dTDP-3-amino-3,4,6-trideoxy-alpha-D-glucose | 294178-47-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: dTDP-3-amino-3,4,6-trideoxy-alpha-D-glucose
• 英文别名: [(2R,3R,4S,6R)-4-amino-3-hydroxy-6-methyloxan-2-yl] [hydroxy-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphoryl] hydrogen phosphate
• CAS: 294178-47-5
• 化学式: C₁₆H₂₇N₃O₁₃P₂
• 分子量: 531.35
• InChiKey: MXOBHOLDACULIR-YIQYKESKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -6.4
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.75
• 拓扑面积：
  237
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  S-腺苷-L-蛋氨酸 、 dTDP-3-amino-3,4,6-trideoxy-alpha-D-glucose 在 DL-dithiothreitol 、 DesVI N,N-dimethyltransferase 作用下， 以 phosphate buffer 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 TDP α-D-desosamine
  参考文献：
  名称：

  DesVI: A New Member of the SugarN,N-Dimethyltransferase Family Involved in the Biosynthesis of Desosamine

  摘要：

  DOI：

  10.1002/1521-3773(20000616)39:12<2160::aid-anie2160>3.0.co;2-e
• 作为产物：
  描述：

  [(2S,3R,4S,6R)-2-methoxy-6-methyl-3-phenylmethoxyoxan-4-yl] acetate 在 palladium dihydroxide 吡啶 、 四氮唑 、 甲醇 、 sodium tetrahydroborate 、 草酰氯 、 叠氮磷酸二苯酯 、 氢气 、 sodium methylate 、 三溴化硼 、 碳酸氢钠 、 二甲基亚砜 、 N,N-二异丙基乙胺 、 间氯过氧苯甲酸 、 三苯基膦 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 生成 dTDP-3-amino-3,4,6-trideoxy-alpha-D-glucose
  参考文献：
  名称：

  DesVI: A New Member of the SugarN,N-Dimethyltransferase Family Involved in the Biosynthesis of Desosamine

  摘要：

  DOI：

  10.1002/1521-3773(20000616)39:12<2160::aid-anie2160>3.0.co;2-e

文献信息

• Mechanistic Studies of the Radical<i>S</i>-Adenosylmethionine Enzyme DesII with TDP-<scp>D</scp>-Fucose
  作者：Yeonjin Ko、Mark W. Ruszczycky、Sei-Hyun Choi、Hung-wen Liu

  DOI：10.1002/anie.201409540

  日期：2015.1.12

  DesII is a radical S‐adenosylmethionine (SAM) enzyme that catalyzes the C4‐deamination of TDP‐4‐amino‐4,6‐dideoxyglucose through a C3 radical intermediate. However, if the C4 amino group is replaced with a hydroxy group (to give TDP‐quinovose), the hydroxy group at C3 is oxidized to a ketone with no C4‐dehydration. It is hypothesized that hyperconjugation between the C4 CN/O bond and the partially

  DesII 是一种自由基S-腺苷甲硫氨酸 (SAM) 酶，可通过 C3 自由基中间体催化 TDP-4-氨基-4,6-二脱氧葡萄糖的 C4 脱氨基作用。然而，如果 C4 氨基被羟基取代（得到 TDP-奎诺糖），C3 上的羟基会被氧化成酮，而不会发生 C4 脱水。据推测，C4 C - N/O 键和自由基中间体 C3 处部分填充的 p 轨道之间的超共轭调节了消除与脱氢竞争的程度。为了研究这一假设，我们检查了 DesII 与 TDP-奎诺糖 (TDP-岩藻糖) C4-差向异构体的反应。该反应主要导致 TDP-6-脱氧古洛糖的形成，并可能导致 TDP-岩藻糖的再生。底物自由基的其余部分在 C3-脱氢和 C4-脱水之间大致相等地分配。因此，改变 C4 的立体化学可以实现消除和脱氢之间更平衡的竞争。