O⁶-(trimethylsilylethyl)-2'-deoxyguanosine | 175730-58-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: O⁶-(trimethylsilylethyl)-2'-deoxyguanosine
• 英文别名: O6-(trimethylsilylethyl)-2'-deoxyguanosine
• CAS: 175730-58-2
• 化学式: C₁₅H₂₅N₅O₄Si
• 分子量: 367.48
• InChiKey: GVIFJWAZUOIMKH-HBNTYKKESA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.77
• 重原子数：
  25.0
• 可旋转键数：
  6.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  128.54
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  9.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  O⁶-(trimethylsilylethyl)-2'-deoxyguanosine 在 吡啶 、 亚硝酸特丁酯 、 氢氟酸 作用下， 以 甲苯 为溶剂， 反应 2.0h， 以85%的产率得到(2R,3S,5R)-5-[2-氟-6-(2-三甲基硅烷基乙氧基)嘌呤-9-基]-2-(羟基甲基)四氢呋喃-3-醇
  参考文献：
  名称：

  合成具有可交联硫烷基链的鸟苷和脱氧鸟苷亚磷酰胺，用于直接掺入 RNA 和 DNA。

  摘要：

  我们描述了脱氧核糖鸟苷和鸟苷衍生物的受保护亚磷酰胺的合成，在鸟嘌呤 N2 ( 7a , b ) 处含有硫丙基系链，用于从 DNA 或 RNA 的小沟与蛋白质或另一种核酸的硫醇进行位点特异性交联。硫醇最初被保护为叔丁基二硫醚，其在寡核苷酸合成过程中是稳定的。当完成的寡核苷酸仍附着在载体上时，或在纯化后，叔丁基硫醇可以很容易地被去除或被硫乙胺或5-硫代-2-硝基苯甲酸取代，它们具有更有利的交联速率。

  DOI：

  10.1080/15257770903368385
• 作为产物：
  描述：

  2-(acetylamino)-9-(3,5-di-O-acetyl-2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-1,9-dihydro-6H-purin-6-one 在 sodium methylate 、 三苯基膦 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 甲醇 为溶剂， 反应 7.33h， 生成 O⁶-(trimethylsilylethyl)-2'-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  用于在脱氧鸟苷的N 2位置带有结构定义的加合物的寡聚脱氧核苷酸的低聚后合成的改进策略。

  摘要：

  已经开发了用于制备在鸟嘌呤的N 2位置带有加合物的寡脱氧核苷酸的改进方法，其中加合物反应在均相溶液中进行，而不是将寡核苷酸固定在固体基质上。该方法利用了一种新的合成子2-氟-O6-（三甲基甲硅烷基乙基）-2'-脱氧肌苷（3）。核苷3对寡核苷酸合成条件稳定，但是在2-氟基团被胺亲核试剂取代后，在非常温和的条件下，O6保护作用消失了。在不破坏3的情况下，可以通过用0.1 M NaOH（8 h，rt）处理从固相支持物中除去含3的寡核苷酸。粗制的，部分脱保护的寡核苷酸与（R）-2-氨基-2-苯基乙醇在均相溶液中反应，然后用NH 4 OH（60℃，8小时）然后用0.1％乙酸除去剩余的保护基，以良好的纯度和产率得到加合物的寡核苷酸。或者，可以通过使用环外氨基上的不稳定的苯氧基乙酰基型保护基来制备含有3个的完全脱保护的寡核苷酸。

  DOI：

  10.1021/tx9501795

文献信息

• Synthesis and Characterization of Oligonucleotides Containing a Nitrogen Mustard Formamidopyrimidine Monoadduct of Deoxyguanosine
  作者：Plamen P. Christov、Kyu-Jun Son、Carmelo J. Rizzo

  DOI：10.1021/tx5002354

  日期：2014.9.15

  or DNA with aziridine containing electrophiles, including nitrogen mustards. However, the role of substituted Fapy-dGuo adducts in the biological response to nitrogen mustards and related species has not been extensively explored. We have developed chemistry for the site-specific synthesis of oligonucleotides containing an N5-nitrogen mustard Fapy-dGuo using the phosphoramidite approach. The lesion

  从 dGuo 或 DNA 与含有氮芥的亲电子试剂（包括氮芥）的反应中观察到N 5 -取代的甲酰胺嘧啶加合物。然而，取代的 Fapy-dGuo 加合物在对氮芥和相关物种的生物反应中的作用尚未得到广泛探索。我们使用亚磷酰胺方法开发了用于位点特异性合成含有N 5 -氮芥 Fapy-dGuo的寡核苷酸的化学方法。发现病变是大肠杆菌核酸内切酶 IV 和甲酰胺嘧啶糖基化酶的良好底物。
• Efficient Synthesis of DNA Duplexes Containing Reduced Acetaldehyde Interstrand Cross-Links
  作者：Sally B. Morton、L. David Finger、Roxanne van der Sluijs、William D. Mulcrone、Michael Hodskinson、Christopher L. Millington、Christina Vanhinsbergh、Ketan J. Patel、Mark J. Dickman、Puck Knipscheer、Jane A. Grasby、David M. Williams

  DOI：10.1021/jacs.2c10070

  日期：2023.1.18

  Previous routes to creating DNA duplexes containing these adducts have involved lengthy post-DNA synthesis chemistry followed by reduction of the imine. Here, an efficient and high-yielding approach to the reduced ICL using a novel N2-((R)-4-trifluoroacetamidobutan-2-yl)-2′-deoxyguanosine phosphoramidite is described. Following standard automated DNA synthesis and deprotection, the ICL is formed overnight

  DNA 链间交联 (ICL) 会阻止 DNA 复制和转录，并可能导致潜在的致命事件，例如癌症或骨髓衰竭。 ICL 通常由范可尼贫血 (FA) 途径中的蛋白质修复，尽管该途径的细节尚未完全确定。生成含有 ICL 的 DNA 的方法是进一步了解 DNA 交联修复的关键。体内ICL 形成的主要途径涉及 DNA 与源自乙醇代谢的乙醛的反应。该反应形成三碳桥 ICL，涉及双链体相对链中相邻鸟嘌呤的氨基，从而产生氨基和亚氨基官能团。 ICL 的稳定还原形式可用于理解这些类型加合物的识别和修复。以前创建含有这些加合物的 DNA 双链体的途径涉及冗长的 DNA 合成后化学反应，然后还原亚胺。在此，描述了一种使用新型N 2 -(( R )-4-三氟乙酰氨基丁烷-2-基)-2'-脱氧鸟苷亚磷酰胺来还原 ICL 的有效且高产的方法。按照标准自动化 DNA 合成和脱保护，在室温下与含有 2-氟-2'-脱氧肌苷的互补寡脱氧核糖核苷酸一起孵育后，过夜形成
• Stereospecific Synthesis and Characterization of Oligodeoxyribonucleotides Containing an <i>N</i>²-(1-Carboxyethyl)-2‘-deoxyguanosine
  作者：Huachuan Cao、Yong Jiang、Yinsheng Wang

  DOI：10.1021/ja072130e

  日期：2007.10.1

  Methylglyoxal is a highly reactive a-ketoaldehyde that is produced endogenously and present in the environment and foods. It can modify DNA and proteins to form advanced glycation end products (AGES). Emerging evidence has shown that N-2-(l-carboxyethyl)-2 '-deoxyguanosine (N-2-CEdG) is a major marker for AGE-linked DNA adducts. Here, we report, for the first time, the preparation of oligodeoxyribonucleotides (ODNs) containing individual diastereomers of N-2-CEdG via a postoligomerization synthesis method, which provided authentic substrates for examining the replication and repair of this lesion. In addition, thermodynamic parameters derived from melting temperature data revealed that the two diastereomers of N-2-CEdG destabilized significantly the double helix as represented by a 4 kcal/mol increase in Gibbs free energy for duplex formation at 25 degrees C. Primer extension assay results demonstrated that both diastereomers; of N-2-CEdG could block considerably the replication synthesis mediated by the exonuclease-free Klenow fragment of Escherichia coli DNA polymerase 1. Strikingly, the polymerase incorporated incorrect nucleotides, dGMP and dAMP, opposite the lesion more preferentially than the correct nucleotide, dCMP.