benzyl (S)-2-(dibenzylamino)-5-hydroxypentanoate | 850209-98-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: benzyl (S)-2-(dibenzylamino)-5-hydroxypentanoate
• 英文别名: benzyl (2S)-2-(dibenzylamino)-5-hydroxypentanoate
• CAS: 850209-98-2
• 化学式: C₂₆H₂₉NO₃
• 分子量: 403.521
• InChiKey: FLHNNBIEYWIONI-VWLOTQADSA-N

物化性质

• 沸点：
  538.0±50.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.148±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.7
• 重原子数：
  30
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  49.8
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  benzyl (S)-2-(dibenzylamino)-5-hydroxypentanoate 在 palladium dihydroxide 盐酸 、 草酰氯 、 氢气 、 二甲基亚砜 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 lithium chloride 、 lithium hexamethyldisilazane 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 乙酸乙酯 、 乙腈 为溶剂， -78.0~20.0 ℃ 、607.95 kPa 条件下， 反应 96.83h， 生成 (2S)-2-氨基-8-氧代癸酸
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of 2-Amino-8-oxodecanoic Acids (Aodas) Present in Natural Hystone Deacetylase Inhibitors

  摘要：

  Differently substituted 2-amino-8-oxodecanoic acids (Aodas), present in naturally occurring inhibitors of hystone deacetylase (HDAC), have been prepared using a convergent approach. The configuration in position 2 was derived from enantiomerically pure allylglycine or glutamic acid, whereas the stereochemistry of the substituent in position 9 derived from lactic acid or glyceraldehyde derivatives. Starting from allylglycine, (S)-Aodas, protected at the nitrogen as Boc or Fmoc, were obtained in four steps in about 30% overall yield. These products have been used to prepare a simplified analogue of a natural cyclic tetrapeptide HDAC inhibitor by SPPS.

  DOI：

  10.1021/jo0518250
• 作为产物：
  描述：

  L-谷氨酸 在 二异丁基氢化铝 、 potassium carbonate 、 sodium iodide 、 sodium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 正庚烷 、 水 为溶剂， 反应 0.5h， 生成 benzyl (S)-2-(dibenzylamino)-5-hydroxypentanoate
  参考文献：
  名称：

  基于机制的人类Sirtuin 5脱酰基酶的抑制剂：结构与活性的关系，生物结构和动力学的见解。

  摘要：

  sirtuin酶在各种生化环境中是重要的调节性去酰基化酶，因此可能通过小分子的激活或抑制而成为潜在的治疗靶标。在这里，我们描述了迄今为止报道的最有效的sirtuin 5（SIRT5）抑制剂的发现。通过解决与人类和斑马鱼SIRT5复杂的选定抑制剂的共晶体结构，我们提供了结合模式的合理化方法，这为进一步优化具有更多“类药物”性质的抑制剂提供了见识。重要的是，酶动力学评估显示出缓慢，紧密的抑制机制，这对于SIRT5而言是前所未有的。当将抑制剂应用于生物学探测机制时，这是重要的信息。

  DOI：

  10.1002/anie.201709050

文献信息

• Photo Cross‐Linking Probes Containing ϵ‐ <i>N</i> ‐Thioacyllysine and ϵ‐ <i>N</i> ‐Acyl‐(δ‐aza)lysine Residues
  作者：Michael Bæk、Pablo Martín‐Gago、Jonas S. Laursen、Julie L. H. Madsen、Saswati Chakladar、Christian A. Olsen

  DOI：10.1002/chem.201905338

  日期：2020.3.23

  functionalization of the covalent adducts were systematically optimized by applying fluorophore labeling and gel electrophoresis (in-gel fluorescence measurements). Finally, selected probes, containing the ϵ-N-glutaryllysine and ϵ-N-myristoyllysine analogues, were successfully applied for the enrichment of native, endogenous proteins from cell lysate, recapitulating the expected interactions of SIRT5 and SIRT2,

  翻译后修饰 (PTM) 对于蛋白质功能、运输、定位和降解标记的调节非常重要。这项工作描述了基于肽活性/亲和力的探针的开发，用于发现识别蛋白质组中赖氨酸残基上新型基于酰基的 PTM 的蛋白质。通过引入酰肼或硫代酰胺官能团，探针含有ε-N-酰基赖氨酸的替代物，以避免实验过程中修饰的水解。除了修饰的 PTM 之外，还分析了开发的化学型对肽序列的影响。通过应用荧光团标记和凝胶电泳（凝胶内荧光测量）系统地优化光交联条件和随后的共价加合物的官能化。最后，选定的含有 ϵ-N-戊二酰赖氨酸和 ε-N-肉豆蔻酰赖氨酸类似物的探针，成功应用于从细胞裂解物中富集天然内源蛋白，分别概括了 SIRT5 和 SIRT2 的预期相互作用。有趣的是，提到的后者能够拉下 SIRT2 的两种不同的剪接变体，这是以前用共价探针无法实现的。基于这项精心设计的概念验证研究，我们预计该技术将在未来将新型 PTM 与细胞中靶向它们的蛋白质配对方面具有广泛的应用。
• A Simple Procedure for the Transformation of<scp>l</scp>-Glutamic Acid into the Corresponding γ-Aldehyde
  作者：Maurizio Taddei、Manuela Rodriquez

  DOI：10.1055/s-2004-834865

  日期：——

  2-Dibenzylamino-5-oxopentanoic acid benzyl ester has been obtained in good yields by complete benzylation of L -glutamic acidin NaOH and Na 2 CO 3 , selective reduction of the g-ester into alcohol with DIBAL and further transformation into aldehyde using Swernoxidation. The overall three-step procedure from Glu gave aldehyde in 49% yield. Key words: aldehydes, amino acids, reductions, oxidations, protecting

  摘 要：将 L-谷氨酸在 NaOH 和 Na 2 CO 3 中完全苄基化，用 DIBAL 将 g-酯选择性还原为醇，再利用氧化。来自 Glu 的整个三步程序以 49% 的收率得到醛。关键词：醛类、氨基酸、还原、氧化、保护基团 自然界中存在许多具有光学活性的α-氨基酸，是多种具有重要生物活性的产物的组成部分。此外，药物和有机化学家使用几种修饰的非天然氨基酸来影响肽和其他相关分子的活性。1,2 即使不断发现极好的不对称合成，3 将简单编码的氨基酸转化为更复杂的化合物仍然是获得“外来”结构的有吸引力的途径。L-谷氨酸是一种潜在有价值的结构单元，前提是两个羧基可以区分。谷氨酸g-醛是用于合成多功能醛官能团的侧链的关键中间体。为了分离这种醛，NH 的两个氢原子
• Identification of SNAIL1 Peptide-Based Irreversible Lysine-Specific Demethylase 1-Selective Inactivators
  作者：Yukihiro Itoh、Keisuke Aihara、Paolo Mellini、Toshifumi Tojo、Yosuke Ota、Hiroki Tsumoto、Viswas Raja Solomon、Peng Zhan、Miki Suzuki、Daisuke Ogasawara、Akira Shigenaga、Tsubasa Inokuma、Hidehiko Nakagawa、Naoki Miyata、Tamio Mizukami、Akira Otaka、Takayoshi Suzuki

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.5b01323

  日期：2016.2.25

  propargyl amine, hydrazine, or phenylcyclopropane moiety. Among them, peptide 3, bearing hydrazine, displayed the most potent LSD1-inhibitory activity in enzyme assays. Kinetic study and mass spectrometric analysis indicated that peptide 3 is a mechanism-based LSD1 inhibitor. Furthermore, peptides 37 and 38, which consist of cell-membrane-permeable oligoarginine conjugated with peptide 3, induced a

  赖氨酸特异性脱甲基酶1（LSD1），一种黄素依赖性组蛋白脱甲基酶的抑制作用，最近已成为治疗癌症和其他疾病的新策略。LSD1与SNAIL1物理相互作用，SNAIL1是SNAIL / SCRATCH转录因子家族的成员。这项研究描述了基于SNAIL1肽的LSD1灭活剂的发现。我们设计并制备了带有炔丙基胺，肼或苯基环丙烷部分的SNAIL1肽。其中，带有肼的肽3在酶法测定中显示出最有效的LSD1抑制活性。动力学研究和质谱分析表明，肽3是一种基于机理的LSD1抑制剂。此外，肽37和38由与肽3结合的可透过细胞膜的寡精氨酸组成，可诱导HeLa细胞中组蛋白H3的二甲基化Lys4剂量依赖性增加，这表明它们很可能在细胞内表现出LSD1抑制活性。另外，肽37降低了HeLa细胞的活力。我们相信，这种针对LSD1的新方法为开发LSD1的有效选择性抑制剂和生物探针提供了基础。
• Comparative Analysis of Small Molecules and Histone Substrate Analogues as LSD1 Lysine Demethylase Inhibitors
  作者：Jeffrey C. Culhane、Dongqing Wang、Paul M. Yen、Philip A. Cole

  DOI：10.1021/ja909996p

  日期：2010.3.10

  inhibition, herein we further our analysis of warheads in peptide scaffolds to include the chlorovinyl, endo-cyclopropylamine, and hydrazine-functionalities as LSD1 inactivators. We find that chlorovinyl-H3 is a mechanism-based LSD1 inactivator whereas endo-cyclopropylamine-H3 does not show time-dependent inactivation. The hydrazine-H3 was shown to be the most potent LSD1 suicide inhibitor yet reported

  LSD1 是一种黄素依赖性组蛋白去甲基化酶，可氧化去除组蛋白 H3 的 Lys-4 中的甲基。LSD1 属于胺氧化酶超家族，它利用分子氧将胺转化为亚胺，然后水解裂解为甲醛。在先前的研究中，已经表明单胺氧化酶抑制支架如炔丙胺和环丙胺可以作为 LSD1 的基于机制的灭活剂。炔丙胺-组蛋白 H3 肽类似物是有效的 LSD1 抑制剂，而小分子抗抑郁药 MAO 炔类抑制剂如 pargyline 不抑制 LSD1。相比之下，小分子 MAO 环丙胺抑制剂反苯环丙胺是一种时间依赖性 LSD1 抑制剂，但外环丙胺肽底物类似物不是。为了进一步了解 LSD1 抑制中小分子与肽的关系，本文进一步分析了肽支架中的弹头，将氯乙烯、内环丙胺和肼官能团作为 LSD1 灭活剂。我们发现氯乙烯基-H3 是一种基于机制的 LSD1 灭活剂，而内环丙胺-H3 不显示时间依赖性灭活。肼-H3 被证明是迄今为止报道的最有效的 LSD1
• A new approach to the C28 fatty acid chain of the marine natural products schulzeines B and C: a concise diastereoselective total synthesis of(−)-schulzeine B
  作者：Chao Yang、Yu-Hui Bao、Pan Liang、Jian-Liang Ye、Ai-E. Wang、Pei-Qiang Huang

  DOI：10.1016/j.tet.2011.06.023

  日期：2011.8

  the marine natural products schulzeines B and C was established based on the l-tartaric acid derived C4 chiron 11 via successive 1,4-bis-chain elongation reactions and catalytic asymmetric hydrogenation. The chiral tricyclic core 8 was constructed via a diastereoselective Pictet–Spengler cyclization reaction (dr = 89:11) of the l-glutamic acid derived precursor 13. On this basis, a concise total synthesis

  基于1-酒石酸衍生的C 4 chiron 11，通过连续的1，4-双链延长反应和催化不对称氢化作用，建立了对海洋天然产物舒尔西汀B和C的C 28脂肪酸链的对映选择性方法。手性三环核芯8是通过l-谷氨酸衍生的前体13的非对映选择性Pictet-Spengler环化反应（dr  = 89:11）构建的。在此基础上，公开了简明的（-）-舒尔西汀B（5）的全合成。