[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基]甲基[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-二氧代嘧啶-1-基)-4-羟基-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-基]磷酸氢酯 | 3256-24-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - （3'->5'）-二核苷酸和类似物
• 中文名称: [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基]甲基[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-二氧代嘧啶-1-基)-4-羟基-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-基]磷酸氢酯
• 中文别名: 腺苷酰基-(3',5')-尿苷
• 英文名称: Uridylyl-(3'-5')-adenosin
• 英文别名: Uridylyl-(3'->5')-adenosin；Uridylyladenosine；[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate
• CAS: 3256-24-4
• 化学式: C₁₉H₂₄N₇O₁₂P
• 分子量: 573.413
• InChiKey: SWTWQWKNQDDGCS-KPKSGTNCSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -5.4
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.53
• 拓扑面积：
  274
• 氢给体数：
  7
• 氢受体数：
  16

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基]甲基[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-二氧代嘧啶-1-基)-4-羟基-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-基]磷酸氢酯 以 水 为溶剂， 生成 D,D-U(2'-5')pA
  参考文献：
  名称：

  尿嘧啶-（3'，5'）-8-羧甲基氨基腺苷的磷酸二酯键被水合氢氧根，氢氧根和锌（II）离子裂解：模型研究旨在阐明羧酸盐作为分子内催化剂的潜力。

  摘要：

  合成了铀酰-（3'，5'）-8-羧甲基氨基腺苷，并且研究了在有和没有Zn2 +离子的情况下将其酯交换为尿苷2'，3'-环状磷酸酯。结果表明，磷酸二酯键附近的羧酸盐功能促进金属离子促进的裂解，但不促进金属离子非依赖性反应。在酸性条件下，主要反应是侧链的裂解，得到8-氨基衍生物。

  DOI：

  10.1080/15257770008045452
• 作为产物：
  描述：

  在 ammonium hydroxide 、 syn-4-硝基苯甲醛肟 、 四甲基胍 作用下， 生成 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-氨基嘌呤-9-基)-3,4-二羟基四氢呋喃-2-基]甲基[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-二氧代嘧啶-1-基)-4-羟基-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-基]磷酸氢酯
  参考文献：
  名称：

  1' ＃，2'，3'，4' ＃，5'，5” -2 H 6 -β-D-核糖核苷和1' ＃，2'，2”，3'，4' ＃，5的合成'，5″ -2 H 7 -β-D-2'-脱氧核糖核苷用于选择性抑制部分氘化的oligo-DNA，oligo-RNA和2,5A核中的质子共振（1 H-NMR窗口）

  摘要：

  阮内镍-2 H 2 O在甲基α/β-D-呋喃核糖苷[α/β= 〜3：10] 1的差向异构体混合物上的交换反应产生了甲基1 ＃，2,3,4 ＃，5,5'- 2 H 6 -α/β-呋喃核糖苷2 [在C2，C3，C5 / 5'处为97原子％2 H；C 4（C4 ＃）〜85原子％2 H ；在C1（C1 ＃）]处约20个原子％2 H，以60 – 80％的产率获得，同时还得到了差向异构的木糖和阿拉伯糖副产物。在干燥的吡啶中将粗产物2甲苯磺酸化，并在硅胶柱上小心分离，得到纯的1-O-甲基-2,3,5-三-O-（4-甲苯甲酰基）-α/β-D-1＃，2,3,4 ＃，5,5'- 2 H 6-核呋喃糖苷4（48％）。4转化为1-O-乙酰基-2,3,5-三-O-甲苯甲酰基-α/β-D-1 ＃，2,3,4 ＃，5,5'- 2 H 6-核呋喃糖苷6（ 82％的人提供了合成氘核糖核苷用于RNA或DNA合成的关键组成部分。然后将化合物6与甲硅烷基尿嘧啶，N

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(01)82001-9

文献信息

• A Nucleotide Dimer Synthesis Without Protecting Groups Using Montmorillonite as Catalyst
  作者：Prakash C. Joshi、Michael F. Aldersley、Dmitri V. Zagorevskii、James P. Ferris

  DOI：10.1080/15257770.2012.701787

  日期：2012.7

  including heterochiral and chimeric syntheses. This greener chemistry has enabled the synthesis of dimers from activated nucleotides themselves, activated nucleotides with nucleosides, and activated nucleotides with nucleotide 5′-monophosphates. [Supplemental materials are available for this article. Go to the publisher's online edition of Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids to view the free supplemental

  已经开发了提供包含天然或非天然核苷残基的核苷酸二聚体的合成。在不存在保护基的情况下，将核糖核苷5'-磷酰胺基咪唑化物添加到吸附在蒙脱石上的核苷中性pH下。大约30％的咪唑化物被转化为2'-5'二聚体和3'-5'二聚体，其余的则被水解为5'-单磷酸酯。通过多种组合进行的实验表明，该方法可能会受到限制，包括杂手性和嵌合合成。这种绿色化学方法使得能够从活化的核苷酸本身，具有核苷的活化核苷酸和具有核苷酸5'-单磷酸酯的活化核苷酸合成二聚体。 [本文提供补充材料。转到发布者的在线版《核苷酸，核苷酸和核酸》以查看免费的补充文件。]
• Simultaneous Interaction with Base and Phosphate Moieties Modulates the Phosphodiester Cleavage of Dinucleoside 3‘,5‘-Monophosphates by Dinuclear Zn²⁺ Complexes of Di(azacrown) Ligands
  作者：Qi Wang、Harri Lönnberg

  DOI：10.1021/ja058806s

  日期：2006.8.1

  ability of the Zn(2+) complexes of these ligands to promote the transesterification of dinucleoside 3',5'-monophosphates to a 2',3'-cyclic phosphate derived from the 3'-linked nucleoside by release of the 5'-linked nucleoside has been studied over a narrow pH range, from pH 5.8 to 7.2, at 90 degrees C. The dinuclear complexes show marked base moiety selectivity. Among the four dinucleotide 3',5'-phosphates

  已经合成了五个双核配体 (1-5) 和一个三核配体 (6)，其中包含连接到芳族支架上的 1,5,9-triazacyclododecan-3-yloxy 基团。这些配体的 Zn(2+) 复合物促进双核苷 3',5'-单磷酸酯转酯化为 2',3'-环状磷酸酯的能力，该磷酸酯衍生自 3'-连接的核苷，释放 5'已在 90 摄氏度的狭窄 pH 范围（从 pH 5.8 到 7.2）研究了-连接的核苷。双核复合物显示出显着的碱基部分选择性。在研究的四种二核苷酸 3',5'-磷酸中，即。adenylyl-3',5'-adenosine (ApA), adenylyl-3',5'-uridine (ApU), uridylyl-3',5'-adenosine (UpA), and uridylyl-3',5'-uridine (上U), 含有一个尿嘧啶碱基 (ApU 和 UpA) 的二聚体比含有两个尿嘧啶碱基
• Dinuclear Zn²⁺complexes in the hydrolysis of the phosphodiester linkage in a diribonucleoside monophosphate diester
  作者：Morio Yashiro、Hideki Kaneiwa、Kenichi Onaka、Makoto Komiyama

  DOI：10.1039/b312301d

  日期：——

  Dizinc complexes that were formed from 2 ∶ 1 mixtures of Zn(NO3)2 and dinucleating ligands TPHP (1), TPmX (2) or TPpX (3) in aqueous solutions efficiently hydrolyzed diribonucleoside monophosphate diesters (NpN) under mild conditions. The dinucleating ligand affected the structure of the aquo-hydroxo-dizinc core, resulting in different characteristics in the catalytic activities towards NpN cleavage. The pH-rate profile of ApA cleavage in the presence of (Zn2+)2-1 was sigmoidal, whereas those of (Zn2+)2-2 and (Zn2+)2-3 were bell-shaped. The pH titration study indicated that (Zn2+)2-1 dissociates only one aquo proton (up to pH 12), whereas (Zn2+)2-2 dissociates three aquo protons (up to pH 10.7). The observed differences in the pH-rate profile are attributable to the various distributions of the monohydroxo-dizinc species, which are responsible for NpN cleavage. As compared to that using (Zn2+)2-1, the NpN cleavage using (Zn2+)2-2 showed a greater rate constant, with a higher product ratio of 3′-NMP/2′-NMP. The saturation behaviors of the rate, with regard to the concentration of NpN, were analyzed by Michaelis–Menten type kinetics. Although the binding of (Zn2+)2-2 to ApA was weaker than that of (Zn2+)2-1, (Zn2+)2-2 showed a greater kcat value than (Zn2+)2-1, resulting in higher ApA cleavage activity of the former.

  由2:1的Zn(NO3)2与双配体TPHP（1）、TPmX（2）或TPpX（3）在水溶液中形成的二锌复合物在温和条件下有效水解二核苷酸单磷酸二酯（NpN）。双配体的结构影响了水合羟基二锌核心的构造，导致其催化NpN裂解的活性特征有所不同。在（Zn2+)2-1存在下，ApA裂解的pH-速率曲线呈S型，而（Zn2+)2-2和（Zn2+)2-3的曲线则呈钟形。pH滴定研究表明，（Zn2+)2-1仅在pH达到12时解离一个水合质子，而（Zn2+)2-2在pH达到10.7时则解离三个水合质子。观察到的pH-速率曲线差异可归因于单羟基二锌物种的不同分布，这些物种是NpN裂解的关键。与使用（Zn2+)2-1相比，使用（Zn2+)2-2时的NpN裂解表现出更大的速率常数，且3′-NMP/2′-NMP的产物比例更高。关于NpN浓度的速率饱和行为通过米氏动力学分析。尽管（Zn2+)2-2对ApA的结合强度弱于（Zn2+)2-1，但（Zn2+)2-2的kcat值高于（Zn2+)2-1，导致前者在ApA裂解中的活性更强。
• CESIUM FLUORIDE PROMOTES SYNTHESIS OF RIBOOLIGONUCLEOTIDES VIA PHOSPHOTRIESTER APPROACH
  作者：Hiroshi Takaku、Tadaaki Nomoto、Mitsuho Murata、Tsujiaki Hata

  DOI：10.1246/cl.1980.1419

  日期：1980.11.5

  In the presence of cesium fluoride, the reactions of a fully protected 5′-O-dimethoxytrityl-2′-O-tetrahydropyranyl-N-acylnucleoside 3′-(4-chlorophenyl, 5-chloro-8-quinolyl) phosphates with 5′-hydroxyl nucleosides proceeded rapidly under mild conditions to afford the corresponding ribodinucleoside monophosphates in good yields.

  在氟化铯存在下，完全保护的 5′-O-二甲氧基三苯甲基-2′-O-四氢吡喃-N-酰基核苷 3′-（4-氯苯基，5-氯-8-喹啉基）磷酸酯与 5′-羟基核苷的反应在温和条件下迅速进行，以良好的产率得到相应的核糖核苷单磷酸酯。
• Convenient Syntheses of Oligoribonucleotides Having 2′-5′ and/or 3′-5′ Phosphodiester Linkage
  作者：Hiroaki Ozaki、Akio Nakamoto、Takeo Shimidzu

  DOI：10.1246/cl.1990.959

  日期：1990.6

  Sequence-defined Oligoribonucleotides having 2′-5′ and/or 3′-5′ phosphodiester linkage have been synthesized by use of 5′-protected ribonucleoside 2′,3′-cyclic phosphoramidite on solid support. In coupling reaction, pKa of azole as a catalyst governs the activation. The resulting 2′-5′ and/or 3′-5′ linked Oligoribonucleotides were easily separated by reversed-phase chromatography.

  通过在固体支持物上使用受 5′保护的核糖核苷 2′,3′-环磷酰胺，合成了具有 2′-5′和/或 3′-5′-磷酸二酯连接的序列确定的寡核苷酸。在偶联反应中，作为催化剂的唑的 pKa 对活化起决定作用。所得到的 2′-5′和/或 3′-5′连接的寡核苷酸很容易通过反相色谱法分离。