affinities. To this aim, we prepared 21 new inhibitors of cyclin-dependent kinase 2 (CDK2) with the pyrazolo[1,5-a]pyrimidine core, whose activities spanned three orders of magnitude. The crystal structure of a potent inhibitor bound to the active CDK2/cyclin A complex revealed that the biphenyl substituent at position 5 of the pyrazolo[1,5-a]pyrimidine scaffold was located in a previously unexplored
我们目前在基于量子力学(QM)的蛋白质-
配体亲和力评分中对溶剂表示形式进行全面测试。为此,我们用
吡唑并[1,5- a ]
嘧啶核心制备了21种新的细胞周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)
抑制剂,其活性跨越了三个数量级。与活性CDK2 / cyclin A复合物结合的强效
抑制剂的晶体结构表明,
吡唑并[1,5- a] 5位的
联苯取代基] pyrimidine支架位于以前未开发的口袋中,六个
水分子位于活性位点。使用分子动力学,蛋白质-
配体相互作用和活性位点
水H键网络以及热力学进行了探讨。此后,使用COSMO隐式溶剂模型通过QM方法对所有
抑制剂进行评分。这样的标准处理未能与实验产生相关性(R 2 = 0.49)。但是,添加活动场所
水带来了显着的改善(R 2 = 0.68)。因此,可以通过考虑化合物与CDK2和活性位点
水的特定非共价相互作用来解释化合物的活性。总而言之,结合多种实验方法和理论方法,我们证明了显式溶剂作用的加入增强了QM