N-[3-(dimethylamino)propyl]-1-methyl-4-{[(1-methyl-4-nitro-1H-pyrrol-2-yl)carbonyl]amino}-1H-pyrrole-2-carboxamide | 65361-31-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: N-[3-(dimethylamino)propyl]-1-methyl-4-{[(1-methyl-4-nitro-1H-pyrrol-2-yl)carbonyl]amino}-1H-pyrrole-2-carboxamide
• 英文别名: 3-[1-methyl-4-(1-methyl-4-nitropyrrole-2-carboxamido)pyrrole-2-carboxamido]dimethylaminopropane；1-Methyl-4-{[(1-methyl-4-nitro-1H-pyrrol-2-yl)carbonyl]amino}-N-[3-(dimethylamino)propyl]-1H-pyrrole-2-carboxamide；N-[3-(dimethylamino)propyl]-1-methyl-4-[(1-methyl-4-nitropyrrole-2-carbonyl)amino]pyrrole-2-carboxamide
• CAS: 65361-31-1
• 化学式: C₁₇H₂₄N₆O₄
• 分子量: 376.415
• InChiKey: JAVDISZKAUMECE-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 熔点：
  191-192 °C
• 沸点：
  529.1±50.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.30±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.4
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.41
• 拓扑面积：
  117
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-[3-(dimethylamino)propyl]-1-methyl-4-{[(1-methyl-4-nitro-1H-pyrrol-2-yl)carbonyl]amino}-1H-pyrrole-2-carboxamide 在 palladium on activated charcoal N-甲基吗啉 、 氢气 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 乙醇 为溶剂， 反应 57.0h， 生成 Distamin
  参考文献：
  名称：

  具有增强的亲脂性的双歧霉素类似物：合成和抗菌活性。

  摘要：

  描述了四十八个杂环氨基酸三聚体，它是二霉素的类似物，具有许多增强亲脂性的特征。它们含有比甲基大的烷基或环烷基；一些被乙酰胺或甲氧基苯甲酰胺N端基，并且被二甲氨基丙基或脂族杂环甲基氨基丙基取代基C端基。使用毛细管区带电泳已经评估了这些化合物主要结合至DNA AT束的能力。几种化合物，特别是那些含有噻唑的化合物，显示出对关键生物如MRSA和白色念珠菌的显着抗菌活性。而且，这些化合物对几种哺乳动物细胞系具有低毒性。

  DOI：

  10.1021/jm031089x
• 作为产物：
  描述：

  N,N-二甲基-1,3-二氨基丙烷 在 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 、 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 N-[3-(dimethylamino)propyl]-1-methyl-4-{[(1-methyl-4-nitro-1H-pyrrol-2-yl)carbonyl]amino}-1H-pyrrole-2-carboxamide
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and Evaluation of Novel DNA Minor Groove Binders as Antiamoebic Agents

  摘要：

  自由生活的阿米巴原虫 Acanthamoeba castellanii 是造成中枢神经感染肉芽肿阿米巴脑炎和危及视力感染 Acanthamoeba 角膜炎的罪魁祸首。此外，目前还没有有效的治疗方法，只能采用联合药物治疗。本研究合成了 12 种 DNA 小沟结合剂（MGBs），并通过阿米巴杀灭试验、阿米巴囊肿形成试验、阿米巴外囊形成试验和细胞致病性试验测试其抗阿米巴活性。结果发现，在杀阿米巴试验中，化合物 MGB3、MGB6、MGB22、MGB24 和 MGB16 能显著降低阿米巴的存活率，分别为 76.20%、59.45%、66.5%、39.32% 和 43.21%。此外，化合物 MGB6、MGB20、MGB22、MGB28、MGB30、MGB32 和 MGB16 还能显著抑制阿卡阿米巴囊肿，使囊肿发育率分别降至 46.3%、39%、30.3%、29.6%、27.8%、41.5% 和 45.6%。此外，化合物 MGB3、MGB4、MGB6、MGB22、MGB24、MGB28、MGB32 和 MGB16 还能显著减少包囊向滋养体的再萌发，有活力的滋养体只占 64.3%、47.3%、41.4%、52.9%、55.4%、40.6%、62.1% 和 51.7%。此外，MGB3、MGB4 和 MGB6 化合物对阿米巴介导的宿主细胞死亡的降低幅度最大，分别降低了 41.5%、49.4% 和 49.5%。有了以下确定的结果，今后就可以开展体内研究，以了解化合物对小鼠等动物模型的影响。

  DOI：

  10.3390/antibiotics11070935

文献信息

• Antimicrobial Lexitropsins Containing Amide, Amidine, and Alkene Linking Groups
  作者：Nahoum G. Anthony、David Breen、Joanna Clarke、Gavin Donoghue、Allan J. Drummond、Elizabeth M. Ellis、Curtis G. Gemmell、Jean-Jacques Helesbeux、Iain S. Hunter、Abedawn I. Khalaf、Simon P. Mackay、John A. Parkinson、Colin J. Suckling、Roger D. Waigh

  DOI：10.1021/jm070831g

  日期：2007.11.1

  -resistant strains, in the range of 0.1-5 microg mL-1, which is comparable to many established antibacterial agents. Antifungal activity was also found in the range of 20-50 microg mL-1 MIC against Aspergillus niger and Candida albicans, again comparable with established antifungal drugs. A quinoline derivative was found to protect mice against S. aureus infection for a period of up to six days after a single

  描述了80种与二霉素和噻唑类相关的短小沟结合剂的合成和性能。化合物的设计主要基于小沟结合剂和DNA之间的疏水相互作用而增加的亲和力。疏水性芳族头基（包括喹啉基和苯甲酰基衍生物）的引入以及烯烃作为连接剂的引入，导致几种具有MIC的金黄色葡萄球菌的强活性抗菌化合物（对甲氧西林敏感和耐药的菌株）范围为0.1-5 microg mL -1，与许多已建立的抗菌剂相当。还发现针对黑曲霉和白色念珠菌的抗真菌活性为20-50微克mL-1 MIC，再次与已确立的抗真菌药物相当。
• Highly Efficient Sequence-Specific DNA Interstrand Cross-Linking by Pyrrole/Imidazole CPI Conjugates
  作者：Toshikazu Bando、Akihiko Narita、Isao Saito、Hiroshi Sugiyama

  DOI：10.1021/ja028459b

  日期：2003.3.1

  of DNA interstrand cross-linking agent by synthesizing dimers of a pyrrole (Py)/imidazole (Im)-diamide-CPI conjugate, ImPyLDu86 (1), connected using seven different linkers. The tetramethylene linker compound, 7b, efficiently produces DNA interstrand cross-links at the nine-base-pair sequence, 5'-PyGGC(T/A)GCCPu-3', only in the presence of a partner triamide, ImImPy. For efficient cross-linking by

  我们通过合成吡咯 (Py)/咪唑 (Im)-二酰胺-CPI 偶联物 ImPyLDu86 (1) 的二聚体，使用七种不同的接头连接，开发了一种新型 DNA 链间交联剂。四亚甲基接头化合物 7b 仅在伴侣三酰胺 ImImPy 存在的情况下有效地在九个碱基对序列 5'-PyGGC(T/A)GCCPu-3' 处产生 DNA 链间交联。为了通过 7b 与 ImImPy 进行有效交联，需要两个识别位点之间的一个 AT 碱基对来容纳接头区域。消除 AT 碱基对和插入额外的 AT 碱基对并用 GC 碱基对替换显着降低了交联程度。在存在各种三酰胺的情况下，还检查了 7b 的链间交联的序列特异性。与 ImImPy 相比，ImImIm 的存在略微减少了交联产物的形成。错配伙伴 ImPyPy 和 PyImPy 不与 7b 产生链间交联产物，而 ImPyPy 和 PyImPy 在其与 7b 的匹配位点诱导有效烷基化。使用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和
• Design, synthesis and biological evaluation of new oligopyrrole carboxamides linked with tricyclic DNA-intercalators as potential DNA ligands or topoisomerase inhibitors
  作者：Marie-Hélène David-Cordonnier、Marie-Paule Hildebrand、Brigitte Baldeyrou、Amelie Lansiaux、Christoph Keuser、Kerstin Benzschawel、Thomas Lemster、Ulf Pindur

  DOI：10.1016/j.ejmech.2006.12.039

  日期：2007.6

  of the design and synthesis of minor groove binding and intercalating DNA ligands some new oligopyrrole carboxamides were synthesized. These hybrid molecules (combilexins) possess a variable and conformatively flexible spacer at the N-terminal end. As intercalating tricyclic systems acridone, acridine, anthraquinones and in a special case iminostilbene terminate the N-terminal end of the pyrrole chain

  在小沟结合和嵌入DNA配体的设计和合成过程中，合成了一些新的寡吡咯羧酰胺。这些杂合分子（combilexins）在N末端具有可变的和构象柔性的间隔基。作为插入的三环系统，cri啶酮，a啶，蒽醌以及在特殊情况下的亚氨基二苯乙烯终止了吡咯链的N末端。通过NCI抗肿瘤筛选检查了细胞毒性，此外，还进行了生物物理和生化研究，以便获得有关该新系列分子的DNA结合特性和拓扑异构酶抑制作用的一些信息。
• The Synthesis of Some Head to Head Linked DNA Minor Groove Binders
  作者：Abedawn I. Khalaf、Andrew R. Pitt、Martin Scobie、Colin J. Suckling、John Urwin、Roger D. Waigh、Robert V. Fishleigh、Steven C. Young、William A. Wylie

  DOI：10.1016/s0040-4020(00)00432-4

  日期：2000.7

  A series of head to head linked dimers of heterocyclic amino acids has been prepared for investigation of affinity and selectivity in binding to the minor groove of DNA. The selection of targets for synthesis was led by computer based design. Several novel dicarboxylic acid linkers including indoles, phenanthrenes, a fluorenone, and a bisbenzothiophene have been included. Analysis of binding to DNA

  已经制备了一系列首尾相连的杂环氨基酸二聚体，用于研究与DNA小沟结合的亲和力和选择性。合成目标的选择由基于计算机的设计主导。已经包括几种新颖的二羧酸连接基，包括吲哚，菲，芴酮和双苯并噻吩。通过印迹分析与DNA的结合表明对衍生自2,7-二氢菲二羧酸的化合物具有很高的亲和力，并且对包含至少4个AT对的AT富集区域具有主要选择性，但具有跨越两个CG碱基对的能力。
• Synthesis of Geometrically Constrained Unsymmetrical Bis(polyamides) Related to the Antiviral Distamycin
  作者：Sanjay K. Sharma、Manju Tandon、J. William Lown

  DOI：10.1002/1099-0690(200006)2000:11<2095::aid-ejoc2095>3.0.co;2-j

  日期：2000.6

  for the strict DNA base-sequence recognition of (AT)4 and (AT)5, respectively, for the oligopeptide minor-groove binding agents netropsin (I) and distamycin (II) leads to proposals for the rational structure modification for altered base recognition. In this paper we report the synthesis of unsymmetrical imidazo-pyrrolo-bis(polyamides), structurally related to the natural antiviral agents distamycin

  分析分别对（AT）4和（AT）5的寡肽小沟结合剂netropsin（I）和distamycin（II）的严格DNA碱基序列识别的结构和立体化学要求导致了对合理的结构修饰，以改变碱基识别。在本文中，我们报告了与天然抗病毒剂双歧霉素在结构上相关且带有非天然（25-27）或天然（31-33）的不对称咪唑并吡咯并双（聚酰胺）的合成）由柔性或刚性接头链接的末端。这是关于在连接的双（聚酰胺）中具有二甲基氨基丙基或am基末端的带有咪唑的结构的合成的首次报道。