[(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] [(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate | 1363821-21-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - （3'->5'）-二核苷酸和类似物
• 英文名称: [(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] [(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate
• CAS: 1363821-21-9
• 化学式: C₂₀H₂₇N₄O₁₁P
• 分子量: 530.428
• InChiKey: SNOGCKNWFKRVOS-ZDGDKENJSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.9
• 重原子数：
  36
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  197
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] [(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate 在 盐酸 、 水 、 sodium hydroxide 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 8.0h， 生成 2-羟基-5-甲基嘧啶
  参考文献：
  名称：

  含（6–4）个光产物的DNA的碱降解机理†

  摘要：

  （6–4）光产物是紫外线在DNA中产生的主要受损碱基之一。已知该损伤是碱不稳定的，当用热碱处理紫外线照射的DNA时，在其部位会发生链断裂。我们已经分析了通过碱处理得到的产品。二磷酸核苷通过HPLC，NMR光谱和质谱分析，含有（6–4）个光产物。我们先前发现5'组分的N3-C4键通过弱碱处理而水解，并且本研究表明以下反应是3'组分上糖苷键的水解。即使不存在3'侧翼核苷酸，该成分的糖部分也会丢失。对于二聚体和三聚体，还观察到糖苷键水解。5-甲基-2-嘧啶酮，它被用作（6–4）光产物的3'成分的类似物，并阐明了其机理。最后，对四聚物d（GT（6–4）TC）进行碱处理，得到了2'-脱氧胞苷5'-单磷酸酯， 尽管 2'-脱氧鸟苷3'-单磷酸酯未检测到。该结果证明了（6–4）光产物3'组分上糖苷键的水解以及随后的β消除导致链断裂。还显示出，杜瓦价异构体3'组分的糖苷键比（6-4）光产物的碱不稳定。

  DOI：

  10.1039/c2ob06966k
• 作为产物：
  描述：

  5’-(4,4’-二甲氧基三苯基)-3’-脱氧胸苷 2’-(2-氰乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺 在 吡啶 、 四氮唑 、 ammonium hydroxide 、 碘 、 溶剂黄146 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 4.17h， 生成 [(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] [(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate
  参考文献：
  名称：

  含（6–4）个光产物的DNA的碱降解机理†

  摘要：

  （6–4）光产物是紫外线在DNA中产生的主要受损碱基之一。已知该损伤是碱不稳定的，当用热碱处理紫外线照射的DNA时，在其部位会发生链断裂。我们已经分析了通过碱处理得到的产品。二磷酸核苷通过HPLC，NMR光谱和质谱分析，含有（6–4）个光产物。我们先前发现5'组分的N3-C4键通过弱碱处理而水解，并且本研究表明以下反应是3'组分上糖苷键的水解。即使不存在3'侧翼核苷酸，该成分的糖部分也会丢失。对于二聚体和三聚体，还观察到糖苷键水解。5-甲基-2-嘧啶酮，它被用作（6–4）光产物的3'成分的类似物，并阐明了其机理。最后，对四聚物d（GT（6–4）TC）进行碱处理，得到了2'-脱氧胞苷5'-单磷酸酯， 尽管 2'-脱氧鸟苷3'-单磷酸酯未检测到。该结果证明了（6–4）光产物3'组分上糖苷键的水解以及随后的β消除导致链断裂。还显示出，杜瓦价异构体3'组分的糖苷键比（6-4）光产物的碱不稳定。

  DOI：

  10.1039/c2ob06966k

文献信息

• Mechanism of the alkali degradation of (6–4) photoproduct-containing DNA
  作者：Norihito Arichi、Aki Inase、Sachise Eto、Toshimi Mizukoshi、Junpei Yamamoto、Shigenori Iwai

  DOI：10.1039/c2ob06966k

  日期：——

  The (6–4) photoproduct is one of the major damaged bases produced by ultraviolet light in DNA. This lesion is known to be alkali-labile, and strand breaks occur at its sites when UV-irradiated DNA is treated with hot alkali. We have analyzed the product obtained by the alkali treatment of a dinucleoside monophosphate containing the (6–4) photoproduct, by HPLC, NMR spectroscopy, and mass spectrometry

  （6–4）光产物是紫外线在DNA中产生的主要受损碱基之一。已知该损伤是碱不稳定的，当用热碱处理紫外线照射的DNA时，在其部位会发生链断裂。我们已经分析了通过碱处理得到的产品。二磷酸核苷通过HPLC，NMR光谱和质谱分析，含有（6–4）个光产物。我们先前发现5'组分的N3-C4键通过弱碱处理而水解，并且本研究表明以下反应是3'组分上糖苷键的水解。即使不存在3'侧翼核苷酸，该成分的糖部分也会丢失。对于二聚体和三聚体，还观察到糖苷键水解。5-甲基-2-嘧啶酮，它被用作（6–4）光产物的3'成分的类似物，并阐明了其机理。最后，对四聚物d（GT（6–4）TC）进行碱处理，得到了2'-脱氧胞苷5'-单磷酸酯， 尽管 2'-脱氧鸟苷3'-单磷酸酯未检测到。该结果证明了（6–4）光产物3'组分上糖苷键的水解以及随后的β消除导致链断裂。还显示出，杜瓦价异构体3'组分的糖苷键比（6-4）光产物的碱不稳定。