N6-苯甲酰基-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-2'-脱氧腺苷 | 64325-78-6

• 物质功能分类: 生物化工 - 核苷类药物 - 脱氧核苷酸及其类似物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: N6-苯甲酰基-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-2'-脱氧腺苷
• 中文别名: N6-苯甲酰基-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-2'-脱氧腺甙
• 英文名称: N6-benzoyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxyadenosine
• 英文别名: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁶-benzoyl-2'-deoxyadenosine；N-[9-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxytetrahydrofuran-2-yl]purin-6-yl]benzamide；5’‑DMT‑2’‑dA(Bz)；N-[9-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]purin-6-yl]benzamide
• CAS: 64325-78-6
• 化学式: C₃₈H₃₅N₅O₆
• mdl: MFCD00010058
• 分子量: 657.726
• InChiKey: LPICNYATEWGYHI-WIHCDAFUSA-N

物化性质

• 熔点：
  94 °C
• 沸点：
  681.42°C (rough estimate)
• 密度：
  1.2199 (rough estimate)
• 溶解度：
  可溶于DMSO（轻微）、甲醇（轻微、加热）
• LogP：
  5.94 at 20℃

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.8
• 重原子数：
  49
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.21
• 拓扑面积：
  130
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  9

安全信息

• 危险品标志：
  Xn
• 安全说明：
  S22,S24/25
• 危险类别码：
  R20/21/22,R36/37/38
• WGK Germany：
  3
• 海关编码：
  29349990
• 危险性防范说明：
  P261,P305+P351+P338
• 危险性描述：
  H302,H315,H319,H335

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N6-苯甲酰基-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-2'-脱氧腺苷 在 吡啶 、 水 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 生成 Triethylammonium 6-N-benzoyl-2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)adenosine 3'-H-phosphonate
  参考文献：
  名称：

  芳基氢膦酸酯的研究。I.通过二苯基H-膦酸酯的酯交换反应制备脱氧核糖和核糖核苷3'-H-膦酸酯单酯的有效方法

  摘要：

  描述了通过将二苯基H-膦酸酯与合适的受保护的核苷在吡啶中进行酯交换反应来制备脱氧核糖核苷和核糖核苷3'-H-膦酸酯单酯的简便方法。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)76906-1
• 作为产物：
  描述：

  Triethylammonium 6-N-benzoyl-2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)adenosine 3'-H-phosphonate 在 三甲基乙酰氯 、 乙二醇 作用下， 反应 0.33h， 以87%的产率得到N6-苯甲酰基-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-2'-脱氧腺苷
  参考文献：
  名称：

  保护的脱氧核苷和寡脱氧核苷酸H-膦酸酯的脱膦酰化作用

  摘要：

  四个5'- O-（4,4'-二甲氧基三苯甲基）-2'-脱氧核糖核苷3'- H-膦酸酯1（B = 4，5，6和7）转化为其部分保护的核苷前体3（B = 4，5，6和7在良好分离收率分别）进行说明。所用的方法也适用于保护的寡核苷酸H-膦酸酯嵌段的去膦酰基化。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(99)01185-5

文献信息

• PHOSPHORAMIDITE BUILDING BLOCKS FOR SUGAR-CONJUGATED OLIGONUCLEOTIDES
  申请人：AM CHEMICALS LLC

  公开号：US20160083414A1

  公开（公告）日：2016-03-24

  Novel nucleoside phosphoramidite building blocks for preparation of synthetic oligonucleotides containing at least one phosphotriester linkage conjugated to a monosaccharide and synthetic processes for making the same are disclosed. Furthermore, oligomeric compounds are prepared using said building blocks, preferably followed by removal of protecting groups to provide monosaccharide-conjugated oligonucleotides.

  揭示了用于制备含至少一种磷酸三酯键连接的寡核苷酸的合成寡核苷酸的新型核苷酸磷酰胺酯构建模块，其与单糖偶联，并公开了制备这些构建模块的合成过程。此外，使用这些构建模块制备寡聚合物化合物，最好是在去除保护基之后，以提供单糖偶联的寡核苷酸。
• [EN] NUCLEIC ACID CONJUGATES AND USES THEREOF<br/>[FR] CONJUGUÉS DE TYPE ACIDE NUCLÉIQUE ET LEURS UTILISATIONS
  申请人：TRANSLATE BIO MA INC

  公开号：WO2018013525A1

  公开（公告）日：2018-01-18

  Provided herein are conjugates comprising targeting moieties such as sugars, folates and cell-penetrating peptides, which can be used for the improved delivery of agents (e.g., nucleic acids, such as oligonucleotides or mRNAs, or other agents) to cells. The invention provides conjugates and compounds comprising targeting moieties, methods for preparing the same, and intermediates useful in their preparation. In another aspect, the present invention provides formulations (e.g., pharmaceutical compositions) comprising the targetting moiety-containing conjugates and compounds. The present invention also provides methods for delivering agents (e.g., nucleic acids such as oligonucleotides or mRNAs) to a cell, methods for treating and/or preventing a disease or condition in a subject, and methods for modulating gene expression in a cell or a subject. Further, provided herein are kits comprising the conjugates, or formulations thereof; and kits for the preparation of conjugates described herein.

  本文提供了包含靶向基团的共轭物，如糖类、叶酸和穿膜肽，可用于改善药物（例如核酸，如寡核苷酸或mRNA，或其他药物）对细胞的传递。该发明提供了包含靶向基团的共轭物和化合物，以及其制备方法和制备过程中有用的中间体。另一方面，本发明提供了包含靶向基团的共轭物和化合物的配方（例如，药物组合物）。本发明还提供了将药物（例如核酸，如寡核苷酸或mRNA）传递至细胞的方法，用于治疗和/或预防受试者疾病或状况的方法，以及用于调节细胞或受试者基因表达的方法。此外，本文提供了包含这些共轭物或其配方的试剂盒；以及用于制备本文所述共轭物的试剂盒。
• Site-specific replacement of phosphorothioate with alkyl phosphonate linkages enhances the therapeutic profile of gapmer ASOs by modulating interactions with cellular proteins
  作者：Michael T Migawa、Wen Shen、W Brad Wan、Guillermo Vasquez、Michael E Oestergaard、Audrey Low、Cheryl L De Hoyos、Ruchi Gupta、Susan Murray、Michael Tanowitz、Melanie Bell、Joshua G Nichols、Hans Gaus、Xue-hai Liang、Eric E Swayze、Stanley T Crooke、Punit P Seth

  DOI：10.1093/nar/gkz247

  日期：2019.6.20

  Phosphorothioate-modified antisense oligonucleotides (PS-ASOs) interact with a host of plasma, cell-surface and intracellular proteins which govern their therapeutic properties. Given the importance of PS backbone for interaction with proteins, we systematically replaced anionic PS-linkages in toxic ASOs with charge-neutral alkylphosphonate linkages. Site-specific incorporation of alkyl phosphonates altered the RNaseH1 cleavage patterns but overall rates of cleavage and activity versus the on-target gene in cells and in mice were only minimally affected. However, replacing even one PS-linkage at position 2 or 3 from the 5′-side of the DNA-gap with alkylphosphonates reduced or eliminated toxicity of several hepatotoxic gapmer ASOs. The reduction in toxicity was accompanied by the absence of nucleolar mislocalization of paraspeckle protein P54nrb, ablation of P21 mRNA elevation and caspase activation in cells, and hepatotoxicity in mice. The generality of these observations was further demonstrated for several ASOs versus multiple gene targets. Our results add to the types of structural modifications that can be used in the gap-region to enhance ASO safety and provide insights into understanding the biochemistry of PS ASO protein interactions.

  硫代磷酸修饰的反义寡核苷酸（PS-ASO）与多种血浆、细胞表面和细胞内蛋白质相互作用，这些蛋白质调控其治疗特性。鉴于PS骨架对与蛋白质相互作用的重要性，我们系统性地将毒性ASO中的阴离子PS连接替换为电中性烷基膦酸连接。定点引入烷基膦酸改变了RNaseH1的切割模式，但整体切割速率和针对细胞及小鼠目标基因的活性仅受到轻微影响。然而，即使在DNA间隙的5′侧的第2或第3位替换一个PS连接为烷基膦酸，也能降低或消除几种具有肝毒性的gapmer ASO的毒性。毒性的降低伴随着核仁侧斑蛋白P54nrb的错误定位缺失、细胞中P21 mRNA水平升高和caspase活化的消除，以及小鼠的肝毒性减少。这些观察结果的普遍性在针对多个基因靶点的几种ASO中得到了进一步证明。我们的结果增加了可用于间隙区域以提高ASO安全性的结构修饰类型，并为理解PS ASO蛋白相互作用的生物化学提供了见解。
• [EN] NOVEL PHOSPHOROUS (V)-BASED REAGENTS, PROCESSES FOR THE PREPARATION THEREOF, AND THEIR USE IN MAKING STEREO-DEFINED ORGANOPHOSHOROUS (V) COMPOUNDS<br/>[FR] NOUVEAUX RÉACTIFS À BASE DE PHOSPHORE (V), LEURS PROCÉDÉS DE PRÉPARATION ET LEUR UTILISATION DANS LA FABRICATION DE COMPOSÉS ORGANOPHOSHOREUX (V) STÉRÉODÉFINIS
  申请人：BRISTOL MYERS SQUIBB CO

  公开号：WO2019200273A1

  公开（公告）日：2019-10-17

  The present invention relates to novel phosphorous (V) (P(V)) reagents, methods for preparing thereof, and methods for preparing organophosphorous (V) compounds by using the novel reagents.

  本发明涉及新型磷（V）（P(V)）试剂，其制备方法以及利用这种新型试剂制备有机磷（V）化合物的方法。
• [EN] BICYCLIC PEPTIDE LIGAND STING CONJUGATES AND USES THEREOF<br/>[FR] CONJUGUÉS PEPTIDE-LIGAND BICYCLIQUE ET LEURS UTILISATIONS
  申请人：BICYCLETX LTD

  公开号：WO2020165600A1

  公开（公告）日：2020-08-20

  The present invention provides compounds, compositions thereof, and methods of using the same.

  本发明提供了化合物、其组合物以及使用方法。

表征谱图