dTDP-4,6-dideoxy-4-formamido-D-glucose | 1426036-74-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: dTDP-4,6-dideoxy-4-formamido-D-glucose
• 英文别名: dTDP-D-Qui4NFo；dTDP-4-formamido-4,6-dideoxy-alpha-D-glucose；[(2R,3R,4S,5S,6R)-5-formamido-3,4-dihydroxy-6-methyloxan-2-yl] [hydroxy-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphoryl] hydrogen phosphate
• CAS: 1426036-74-9
• 化学式: C₁₇H₂₇N₃O₁₅P₂
• 分子量: 575.36
• InChiKey: QULUVRDLMBXPHO-GJSHGOAISA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.8
• 重原子数：
  37
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.71
• 拓扑面积：
  260
• 氢给体数：
  7
• 氢受体数：
  15

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  [(2R,3S,5R)-3-羟基-5-(5-甲基-2,4-二氧代-3,4-二氢-1(2H)-嘧啶基)四氢-2-呋喃基]甲基(3R,4S,5S,6R)-3,4,5-三羟基-6-(羟基甲基)四氢-2H-吡喃-2-基二氢二磷酸酯 在 Escherichia coli 4,6-dehydratase RmlB 、 Francisella tularensis N-formyltransferase WbtJ 、 Streptomyces venezuelae aminotransferase DesI 、 monosodium L-glutamate 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 反应 12.0h， 生成 dTDP-4,6-dideoxy-4-formamido-D-glucose
  参考文献：
  名称：

  图拉弗朗西斯菌糖N-甲酰基转移酶的三维结构

  摘要：

  在诸如空肠弯曲杆菌和土弗朗西斯菌的致病性革兰氏阴性细菌的O抗原上已观察到N甲酰化糖。然而，直到最近，对于这些异常糖的生物合成所需的N-甲酰基转移酶的整体分子结构还知之甚少。在这里，我们证明，通过对编码该蛋白质wbtj从基因土拉弗朗西斯菌是一种Ñ -formyltransferase上DTDP -4-氨基-4,6-二脱氧，其功能d -葡萄糖作为其底物。该酶在下文中称为WbtJ，显示出对N 10的严格要求甲酰基四氢叶酸为碳源。除了动力学分析外，在存在dTDP糖配体的情况下，酶的三维结构得以解析，标称分辨率为2.1Å。二聚体酶的每个亚基由Met 1至Ser 185定义的“核心”结构域控制。该核心基序带有活性位点残基。在核心结构域之后，最后56个残基折叠成两个α螺旋和一个β发夹基序。发夹基序主要负责亚基：亚基界面，其特征是相当疏水的口袋。从这里提出的研究中，现在知道WbtJ在C-4'氨基糖上起作用

  DOI：

  10.1002/pro.2409

文献信息

• Three-dimensional structure of a sugar <i>N</i> -formyltransferase from <i>Francisella tularensis</i>
  作者：Alex L. Zimmer、James B. Thoden、Hazel M. Holden

  DOI：10.1002/pro.2409

  日期：2014.3

  N‐formylated sugars have been observed on the O‐antigens of such pathogenic Gram‐negative bacteria as Campylobacter jejuni and Francisella tularensis. Until recently, however, little was known regarding the overall molecular architectures of the N‐formyltransferases that are required for the biosynthesis of these unusual sugars. Here we demonstrate that the protein encoded by the wbtj gene from F.

  在诸如空肠弯曲杆菌和土弗朗西斯菌的致病性革兰氏阴性细菌的O抗原上已观察到N甲酰化糖。然而，直到最近，对于这些异常糖的生物合成所需的N-甲酰基转移酶的整体分子结构还知之甚少。在这里，我们证明，通过对编码该蛋白质wbtj从基因土拉弗朗西斯菌是一种Ñ -formyltransferase上DTDP -4-氨基-4,6-二脱氧，其功能d -葡萄糖作为其底物。该酶在下文中称为WbtJ，显示出对N 10的严格要求甲酰基四氢叶酸为碳源。除了动力学分析外，在存在dTDP糖配体的情况下，酶的三维结构得以解析，标称分辨率为2.1Å。二聚体酶的每个亚基由Met 1至Ser 185定义的“核心”结构域控制。该核心基序带有活性位点残基。在核心结构域之后，最后56个残基折叠成两个α螺旋和一个β发夹基序。发夹基序主要负责亚基：亚基界面，其特征是相当疏水的口袋。从这里提出的研究中，现在知道WbtJ在C-4'氨基糖上起作用