dTDP-4-amino-4,6-dideoxy-D-glucose | 244226-72-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: dTDP-4-amino-4,6-dideoxy-D-glucose
• 英文别名: dTDP-4-amino-4,6-dideoxy-alpha-D-glucose；[(2R,3R,4S,5S,6R)-5-amino-3,4-dihydroxy-6-methyloxan-2-yl] [hydroxy-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphoryl] hydrogen phosphate
• CAS: 244226-72-0
• 化学式: C₁₆H₂₇N₃O₁₄P₂
• 分子量: 547.35
• InChiKey: UIVJXHWSIFBBCY-LPGAPTBISA-N

物化性质

• 密度：
  1.74±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -7.3
• 重原子数：
  35
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.75
• 拓扑面积：
  257
• 氢给体数：
  7
• 氢受体数：
  15

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  dTDP-4-amino-4,6-dideoxy-D-glucose 在 sodium dithionite 、 L-谷氨酸 、 DesII from Streptomyces venezuelae 、 磷酸吡哆醛 、 DesV from Streptomyces venezuelae 、 4-羟乙基哌嗪丙磺酸 、 S-adenosyl methionine 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 生成 dTDP-3-amino-3,4,6-trideoxy-alpha-D-glucose
  参考文献：
  名称：

  自由基 S-腺苷甲硫氨酸酶 DesII 与 TDP-D-岩藻糖的机理研究

  摘要：

  DesII 是一种自由基S-腺苷甲硫氨酸 (SAM) 酶，可通过 C3 自由基中间体催化 TDP-4-氨基-4,6-二脱氧葡萄糖的 C4 脱氨基作用。然而，如果 C4 氨基被羟基取代（得到 TDP-奎诺糖），C3 上的羟基会被氧化成酮，而不会发生 C4 脱水。据推测，C4 C - N/O 键和自由基中间体 C3 处部分填充的 p 轨道之间的超共轭调节了消除与脱氢竞争的程度。为了研究这一假设，我们检查了 DesII 与 TDP-奎诺糖 (TDP-岩藻糖) C4-差向异构体的反应。该反应主要导致 TDP-6-脱氧古洛糖的形成，并可能导致 TDP-岩藻糖的再生。底物自由基的其余部分在 C3-脱氢和 C4-脱水之间大致相等地分配。因此，改变 C4 的立体化学可以实现消除和脱氢之间更平衡的竞争。

  DOI：

  10.1002/anie.201409540
• 作为产物：
  描述：

  2-(三甲基硅烷基)乙基beta-吡喃半乳糖苷 在 palladium on activated charcoal 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 lithium aluminium tetrahydride 、 sodium azide 、 camphor-10-sulfonic acid 、 水 、 氢气 、 sodium hydride 、 potassium carbonate 、 溶剂黄146 、 三氟乙酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 乙醚 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 602.25h， 生成 dTDP-4-amino-4,6-dideoxy-D-glucose
  参考文献：
  名称：

  α-葡萄糖苷酶抑制剂阿卡波糖的生物合成研究：dTDP-4-氨基-4,6-二脱氧-α-D-葡萄糖的化学合成。

  摘要：

  为了研究假四糖阿卡波糖的生物合成，由半乳糖分16步制备了dTDP-4-氨基-4,6-二脱氧-α-D-葡萄糖（3）。在最初的保护基操纵之后，通过甲苯磺酸酯的氢化物置换使半乳糖的6-位脱氧。类似地，在与叠氮化钠反应时，在4-位的甲苯磺酰基被置换。通过使糖基三氯乙酰亚胺酸酯与磷酸二苄基酯反应，将所得的糖苷转化为糖基磷酸酯。随后除去苄基保护基并通过氢化和与活化的核苷磷酸偶合来还原叠氮化物，得​​到dTDP-4-氨基-4,6-二脱氧-α-D-葡萄糖。

  DOI：

  10.1016/s0008-6215(01)00323-8

文献信息

• Active-site engineering of nucleotidylyltransferases and general enzymatic methods for the synthesis of natural and "unnatural" UDP- and TDP-nucleotide sugars
  申请人：——

  公开号：US20030055235A1

  公开（公告）日：2003-03-20

  The present invention provides mutant nucleotidylyl-transferases, such as E p , having altered substrate specificity; methods for their production; and methods of producing nucleotide sugars, which utilize these nucleotidylyl-transferases. The present invention also provides methods of synthesizing desired nucleotide sugars using natural and/or modified Ep or other nucleotidyltransferases; and nucleotide sugars sythesized by the present methods. The present invention further provides new glycosyl phosphates, and methods for making them.

  本发明提供了一种突变型核苷酸转移酶，如E p ，具有改变的底物特异性；其生产方法；以及利用这些核苷酸转移酶生产核苷酸糖的方法。本发明还提供了使用天然和/或修饰的Ep或其他核苷酸转移酶合成所需的核苷酸糖的方法；以及通过本发明方法合成的核苷酸糖。本发明进一步提供了新的糖基磷酸酯，及其制造方法。
• Three-dimensional structure of a sugar <i>N</i> -formyltransferase from <i>Francisella tularensis</i>
  作者：Alex L. Zimmer、James B. Thoden、Hazel M. Holden

  DOI：10.1002/pro.2409

  日期：2014.3

  N‐formylated sugars have been observed on the O‐antigens of such pathogenic Gram‐negative bacteria as Campylobacter jejuni and Francisella tularensis. Until recently, however, little was known regarding the overall molecular architectures of the N‐formyltransferases that are required for the biosynthesis of these unusual sugars. Here we demonstrate that the protein encoded by the wbtj gene from F.

  在诸如空肠弯曲杆菌和土弗朗西斯菌的致病性革兰氏阴性细菌的O抗原上已观察到N甲酰化糖。然而，直到最近，对于这些异常糖的生物合成所需的N-甲酰基转移酶的整体分子结构还知之甚少。在这里，我们证明，通过对编码该蛋白质wbtj从基因土拉弗朗西斯菌是一种Ñ -formyltransferase上DTDP -4-氨基-4,6-二脱氧，其功能d -葡萄糖作为其底物。该酶在下文中称为WbtJ，显示出对N 10的严格要求甲酰基四氢叶酸为碳源。除了动力学分析外，在存在dTDP糖配体的情况下，酶的三维结构得以解析，标称分辨率为2.1Å。二聚体酶的每个亚基由Met 1至Ser 185定义的“核心”结构域控制。该核心基序带有活性位点残基。在核心结构域之后，最后56个残基折叠成两个α螺旋和一个β发夹基序。发夹基序主要负责亚基：亚基界面，其特征是相当疏水的口袋。从这里提出的研究中，现在知道WbtJ在C-4'氨基糖上起作用
• Two Trifunctional Leloir Glycosyltransferases as Biocatalysts for Natural Products Glycodiversification
  作者：Ramesh Prasad Pandey、Puspalata Bashyal、Prakash Parajuli、Tokutaro Yamaguchi、Jae Kyung Sohng

  DOI：10.1021/acs.orglett.9b03040

  日期：2019.10.4

  activity of 20 different classes of 59 structurally different natural and non-natural products. Both enzymes transferred various sugars at three nucleophilic groups (OH, NH2, SH) of diverse compounds to produce O-, N-, and S-glycosides. The enzymes also displayed a catalytic reversibility potential for a one-pot transglycosylation, thus bestowing a cost-effective application in biosynthesis of glycodiversified

  两种混杂的地衣芽孢杆菌糖基转移酶YdhE和YojK表现出20种不同类别的59种结构不同的天然和非天然产物的突出的立体特异性但非区域特异性的糖基化活性。两种酶都在各种化合物的三个亲核基团（OH，NH 2，SH）上转移了各种糖，从而生成O-，N-和S-糖苷。这些酶还显示了一锅转糖基化的催化可逆性潜力，因此在药物发现中赋予了糖多样化天然产物生物合成的经济有效应用。
• ACTIVE-SITE ENGINEERING OF NUCLEOTIDYLYLTRANSFERASES AND GENERAL ENZYMATIC METHODS FOR THE SYNTHESIS OF NATURAL AND "UNNATURAL" UDP- AND TDP-NUCLEOTIDE SUGARS
  申请人：THORSON Jon

  公开号：US20070178487A1

  公开（公告）日：2007-08-02

  The present invention provides mutant nucleotidylyl-transferases, such as E p , having altered substrate specificity; methods for their production; and methods of producing nucleotide sugars, which utilize these nucleotidylyl-transferases. The present invention also provides methods of synthesizing desired nucleotide sugars using natural and/or modified E p or other nucleotidyltransferases; and nucleotide sugars sythesized by the present methods. The present invention further provides new glycosyl phosphates, and methods for making them.

  本发明提供了突变核苷酸转移酶，例如Ep，具有改变的底物特异性；其生产方法；以及利用这些核苷酸转移酶生产核苷酸糖的方法。本发明还提供了使用天然和/或改性的Epor或其他核苷酸转移酶合成所需核苷酸糖的方法；以及通过本方法合成的核苷酸糖。本发明还提供了新的糖基磷酸酯，以及制备它们的方法。
• Characterizing Amosamine Biosynthesis in Amicetin Reveals AmiG as a Reversible Retaining Glycosyltransferase
  作者：Ruidong Chen、Haibo Zhang、Gaiyun Zhang、Sumei Li、Guangtao Zhang、Yiguang Zhu、Jinsong Liu、Changsheng Zhang

  DOI：10.1021/ja401016e

  日期：2013.8.21

  The antibacterial and antiviral agent amicetin is a disaccharide nucleoside antibiotic featuring a unique α-(1→4)-glycoside bond between amosamine and amicetose, characteristic of a retaining glycosylation. In this study, two key steps for amosamine biosynthesis were investigated: the N-methyltransferase AmiH was demonstrated to be requisite for the dimethylation in amosamine, and the glycosyltransferase

  抗菌和抗病毒剂阿米西汀是一种双糖核苷类抗生素，其特征在于氨胺和氨酮糖之间具有独特的 α-(1→4)-糖苷键，具有保留糖基化的特征。在这项研究中，研究了氨胺生物合成的两个关键步骤：N-甲基转移酶 AmiH 被证明是氨胺二甲基化所必需的，糖基转移酶 AmiG 被证明是氨氨酰化所必需的。AmiG 的生化和动力学表征首次揭示了参与次级代谢物生物合成的保留糖基转移酶的催化可逆性。AmiG 通过利用五个额外的糖核苷酸作为替代供体显示出底物灵活性。AmiG 也适用于糖和苷元交换反应。