗原结合的多核苷酸的灵敏近距离结合来检测抗原结合剂与多核苷酸结合抗原的聚集。这些方法的各个方面还包括通过核酸扩增来检测这种基于近距离结合的方法。此外，还提供了有助于实施本方法各实施例的组合物，如试剂、试剂盒和装置。
• METHODS FOR DETECTING AGGLUTINATION AND USE OF KITS IN PRACTICING THE SAME
  申请人：The Regents of the University of California

  公开号：EP3283638B1

  公开（公告）日：2022-06-08