5'-O-(4-monomethoxytrityl)-2'-deoxythymidine | 42926-80-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4-monomethoxytrityl)-2'-deoxythymidine
• 英文别名: 5'-O-monomethoxytritylthymidine；5'-O-(4-methoxytrityl)thymidine；5'-monomethoxytritylthymidine；5'-O-(p-Monomethoxytrityl)-thymidin；5'-O-(monomethoxytrityl)thimidine；5'-O-(4-Monomethoxytrityl)thymidine；5'-O-Monomethoxytritylthymidin；5'-O-p-Methoxytritylthymidine；1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-[[(4-methoxyphenyl)-diphenylmethoxy]methyl]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 42926-80-7
• 化学式: C₃₀H₃₀N₂O₆
• 分子量: 514.578
• InChiKey: QQSPKYHYZXKLDN-OYUWMTPXSA-N

物化性质

• 熔点：
  103-105 °C
• 密度：
  1.274±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.5
• 重原子数：
  38
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  97.3
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4-monomethoxytrityl)-2'-deoxythymidine 在 三乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 20.0h， 生成 Phosphoric acid (2R,3S,5R)-5-(4-benzoylamino-2-oxo-2H-pyrimidin-1-yl)-3-hydroxy-tetrahydro-furan-2-ylmethyl ester (2R,3S,5R)-2-hydroxymethyl-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-3-yl ester 1-methyl-2-oxo-propyl ester
  参考文献：
  名称：

  环状烯二醇磷酸化法合成脱氧核糖四核苷酸

  摘要：

  给出了磷酸二酯合成的二（1,2-二甲基亚乙基亚乙基）焦磷酸盐方法在dG，dA，dC和dT家族中将脱氧核糖核苷转化为脱氧核糖二核苷酸的完整实验细节。作为用于将脱氧核糖二核苷酸转化为脱氧核糖四核苷酸的试剂，N-（1,2-二甲基亚乙二基二氧基磷酰基）咪唑优于相应的焦磷酸盐。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(01)91932-5
• 作为产物：
  描述：

  1-[(2R,4S,5R)-5-[[(4-methoxyphenyl)-diphenylmethoxy]methyl]-4-(methylsulfanylmethoxy)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione 在 磺酰氯 、 TEA 作用下， 以 二氯甲烷 、 1,2-二氯乙烷 、 乙腈 为溶剂， 生成 5'-O-(4-monomethoxytrityl)-2'-deoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  用于寡核苷酸固相合成的碱稳定二硫甲基接头

  摘要：

  描述了可用于寡核苷酸合成的新型连接。该连接功能与用于寡核苷酸合成的所有条件都兼容，且与所有其他保护基团正交，但在水性条件下轻度还原后会迅速再生3'-OH。该方法用于在寡核苷酸的合成过程中去除脱嘌呤的片段。

  DOI：

  10.1016/j.tetlet.2006.11.045

文献信息

• Nucleotide. XIV. Substituierte ?-Phenyl�thyl-Gruppen. Neue Schutzgruppen f�r Oligonucleotid-Synthesen nach dem Phosphors�uretriester-Verfahren
  作者：Eugen Uhlmann、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1002/hlca.19810640547

  日期：1981.7.22

  XIV. Substituted β-Phenyl-ethyl Groups. New Blocking Groups for Oligonucleotide Syntheses by the Phosphotriester Approach

  十四。取代的β-苯基-乙基。磷酸三酯法寡核苷酸合成的新的封闭基团
• Efficient and catalytic deprotection of triphenylmethyl ethers with Ce(OTf)4
  作者：Ali Khalafi-Nezhad、Reza Fareghi Alamdari

  DOI：10.1016/s0040-4020(01)00616-0

  日期：2001.7

  A very simple and efficient method is described for deprotection of trityl, mono and dimethoxytrityl ethers using catalytic amount of ceric triflate in acetonitrile under mild reaction conditions. High reactivity was observed for detritylation of saturated and benzylic ethers and also for structurally different nucleosides.

  描述了一种非常简单有效的方法，用于在温和的反应条件下，在乙腈中使用催化量的三氟甲磺酸铈对三苯甲基，单甲氧基和二甲氧基三苯甲基醚进行脱保护。对于饱和和苄基醚的去三苯甲基化以及在结构上不同的核苷，观察到高反应性。
• Nucleosides. Part LI The 2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl (npeoc) and 2-(2,4-dinitrophenyl)ethoxycarbonyl (dnpeoc) groups for protection of hydroxy functions in ribonucleosides and 2? -deoxyribonucleosides
  作者：Helga Schirmesiter、Frank Himmelsbach、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1002/hlca.19930760122

  日期：1993.2.10

  yl)(ethoxycarbonyl]-O6-[2–4-nitrophenyl)ethyl]-guanosine (52) were further protected by the 2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl (npeoc) and the 2-(2,4-dinitrophenyl)ethoxycarbonyl (dnpeoc) group at the OH functions of the sugar moiety to form new partially and fully blocked intermediates for nucleoside and nucleotide syntheses. The corresponding 5′-O-monomethoxytrityl derivatives 5, 18, 30, 40, and 56

  常见的2'-脱氧嘧啶和-嘌呤核苷，胸腺嘧啶核苷（4），O 4- [2-（4-硝基苯基）乙基]-胸苷（17），2'-脱氧-N 4- [2-（4-硝基苯基） ）乙氧基羰基]胞嘧啶核苷（26），2'-脱氧-N 6- [2-（4-硝基苯基）-乙氧基羰基]腺苷-39和2'-脱氧-N 2- [2-（4-硝基苯基）（乙氧基羰基） ] -O 6- [2-4硝基苯基）乙基]-鸟苷（52）在糖部分的OH功能上进一步受到2-（4-硝基苯基）乙氧羰基（npeoc）和2-（2,4-二硝基苯基）乙氧羰基（dnpeoc）基团的保护，形成了新的部分和完全封闭的中间体核苷和核苷酸合成。相应的5'-O-单甲氧衍生物5，18，30，40，和56也被用来作为起始原料来合成，其没有被直接酰化得到一些其他的中间体。在核糖核苷系列中，5' - ö -monomethoxytrityl衍生物14，36，49，和63与2-（4-硝基苯基）
• Synthesis of oligodeoxyribonucleotides using N-(benzyloxycarbonyl)-blocked nucleosides
  作者：Bruce E. Watkins、John S. Kiely、Henry Rapoport

  DOI：10.1021/ja00385a026

  日期：1982.10

  been blocked as the benzyl carbamates, and 2'-deoxyguanosine has been blocked as its 2-N-(benzyloxycarbonyl)carbamate and 6-O-benzyl ether. These blocked nucleosides have been incorporated into an efficient oligodeoxyribonucleotide synthetic scheme, and the resulting oligomer has been successfully deblocked by using transfer hydrogenation. The deblocking conditions result in no reduction of the pyrimidine

  2'-脱氧腺苷和 2'-脱氧胞苷的外氨基已被封闭为氨基甲酸苄酯，2'-脱氧鸟苷已被封闭为其 2-N-（苄氧羰基）氨基甲酸酯和 6-O-苄基醚。这些封闭的核苷已被纳入有效的寡脱氧核糖核苷酸合成方案中，并且所得寡聚体已通过使用转移氢化成功解封闭。去封闭条件不会导致嘧啶碱基减少。
• New improvements in oligonucleotide synthesis by use of the p-nitrophenylethyl phosphate blocking group and its deprotection by DBU or DBN
  作者：Eugen Uhlmann、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)71364-5

  日期：——

  Phosphate protection in the phosphotriester approach is improved by the new, versatile p-nitrophenylethyl group due to its stability in the condensation step and its clean removal by DBU and DBN respectively.

  新型的通用对硝基苯乙基增强了磷酸三酯方法中的磷酸盐保护功能，这是由于其在缩合步骤中的稳定性以及分别被DBU和DBN干净地去除的能力。