(2R,3S,5R)-5-[2-氟-6-(2-三甲基硅烷基乙氧基)嘌呤-9-基]-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-醇 | 151900-41-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 中文名称: (2R,3S,5R)-5-[2-氟-6-(2-三甲基硅烷基乙氧基)嘌呤-9-基]-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-醇
• 英文名称: 2-fluoro-O⁶-(2-trimethylsilylethyl)-2'-deoxyinosine
• 英文别名: 2-fluoro-(O6-trimethylsilylethyl)-2'-deoxyinosine；O6-[(trimethylsilyl)ethyl]-2-fluorodeoxyinosine；2-fluoro-O⁶-(trimethylsilylethyl)deoxyinosine；(2R,3S,5R)-5-[2-fluoro-6-(2-trimethylsilylethoxy)purin-9-yl]-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-ol
• CAS: 151900-41-3
• 化学式: C₁₅H₂₃FN₄O₄Si
• 分子量: 370.456
• InChiKey: VHGLFFIEVNCJDK-HBNTYKKESA-N

物化性质

• 沸点：
  602.0±65.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.42±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.32
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  103
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (2R,3S,5R)-5-[2-氟-6-(2-三甲基硅烷基乙氧基)嘌呤-9-基]-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-醇 在 溶剂黄146 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 13.0h， 生成 (1R)-methyl-1,3-bis(2'-deoxyguanosin-N²-yl)propane
  参考文献：
  名称：

  由丙烯醛和巴豆醛形成的 DNA 链间交联

  摘要：

  丙烯醛和更高的 α,β-不饱和醛是双功能基因毒素。丙烯醛的脱氧鸟苷加合物，3-(2-deoxy-beta-d-erythro-pentofuranosyl)-5,6,7,8-tetrahydro-8-hydroxypyrimido[1,2-a]purin-10(3H)-one (8-hydroxy-1,N(2)-propanodeoxyguanosine, 2a) 是由丙烯醛形成的主要 DNA 加合物。通过 HPLC、CZE、MALDI-TOF 和熔解现象评估含有 2a 的寡脱氧核苷酸双链体形成链间交联的潜力。链间交联是 DNA 中最严重的损伤类型之一，因为它们是复制的绝对障碍。在包含序列 5'-dC-2a 的寡聚脱氧核苷酸中，交联以缓慢、可逆的方式发生到大约 50% 的程度。酶消化形成 3-(2-deoxy-beta-d-erythro-pentofuranosyl)-5,6,7,8-t

  DOI：

  10.1021/ja020778f
• 作为产物：
  描述：

  2-(三甲硅基)乙醇 在 吡啶 、 亚硝酸特丁酯 、 氢氟酸 、 sodium methylate 、 三苯基膦 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 甲醇 为溶剂， 反应 8.16h， 生成 (2R,3S,5R)-5-[2-氟-6-(2-三甲基硅烷基乙氧基)嘌呤-9-基]-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-醇
  参考文献：
  名称：

  用于在脱氧鸟苷的N 2位置带有结构定义的加合物的寡聚脱氧核苷酸的低聚后合成的改进策略。

  摘要：

  已经开发了用于制备在鸟嘌呤的N 2位置带有加合物的寡脱氧核苷酸的改进方法，其中加合物反应在均相溶液中进行，而不是将寡核苷酸固定在固体基质上。该方法利用了一种新的合成子2-氟-O6-（三甲基甲硅烷基乙基）-2'-脱氧肌苷（3）。核苷3对寡核苷酸合成条件稳定，但是在2-氟基团被胺亲核试剂取代后，在非常温和的条件下，O6保护作用消失了。在不破坏3的情况下，可以通过用0.1 M NaOH（8 h，rt）处理从固相支持物中除去含3的寡核苷酸。粗制的，部分脱保护的寡核苷酸与（R）-2-氨基-2-苯基乙醇在均相溶液中反应，然后用NH 4 OH（60℃，8小时）然后用0.1％乙酸除去剩余的保护基，以良好的纯度和产率得到加合物的寡核苷酸。或者，可以通过使用环外氨基上的不稳定的苯氧基乙酰基型保护基来制备含有3个的完全脱保护的寡核苷酸。

  DOI：

  10.1021/tx9501795

文献信息

• Site-Specific Synthesis and Reactivity of Oligonucleotides Containing Stereochemically Defined 1,<i>N</i>²-Deoxyguanosine Adducts of the Lipid Peroxidation Product <i>trans</i>-4-Hydroxynonenal
  作者：Hao Wang、Ivan D. Kozekov、Thomas M. Harris、Carmelo J. Rizzo

  DOI：10.1021/ja0288800

  日期：2003.5.1

  is a major peroxidation product of omega-6 polyunsaturated fatty acids. The reaction of HNE with DNA gives four diastereomeric 1,N(2)-gamma-hydroxypropano adducts of deoxyguanosine; background levels of these adducts have been detected in animal tissue. Stereospecific syntheses of these four adducts at the nucleoside level have been accomplished. In addition, a versatile strategy for their site-specific

  trans-4-Hydroxynonenal (HNE) 是 omega-6 多不饱和脂肪酸的主要过氧化产物。HNE 与 DNA 的反应产生了四种非对映异构体 1,N(2)-γ-羟基丙酸脱氧鸟苷加合物；在动物组织中检测到这些加合物的背景水平。这四种加合物在核苷水平上的立体有择合成已经完成。此外，还开发了一种将它们定点掺入寡核苷酸的通用策略。与未加合物链相比，这些加合物是不稳定的，通过熔融温度测量。加合物 12 聚体的热失稳范围为 5 到 16 摄氏度，取决于加合物的绝对立体化学。还检查了 HNE 加合物在掺入 CpG 序列时形成链间 DNA-DNA 交联的能力。我们发现只有一种 HNE 立体异构体形成链间 DNA-DNA 交联。
• Synthesis of Guanosine and Deoxyguanosine Phosphoramidites with Cross-Linkable Thioalkyl Tethers for Direct Incorporation into RNA and DNA
  作者：Xiaorong Hou、Gang Wang、Barbara L. Gaffney、Roger A. Jones

  DOI：10.1080/15257770903368385

  日期：2009.12.7

  describe the synthesis of protected phosphoramidites of deoxyriboguanosine and guanosine derivatives containing a thiopropyl tether at the guanine N2 (7a,b) for site-specific crosslinking from the minor groove of either DNA or RNA to a thiol of a protein or another nucleic acid. The thiol is initially protected as a tert-butyl disulfide that is stable during oligonucleotide synthesis. While the completed

  我们描述了脱氧核糖鸟苷和鸟苷衍生物的受保护亚磷酰胺的合成，在鸟嘌呤 N2 ( 7a , b ) 处含有硫丙基系链，用于从 DNA 或 RNA 的小沟与蛋白质或另一种核酸的硫醇进行位点特异性交联。硫醇最初被保护为叔丁基二硫醚，其在寡核苷酸合成过程中是稳定的。当完成的寡核苷酸仍附着在载体上时，或在纯化后，叔丁基硫醇可以很容易地被去除或被硫乙胺或5-硫代-2-硝基苯甲酸取代，它们具有更有利的交联速率。
• Preparation of Oligodeoxynucleotides Containing a Diastereoisomer of α-(<i>N</i>²-2‘-Deoxyguanosinyl)tamoxifen by Phosphoramidite Chemical Synthesis
  作者：Y. R. Santosh Laxmi、Naomi Suzuki、Lakkaraju Dasaradhi、Francis Johnson、Shinya Shibutani

  DOI：10.1021/tx0101494

  日期：2002.2.1

  diastereoisomers of trans- and cis-forms of alpha-(N(2)-deoxyguanosinyl)tamoxifen (dG-N(2)-TAM) and alpha-(N(2)-deoxyguanosinyl)-N-desmethyltamoxifen. In the study presented here, we prepared oligodeoxynucleotides containing a diastereoisomer of dG-N(2)-TAM by phosphoramidite chemical synthesis. Initially, the trans- and cis-forms of alpha-aminotamoxifen (alpha-NH(2)-TAM) were synthesized from alpha-hydroxytamoxifen

  用他莫昔芬抗雌激素（TAM）治疗用于内分泌治疗或预防乳腺癌的妇女患子宫内膜癌的风险增加。在用TAM处理过的啮齿动物的肝脏中和服用TAM的妇女的子宫内膜中均检测到TAM-DNA加合物。主要的TAM加合物已被确定为α-（N（2）-脱氧鸟苷基）他莫昔芬（dG-N（2）-TAM）和α-（N（2）-脱氧鸟苷）-的反式和顺式非对映异构体- N-去甲基他莫昔芬。在这里介绍的研究中，我们通过亚磷酰胺化学合成制备了含有dG-N（2）-TAM非对映异构体的寡脱氧核苷酸。最初，使用Mitsunobu反应从α-羟基他莫昔芬合成反式和顺式形式的α-氨基他莫昔芬（α-NH（2）-TAM），然后进行水解。之后，通过将反式和顺式形式的α-NH（2）-TAM与2-氟-（O（6）-2-（三甲基甲硅烷基）乙基）-2'-脱氧肌苷的DMT衍生物偶联，分别以高收率制备了DMT-dG-N（2）-TAM的-和顺式形式，并用于制备亚磷酰胺
• Structural Studies of an Oligodeoxynucleotide Containing a Trimethylene Interstrand Cross-Link in a 5‘-(CpG) Motif: Model of a Malondialdehyde Cross-Link
  作者：Patricia A. Dooley、Dimitrios Tsarouhtsis、Gregory A. Korbel、Lubomir V. Nechev、Jill Shearer、Irene S. Zegar、Constance M. Harris、Michael P. Stone、Thomas M. Harris

  DOI：10.1021/ja003163w

  日期：2001.2.1

  stable surrogate using the self-complementary oligodeoxynucleotide sequence 5'-d(AGGCG*CCT)(2,) in which G* represents guanines linked via a trimethylene chain between N(2) positions. The solution structure, obtained by NMR spectroscopy and molecular dynamics using a simulated annealing protocol, revealed the cross-link only minimally distorts duplex structure in the region of the cross-link. The tether

  丙二醛 (MDA) 是一种已知的诱变剂和疑似致癌物，是脂质过氧化的产物和类花生酸生物合成的副产物。MDA 可以与 DNA 反应，在腺嘌呤、胞嘧啶，尤其是鸟嘌呤上产生潜在的诱变加合物。此外，鼠伤寒沙门氏菌 hisD3052 GCGCGC 区域的修复依赖性移码突变归因于链间交联的形成（Mukai、FH 和 Goldstein，BD Science 1976, 191, 868--869）。交联的物种是不稳定的，从来没有被描述过，但已被假定为鸟嘌呤的 N(2) 位置之间的双亚氨基连接。现在已经使用自互补寡脱氧核苷酸序列 5'-d(AGGCG*CCT)(2, ) 其中 G* 表示通过 N(2) 位置之间的三亚甲基链连接的鸟嘌呤。使用模拟退火方案通过核磁共振光谱和分子动力学获得的溶液结构表明，交联仅在交联区域最小程度地扭曲了双链结构。通过在病变部位部分展开双链体以产生凸起并倾斜鸟嘌呤残基来容纳系绳；
• Synthesis of Nucleosides and Oligonucleotides Containing Adducts of Acrolein and Vinyl Chloride
  作者：Lubomir V. Nechev、Constance M. Harris、Thomas M. Harris

  DOI：10.1021/tx990167+

  日期：2000.5.1

  oligonucleotides containing these adducts. Reaction of O(6)-[(trimethylsilyl)ethyl]-2-fluoro-2'-deoxyinosine with the appropriate aminodiol followed by oxidative cleavage of the diol with NaIO(4) gave the adducts in excellent yields. Reaction of oligonucleotides containing the halonucleoside with the aminodiols followed by NaIO(4) efficiently created the nucleosides in the oligonucleotides. Deoxyadenosine

  氯乙烯和丙烯醛是重要的工业化学品。两者通过直接反应酶促氧化为氯环氧乙烷和丙烯醛后均形成DNA加合物，氯乙烯。鸟嘌呤N（2）位置的反应是主要途径。所得的2-氧代乙基和3-氧代丙基加合物分别自发环化为羟基乙醇和羟基丙烷衍生物。在暴露于这些诱变剂的DNA中已检测到两个环状加合物。已经开发了一种新方法，用于合成氯氧杂环丁烷和丙烯醛的脱氧鸟苷加合物，以及含有这些加合物的寡核苷酸。O（6）-[（（三甲基甲硅烷基）乙基] -2-氟-2'-脱氧肌苷与适当的氨基二醇反应，然后将二醇与NaIO（4）氧化裂解，可得到高收率的加合物。含有卤代核苷的寡核苷酸与氨基二醇的反应，然后是NaIO（4），可在寡核苷酸中有效地产生核苷。使用6-氯嘌呤9-（2'-脱氧核糖苷）类似地产生脱氧腺苷加合物。