环二腺苷酸 | 54447-84-6

• 物质功能分类: 生物化工 - 生化试剂 - 激动剂抑制剂
• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - （3'->5'）-二核苷酸和类似物
• 中文名称: 环二腺苷酸
• 英文名称: c-di-AMP
• 英文别名: 3'3'-c-di-AMP；cyclic di-AMP；(1S,6R,8R,9R,10S,15R,17R,18R)-8,17-bis(6-aminopurin-9-yl)-3,12-dihydroxy-3,12-dioxo-2,4,7,11,13,16-hexaoxa-3λ5,12λ5-diphosphatricyclo[13.3.0.06,10]octadecane-9,18-diol
• CAS: 54447-84-6
• 化学式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₂P₂
• 分子量: 658.418
• InChiKey: PDXMFTWFFKBFIN-XPWFQUROSA-N

物化性质

• 沸点：
  1096.7±75.0 °C(Predicted)
• 密度：
  2.52±0.1 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  溶于二甲基亚砜

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -5.1
• 重原子数：
  44
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  310
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  20

安全信息

• 储存条件：
  2-8℃

制备方法与用途

生物活性

c-di-AMP（环二腺苷酸）是STING的激动剂，与STING结合后激活TBK1-IRF3信号传导途径，从而引发I型IFN和TNF的产生。c-di-AMP还是一种细菌第二信使，在革兰氏阳性菌中主要调节细胞生长、存活以及毒力，并影响宿主免疫反应。此外，c-di-AMP作为一种有效的粘膜佐剂，能够刺激体液和细胞反应。

靶点

STING

体外研究

c-di-AMP信号在许多革兰氏阳性细菌中是一个关键因素，调控细胞壁合成、钾离子通道、DNA修复以及生物被膜形成。c-di-AMP对于多种人类病原菌如金黄色葡萄球菌（S. aureus）、李斯特菌（L. monocytogenes）、化脓链球菌（S. pyogenes）和结核分枝杆菌（Mycobacterium spp.）的生长、存活及毒力至关重要。c-di-AMP能与模型抗原，如卵清蛋白（OVA）或β-半乳糖苷酶（β-Gal），结合并作为强大的粘膜佐剂，刺激体液和细胞免疫反应。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  环二腺苷酸 在 recombinant His₆-tagged Bacillus subtilis YybT₈₄-659 protein 、 potassium chloride 、 水 、 三羟甲基氨基甲烷 作用下， 生成 5'-phosphoadenylyl-(3'->5')-adenosine
  参考文献：
  名称：

  YybT Is a Signaling Protein That Contains a Cyclic Dinucleotide Phosphodiesterase Domain and a GGDEF Domain with ATPase Activity

  摘要：

  The cyclic dinucleotide c-di-GMP synthesized by the diadenylate cyclase domain was recently discovered as a messenger molecule for signaling DNA breaks in Bacillus subtilis. By searching bacterial genomes, we identified a family of DHH/DHHA1 domain proteins (COG3387) that co-occur with a subset of the diadenylate cyclase domain proteins. Here we report that the B. subtilis protein YybT, a member of the COG3387 family proteins, exhibits phosphodiesterase activity toward cyclic dinucleotides. The DHH/DHHA1 domain hydrolyzes c-di-AMP and c-di-GMP to generate the linear dinucleotides 5'-pApA and 5'-pGpG. The data suggest that c-di-AMP could be the physiological substrate for YybT given the physiologically relevant Michaelis-Menten constant (K-m) and the presence of YybT family proteins in the bacteria lacking c-di-GMP signaling network. The bacterial regulator ppGpp was found to be a strong competitive inhibitor of the DHH/DHHA1 domain, suggesting that YybT is under tight control during stringent response. In addition, the atypical GGDEF domain of YybT exhibits unexpected ATPase activity, distinct from the common diguanylate cyclase activity for GGDEF domains. We further demonstrate the participation of YybT in DNA damage and acid resistance by characterizing the phenotypes of the Delta yybT mutant. The novel enzymatic activity and stress resistance together point toward a role for YybT in stress signaling and response.

  DOI：

  10.1074/jbc.m109.040238
• 作为产物：
  描述：

  5’-三磷酸腺苷 在 Bacillus subtilis c-di-AMP synthase protein 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 生成 环二腺苷酸
  参考文献：
  名称：

  Identification of bromophenol thiohydantoin as an inhibitor of DisA, a c-di-AMP synthase, from a 1000 compound library, using the coralyne assay

  摘要：

  使用coralyne测定法筛选了1000种化合物，Bromophenol-TH被确认为DisA的第一个非核苷酸抑制剂，DisA是一种c-di-AMP合酶。

  DOI：

  10.1039/c4cc02916j
• 作为试剂：
  描述：

  (E)-1-(1-methyl-1H-imidazol-2-yl)but-2-en-1-one 、 1-甲基吲哚 在 copper(II) bis(trifluoromethanesulfonate) 、 环二腺苷酸 作用下， 以 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 24.0h， 生成 (R)-1-(1-甲基-1H-咪唑-2-基)-3-(1-甲基-1H-吲哚-3-基)丁烷-1-酮 、 (S)-1-(1-methyl-1H-imidazol-2-yl)-3-(1-methyl-1H-indol-3-yl)butan-1-one
  参考文献：
  名称：

  高效的基于环二核苷酸的人工金属核酶，用于水中的对映选择性Friedel-Crafts反应。

  摘要：

  核酸的各种二级结构正以吸引人的手性支架的形式出现，以构建用于对映选择性催化的人工金属酶（ArM）。包含双链体和G-四链体支架的基于DNA的ArM已被广泛研究，但基于RNA的ArM却很少。在这里，我们报道c-di-AMP和Cu2 +离子的环状二核苷酸组装成人工金属核酶（c-di-AMP⋅Cu2+），该催化金属能够在水介质中以高反应性和出色的对映选择性进行催化对映选择性Friedel-Crafts反应。到97％ee。与Cu2 +离子相比，c-di-AMP⋅Cu2+的组装产生了20倍的速率加速。基于各种生物物理技术和密度函数理论（DFT）计算，

  DOI：