8-bromo-3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-O⁶-(2-(trimethylsilyl)ethyl)-2'-deoxyguanosine | 1216847-20-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 8-bromo-3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-O⁶-(2-(trimethylsilyl)ethyl)-2'-deoxyguanosine
• 英文别名: 8-bromo-3′,5′-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-6-O-(trimethylsilylethyl)-2′-deoxyguanosine；8-bromo-3′,5′-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-O⁶-(trimethylsilylethyl)-2′-deoxyguanosine；8-bromo-9-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-6-(2-trimethylsilylethoxy)purin-2-amine
• CAS: 1216847-20-9
• 化学式: C₂₇H₅₂BrN₅O₄Si₃
• 分子量: 674.901
• InChiKey: HQKTYMYIIUTMCH-XUVXKRRUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.59
• 重原子数：
  40
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.81
• 拓扑面积：
  107
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  8-bromo-3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-O⁶-(2-(trimethylsilyl)ethyl)-2'-deoxyguanosine 在 盐酸 、 bis-triphenylphosphine-palladium(II) chloride 、 copper(l) iodide 、 四丁基氟化铵 、 potassium carbonate 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 19.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  固相DNA寡聚化的配有互补碱基的亚磷酰胺单体的合成。

  摘要：

  我们描述了两个单体的制备，该单体在边缘带有互补的碱基（鸟嘌呤2'-脱氧胞苷和2-氨基腺嘌呤-2'-脱氧尿苷），并且可以方便地保护和活化以进行固相自动DNA合成。我们报告了优化的合成途径，导致涉及的四个核碱基衍生物，它们交叉偶联反应成含二核碱基的单体，以及它们在DNA合成仪中的低聚。

  DOI：

  10.1021/acs.orglett.9b03801
• 作为产物：
  描述：

  2'-脱氧鸟苷 在 咪唑 、 N-溴代丁二酰亚胺(NBS) 、 三苯基膦 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 24.92h， 生成 8-bromo-3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-O⁶-(2-(trimethylsilyl)ethyl)-2'-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  丙炔化嘌呤脱氧核苷：荧光成像策略的新工具

  摘要：

  生物过程的体内成像是现代细胞生物学的重要资产。这里的选择性反应荧光团是一个重要的工具，点击化学反应在这些事件中占有很大的份额。5-Ethynyl-2'-deoxyuridine (EdU) 以可视化 DNA 复制而闻名，但对掺入 DNA 没有任何选择性。为了实现病毒复制，特别是 HIV 复制的特定可视化，制备了一系列炔丙基化嘌呤脱氧核苷，旨在通过 HIV 逆转录酶 (RT) 选择性掺入。我们在此报告这些核苷类似物的合成和初步生物学效应（细胞毒性、HIV 抑制效应和点击反应的可行性）。

  DOI：

  10.3390/molecules24030468

文献信息

• Influence of Chlorine Substitution on the Hydrolytic Stability of Biaryl Ether Nucleoside Adducts Produced by Phenolic Toxins
  作者：Michael S. Kuska、Mohadeseh Majdi Yazdi、Aaron A. Witham、Heidi A. Dahlmann、Shana J. Sturla、Stacey D. Wetmore、Richard A. Manderville

  DOI：10.1021/jo401122j

  日期：2013.7.19

  kinetic study is reported for the acid-catalyzed hydrolysis of oxygen (O)-linked biaryl ether 8-2′-deoxyguanosine (dG) adducts produced by phenolic toxins following metabolism into phenoxyl radical intermediates. Strikingly, the reaction rate of hydrolysis at pH 1 decreases as electron-withdrawing chlorine (Cl) substituents are added to the phenoxyl ring. The Hammett plot for hydrolysis at pH 1 shows a linear

  动力学研究报道了由酚类毒素代谢成苯氧基自由基中间体后，由氧（O）连接的联芳基醚8-2'-脱氧鸟苷（dG）加合物的酸催化水解。令人惊讶的是，随着吸电子的氯（Cl）取代基被添加到苯氧基环中，在pH 1下的水解反应速率降低。在pH哈米特情节进行水解1示出了具有ρ的线性负斜率X = -0.65，这意味着增加氯取代通过降低Ñ减少水解速率7碱度。分光光度滴定法可提供N 7 H + p K a未取代的加合物8-苯氧基-dG（Ph-O-dG）的数值为1.1。模型吡啶化合物表明，对于4-Cl-Ph-O-dG和2,6-二氯-Ph-O-dG（DCP-O-dG），N 7 H + p K a值分别为0.92和0.37。密度泛函理论（DFT）的计算也突出了8-苯氧基取代基降低N 7碱性的能力，并预测了水中高度氯化的O-连接的8-dG加合物对N 3-质子化的偏好。这些计算也为O的水解反应性提供了理论依据如电喷雾质谱法（
• Structural Basis for Bulky-Adduct DNA-Lesion Recognition by the Nucleotide Excision Repair Protein Rad14
  作者：Nina Simon、Charlotte Ebert、Sabine Schneider

  DOI：10.1002/chem.201602438

  日期：2016.7.25

  containing the polycyclic, aromatic amine C8‐guanine lesions acetylaminophenyl, acetylaminonaphthyl, acetylaminoanthryl, and acetylaminopyrenyl, as well as their crystal structures in complex with the yeast XPA homologue Rad14. This work further substantiates the indirect lesion‐detection mechanism employed by the NER system that recognises destabilised and deformable DNA structures.

  杂环芳族胺与嘌呤碱基反应，导致庞大的DNA加合物，引起加成突变。这种结构上不同的损伤是核苷酸切除修复（NER）的底物。据认为，NER机械识别并验证了扭曲的DNA构象，还涉及到了干性色素干性皮肤A和C组蛋白（XPA，XPC），它们充当了DNA底物与其他几种NER蛋白之间的支架。在这里，我们介绍了包含多环芳香胺C8-鸟嘌呤损伤的乙酰氨基苯基，乙酰氨基萘，乙酰氨基蒽基和乙酰氨基吡啶基的DNA分子的合成，以及与酵母XPA同源Rad14复合的晶体结构。
• [EN] 8- AND 6,8-SUBSTITUTED-2'-DEOXYGUANOSINES AND USES THEREOF<br/>[FR] 2'-DÉSOXYGUANOSINES 8- ET 6,8-SUBSTITUÉES ET UTILISATIONS DE CELLES-CI
  申请人：UNIV ZUERICH

  公开号：WO2010028781A1

  公开（公告）日：2010-03-18

  The present invention relates to new 8-substituted (Formula I) and 6, 8-disubstituted 2' -deoxyguano- sines (Formula I) and precursors for preparing these as well as methods for preparing said compounds and precursors. Moreover, the present invention is directed to the use of one or more of these compounds for preparing a medicament, preferably a medicament for the treatment and/or prevention of cancer, infections, autoimmune diseases, cardiovascular diseases, inherited genetic diseases, skin diseases and primary immunodeficiency diseases. In addition, the present invention concerns a pharmaceutical or diagnostic composition comprising the new δdelta; -substituted and 6, 8- disubstituted 2' -deoxyguanosines as well as diagnostic and medical methods involving these.

  本发明涉及新的8-取代（化学式I）和6,8-二取代2'-脱氧鸟苷（化学式I）以及用于制备这些化合物和前体的方法。此外，本发明还涉及利用这些化合物中的一个或多个来制备药物，优选用于治疗和/或预防癌症、感染、自身免疫疾病、心血管疾病、遗传性疾病、皮肤病和原发性免疫缺陷疾病的药物。此外，本发明涉及一种包含新的δ-取代和6,8-二取代2'-脱氧鸟苷的药用或诊断组合物，以及涉及这些组合物的诊断和医疗方法。
• Highly fluorescent guanosine mimics for folding and energy transfer studies
  作者：Anaëlle Dumas、Nathan W. Luedtke

  DOI：10.1093/nar/gkr281

  日期：2011.8

  (Phi = 0.02-0.45). We have used these highly emissive probes to quantify energy transfer efficiencies from unmodified DNA nucleobases to 8-substituted guanosines. The resulting DNA-to-probe energy transfer efficiencies (eta(t)) are highly structure selective, with eta(t)(duplex) < eta(t)(single-strand) < eta(t)(G-quadruplex). These trends were independent of the exact structural features and thermal stabilities

  在 8 位具有取代基的鸟苷可以提供有用的荧光探针，即使在高要求的模型系统（如多态性 G-四链体和双链体 DNA）中也能有效模拟鸟嘌呤残基。在这里，我们报告了一个小家族的 8-取代-2'-脱氧鸟苷的合成和光物理特性，这些小家族已使用亚磷酰胺化学并入人类端粒重复序列中。这些包括 8-(2-吡啶基)-2'-脱氧鸟苷 (2PyG)、8-(2-苯基乙烯基)-2'-脱氧鸟苷 (StG) 和 8-[2-(吡啶-4-基)-乙烯基]- 2'-脱氧鸟苷 (4PVG)。在 DNA 折叠和稳定性方面，8 取代的鸟苷可以表现出上下文相关的影响，但与嘧啶错配相比，G-四链体和双链体结构的耐受性更好。与之前报道的荧光鸟嘌呤类似物相比，8-取代鸟苷在掺入核酸后表现出相似甚至更高的量子产率（Phi = 0.02-0.45）。我们已经使用这些高发射探针来量化从未修饰的 DNA 核碱基到 8 取代鸟苷的能量转移效率。由此产生的
• Structure of an Unusual Tetracyclic Deoxyguanosine Adduct: Implications for Frameshift Mutagenicity of <i>ortho</i>-Cyano Nitroanilines
  作者：Trevor W. Manning、M. Sameer Al-Abdul-Wahid、Richard A. Manderville、P. David Josephy、Ryan W. Kung、Stacey D. Wetmore

  DOI：10.1021/acs.chemrestox.9b00411

  日期：2020.2.17

  C8-aryl moiety to generate a quinazolinimine ring as part of a fused tetracyclic C8,N7-dG adduct structure. The present work structurally characterizes this novel cyclic adduct using a combination of optical spectroscopies, NMR analysis, density functional theory (DFT) calculations, and molecular dynamics (MD) simulations. Our data indicate that this highly fluorescent cyclic adduct adopts the promutagenic

  硝基芳族化合物代表了自然界中也发现的一类主要的工业化学物质。多环衍生物被生物激活后产生有效的诱变剂和致癌物，这些亲电子可共价修饰DNA以提供N-连接的C8-2'-脱氧鸟苷（C8-dG）损伤，可诱导移码突变，尤其是在CpG重复序列中。相反，它们的单环对应物通常表现出弱的致突变性或缺乏诱变性，尽管还经历了生物活化以提供N-连接的C8-dG加合物。近来，已经报道氰基取代可以极大地增加作为偶氮染料的组分的硝基苯胺衍生物的诱变性。这种“氰基效应”的基础 可能根源于新的多环加合物的形成，该新的多环加合物的形成是由N-连接的C8-dG加合物的初始形成，随后涉及dG的N7和连接的C8-芳基部分的邻-CN基团的环化过程产生的喹唑啉亚胺环作为稠合四环C8，N7-dG加合物结构的一部分。本工作使用光学光谱学，NMR分析，密度泛函理论（DFT）计算和分子动力学（MD）模拟的组合在结构上表征了这种新型环状加合物。我