共价蛋白激酶
抑制剂通过直接附加到可逆
抑制剂支架上的亲电子试剂利用
腺苷 5'-
三磷酸 (
ATP) 结合位点中目前的非催化半胱
氨酸。在这里,我们描绘了一条路径,以在距
ATP 定点核心模块 >10 Å 处靶向溶剂暴露的半胱
氨酸,并产生有效的共价
磷酸肌醇 3-激酶 α (
PI3Kα)
抑制剂。首先,反应性弹头用于接触
PI3Kα 上的 Cys862,其次,烯酮被药物样弹头替换,同时优化了接头。对固有弹头反应性 ( k chem )、共价键形成率和邻近度 ( k inact和反应空间体积V r的系统研究),以及结构数据、动力学和结构建模的整合,引导识别高质量的共价
化学探针。一种新颖的随机方法提供了直接访问作为k chem、k inact、K i和V r函数的总反应速率的计算方法,该方法已通过具有不同接头长度的化合物进行了验证。X 射线晶体学、蛋白质质谱 (MS) 和 NanoBRET 分析证实了
丙烯酰胺弹头和