allyl-3,6-di-O-benzyl-2-deoxy-2-N-phthalimido-β-D-glucopyranoside | 89067-88-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: allyl-3,6-di-O-benzyl-2-deoxy-2-N-phthalimido-β-D-glucopyranoside
• 英文别名: allyl-O-3,6-O-di-benzyl-2-deoxy-2-phthalimide-β-D-glucopyranoside；2-[(2R,3R,4R,5S,6R)-5-hydroxy-4-phenylmethoxy-6-(phenylmethoxymethyl)-2-prop-2-enoxyoxan-3-yl]isoindole-1,3-dione
• CAS: 89067-88-9
• 化学式: C₃₁H₃₁NO₇
• 分子量: 529.59
• InChiKey: BDARLMKULYIYAV-WQBXQMBKSA-N

物化性质

• 沸点：
  685.5±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.31±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.5
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  94.5
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  allyl-3,6-di-O-benzyl-2-deoxy-2-N-phthalimido-β-D-glucopyranoside 在 吡啶 、 甲醇 、 molecular sieve 、 三氟化硼乙醚 、 sodium methylate 、 sodium acetate 、 溶剂黄146 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 、 palladium dichloride 作用下， 以 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 43.17h， 生成 allyl O-(3,6-di-O-benzyl-2-deoxy-2-phthalimido-β-D-glucopyranosyl)-(1->4)-3-O-benzyl-2-deoxy-6-O-p-methoxyphenyl-2-phthalimido-β-D-glucopyranoside
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of an appropriately protected core glycotetraoside, a key intermediate for the synthesis of “bisected” complex-type glycans of a glycoprotein

  摘要：

  A stereocontrolled synthetic route to a glycotetraoside, allyl O-(3,4,6-tri-O-benzyl-2-deoxy-2-phthalimido-beta-D-glucopyranosyl)-(1--- -4)-O- (3,6-di-O-allyl-2-O-benzyl-beta-D-mannopyranosyl)-(1----4)-O-3, 6-di-O-benzyl-2-deoxy-2-phthalimido-beta-D-glucopyranosyl)-(1----4)-3-O- benzyl- 2-deoxy-6-O-p-methoxy-phenyl-2-phthalimido-beta-D-glucopyranoside, an important intermediate for the synthesis of "bisected" complex type glycans of glycoproteins has been established by employing two glycosyl donors, 3,4,6-tri-O-benzyl-2-deoxy-2-phthalimido-beta-D-glucopyranosyl trichloroacetimidate and 4-O-acetyl-3,6-di-O-allyl-2-O-benzyl-alpha-D-mannopyranosyl bromide, and a glycosyl acceptor, allyl O-(3,6-di-O-benzyl-2-deoxy-2-phthalimido-beta-D-glucopyranosyl)-(1----4) -3-O- benzyl-2-deoxy-6-O-p-methoxyphenyl-2-phthalimido-beta-D-glucopyranoside.

  DOI：

  10.1016/0008-6215(90)84222-g
• 作为产物：
  描述：

  2-脱氧-2-苯二酰亚胺-1,3,4,6-四-氧-乙酰-β-D-吡喃葡萄糖 在 三乙基硅烷 、 三氟化硼乙醚 、 sodium methylate 、 sodium hydride 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 mineral oil 为溶剂， 反应 11.0h， 生成 allyl-3,6-di-O-benzyl-2-deoxy-2-N-phthalimido-β-D-glucopyranoside
  参考文献：
  名称：

  糖类中的 N-乙酰侧链构象：从 MA'AT 分析中获得的解决方案模型

  摘要：

  MA'AT分析已用于模拟具有重要生物学意义的 GlcNAc 和 ManNAc 单糖以及 βGlcNAc-(1→4)-βGlcNAc 二糖中N-乙酰侧链的构象特性。进行密度泛函理论计算以获得参数化方程，该方程将 10 个自旋耦合常数的大小和符号与 GlcNAc 和 ManNAc 的 C2-N2 键的构象联系起来。其中六个方程与实验J耦合一起使用，在 H 2 O/ 2 H 2 O 和 DMSO- d 6溶剂中在选择性13 C 标记的化合物中测量，以模拟 C1–C2–N2–C1' 扭转角（ θ 1) 在 GlcNAc 和 ManNAc 残基中。MA'AT分析得出 αGlcNAc 残基的 θ 1平均值为 106°，βGlcNAc 残基约为 116°，水溶液中的圆形标准偏差 (CSD) 为 21-22°，与通过水分子动力学获得的结果非常一致（ MD）模拟。参数空间图揭示了数据的独特MA'AT拟合，均方根偏差

  DOI：

  10.1021/acs.joc.2c00189

文献信息

• Bismuth(V)-Mediated Thioglycoside Activation
  作者：Manibarsha Goswami、Arkady Ellern、Nicola L. B. Pohl

  DOI：10.1002/anie.201304099

  日期：2013.8.5

  A straightforward method utilizing a bismuth(V) compound was developed for the activation of thiopropylglycosides for coupling to various acceptors; good to excellent yields were obtained without applying additional additives/co‐promoters. The method does not require low temperatures, is applicable to a wide variety of carbohydrates, and tolerates different functional groups including alkenes.

  开发了一种简单的利用铋（V）化合物的方法来激活硫丙基丙基糖苷以偶联到各种受体上。在不使用其他添加剂/助促进剂的情况下获得了良好至极好的收率。该方法不需要低温，适用于多种碳水化合物，并且可以耐受包括烯烃在内的不同官能团。
• Total synthesis of the sulfated lipooligosaccharide signal involved in rhizobium meliloti-alfalfa symbiosis
  作者：Wang Lai-Xi、Li Chuan、Wang Qin-Wei、Hui Yong-Zheng

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)61560-5

  日期：1993.11

  A total synthesis of a sulfated lipooligosaccharide, the nodulation signal involved in the symbiosis of rhizobium meliloti-alfalfa, was achieved in a stereocontrolled manner.

  以立体控制的方式实现了硫酸化的脂寡糖的全合成，这是涉及根瘤菌-苜蓿共生的结节信号。
• METHODS FOR MODULAR SYNTHESIS OF N-GLYCANS AND ARRAYS THEREOF
  申请人：Academia Sinica

  公开号：US20170362265A1

  公开（公告）日：2017-12-21

  The present disclosure relates to novel modular methods for generating a diversity of N-glycans of high mannose, hybrid and complex types. The present disclosure also relates to exemplary arrays of the synthesized N-glycans spotted onto aluminium oxide coated slides. These arrays can be used to detect and analyze binding interactions between the synthesized N-glycans and glycan binding molecules, such as HIV-1 neutralizing antibodies. The present disclosure also relates to methods for identifying agents that bind to various types of molecules on the arrays and to defining the structural elements of the molecules on the arrays that bind to those agents. The arrays and methods provided herein may be used for general epitope identification, drug discovery and as analytical tools. The present disclosure also provides useful glycans and epitope determinants that are useful in detecting, diagnosing, recurrence monitoring and preventing pathological diseases such as HIV.

  本公开涉及一种用于生成高甘霖、杂交和复合型N-糖的新型模块化方法。本公开还涉及到合成的N-糖阵列被点在涂有氧化铝的载玻片上。这些阵列可用于检测和分析合成的N-糖与糖结合分子（如HIV-1中和抗体）之间的结合相互作用。本公开还涉及一种用于识别与阵列上各种类型分子结合的试剂和定义阵列上结合到这些试剂的分子的结构元素的方法。本文提供的阵列和方法可用于一般抗原表位鉴定、药物发现以及作为分析工具。本公开还提供了有用的糖类和表位决定因子，可用于检测、诊断、复发监测和预防HIV等病理性疾病。
• Comprehensive synthesis of ER related high-mannose-type sugar chains by convergent strategy
  作者：Ichiro Matsuo、Kiichiro Totani、Atsushi Tatami、Yukishige Ito

  DOI：10.1016/j.tet.2006.06.045

  日期：2006.8

  Systematic synthesis of high-mannose-type sugar chains of asparagine-linked glycoproteins is described. To construct the target sugar chains, we employed the convergent route, using three oligosaccharide components, the common hexasaccharide, branched tri-, tetra- and pentasaccharides, and mono-, di-, and triglucosyl fragments. Construction of the β-mannoside linkage was performed using p-methoxybenzyl-assisted

  描述了天冬酰胺连接的糖蛋白的高甘露糖型糖链的系统合成。为了构建目标糖链，我们采用了收敛途径，使用了三种低聚糖成分：普通六糖，支链三糖，四糖和五糖以及单糖，二糖和三糖基片段。使用p进行β-甘露糖苷键的构建-甲氧基苄基辅助的分子内糖苷配基递送。将六糖片段与支链甘露寡糖供体（例如M5，M4B，M4C和M3）偶联，分别得到十一碳糖（M9），十糖（M8B和M8C）和九糖（M7）。结合它们的单，二和三葡萄糖基片段分别得到十四碳糖（G3M9），十三碳糖（G2M9），十二碳糖（G1M9），十一碳糖（G1M8B和G1M8C）和十碳糖（G1M7）。
• Acceptor-substrate recognition by N-acetylglucosaminyltransferase-V: Critical role of the 4″-hydroxyl group in β-d-GlcpNAc-(1 → 2)-α-d-Manp(1 → 6)-β-d-Glcp-OR
  作者：Osamu Kanie、Suzanne C. Crawley、Monica M. Palcic、Ole Hindsgaul

  DOI：10.1016/0008-6215(93)84087-m

  日期：1993.4

  to the OH-6′ group of oligosaccharides terminating in the sequence β-d-GlcpNAc-(1 → 2)-α-d-Manp(1 → 6)-β-d-Glcp (or Manp)-OR (5, R  (CH2)7CH3) to yield the sequence β-d-GlcpNAc-(1 → 2)-[β-d-GlcpNAc-(1 → 6)]-α-d-Manp-(1 → 6)-β-d-Glcp (or Manp)-OR. Biosynthetically, if β-(1 → 4)-galactosyltransferase acts first on 5, the product β-d-Galp-(1 → 4)-β-d-GlcpNAc-(1 → 2)-α-d-Manp-(1 → 6)-β-d-Glcp (or Manp)-OR

  N-乙酰氨基葡萄糖氨基转移酶-V（GlcNAcT-V）将GlcNAc从UDP-GlcNAc转移到寡糖的OH-6'基，该寡糖以序列β-d-GlcpNAc-（1→2）-α-d-Manp（1 →6）-β-d-Glcp（或Manp）-OR（5，R（CH2）7CH3）产生序列β-d-GlcpNAc-（1→2）-[β-d-GlcpNAc-（1 →6）]-α-d-Manp-（1→6）-β-d-Glcp（或Manp）-OR。在生物合成上，如果β-（1→4）-半乳糖基转移酶首先作用于5，则产物β-d-Galp-（1→4）-β-d-GlcpNAc-（1→2）-α-d-Manp-（ 1→6）-β-d-Glcp（或Manp）-OR（7）不再是GlcNAcT-V的底物，即使它保留了活性OH-6'基。本文研究了这种活动减少的原因。化学合成了具有还原端d-葡萄糖构型的受体三糖5的六个类似物。综合方案的关键特征是使用1