(1R,3R,4R,5R,7RS)-1-phenyl-3-(tert-butyldiphenylsilyloxymethyl)-4,7-diacetoxy-2,6-dioxabicylco[3.3.0]octane | 389633-40-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: (1R,3R,4R,5R,7RS)-1-phenyl-3-(tert-butyldiphenylsilyloxymethyl)-4,7-diacetoxy-2,6-dioxabicylco[3.3.0]octane
• 英文别名: [(3aS,5R,6R,6aR)-6-acetyloxy-5-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-3a-phenyl-3,5,6,6a-tetrahydro-2H-furo[3,2-b]furan-2-yl] acetate
• CAS: 389633-40-3
• 化学式: C₃₃H₃₈O₇Si
• 分子量: 574.746
• InChiKey: CMRWTMGDVYAHDD-UTLWTRNISA-N

物化性质

• 沸点：
  609.6±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.20±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.47
• 重原子数：
  41
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.39
• 拓扑面积：
  80.3
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (1R,3R,4R,5R,7RS)-1-phenyl-3-(tert-butyldiphenylsilyloxymethyl)-4,7-diacetoxy-2,6-dioxabicylco[3.3.0]octane 在 苯磺酰胺 、 sodium hydroxide 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 四丁基氟化铵 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 生成 (1'S,3'R,4'R,5'R,7'S)-N²-isobutyryl-9-{3'-dimethoxytrityloxymethyl-4'-O-(N,N-diisopropyl-β-cyanoethylphosphoramidyl)-1'-phenyl-2',6'-dioxabicyclo[3.3.0]oct-7'-yl}guanine
  参考文献：
  名称：

  W型核酸（WNA），用于选择性形成包括TA中断位点的非天然反平行三链体

  摘要：

  新的核苷类似物已被设计用于选择性形成包括TA或CG中断位点的反平行三链体。新化合物由带有芳香环作为堆叠基序的W型双环核酸（WNA）和鸟嘌呤构成，形成鸟巢氢键，有望通过堆叠氢键和互补氢键实现三链体稳定。加入新类似物WNA-7βG的富含嘌呤的三链体形成寡聚脱氧核苷酸（TFO）形成了稳定的三链体，对TA位点具有高选择性。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(01)01446-0
• 作为产物：
  描述：

  α-(1R,5R,8R)-3,3-dimethyl-6-phenyl-6-(2'-propenyl)-8-(tert-butyldiphenylsilyloxymethyl)-2,4,7-trioxabicyclo[3.3.0]octane 在 sodium periodate 、 四氧化锇 、 硫酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 为溶剂， 生成 (1R,3R,4R,5R,7RS)-1-phenyl-3-(tert-butyldiphenylsilyloxymethyl)-4,7-diacetoxy-2,6-dioxabicylco[3.3.0]octane
  参考文献：
  名称：

  W型核酸（WNA），用于选择性形成包括TA中断位点的非天然反平行三链体

  摘要：

  新的核苷类似物已被设计用于选择性形成包括TA或CG中断位点的反平行三链体。新化合物由带有芳香环作为堆叠基序的W型双环核酸（WNA）和鸟嘌呤构成，形成鸟巢氢键，有望通过堆叠氢键和互补氢键实现三链体稳定。加入新类似物WNA-7βG的富含嘌呤的三链体形成寡聚脱氧核苷酸（TFO）形成了稳定的三链体，对TA位点具有高选择性。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(01)01446-0

文献信息

• Effects of Halogenated WNA Derivatives on Sequence Dependency for Expansion of Recognition Sequences in Non-Natural-Type Triplexes
  作者：Yosuke Taniguchi、Ayako Nakamura、Yusuke Senko、Fumi Nagatsugi、Shigeki Sasaki

  DOI：10.1021/jo052413u

  日期：2006.3.1

  of interruption of the pyrimidines bases in the purine region. This problem has not been fully solved despite a wide variety of studies. Recently, we have developed a bicyclic system as a novel scaffold for nucleoside analogues (WNA, W-shaped nucleoside analogues) and determined two useful compounds, WNA-βT (2) and WNA-βC (5), for highly stable and selective triplex formation at a TA and a CG interrupting

  形成三链体的寡核苷酸（TFO）是序列特异性的DNA结合剂，但由于嘌呤区中嘧啶碱基的中断，它们的目标双链体仅限于高嘌呤/高嘧啶序列。尽管进行了广泛的研究，但这个问题尚未完全解决。最近，我们开发了一种双环系统作为核苷类似物（WNA，W形核苷类似物）的新型支架，并确定了两种有用的化合物WNA-βT（2）和WNA-βC（5），分别在TA和CG中断位点形成高度稳定和选择性的三链体。但是，随后的研究表明，使用WNA形成三链体取决于TFO的相邻碱基。在这项研究中，我们合成了具有卤代识别碱基或苯环的新型WNA衍生物，并评估了修饰对三链体稳定性和选择性的影响。已经发现的是，WNA-βT类似物保持-5-卤代嘧啶碱基（WNA-β溴U（3）和WNA-β ˚F U（4））表现出高的CG-选择性。在另一方面，将具有溴取代的苯环的WNA-βT衍生物（米BR-WNA-βT（10）和ø BR-WNA-βT（11））已显示高
• Selective Formation of Stable Triplexes Including a TA or a CG Interrupting Site with New Bicyclic Nucleoside Analogues (WNA)
  作者：Shigeki Sasaki、Yosuke Taniguchi、Ryo Takahashi、Yusuke Senko、Keiichi Kodama、Fumi Nagatsugi、Minoru Maeda

  DOI：10.1021/ja037211z

  日期：2004.1.1

  would be expanded to a greater extent. However, this problem has not been generally solved despite extensive studies. We have previously reported a new base analogue (WNA) constructed of three parts, a benzene ring, a heterocyclic ring, and a bicyclic skeleton to hold these two parts. In this study, we have further investigated modification of WNA systematically and determined two useful WNA analogues

  三链体形成寡核苷酸 (TFO) 是潜在的 DNA 靶向分子，将成为基因组研究的强大工具。由于 TFO 的稳定性部分是由与嘌呤碱基的氢键提供的，因此最稳定的三链体与高嘌呤/高嘧啶序列一起形成，并且双链体嘌呤链中的嘧啶碱基会中断三链体的形成。如果 TFO 能够识别包含此类中断位点的序列，则基因组中的目标区域将扩大到更大程度。然而，尽管进行了广泛的研究，但这个问题并未得到普遍解决。我们之前曾报道过一种新的碱基类似物 (WNA)，由三部分构成，苯环、杂环和双环骨架来容纳这两部分。在这项研究中，我们进一步系统地研究了 WNA 的修改，并确定了两种有用的 WNA 类似物，WNA-beTA T 和 WNA-beTA C，分别用于在 TA 和 CG 中断位点选择性稳定三联体。与 WNA 类似物的三联体表现出一种有趣的特性，即使在低 Mg(2+) 浓度下，它们也比天然型三联体更稳定。通过与不含苯的 H-WNA-beTA
• Recognition of CG interrupting site by W-shaped nucleoside analogs (WNA) having the pyrazole ring in an anti-parallel triplex DNA
  作者：Yosuke Taniguchi、Yuko Uchida、Tomoko Takaki、Eriko Aoki、Shigeki Sasaki

  DOI：10.1016/j.bmc.2009.08.040

  日期：2009.10

  three bases of the target duplex and the TFO, it was expected that replacement of the pyrimidine base of the WNA analog with a smaller pyrazole ring might avoid steric repulsion to produce a greater stability for the triplex. In this study, the new WNA analogs bearing the pyrazole ring, 3-aminopyrazole (AP), and 4-methyl-3-pyrazole-5-on (MP) were synthesized, incorporated into the TFOs, then their

  我们先前已经开发出用于识别TA和CG中断位点的W形核苷类似物（WNA），这是天然三联体形成寡核苷酸（TFO）形成稳定三联体DNA的固有限制。但是，WNA的稳定作用取决于TFO中WNA类似物两侧的相邻核碱基。考虑到该碱基位于目标双链体和TFO的三个碱基构成的受阻位点，可以预期用较小的吡唑环取代WNA类似物的嘧啶碱基可避免空间排斥，从而产生更大的稳定性。三元组。在这项研究中，合成了带有吡唑环，3-氨基吡唑（AP）和4-甲基-3-吡唑-5-on（MP）的新WNA类似物，并整合到了TFO中，然后评估它们对三链体的稳定作用。事实证明，在3'G-WNA-G-5'序列中含有WNA-βAP的TFO形成了稳定的三链体，对CG中断位点具有选择性，而先前的WNA-βC并未诱导该三链体编队。