(2S,3S,5R)-3-[(tert-butyl-dimethylsilyl)oxy]-5-(2,4-dioxo-3H-pyrimidin-1-yl)oxolane-2-carbaldehyde | 139887-97-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: (2S,3S,5R)-3-[(tert-butyl-dimethylsilyl)oxy]-5-(2,4-dioxo-3H-pyrimidin-1-yl)oxolane-2-carbaldehyde
• 英文别名: (2S,3S,5R)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolane-2-carbaldehyde
• CAS: 139887-97-1
• 化学式: C₁₅H₂₄N₂O₅Si
• 分子量: 340.451
• InChiKey: PKHHNQZFUQYHHY-DMDPSCGWSA-N

物化性质

• 密度：
  1.18±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.41
• 重原子数：
  23.0
• 可旋转键数：
  4.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  90.39
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  6.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (2S,3S,5R)-3-[(tert-butyl-dimethylsilyl)oxy]-5-(2,4-dioxo-3H-pyrimidin-1-yl)oxolane-2-carbaldehyde 在 (Z,Z)-cycloocta-1,5-diene(S,S-1,2-bis(2,5-dimethylphospholanyl)benzene)rhodium(I) tetrafluoroborate 、 1,4-环己二烯 、 氢气 、 钯 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 异丙醇 为溶剂， -87.0~20.0 ℃ 、100.0 kPa 条件下， 反应 117.17h， 生成
  参考文献：
  名称：

  Muraymycin 核苷抗生素：核苷单位变异的构效关系

  摘要：

  Muraymycins 是天然存在的核苷类抗生素的一个亚类，具有良好的抗菌活性。它们抑制细菌酶转位酶 I (MraY)，这是一种临床上尚未开发的靶标，介导细菌肽聚糖生物合成的重要细胞内步骤。已经合成了几种结构简化的 muraymycin 类似物用于构效关系 (SAR) 研究。我们现在报告在核苷单元中具有前所未有变化的新型衍生物。为了合成这些新的 muraymycin 类似物，我们采用了一种促进不同核苷氨基酸基序引入的双向方法。这还包括胸苷和 5-氟尿苷衍生的核苷核心结构。使用体外检测 MraY 活性，发现在嘧啶核碱基的 5 位引入取代基导致对 MraY 的抑制活性显着丧失。核碱基芳香性的丧失（通过尿嘧啶 C5-C6 双键的还原）导致约。抑制效力降低十倍。相比之下，2'-羟基的去除提供了保留的活性，因此证明核糖部分的修饰可能具有良好的耐受性。总体而言，这些新的 SAR 见解将指导新型 muraymycin

  DOI：

  10.3390/molecules25010022
• 作为产物：
  描述：

  叔丁基二甲基氯硅烷 在 吡啶 、 咪唑 、 乙酰氯 、 2-碘酰基苯甲酸 作用下， 以 甲醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 37.0h， 生成 (2S,3S,5R)-3-[(tert-butyl-dimethylsilyl)oxy]-5-(2,4-dioxo-3H-pyrimidin-1-yl)oxolane-2-carbaldehyde
  参考文献：
  名称：

  Muraymycin 核苷抗生素：核苷单位变异的构效关系

  摘要：

  Muraymycins 是天然存在的核苷类抗生素的一个亚类，具有良好的抗菌活性。它们抑制细菌酶转位酶 I (MraY)，这是一种临床上尚未开发的靶标，介导细菌肽聚糖生物合成的重要细胞内步骤。已经合成了几种结构简化的 muraymycin 类似物用于构效关系 (SAR) 研究。我们现在报告在核苷单元中具有前所未有变化的新型衍生物。为了合成这些新的 muraymycin 类似物，我们采用了一种促进不同核苷氨基酸基序引入的双向方法。这还包括胸苷和 5-氟尿苷衍生的核苷核心结构。使用体外检测 MraY 活性，发现在嘧啶核碱基的 5 位引入取代基导致对 MraY 的抑制活性显着丧失。核碱基芳香性的丧失（通过尿嘧啶 C5-C6 双键的还原）导致约。抑制效力降低十倍。相比之下，2'-羟基的去除提供了保留的活性，因此证明核糖部分的修饰可能具有良好的耐受性。总体而言，这些新的 SAR 见解将指导新型 muraymycin

  DOI：

  10.3390/molecules25010022

文献信息

• SUBSTITUTED NUCLEOSIDES, NUCLEOTIDES AND ANALOGS THEREOF
  申请人：ALIOS BIOPHARMA, INC.

  公开号：US20150366888A1

  公开（公告）日：2015-12-24

  Disclosed herein are nucleosides, nucleotides and nucleotide analogs, methods of synthesizing the same and methods of treating diseases and/or conditions such as a Coronaviridae virus, a Togaviridae virus, a Hepeviridae virus and/or a Bunyaviridae virus infection with one or more nucleosides, nucleotides and nucleotide analogs.

  本文披露了核苷、核苷酸和核苷酸类似物，其合成方法以及利用一个或多个核苷、核苷酸和核苷酸类似物治疗冠状病毒科病毒、托加病毒科病毒、肝炎病毒科病毒和/或布尼亚病毒科病毒感染的方法。
• Structural Basis of Duplex Thermodynamic Stability and Enhanced Nuclease Resistance of 5′-<i>C</i>-Methyl Pyrimidine-Modified Oligonucleotides
  作者：Alexander V. Kel′in、Ivan Zlatev、Joel Harp、Muthusamy Jayaraman、Anna Bisbe、Jonathan O′Shea、Nate Taneja、Rajar M. Manoharan、Saeed Khan、Klaus Charisse、Martin A. Maier、Martin Egli、Kallanthottathil G. Rajeev、Muthiah Manoharan

  DOI：10.1021/acs.joc.5b02375

  日期：2016.3.18

  phosphodiesterase resulted from modification of the 3′-end of an ON with either (R)- or (S)-C5′-Me nucleotides. The (S)-isomers with different 2′-substituents provided greater resistance against 3′-exonucleases than the corresponding (R)-isomers. Crystal structure analyses of RNA octamers with (R)- or (S)-5′-C-methyl-2′-deoxy-2′-fluorouridine [(R)- or (S)-C5′-Me-2′-FU, respectively] revealed that the

  尽管明智地使用化学修饰有助于核酸疗法的成功，但是较差的系统稳定性仍然是主要障碍。在磷酸骨架周围引入官能团可以增强寡核苷酸（ON）的核酸酶抗性。在这里，我们报告对映体纯（R）-和（S）-5'- C-甲基（C5'-Me）取代的核苷的合成及其掺入ONs中。这些修饰通常导致寡核苷酸（ON）双链体的热稳定性降低，其方式取决于C5'处的立体构型，且（R）-词首。由于用（R）-或（S）-C5'-Me核苷酸修饰ON的3'端，导致抗蛇毒磷酸二酯酶的稳定性增强。具有不同2'-取代基的（S）-异构体比相应的（R）-异构体对3'-核酸外切酶具有更大的抵抗力。具有（R）-或（S）-5'- C-甲基-2'-脱氧2'-氟尿苷[（R）-或（S）-C5'-Me-2'-FU]]分别表明，C5'-Me的立体化学取向和由烷基取代产生的空间效应是热稳定性的主要决定因素，并且可能是抗药性的分子起源。核酸酶。X射线和NMR结构分析表明
• Synthesis of 5-Substituted 2′-Deoxyuridine-5′- Phosphonate Analogues and Evaluation of their Antiviral Activity
  作者：Sara Van Poecke、Davy Sinnaeve、José C. Martins、Jan Balzarini、Serge Van Calenbergh

  DOI：10.1080/15257770.2012.654876

  日期：2012.3

  A small series of 5-(hetero)aryl-modified nucleoside phosphonates was synthesized via an 8-step procedure including a Wittig reaction and Suzuki–Miyaura coupling. An unanticipated anomerization during phosphonate deprotection allowed us to isolate both anomers of the 5-substituted 2′-deoxy-uridine phosphonates and assess their antiviral activity against a broad panel of viruses.

  通过5-步骤（包括Wittig反应和Suzuki-Miyaura偶联）的一小步步骤，合成了少量的5-（杂）芳基修饰的核苷膦酸酯。膦酸酯去保护过程中出乎意料的异化反应使我们能够分离5位取代的2'-脱氧尿苷膦酸酯的两种异构体，并评估它们对多种病毒的抗病毒活性。
• Demethylation of dimethyl phosphonate esters with sodium ethanethiolate: Improved synthesis of 5′-methylene substituted 2′,5′-deoxyribonucleotides
  作者：Nan-Sheng Li、Joseph A. Piccirilli、Geoffrey L. Greene

  DOI：10.1080/15257770.2023.2166064

  日期：——

  phosphonate esters using sodium ethanethiolate. The new procedure allows demethylation of nucleoside dimethyl phosphonate esters without 1′-α-anomerization, providing an improved synthesis of 5′-methylene substituted 2′,5′-deoxynucleotides.

  抽象的 我们描述了一种使用乙硫醇钠对二甲基膦酸酯进行去甲基化的新方法。新程序允许核苷二甲基膦酸酯去甲基化，而无需 1'-α-异头化，从而改进 5'-亚甲基取代的 2',5'-脱氧核苷酸的合成。
• Synthesis of 4′-cyanothymidine and analogs as potent inhibitors of HIV.
  作者：Counde O-Yang、Helen Y. Wu、Elizabeth B. Fraser-Smith、Keith A.M. Walker

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)77667-2

  日期：1992.1

  4'-Cyanothymidine inhibits HIV in A301 (Alex) cells with an IC50 of 0.002-mu-M. The uridine and cytidine analogs show similar potencies.