3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine | 76223-05-7

• 物质功能分类: 生物化工 - 核苷类药物 - 核苷中间体
• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine
• 英文别名: 1-[4-(tert-Butyl-dimethyl-silanyloxy)-5-hydroxymethyl-tetrahydro-furan-2-yl]-1H-pyrimidine-2,4-dione；1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 76223-05-7
• 化学式: C₁₅H₂₆N₂O₅Si
• 分子量: 342.467
• InChiKey: CYEAJMJUHMELTK-DMDPSCGWSA-N

物化性质

• 熔点：
  205-207 °C
• 密度：
  1.19±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.21
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.73
• 拓扑面积：
  88.1
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

上下游信息

• 上游原料

  中文名称	英文名称	CAS号	化学式	分子量
  ——	3',5'-O-di(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine	64911-18-8	C21H40N2O5Si2	456.73
  ——	5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine	76223-04-6	C15H26N2O5Si	342.467
  ——	1-[4-(tert-Butyl-dimethyl-silanyloxy)-5-trityloxymethyl-tetrahydro-furan-2-yl]-1H-pyrimidine-2,4-dione	859206-64-7	C34H40N2O5Si	584.788
  2-脱氧尿苷	2'-Deoxyuridine	951-78-0	C9H12N2O5	228.205
  ——	1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenyl-methoxy]methyl]-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-tetrahydrofuran-2-yl]pyrimidine-2,4-dione	113051-53-9	C36H44N2O7Si	644.84
  ——	5'-O-Benzoyl-2'-desoxy-β-D-ribofuranosyluracil	123606-62-2	C16H16N2O6	332.313
  5'-O-三苯甲基-2'-脱氧尿苷	O5'-trityl-2'-deoxy-uridine	14270-73-6	C28H26N2O5	470.525
  保护-2'-脱氧尿苷	DMT-dU	23669-79-6	C30H30N2O7	530.577

• 下游产品

  中文名称	英文名称	CAS号	化学式	分子量
  ——	TBDMS(-3)[prop-2-ynyl(-5)]2-deoxy-D-eryPenf(b)-uracil-1-yl	1209493-81-1	C18H28N2O5Si	380.516
  ——	2'-deoxy-3'-O-t-butyldimethylsilyl-4'-hydroxymethyluridine	139888-00-9	C16H28N2O6Si	372.494
  ——	Sulfamic acid 3-(tert-butyl-dimethyl-silanyloxy)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-2-ylmethyl ester	864948-98-1	C15H27N3O7SSi	421.547
  ——	Phosphoric acid 3-(tert-butyl-dimethyl-silanyloxy)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-2-ylmethyl ester diethyl ester	864948-95-8	C19H35N2O8PSi	478.555
  ——	{3-[(tert-butyldimethylsilyl)oxy]-5-(2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl}methyl N-sulfamoylcarbamate	864948-97-0	C16H28N4O8SSi	464.572
  ——	1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(prop-2-ynoxymethyl)oxolan-2-yl]-3-prop-2-ynylpyrimidine-2,4-dione	1209493-83-3	C21H30N2O5Si	418.565
  ——	Phosphoric acid (2R,3S,5R)-3-(tert-butyl-dimethyl-silanyloxy)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-2-ylmethyl ester diphenyl ester	864948-94-7	C27H35N2O8PSi	574.643
  ——	1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[[2-chloroethyl(methyl)amino]-(3,4-dihydroxybutoxy)phosphoryl]oxymethyl]oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione	1054646-91-1	C22H41ClN3O9PSi	586.094
  ——	5'-O-acetyl-2'-deoxyuridine	118725-82-9	C11H14N2O6	270.242
  ——	3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxy-5'-uridyl 2-(2,2-dimethyl-1,3-dioxolan-4-yl)ethyl N-methyl-N-(2-bromoethyl)phosphoramidate	150756-58-4	C25H45BrN3O9PSi	670.61

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine 在 戴斯-马丁氧化剂 、 碳酸氢钠 、 sodium thiosulfate 作用下， 以 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 反应 6.33h， 生成 2’,5’-dideoxy-3’-O-[(1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl]-5’-oxouridine
  参考文献：
  名称：

  5'- C-甲基嘧啶修饰的寡核苷酸的双链热力学稳定性和增强的核酸酶抗性的结构基础

  摘要：

  尽管明智地使用化学修饰有助于核酸疗法的成功，但是较差的系统稳定性仍然是主要障碍。在磷酸骨架周围引入官能团可以增强寡核苷酸（ON）的核酸酶抗性。在这里，我们报告对映体纯（R）-和（S）-5'- C-甲基（C5'-Me）取代的核苷的合成及其掺入ONs中。这些修饰通常导致寡核苷酸（ON）双链体的热稳定性降低，其方式取决于C5'处的立体构型，且（R）-词首。由于用（R）-或（S）-C5'-Me核苷酸修饰ON的3'端，导致抗蛇毒磷酸二酯酶的稳定性增强。具有不同2'-取代基的（S）-异构体比相应的（R）-异构体对3'-核酸外切酶具有更大的抵抗力。具有（R）-或（S）-5'- C-甲基-2'-脱氧2'-氟尿苷[（R）-或（S）-C5'-Me-2'-FU]]分别表明，C5'-Me的立体化学取向和由烷基取代产生的空间效应是热稳定性的主要决定因素，并且可能是抗药性的分子起源。核酸酶。X射线和NMR结构分析表明

  DOI：

  10.1021/acs.joc.5b02375
• 作为产物：
  描述：

  保护-2'-脱氧尿苷 在 咪唑 、 溶剂黄146 作用下， 以 二甲基亚砜 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of 4′-cyanothymidine and analogs as potent inhibitors of HIV.

  摘要：

  4'-Cyanothymidine inhibits HIV in A301 (Alex) cells with an IC50 of 0.002-mu-M. The uridine and cytidine analogs show similar potencies.

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)77667-2

文献信息

• SUBSTITUTED NUCLEOSIDES, NUCLEOTIDES AND ANALOGS THEREOF
  申请人：ALIOS BIOPHARMA, INC.

  公开号：US20150366888A1

  公开（公告）日：2015-12-24

  Disclosed herein are nucleosides, nucleotides and nucleotide analogs, methods of synthesizing the same and methods of treating diseases and/or conditions such as a Coronaviridae virus, a Togaviridae virus, a Hepeviridae virus and/or a Bunyaviridae virus infection with one or more nucleosides, nucleotides and nucleotide analogs.

  本文披露了核苷、核苷酸和核苷酸类似物，其合成方法以及利用一个或多个核苷、核苷酸和核苷酸类似物治疗冠状病毒科病毒、托加病毒科病毒、肝炎病毒科病毒和/或布尼亚病毒科病毒感染的方法。
• Deoxyuridine Triphosphate Nucleotidohydrolase as a Potential Antiparasitic Drug Target
  作者：Corinne Nguyen、Ganasan Kasinathan、Isabel Leal-Cortijo、Alexander Musso-Buendia、Marcel Kaiser、Reto Brun、Luis M. Ruiz-Pérez、Nils G. Johansson、Dolores González-Pacanowska、Ian H. Gilbert

  DOI：10.1021/jm050111e

  日期：2005.9.1

  small-molecule inhibitors of the enzyme deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase (dUTPase) from parasitic protozoa. The successful synthesis of a variety of analogues of dUMP is described in which the substituents are introduced at the 3'- and 5'-positions, together with variation in the heteroatom at the 5'-position. The compounds were assayed against recombinant Plasmodium falciparum and Leishmania

  本文介绍了一项结构活性研究，旨在从寄生虫原生动物中鉴定出新型的小分子脱氧尿苷酶5'-三磷酸核苷酸水解酶（dUTPase）抑制剂。描述了dUMP的各种类似物的成功合成，其中在3'-和5'-位引入取代基，以及在5'-位杂原子的变化。对化合物进行了针对重组恶性疟原虫和利什曼原虫主要酶和人类酶的测定，以提供选择性的量度。还针对体外完整的寄生虫恶性疟原虫和多杀利什曼原虫对化合物进行了体外测试。已鉴定出许多恶性疟原虫dUTPase的有效和选择性抑制剂，这些抑制剂表现出类似药物的特性并代表了未来发展的良好线索。最好的抑制剂包括化合物5'-三苯甲基氨基-2'，5'-二脱氧尿苷（2j）（Ki = 0.2 microM）和5'-O-三苯基甲硅烷基-2'，3'-二氢氢化-2'，3'-二脱氧尿苷（5h）（Ki = 1.3 microM），与人类酶相比，选择性大于200倍。确定了对抗疟原虫活性重要的结构特征。在体外
• Phosphoramidate analogs of 2'-deoxyuridine
  申请人：University of Rochester

  公开号：US05233031A1

  公开（公告）日：1993-08-03

  The present invention provides a series of cytotoxic phosphoramidate analogs of 5-fluoro-2'-deoxyuridine of the general formula (I): ##STR1## wherein R.sup.1 is H, F or (C.sub.1 -C.sub.4)alkyl; R.sup.2 is CH.sub.2 CH.sub.2 X wherein X is Cl, Br, I or p-toluenesulfonyl; R.sup.3 is (C.sub.1 -C.sub.4)alkyl or CH.sub.2 CH.sub.2 X wherein X is Cl, Br, I or p-toluenesulfonyl; or wherein R.sup.2 and R.sup.3, taken together with the N atom, can be a 5- or 6-membered heterocyclic ring which is aliphatic or aliphatic interrupted by a ring oxygen or a second ring nitrogen; R.sup.4 is H, one equivalent of a pharmaceutically-acceptable cation or (4,4,6-trimethyltetrahydro-1,3-oxazin-2-yl)ethyl, and the pharmaceutically-acceptable salts thereof.

  本发明提供了一系列细胞毒性的5-氟-2'-脱氧尿嘧啶的磷酰胺类似物，其一般式为(I)：##STR1##其中R.sup.1为H，F或(C.sub.1 -C.sub.4)烷基；R.sup.2为CH.sub.2 CH.sub.2 X，其中X为Cl，Br，I或对甲苯磺酰基；R.sup.3为(C.sub.1 -C.sub.4)烷基或CH.sub.2 CH.sub.2 X，其中X为Cl，Br，I或对甲苯磺酰基；或其中R.sup.2和R.sup.3，与N原子一起，可以是一个5-或6-成员杂环，其为脂肪族的或被一个环氧原子或第二个环氮原子中断的脂肪族；R.sup.4为H，一个等效的药用阳离子或(4,4,6-三甲基四氢-1,3-噁唑啉-2-基)乙基，以及其药用盐。
• [EN] SUBSTITUTED NUCLEOSIDES, NUCLEOTIDES AND ANALOGS THEREOF<br/>[FR] NUCLÉOSIDES SUBSTITUÉS, NUCLÉOTIDES ET ANALOGUES DE CEUX-CI
  申请人：ALIOS BIOPHARMA INC

  公开号：WO2016100569A1

  公开（公告）日：2016-06-23

  Disclosed herein are nucleosides, nucleotides and nucleotide analogs, methods of synthesizing the same and methods of treating diseases and/or conditions such as a Picornavirus infection with one or more nucleosides, nucleotides and nucleotide analogs.

  本文披露了核苷、核苷酸和核苷酸类似物，其合成方法以及利用一个或多个核苷、核苷酸和核苷酸类似物治疗如小核糖核酸病毒感染等疾病和/或症状的方法。
• Synthesis and Biochemical Evaluation of Phosphonoformate Oligodeoxyribonucleotides
  作者：Christina M. Yamada、Douglas J. Dellinger、Marvin H. Caruthers

  DOI：10.1021/ja060112b

  日期：2006.4.1

  acid linker. Synthons were sequentially added to this support using tetrazole as an activator, oxidized to phosphonoformate, and the transient 5'-protecting group was removed with acid. Following total synthesis of an oligomer, protecting groups were removed with TEMED.HF and products purified by HPLC. These analogues were resistant to nucleases, formed duplexes with complementary RNA (A-form), and,

  膦甲酸寡脱氧核糖核苷酸是通过固相合成策略制备的。制备合适的合成子的第一步是在金属钠存在下将双（N，N-二异丙基氨基）膦和氯甲酸二苯基甲基甲硅烷基乙酯缩合，得到甲酸，[双（N，N-二异丙基氨基）膦基]-β-（二苯基甲基甲硅烷基乙基）酯。然后使用4,5-二氰基咪唑将该反应的产物与适当保护的2'-脱氧核苷缩合以产生3'-O-亚膦酰胺反应性单体。胞嘧啶、腺嘌呤和鸟嘌呤的环外胺用 9-芴基甲氧羰基保护，并使用氢醌-O，O'-二乙酸接头在受控孔玻璃上合成寡脱氧核糖核苷酸。使用四唑作为活化剂，将合成子依次添加到该载体中，氧化成膦甲酸酯，并用酸去除瞬时 5'-保护基团。在低聚物全合成后，用TEMED.HF去除保护基团并通过HPLC纯化产物。这些类似物对核酸酶具有抗性，与互补 RNA（A 型）形成双链体，并且作为在选定位点含有磷酸盐的嵌合寡聚体，刺激了 RNase H1 活性。