3’,5’-di-O-benzyl-4’-(2-tert-butyldiphenylsiloxyethyl)-5-methyl-2’-O-(trifluoromethanesulfonyl)arabinouridine | 1300590-46-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 3’,5’-di-O-benzyl-4’-(2-tert-butyldiphenylsiloxyethyl)-5-methyl-2’-O-(trifluoromethanesulfonyl)arabinouridine
• CAS: 1300590-46-8
• 化学式: C₄₃H₄₇F₃N₂O₉SSi
• 分子量: 853.001
• InChiKey: LKLCALZEFIKIKV-JRTJUIORSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.12
• 重原子数：
  59.0
• 可旋转键数：
  16.0
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  135.15
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  10.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3’,5’-di-O-benzyl-4’-(2-tert-butyldiphenylsiloxyethyl)-5-methyl-2’-O-(trifluoromethanesulfonyl)arabinouridine 在 sodium azide 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 13.0h， 以100%的产率得到(2’R)-2’-azido-3’,5’-di-O-benzyl-4’-(2-tert-butyldiphenylsiloxyethyl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  BRIDGED ARTIFICIAL NUCLEOSIDE AND NUCLEOTIDE

  摘要：

  本发明的目的是提供一种新型分子用于反义疗法，该分子在体内不易受核酸酶降解，并且对目标mRNA具有高结合亲和力和特异性，能够有效调节特定基因的表达。本发明的新型人工核苷酸在2′,4′-BNA/LNA的桥接结构中引入了酰胺键。含有2′,4′-桥接人工核苷酸的寡核苷酸与已知的2′,4′-BNA/LNA具有相当的单链RNA结合亲和力，并且比LNA具有更高的核酸酶抗性。特别地，由于其比S-oligo对单链RNA的结合亲和力更强，预计将被应用于核酸药物。

  公开号：

  US20120208991A1
• 作为产物：
  描述：

  (3aR,5R,6S,6aR)-6-(benzyloxy)-5-((benzyloxy)methyl)-2,2-dimethyl-5-vinyltetrahydrofuro[2,3-d][1,3]dioxole 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 三氟甲烷磺酰氯 、 硫酸 、 水 、 乙酸酐 、 potassium carbonate 、 溶剂黄146 、 三乙胺 、 9-硼双环[3.3.1]壬烷 、 sodium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 乙醇 、 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 57.5h， 生成 3’,5’-di-O-benzyl-4’-(2-tert-butyldiphenylsiloxyethyl)-5-methyl-2’-O-(trifluoromethanesulfonyl)arabinouridine
  参考文献：
  名称：

  BRIDGED ARTIFICIAL NUCLEOSIDE AND NUCLEOTIDE

  摘要：

  本发明的目的是提供一种新型分子用于反义疗法，该分子在体内不易受核酸酶降解，并且对目标mRNA具有高结合亲和力和特异性，能够有效调节特定基因的表达。本发明的新型人工核苷酸在2′,4′-BNA/LNA的桥接结构中引入了酰胺键。含有2′,4′-桥接人工核苷酸的寡核苷酸与已知的2′,4′-BNA/LNA具有相当的单链RNA结合亲和力，并且比LNA具有更高的核酸酶抗性。特别地，由于其比S-oligo对单链RNA的结合亲和力更强，预计将被应用于核酸药物。

  公开号：

  US20120208991A1

文献信息

• Synthesis and properties of thymidines with six-membered amide bridge
  作者：Yoshiyuki Hari、Takashi Osawa、Yutaro Kotobuki、Aiko Yahara、Ajaya R. Shrestha、Satoshi Obika

  DOI：10.1016/j.bmc.2013.04.049

  日期：2013.7

  Artificial thymidine monomers possessing amide or N-methylamide bridges were designed, synthesized, and introduced into oligonucleotides. UV-melting experiments showed that these oligonucleotides preferred single-stranded RNA (ssRNA) to single-stranded DNA (ssDNA) in duplex formation. Both amide-and N-methylamide-modified oligonucleotides led to a significant increase in the binding affinity to ssRNA by up to +4.7 and +3.7 degrees C of the T-m value per modification, respectively, compared with natural oligonucleotide. In addition, their oligonucleotides showed high stability against 3'-exonuclease. (C) 2013 Elsevier Ltd. All rights reserved.