3'-O-monomethoxytritylthymidine | 13084-61-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 3'-O-monomethoxytritylthymidine
• 英文别名: 3'-monomethoxytritylthymidine；1-[(2R,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-4-[(4-methoxyphenyl)-diphenylmethoxy]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 13084-61-2
• 化学式: C₃₀H₃₀N₂O₆
• 分子量: 514.578
• InChiKey: LNXFCMIEKUEQLQ-OYUWMTPXSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.9
• 重原子数：
  38
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  97.3
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-O-monomethoxytritylthymidine 在 咪唑 、 溶剂黄146 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 6.0h， 生成 5’-O-(叔丁基二甲基甲硅烷基)胸苷
  参考文献：
  名称：

  合成新的核苷磷氮丙啶作为潜在的定点抗肿瘤药。

  摘要：

  为了提高2,2-二甲基磷杂氮杂吡啶类抗肿瘤剂对DNA合成的细胞内位点的选择性，合成了一系列新的化合物，其中反应性双（2,2-二甲基-1-叠氮基）次膦酰基（通过氨基甲酸酯或酰胺键将2，2-DMAP）基团连接至胸苷或胞嘧啶核苷部分。发现胸腺嘧啶（1和2）的3'-和5'-（2,2-DMAP）氨基甲酸酯非常不稳定，因此通过使5'-和3'反应制备相应的O-乙酰基衍生物5和6 -乙酰基胸苷分别用二氯异氰酸根合膦氧化物氧化，然后加入2，2-二甲基氮丙啶和三乙胺。胸腺嘧啶14和15的3'-和5'-（2,2-DMAP）酰胺是通过使适当的胸苷胺与bis（2，2-二甲基-1-叠氮基）次膦酰氯（17）。通过使O-过乙酰化胞嘧啶核苷的盐酸盐与三乙胺和POCl3反应，制得胞苷，2'-脱氧胞苷和胞嘧啶阿拉伯糖苷（分别为18、19和20）的N4-（2,2-DMAP）酰胺随后，用2，2-二甲基氮丙啶和三乙胺分别得到相应的N

  DOI：

  10.1021/jm00171a039
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 在 吡啶 、 咪唑 、 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 8.0h， 生成 3'-O-monomethoxytritylthymidine
  参考文献：
  名称：

  合成新的核苷磷氮丙啶作为潜在的定点抗肿瘤药。

  摘要：

  为了提高2,2-二甲基磷杂氮杂吡啶类抗肿瘤剂对DNA合成的细胞内位点的选择性，合成了一系列新的化合物，其中反应性双（2,2-二甲基-1-叠氮基）次膦酰基（通过氨基甲酸酯或酰胺键将2，2-DMAP）基团连接至胸苷或胞嘧啶核苷部分。发现胸腺嘧啶（1和2）的3'-和5'-（2,2-DMAP）氨基甲酸酯非常不稳定，因此通过使5'-和3'反应制备相应的O-乙酰基衍生物5和6 -乙酰基胸苷分别用二氯异氰酸根合膦氧化物氧化，然后加入2，2-二甲基氮丙啶和三乙胺。胸腺嘧啶14和15的3'-和5'-（2,2-DMAP）酰胺是通过使适当的胸苷胺与bis（2，2-二甲基-1-叠氮基）次膦酰氯（17）。通过使O-过乙酰化胞嘧啶核苷的盐酸盐与三乙胺和POCl3反应，制得胞苷，2'-脱氧胞苷和胞嘧啶阿拉伯糖苷（分别为18、19和20）的N4-（2,2-DMAP）酰胺随后，用2，2-二甲基氮丙啶和三乙胺分别得到相应的N

  DOI：

  10.1021/jm00171a039

文献信息

• Synthesis of A 2′-<b><i>O</i></b>-(Carbomoylmethyl)Ribonucleoside H-Phosphonate Building Block and A Model Dinucleotide
  作者：Stefan Milton、Raunak Esther Yeheskiely、Roger Strömberg

  DOI：10.1080/15257770701542900

  日期：2007.11.26

  In order to obtain higher quality 2 ′-O-carbamoylmethyl oligoribonucleotides we are conducting studies of this modification. Here we present synthesis of 2 ′-O-carbamoylmethyl containing H-phosphonate building blocks as well as synthesis of model dinucleotides needed for these studies.

  为了获得更高质量的2'-O-氨基甲酰基甲基寡核糖核苷酸，我们正在进行这种修饰的研究。在这里，我们介绍了含有2'-O-氨基甲酰基甲基的H-膦酸酯结构单元的合成，以及这些研究所需的模型二核苷酸的合成。
• Investigation on Condensing Agents for Phosphinate Ester Formation with Nucleoside 5′-Hydroxyl Functions
  作者：Anna Winqvist、Roger Strömberg

  DOI：10.1002/ejoc.200700528

  日期：2008.4

  Condensation of a uridine 3′-deoxy-3′-C-methylenephosphinate with thymidine and guanosine derivatives to form methylenephosphinate esters was investigated. A number of different condensing agents were compared, and these include pivaloyl chloride, triisopropylbenzenesulfonyl chloride (TPS-Cl), phosphonium and uronium derivatives, numerous chlorophosphates and bis(2-oxo-3-oxazolidinyl)phosphinic chloride

  研究了尿苷 3'-脱氧-3'-C-亚甲基次膦酸酯与胸苷和鸟苷衍生物的缩合反应，以形成亚甲基次膦酸酯。对许多不同的缩合剂进行了比较，其中包括新戊酰氯、三异丙基苯磺酰氯 (TPS-Cl)、鏻和脲衍生物、许多氯磷酸盐和双 (2-oxo-3-oxazolidinyl) 次膦酰氯 (OXP)。在亚甲基次膦酸盐的预活化过程中，鏻衍生物产生缓慢的缩合或氧化副反应（羟基苯并三唑衍生物）。新戊酰氯具有较长的偶联时间，并且检测到竞争性 5'-O-新戊酰化。TPS-Cl 使产物快速缩合，但也使产物快速氧化。大多数氯磷酸盐使核苷组分发生竞争性 5'-O-磷酸化，以及碱基磷酸化。然而，2-氯-5,5-二甲基-2-氧代-1,3,2-二氧杂膦烷（DMOCP）以合适的速率形成了相当有效的二核苷亚甲基次膦酸酯。然而，使用该试剂可能需要对鸟嘌呤进行 O6 保护，因为在延长反应时间后，即使使用低浓度 (60 mM) 的 DMOCP（相当于次膦酸盐）也能检测到
• Synthesis and Stability of a 2′-<i>O</i>-[<i>N</i>-(Aminoethyl)carbamoyl]methyladenosine-Containing Dinucleotide
  作者：Stefan Milton、Charlotte Ander、Dmytro Honcharenko、Małgorzata Honcharenko、Esther Yeheskiely、Roger Strömberg

  DOI：10.1002/ejoc.201300699

  日期：2013.11

  towards the synthesis of 2′-O-[N-(aminoethyl)carbamoyl]methyl-modified di- and oligonucleotides, we have synthesised a protected 2′-O-[N-(aminoethyl)carbamoyl]methyl-modified adenosine where the modification is introduced in a convenient one-pot three-step procedure. The corresponding H-phosphonate building block was also synthesised, and from this intermediate, a 2′-O-[N-(aminoethyl)carbamoyl]methyl-containing

  为了合成 2'-O-[N-（氨基乙基）氨基甲酰基]甲基修饰的二核苷酸和寡核苷酸，我们合成了受保护的 2'-O-[N-（氨基乙基）氨基甲酰基]甲基修饰的腺苷，其中修改是在一个方便的一锅三步程序中引入的。还合成了相应的 H-膦酸酯结构单元，并且可以从该中间体制备含 2'-O-[N-（氨基乙基）氨基甲酰基]甲基的二核苷酸。我们还对该二核苷酸的化学和酶稳定性进行了研究。二核苷酸经历了不同的氨解和其他碱性条件，HPLC 分析表明修饰在大多数条件下是完整的，但在 55°C 下使用 NH3（浓缩水溶液）时有一些轻微的水解。在其他几组条件下，包括甲醇中的饱和 NH3，和乙二胺，酰胺保持完整。用来自 Crotalus adamanteus 毒液的磷酸二酯酶 I 和来自牛脾的磷酸二酯酶 II 处理二核苷酸表明，N-（氨基乙基）氨基甲酰基甲基部分为磷酸二酯键提供了对酶促降解的实质性保护；磷酸二酯在 7 天后完全没有被
• 2'-deoxyribonucleoside 3'-aryl phosphoranilidates
  作者：Z.J. Leśnikowski、W. Niewiarowski、W.S. Zieliński、W.J. Stec

  DOI：10.1016/0040-4020(84)85099-1

  日期：1984.1

  Phosphorylation of the 5'-O-monomethoxytrityl-2'-deoxyribonucleosides by means of aryl phosphoranilidochloridates gives the diastereoisomers of 5'-O-monomethoxytrityl-2'-deoxyribonucleoside 3'-aryl phosphoranilidates. Their separation can be performed by means of chromatographic techniques. They can be further converted to the 2'-deoxyribonucleoside cyclic 3'-5' phosphoranilidates, which are intermediates

  5'-O-单甲氧基三苯甲基-2'-脱氧核糖核苷的磷酸化借助于芳基磷酰二氯氯酸酯得到5'-O-单甲氧基三苯甲基-2'-脱氧核糖核苷3'-芳基磷酸苯二酸酯的非对映异构体。它们的分离可以通过色谱技术来进行。它们可以进一步转化为2'-脱氧核糖核苷环状的3'-5'磷酸苯胺酸酯，它们是在磷处具有已知绝对构型的2'-脱氧核糖核苷环状（3'-5'）硫代磷酸酯的立体有择合成的中间体。
• Side Reactions in the H-Phosphonate Approach to Oligonucleotide Synthesis: A Kinetic Investigation on Bisacylphosphite Formation and 5′-O-Acylation
  作者：Susannah Sigurdsson、Roger Strömberg

  DOI：10.1081/ncn-120018619

  日期：2003.4

  with a free 5'-OH (5'-O-pivaloylation) has been carried out in the presence of differently substituted pyridines. The bisacylphosphite formation is a result of acylation of the mixed carboxylic-phosphonic acid anhydride to give the corresponding bispivaloylphosphite derivative. The rate of this reaction is dependent on the concentration of pyridine derivative and pivaloyl chloride. The 5'-O-pivaloylation

  在存在不同取代的吡啶的条件下，进行了新戊酰氯与核苷H-膦酸酯（双酰基亚磷酸酯的形成）或受保护的核苷与游离5'-OH（5'-O-聚戊二酰化）反应的动力学研究。 。形成双酰基亚磷酸酯是混合的羧酸-膦酸酐被酰化得到相应的双新戊酰基亚磷酸酯衍生物的结果。该反应的速率取决于吡啶衍生物和新戊酰氯的浓度。5'-O-聚戊二酰化反应还取决于吡啶衍生物和新戊酰氯的浓度。两种反应的速率均取决于吡啶衍生物的碱性，在更多的碱性吡啶中显示出较高的速率。log k的依赖性与 吡啶的pKa呈线性，但两个反应的斜率相差很大（双酰化反应的斜率是0.84，5'-O-吡咯烷化反应的斜率是0.21）。对于这两个反应，在存在位阻吡啶的情况下，速率明显较低，这表明在与无阻碍的吡啶反应中，对新戊酰氯存在亲核催化作用。