二(3',5')-环二鸟苷酸 | 61093-23-0

• 物质功能分类: 生物化工 - 核苷类药物 - 核苷酸及其类似物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - （3'->5'）-二核苷酸和类似物
• 中文名称: 二(3',5')-环二鸟苷酸
• 中文别名: 环二鸟苷酸；环二鸟苷酸CYCLIC DI-GMP
• 英文名称: c-di-GMP
• 英文别名: cyclic-di-GMP；3,3' c-di-GMP；cyclic diguanylate monophosphate；cyclic diguanylate；9,9'-[(2r,3r,3as,5s,7ar,9r,10r,10as,12s,14ar)-3,5,10,12-Tetrahydroxy-5,12-Dioxidooctahydro-2h,7h-Difuro[3,2-D:3',2'-J][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-Diyl]bis(2-Amino-1,9-Dihydro-6h-Purin-6-One)；2-amino-9-[(1S,6R,8R,9R,10S,15R,17R,18R)-17-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3,9,12,18-tetrahydroxy-3,12-dioxo-2,4,7,11,13,16-hexaoxa-3λ5,12λ5-diphosphatricyclo[13.3.0.06,10]octadecan-8-yl]-1H-purin-6-one
• CAS: 61093-23-0
• 化学式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₄P₂
• 分子量: 690.417
• InChiKey: PKFDLKSEZWEFGL-MHARETSRSA-N

物化性质

• 熔点：
  193-196 °C (decomp)
• 密度：
  2.70±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -6.8
• 重原子数：
  46
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  341
• 氢给体数：
  8
• 氢受体数：
  18

安全信息

• 储存条件：
  2-8℃

制备方法与用途

生物活性

Cyclic-di-GMP (c-di-GMP) 是一种 STING 激活剂，同时也是一种无处不在的第二信使。它调节生物膜的形成、细菌的运动性以及多种细菌的毒力。

靶点

STING

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  二(3',5')-环二鸟苷酸 在 recombinant His₆-tagged Bacillus subtilis YybT₈₄-659 protein 、 potassium chloride 、 水 、 三羟甲基氨基甲烷 作用下， 生成 pG^3'pG
  参考文献：
  名称：

  YybT Is a Signaling Protein That Contains a Cyclic Dinucleotide Phosphodiesterase Domain and a GGDEF Domain with ATPase Activity

  摘要：

  The cyclic dinucleotide c-di-GMP synthesized by the diadenylate cyclase domain was recently discovered as a messenger molecule for signaling DNA breaks in Bacillus subtilis. By searching bacterial genomes, we identified a family of DHH/DHHA1 domain proteins (COG3387) that co-occur with a subset of the diadenylate cyclase domain proteins. Here we report that the B. subtilis protein YybT, a member of the COG3387 family proteins, exhibits phosphodiesterase activity toward cyclic dinucleotides. The DHH/DHHA1 domain hydrolyzes c-di-AMP and c-di-GMP to generate the linear dinucleotides 5'-pApA and 5'-pGpG. The data suggest that c-di-AMP could be the physiological substrate for YybT given the physiologically relevant Michaelis-Menten constant (K-m) and the presence of YybT family proteins in the bacteria lacking c-di-GMP signaling network. The bacterial regulator ppGpp was found to be a strong competitive inhibitor of the DHH/DHHA1 domain, suggesting that YybT is under tight control during stringent response. In addition, the atypical GGDEF domain of YybT exhibits unexpected ATPase activity, distinct from the common diguanylate cyclase activity for GGDEF domains. We further demonstrate the participation of YybT in DNA damage and acid resistance by characterizing the phenotypes of the Delta yybT mutant. The novel enzymatic activity and stress resistance together point toward a role for YybT in stress signaling and response.

  DOI：

  10.1074/jbc.m109.040238
• 作为产物：
  描述：

  在 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 叔丁胺 、 甲胺 作用下， 生成 二(3',5')-环二鸟苷酸
  参考文献：
  名称：

  使用点击共轭合成生物素化的 c-di-gmp 和 c-di-amp。

  摘要：

  生物素化的 c-di-GMP 和 c-di-AMP 缀合物10a/b是通过一组简单的程序从标准的市售亚磷酰胺合成的。它们的可用性应该允许分离和表征这些关键细菌信号分子的新蛋白质和 RNA 受体。

  DOI：

  10.1080/15257770.2012.748196

文献信息

• [EN] HETEROCYCLIC AMIDES USEFUL AS PROTEIN MODULATORS<br/>[FR] AMIDES HÉTÉROCYCLIQUES UTILES EN TANT QUE MODULATEURS DE PROTÉINE
  申请人：GLAXOSMITHKLINE IP DEV LTD

  公开号：WO2017175147A1

  公开（公告）日：2017-10-12

  Disclosed are compounds having the formula (I-N), wherein q, r, s, A, B, C, RA1, RA2, RB1, RB2, RC1, RC2, R3, R4, R5, R6, R14, R15, R16, and R17, are as defined herein, or a tautomer thereof, or a salt, particularly a pharmaceutically acceptable salt, thereof.

  揭示了具有化学式（I-N）的化合物，其中q、r、s、A、B、C、RA1、RA2、RB1、RB2、RC1、RC2、R3、R4、R5、R6、R14、R15、R16和R17如本文所定义，或其互变异构体，或其盐，特别是其药用可接受盐。
• [EN] MODULATORS OF STIMULATOR OF INTERFERON GENES (STING) USEFUL IN TREATING HIV<br/>[FR] MODULATEURS DE STIMULATEUR DES GÈNES (STING) D'INTERFÉRON UTILES DANS LE TRAITEMENT DU VIH
  申请人：GLAXOSMITHKLINE IP DEV LTD

  公开号：WO2019069269A1

  公开（公告）日：2019-04-11

  Disclosed are compounds having the formula: (I-N) wherein q, r, s, A, B, C, RA1, RA2, RB1, RB2, RC1, RC2, R3, R4, R5, R6, R14, R15, R16, and R17, are as defined herein, or a tautomer thereof, or a salt, particularly a pharmaceutically acceptable salt, thereof, along with combinations thereof, all of which are useful in HIV therapies.

  揭示了具有以下式的化合物：(I-N)其中q、r、s、A、B、C、RA1、RA2、RB1、RB2、RC1、RC2、R3、R4、R5、R6、R14、R15、R16和R17如本文所定义，或其互变异构体，或其盐，特别是其药用可接受盐，以及其组合物，所有这些在HIV疗法中是有用的。
• 制备化合物的方法
  申请人：南开大学

  公开号：CN110272462B

  公开（公告）日：2023-03-10

  本发明涉及化合物合成方法的改进领域，公开了一种制备化合物的方法。该方法包括：使式(I)、式(II)或式(III)所示线性化合物进行偶联反应，本发明公开的制备环二核苷酸及其类似物的方法具有高效、易操作、条件温和、低成本的优点。
• Highly Efficient Cyclic Dinucleotide Based Artificial Metalloribozymes for Enantioselective Friedel–Crafts Reactions in Water
  作者：Changhao Wang、Min Hao、Qianqian Qi、Jingshuang Dang、Xingchen Dong、Shuting Lv、Ling Xiong、Huanhuan Gao、Guoqing Jia、Yashao Chen、Jörg S. Hartig、Can Li

  DOI：10.1002/anie.201912962

  日期：2020.2.24

  construct artificial metalloenzymes (ArMs) for enantioselective catalysis. DNA-based ArMs containing duplex and G-quadruplex scaffolds have been widely investigated, yet RNA-based ArMs are scarce. Here we report that a cyclic dinucleotide of c-di-AMP and Cu2+ ions assemble into an artificial metalloribozyme (c-di-AMP⋅Cu2+ ) that enables catalysis of enantioselective Friedel-Crafts reactions in aqueous

  核酸的各种二级结构正以吸引人的手性支架的形式出现，以构建用于对映选择性催化的人工金属酶（ArM）。包含双链体和G-四链体支架的基于DNA的ArM已被广泛研究，但基于RNA的ArM却很少。在这里，我们报道c-di-AMP和Cu2 +离子的环状二核苷酸组装成人工金属核酶（c-di-AMP⋅Cu2+），该催化金属能够在水介质中以高反应性和出色的对映选择性进行催化对映选择性Friedel-Crafts反应。到97％ee。与Cu2 +离子相比，c-di-AMP⋅Cu2+的组装产生了20倍的速率加速。基于各种生物物理技术和密度函数理论（DFT）计算，
• [EN] MODULATORS OF STIMULATOR OF INTERFERON GENES (STING)<br/>[FR] MODULATEURS DE STIMULATEUR DES GÈNES (STING) DE L'INTERFÉRON
  申请人：GLAXOSMITHKLINE IP DEV LTD

  公开号：WO2019069270A1

  公开（公告）日：2019-04-11

  Disclosed are compounds having the formula: (I) wherein q, r, s, A, B, C, RA1, RA2, RB1, RB2, RC1, RC2, R3, R4, R5, R6, R14, R15, R16, R17, Rx, and Ry are as defined herein, or a tautomer thereof, or a salt, particularly a pharmaceutically acceptable salt, thereof.

  揭示的化合物具有以下公式：(I) 其中 q、r、s、A、B、C、RA1、RA2、RB1、RB2、RC1、RC2、R3、R4、R5、R6、R14、R15、R16、R17、Rx 和 Ry 如本文所定义，或其互变异构体，或其盐，特别是其药学上可接受的盐。