[(2S,3S,4R,5R)-4-acetoxy-3-benzyloxy-2-(benzyloxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)tetrahydrofuran-2-yl]methyl acetate | 206055-49-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: [(2S,3S,4R,5R)-4-acetoxy-3-benzyloxy-2-(benzyloxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)tetrahydrofuran-2-yl]methyl acetate
• 英文别名: 1-(4-C-acetoxymethyl-2-O-acetyl-3,5-di-O-benzyl-β-D-ribofuranosyl)thymine；1-(4-C-(Acetoxymethyl)-2-O-acetyl-3,5-di-O-benzyl-beta-D-ribofuranosyl)thymine；[(2S,3S,4R,5R)-4-acetyloxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3-phenylmethoxy-2-(phenylmethoxymethyl)oxolan-2-yl]methyl acetate
• CAS: 206055-49-4
• 化学式: C₂₉H₃₂N₂O₉
• 分子量: 552.581
• InChiKey: YRXSNWJDIVROPU-IMBSVQIASA-N

物化性质

• 密度：
  1.32±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.9
• 重原子数：
  40
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  130
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [(2S,3S,4R,5R)-4-acetoxy-3-benzyloxy-2-(benzyloxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)tetrahydrofuran-2-yl]methyl acetate 在 咪唑 、 sodium periodate 、 20% palladium hydroxide-activated charcoal 、 水 、 氢气 、 B₂O₇^(2-)*2H₄N⁽¹⁺⁾*4H₂O 、 sodium cyanoborohydride 、 三乙胺 、 sodium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 乙醇 、 二氯甲烷 、 水 、 丙酮 为溶剂， 20.0 ℃ 、400.01 kPa 条件下， 反应 51.0h， 生成 1-[(2R,6S)-6-[[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethoxy]methyl]-4-isopropyl-6-(triisopropylsilyloxymethyl)morpholin-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  [EN] OLIGONUCLEOTIDES CONTAINING NUCLEOTIDE ANALOGS
  [FR] OLIGONUCLÉOTIDES CONTENANT DES ANALOGUES NUCLÉOTIDIQUES

  摘要：

  本公开涉及双链寡核苷酸，包括双链寡核苷酸，例如siRNA，包括一个sense链寡核苷酸和一个antisense链寡核苷酸，其中antisense链寡核苷酸包括一个或多个公式(I-A)的核苷酸类似物，这些类似物既不是所述antisense链寡核苷酸的5'-突出核苷酸也不是3'-突出核苷酸，并且公式(I-A)的核苷酸类似物如所述。含有这些类似物的寡核苷酸具有优越的生物活性，例如增加的体外稳定性和改善的体内效力，特别是改善的非靶向作用谱。改进的寡核苷酸对于沉默（例如减少或根除）靶基因的表达是有用的。

  公开号：

  WO2021044004A1
• 作为产物：
  描述：

  在 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 作用下， 以 吡啶 为溶剂， 反应 75.0h， 生成 [(2S,3S,4R,5R)-4-acetoxy-3-benzyloxy-2-(benzyloxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)tetrahydrofuran-2-yl]methyl acetate
  参考文献：
  名称：

  LNA（锁定核酸）：腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，5-甲基胞嘧啶，胸腺嘧啶和尿嘧啶双环核苷单体的合成，寡聚化和前所未有的核酸识别

  摘要：

  由2'- O，4'- C-亚甲基双环核苷单体组成的LNA（锁定核酸）被有效合成，并评估了其对六种不同核碱基（腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，5-甲基胞嘧啶，胸腺嘧啶）的核酸识别潜力和尿嘧啶。当评估部分或完全修饰的LNA的混合序列时，双链体对DNA和RNA的热稳定性出现了前所未有的提高（每个修饰+3至+8°C）。错配序列的研究表明，与相应的未修饰参考链相比，LNA遵循具有普遍提高的选择性的Watson-Crick碱基配对规则。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(98)00094-5

文献信息

• LNA (locked nucleic acids): synthesis and high-affinity nucleic acid recognition
  作者：Sanjay K. Singh、Alexei A. Koshkin、Jesper Wengel、Poul Nielsen

  DOI：10.1039/a708608c

  日期：——

  A novel class of nucleic acid analogues, termed LNA (locked nucleic acids), is introduced. Following the Watson–Crick base pairing rules, LNA forms duplexes with complementary DNA and RNA with remarkably increased thermal stabilities and generally improved selectivities.

  一类新型的核酸类似物，被称为LNA（锁定核酸），被引入了。根据Watson-Crick碱基配对规则，LNA与互补的DNA和RNA形成双链，具有显著增加的热稳定性和通常提高的选择性。
• Oligonucleotide analogues
  申请人：Wengel Jesper

  公开号：US20050287566A1

  公开（公告）日：2005-12-29

  The present invention relates to novel bicyclic and tricyclic nucleoside and nucleotide analogues as well as to oligonucleotides comprising such elements. The nucleotide analogues, LNAs (Locked Nucleoside Analogues), are able to provide valuable improvements to oligonucleotides with respect to affinity and specificity towards complementary RNA and DNA oligomers. The novel type of LNA modified oligonucleotides, as well as the LNAs as such, are useful in a wide range of diagnostic applications as well as therapeutic applications. Among these can be mentioned antisense applications, PCR applications, strand displacement oligomers, as substrates for nucleic acid polymerases, as nucleotide based drugs, etc. The present invention also relates to such applications.

  本发明涉及新型的双环和三环核苷酸和核苷酸类似物，以及包含这些元素的寡核苷酸。这些核苷酸类似物，即锁定核苷酸类似物（LNAs），能够为寡核苷酸提供与互补RNA和DNA寡聚物的亲和力和特异性方面的有价值的改进。这种新型的LNA修饰的寡核苷酸以及LNA本身在广泛的诊断应用和治疗应用中非常有用。其中包括反义应用、PCR应用、链置换寡聚物、作为核酸聚合酶的底物、作为基于核苷酸的药物等。本发明还涉及这些应用。
• OLIGONUCLEOTIDE ANALOGUES
  申请人：Wengel Jesper

  公开号：US20100279895A1

  公开（公告）日：2010-11-04

  The present invention relates to novel bicyclic and tricyclic nucleoside and nucleotide analogues as well as to oligonucleotides comprising such elements. The nucleotide analogues, LNAs (Locked Nucleoside Analogues), are able to provide valuable improvements to oligonucleotides with respect to affinity and specificity towards complementary RNA and DNA oligomers. The novel type of LNA modified oligonucleotides, as well as the LNAs as such, are useful in a wide range of diagnostic applications as well as therapeutic applications. Among these can be mentioned antisense applications, PCR applications, strand displacement oligomers, as substrates for nucleic acid polymerases, as nucleotide based drugs, etc. The present invention also relates to such applications.

  本发明涉及新型的双环和三环核苷酸和核苷酸类似物，以及包含这些元素的寡核苷酸。这些核苷酸类似物，即LNAs（锁定核苷酸类似物），能够为寡核苷酸提供与互补RNA和DNA寡聚物相比亲和力和特异性的有价值的改进。这种新型的LNA修饰的寡核苷酸以及LNAs本身在广泛的诊断应用和治疗应用中都有用途。其中可以提到反义应用、PCR应用、链位移寡聚物、作为核酸聚合酶底物、作为核苷酸基药物等。本发明还涉及这些应用。
• Oligonucleotide Analogues
  申请人：WENGEL Jesper

  公开号：US20110245327A1

  公开（公告）日：2011-10-06

  The present invention relates to novel bicyclic and tricyclic nucleoside and nucleotide analogues as well as to oligonucleotides comprising such elements. The nucleotide analogues, LNAs ( L ocked N ucleoside A nalogues), are able to provide valuable improvements to oligonucleotides with respect to affinity and specificity towards complementary RNA and DNA oligomers. The novel type of LNA modified oligonucleotides, as well as the LNAs as such, are useful in a wide range of diagnostic applications as well as therapeutic applications. Among these can be mentioned antisense applications, PCR applications, strand displacement oligomers, as substrates for nucleic acid polymerases, as nucleotide based drugs, etc. The present invention also relates to such applications.

  本发明涉及新型的双环和三环核苷酸和核苷酸类似物，以及包含这些元素的寡核苷酸。核苷酸类似物，即锁定核苷酸类似物（LNAs），能够为寡核苷酸提供有价值的改进，使其对互补的RNA和DNA寡聚体具有更高的亲和力和特异性。这种新型的LNA修饰的寡核苷酸以及LNAs本身在广泛的诊断应用和治疗应用中都很有用。其中包括反义应用、PCR应用、链置换寡聚体、作为核酸聚合酶的底物、作为基于核苷酸的药物等。本发明还涉及这些应用。
• Synthesis of Sugar and Nucleoside Analogs and Evaluation of Their Anticancer and Analgesic Potentials
  作者：Fahad Hussain、Fahad Imtiaz Rahman、Poushali Saha、Atsushi Mikami、Takashi Osawa、Satoshi Obika、S. M. Abdur Rahman

  DOI：10.3390/molecules27113499

  日期：——

  Molecular docking simulations revealed that compounds 2, 7, and 8 had a comparable binding affinity to cyclooxygenase-1 (COX-1) and cyclooxygenase-2 (COX-2) enzymes. Additionally, the bridged nucleoside analogs 7 and 8 potently inhibited adenosine kinase enzyme as well, which indicates an alternate mechanistic pathway behind their anti-nociceptive action. Cytotoxic compound 6 demonstrated strong docking

  糖和核苷的化学修饰在生产具有更高选择性和功效的化合物方面有着悠久的历史。在这项研究中，由 α- d-葡萄糖通过总共 21 个步骤合成了几种修饰糖 (2-3 )和核糖核苷类似物 ( 4-8 ) 。在乙酸诱导的小鼠扭体试验中测试了化合物的外周抗伤害特性，其中化合物2、7和8显示扭伤次数分别显着减少了 56%、62% 和 63%。还通过台盼蓝染料排除试验和细胞计数试剂盒 8 (CCK-8) 测定法测试了这些化合物对人 HeLa 细胞系的细胞毒性潜力。化合物6表现出显着的细胞毒活性，IC 50值为 54 µg/mL。分子对接模拟显示化合物2、7和8对环氧合酶 1 ( COX-1) 和环氧合酶 2 (COX-2) 酶具有相当的结合亲和力。此外，桥接核苷类似物7和8也有效抑制腺苷激酶，这表明其抗伤害作用背后的替代机制途径。细胞毒性化合物6与抗癌药物靶点人胞苷脱氨酶、原癌基因酪氨酸蛋白激酶 Src、人胸苷激酶