α-(1R,5R,8R)-3,3-dimethyl-6-phenyl-6-(2'-propenyl)-8-(tert-butyldiphenylsilyloxymethyl)-2,4,7-trioxabicyclo[3.3.0]octane | 389633-39-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: α-(1R,5R,8R)-3,3-dimethyl-6-phenyl-6-(2'-propenyl)-8-(tert-butyldiphenylsilyloxymethyl)-2,4,7-trioxabicyclo[3.3.0]octane
• CAS: 389633-39-0
• 化学式: C₃₃H₄₀O₄Si
• 分子量: 528.764
• InChiKey: ZKMFFARCJHDDRP-MMYUMUNASA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.95
• 重原子数：
  38.0
• 可旋转键数：
  8.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.39
• 拓扑面积：
  36.92
• 氢给体数：
  0.0
• 氢受体数：
  4.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  α-(1R,5R,8R)-3,3-dimethyl-6-phenyl-6-(2'-propenyl)-8-(tert-butyldiphenylsilyloxymethyl)-2,4,7-trioxabicyclo[3.3.0]octane 在 苯磺酰胺 、 sodium hydroxide 、 sodium periodate 、 四氧化锇 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 硫酸 、 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 甲醇 、 乙腈 为溶剂， 生成 (1'S,3'R,4'R,5'R,7'S)-N2-isobutyryl-7-(4'-hydroxy-3'-hydroxymethyl-1'-phenyl-2',6'-dioxabicyclo[3.3.0]oct-7'-yl)guanine
  参考文献：
  名称：

  W型核酸（WNA），用于选择性形成包括TA中断位点的非天然反平行三链体

  摘要：

  新的核苷类似物已被设计用于选择性形成包括TA或CG中断位点的反平行三链体。新化合物由带有芳香环作为堆叠基序的W型双环核酸（WNA）和鸟嘌呤构成，形成鸟巢氢键，有望通过堆叠氢键和互补氢键实现三链体稳定。加入新类似物WNA-7βG的富含嘌呤的三链体形成寡聚脱氧核苷酸（TFO）形成了稳定的三链体，对TA位点具有高选择性。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(01)01446-0
• 作为产物：
  描述：

  5-O-(tert-butyldiphenylsilyl)-2,3-O-isopropylidene-D-ribofuranose 在 Celite 、 pyridinium chlorochromate 、 zinc dibromide 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醚 、 硝基甲烷 、 二氯甲烷 、 环己烷 为溶剂， 反应 20.0h， 生成 α-(1R,5R,8R)-3,3-dimethyl-6-phenyl-6-(2'-propenyl)-8-(tert-butyldiphenylsilyloxymethyl)-2,4,7-trioxabicyclo[3.3.0]octane
  参考文献：
  名称：

  使用新的双环核苷类似物 (WNA) 选择性形成稳定的三链体，包括 TA 或 CG 中断位点

  摘要：

  三链体形成寡核苷酸 (TFO) 是潜在的 DNA 靶向分子，将成为基因组研究的强大工具。由于 TFO 的稳定性部分是由与嘌呤碱基的氢键提供的，因此最稳定的三链体与高嘌呤/高嘧啶序列一起形成，并且双链体嘌呤链中的嘧啶碱基会中断三链体的形成。如果 TFO 能够识别包含此类中断位点的序列，则基因组中的目标区域将扩大到更大程度。然而，尽管进行了广泛的研究，但这个问题并未得到普遍解决。我们之前曾报道过一种新的碱基类似物 (WNA)，由三部分构成，苯环、杂环和双环骨架来容纳这两部分。在这项研究中，我们进一步系统地研究了 WNA 的修改，并确定了两种有用的 WNA 类似物，WNA-beta T 和 WNA-beta C，分别用于在 TA 和 CG 中断位点选择性稳定三联体。与 WNA 类似物的三联体表现出一种有趣的特性，即使在低 Mg(2+) 浓度下，它们也比天然型三联体更稳定。通过与不含苯的 H-WNA-beta

  DOI：

  10.1021/ja037211z

文献信息

• Synthesis of 1′-phenyl-2′-OMe ribose analogues connecting the thymine base at the 1′ position through a flexible linker for the formation of a stable anti-parallel triplex DNA
  作者：Yosuke Taniguchi、Hidenori Okamura、Norihiko Fujino、Shigeki Sasaki

  DOI：10.1016/j.tet.2012.11.016

  日期：2013.1

  We have previously developed the innovative bicyclic nucleoside analogues (WNA) for the formation of the triplex DNA. The WNA analogue consists of an aromatic ring and a recognition base on the bicyclic skeleton, and the recognition of the CG or TA interrupting sites has been achieved by the WNA analogues. However, the stabilization ability of the WNA analogue is dependent on its neighboring nucleobases

  我们以前已经开发了用于形成三链DNA的创新性双环核苷类似物（WNA）。WNA类似物由一个芳香环和一个基于双环骨架的识别基团组成，并且CG或TA中断位点的识别已通过WNA类似物实现。但是，WNA类似物的稳定能力取决于其在TFO中的相邻核碱基。我们假设序列依赖性可能源于WNA的双环的固定构象。因此，预期糖部分和核碱基之间的开放连接子可产生柔性并改善核碱基类似物的稳定作用。现在，我们报告设计和合成一种新的核苷类似物，作为WNA-βT（1'-苯基-2'-OMe-核糖衍生物）的开放形式，1）或乙烯连接基（2）。包含3'-DA- 1 -dG上下文的TFO可以识别CG中断位点，而包含3'-dG- 1 - dG上下文的TFO可以识别GC的位点。与此相反，2显示在所有四个碱基对的稳定效果与一些偏好的TFO含有3'-DA- 2 -dG和3'-DG- 2 -dG。这些结果表明，核碱基和核糖部分之间的柔性接头可以改善三链体形成的序列依赖性。