[(2R,3S,5R)-3-羟基-5-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢-1(2H)-嘧啶基)四氢-2-呋喃基]甲基(3R,4S,5S,6R)-3,4,5-三羟基-6-(羟基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基二氢二磷酸酯 | 2196-62-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 中文名称: [(2R,3S,5R)-3-羟基-5-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢-1(2H)-嘧啶基)四氢-2-呋喃基]甲基(3R,4S,5S,6R)-3,4,5-三羟基-6-(羟基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基二氢二磷酸酯
• 英文名称: thymidine 5'-(α-D-glucopyranosyl diphosphate)
• 英文别名: dTDP-Glc；dTDP-α-D-glucose；dTDP-D-glucose；TDP-α-D-glucopyranose；TDP-D-glucose；TDP-glucose；2'Deoxy-thymidine-5'-diphospho-alpha-D-glucose；[hydroxy-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphoryl] [(2R,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl] hydrogen phosphate
• CAS: 2196-62-5
• 化学式: C₁₆H₂₆N₂O₁₆P₂
• 分子量: 564.334
• InChiKey: YSYKRGRSMLTJNL-URARBOGNSA-N

物化性质

• 密度：
  1.85±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -5.5
• 重原子数：
  36
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.75
• 拓扑面积：
  271
• 氢给体数：
  8
• 氢受体数：
  16

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [(2R,3S,5R)-3-羟基-5-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢-1(2H)-嘧啶基)四氢-2-呋喃基]甲基(3R,4S,5S,6R)-3,4,5-三羟基-6-(羟基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基二氢二磷酸酯 在 磷酸吡哆醛 、 HCAN_0198 encoded ketoisomerase 、 HCAN_0204 encoded aminotransferase 、 Streptomyces venezuelae 4,6-dehydratase 、 monosodium L-glutamate 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 生成 dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-D-glucose
  参考文献：
  名称：

  研究新出现的人类病原体加拿大螺杆菌中一种不寻常的甲酰化糖的生物合成所需的酶

  摘要：

  现在已经确定革兰氏阴性细菌幽门螺杆菌会导致人类胃炎。近年来，很明显，通常感染猪、猫和狗的所谓非幽门螺杆菌也可能通过人畜共患传播参与人类病理。事实上，迄今已鉴定出30 多种非幽门螺杆菌。一种这样的生物是加拿大螺杆菌，它是一种新兴病原体，其基因组序列于 2009 年发表。鉴于我们长期以来对在一些革兰氏阴性细菌的 O 抗原中发现的N甲酰化糖的生物合成感兴趣，我们很好奇H. canadensis是否产生如此不寻常的碳水化合物。在这里，我们使用生化和结构技术证明了由HCAN_0198、HCAN_0204和HCAN_0200基因编码的蛋白质在H. canadensis 中对应于 3,4-酮异构酶、吡哆醛 5'-磷酸氨基转移酶和N-甲酰基转移酶， 分别。对于这项研究，确定了五种高分辨率 X 射线结构，并测量了异构酶和N-甲酰基转移酶的动力学参数。基于这些数据，我们认为不寻常的糖 3-formamido-3

  DOI：

  10.1002/pro.4169
• 作为产物：
  描述：

  对氟苯甲醇 、 beta-胸苷 在 galactose-1-phosphate thymidylyltransferase magnesium 作用下， 反应 0.5h， 生成 [(2R,3S,5R)-3-羟基-5-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢-1(2H)-嘧啶基)四氢-2-呋喃基]甲基(3R,4S,5S,6R)-3,4,5-三羟基-6-(羟基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基二氢二磷酸酯
  参考文献：
  名称：

  合成天然和“非天然”UDP-和 TDP-核苷酸糖的通用酶法

  摘要：

  DOI：

  10.1021/ja001444y

文献信息

• Active-site engineering of nucleotidylyltransferases and general enzymatic methods for the synthesis of natural and "unnatural" UDP- and TDP-nucleotide sugars
  申请人：——

  公开号：US20030055235A1

  公开（公告）日：2003-03-20

  The present invention provides mutant nucleotidylyl-transferases, such as E p , having altered substrate specificity; methods for their production; and methods of producing nucleotide sugars, which utilize these nucleotidylyl-transferases. The present invention also provides methods of synthesizing desired nucleotide sugars using natural and/or modified Ep or other nucleotidyltransferases; and nucleotide sugars sythesized by the present methods. The present invention further provides new glycosyl phosphates, and methods for making them.

  本发明提供了一种突变型核苷酸转移酶，如E p ，具有改变的底物特异性；其生产方法；以及利用这些核苷酸转移酶生产核苷酸糖的方法。本发明还提供了使用天然和/或修饰的Ep或其他核苷酸转移酶合成所需的核苷酸糖的方法；以及通过本发明方法合成的核苷酸糖。本发明进一步提供了新的糖基磷酸酯，及其制造方法。
• Surprising Bacterial Nucleotidyltransferase Selectivity in the Conversion of Carbaglucose-1-phosphate
  作者：Kwang-Seuk Ko、Corbin J. Zea、Nicola L. Pohl

  DOI：10.1021/ja045522j

  日期：2004.10.1

  understand the molecular determinants of carbohydrate binding as well as the search for more chemically and biochemically stable sugar derivatives and carbohydrate-based therapeutics has led to the synthesis of a variety of analogues that replace the glycosidic oxygen with sulfur or carbon. In contrast, the effect of substitution of the ring oxygen on the conformations and enzymatic tolerance of sugars has

  了解碳水化合物结合的分子决定因素以及寻找化学和生物化学上更稳定的糖衍生物和基于碳水化合物的疗法的动力导致合成了各种用硫或碳代替糖苷氧的类似物。相比之下，环氧取代对糖的构象和酶耐受性的影响在很大程度上被忽略了，部分原因是难以获得这些类似物。在此，我们报告了最常见的天然存在的 1-磷酸糖、1-磷酸葡萄糖的碳环形式的首次合成，以及其对细菌和真核糖核苷酸转移酶的评估。与真核酶的结果相反，1-磷酸卡巴葡萄糖作为细菌酶的底物，提供碳环尿苷二磷酸葡萄糖。该结果证明了此类糖基转移酶抑制剂和稳定活化糖模拟物的第一个化学酶促策略，用于与糖基转移酶及其糖基受体共结晶。酶之间转换的这种差异也表明在体内使用糖核苷酸转移酶来转化糖基转移酶抑制剂的前药形式的可能性。此外，我们报告了几种微波辅助反应，包括用钯进行五分钟的费里尔重排，加速碳环糖的合成以供进一步研究。该结果证明了此类糖基转移酶抑制剂和稳定活化糖模拟物的第一个
• Three-dimensional structure of a sugar <i>N</i> -formyltransferase from <i>Francisella tularensis</i>
  作者：Alex L. Zimmer、James B. Thoden、Hazel M. Holden

  DOI：10.1002/pro.2409

  日期：2014.3

  N‐formylated sugars have been observed on the O‐antigens of such pathogenic Gram‐negative bacteria as Campylobacter jejuni and Francisella tularensis. Until recently, however, little was known regarding the overall molecular architectures of the N‐formyltransferases that are required for the biosynthesis of these unusual sugars. Here we demonstrate that the protein encoded by the wbtj gene from F.

  在诸如空肠弯曲杆菌和土弗朗西斯菌的致病性革兰氏阴性细菌的O抗原上已观察到N甲酰化糖。然而，直到最近，对于这些异常糖的生物合成所需的N-甲酰基转移酶的整体分子结构还知之甚少。在这里，我们证明，通过对编码该蛋白质wbtj从基因土拉弗朗西斯菌是一种Ñ -formyltransferase上DTDP -4-氨基-4,6-二脱氧，其功能d -葡萄糖作为其底物。该酶在下文中称为WbtJ，显示出对N 10的严格要求甲酰基四氢叶酸为碳源。除了动力学分析外，在存在dTDP糖配体的情况下，酶的三维结构得以解析，标称分辨率为2.1Å。二聚体酶的每个亚基由Met 1至Ser 185定义的“核心”结构域控制。该核心基序带有活性位点残基。在核心结构域之后，最后56个残基折叠成两个α螺旋和一个β发夹基序。发夹基序主要负责亚基：亚基界面，其特征是相当疏水的口袋。从这里提出的研究中，现在知道WbtJ在C-4'氨基糖上起作用
• Characterization of the TDP-d-ravidosamine biosynthetic pathway: one-pot enzymatic synthesis of TDP-d-ravidosamine from thymidine-5-phosphate and glucose-1-phosphate
  作者：Madan K. Kharel、Hui Lian、Jürgen Rohr

  DOI：10.1039/c0ob00854k

  日期：——

  TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose-3,4-ketoisomerase, TDP-3-keto-6-deoxy-D-galactose-3-aminotransferase, and TDP-3-amino-3,6-dideoxy-D-galactose-N,N-dimethyl-transferase, respectively. A protocol for a one-pot enzymatic synthesis of TDP-D-ravidosamine has been developed. The results presented here now set the stage to produce TDP-D-ravidosamine routinely for glycosylation studies.

  Ravidomycin V 和相关化合物，例如，FE35A-B在可见光存在下，对各种癌细胞系表现出有效的抗癌活性。氨基糖部分（D-萝卜糖胺与具有中性或支链糖的密切相关的化合物相比，这些分子中的拉维霉素和类似物的效力更高。在拉维霉素 V 生物合成基因簇中，五个假定的基因编码NDP- D-拉维多胺鉴定了生物合成酶。通过分离的酶的活性在体外，据证实ravD，RAVE，ravIM，ravAMT和ravNMT编码TDP- D-葡萄糖合酶，TDP-4-酮-6-脱氧d -葡萄糖-4,6-脱水酶，TDP-4-酮-6-脱氧d -葡萄糖-3,4-酮异构酶，TDP-3-酮-6-脱氧-D-半乳糖-3-氨基转移酶和TDP-3-氨基-3,6-双脱氧-D-半乳糖-N、N-二甲基-转移酶。一锅酶法合成的方案TDP- d -ravidosamine已经被开发出来。此处提供的结果现在为产生TDP- d -ravidosamine
• Mechanistic Studies of the Radical<i>S</i>-Adenosylmethionine Enzyme DesII with TDP-<scp>D</scp>-Fucose
  作者：Yeonjin Ko、Mark W. Ruszczycky、Sei-Hyun Choi、Hung-wen Liu

  DOI：10.1002/anie.201409540

  日期：2015.1.12

  DesII is a radical S‐adenosylmethionine (SAM) enzyme that catalyzes the C4‐deamination of TDP‐4‐amino‐4,6‐dideoxyglucose through a C3 radical intermediate. However, if the C4 amino group is replaced with a hydroxy group (to give TDP‐quinovose), the hydroxy group at C3 is oxidized to a ketone with no C4‐dehydration. It is hypothesized that hyperconjugation between the C4 CN/O bond and the partially

  DesII 是一种自由基S-腺苷甲硫氨酸 (SAM) 酶，可通过 C3 自由基中间体催化 TDP-4-氨基-4,6-二脱氧葡萄糖的 C4 脱氨基作用。然而，如果 C4 氨基被羟基取代（得到 TDP-奎诺糖），C3 上的羟基会被氧化成酮，而不会发生 C4 脱水。据推测，C4 C - N/O 键和自由基中间体 C3 处部分填充的 p 轨道之间的超共轭调节了消除与脱氢竞争的程度。为了研究这一假设，我们检查了 DesII 与 TDP-奎诺糖 (TDP-岩藻糖) C4-差向异构体的反应。该反应主要导致 TDP-6-脱氧古洛糖的形成，并可能导致 TDP-岩藻糖的再生。底物自由基的其余部分在 C3-脱氢和 C4-脱水之间大致相等地分配。因此，改变 C4 的立体化学可以实现消除和脱氢之间更平衡的竞争。