9-(3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-β-D-arabinofuranosyl)guanine | 129835-17-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 9-(3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-β-D-arabinofuranosyl)guanine
• 英文别名: 9-[(6aR,8R,9S,9aS)-9-hydroxy-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl]-2-amino-1H-purin-6-one
• CAS: 129835-17-2
• 化学式: C₂₂H₃₉N₅O₆Si₂
• 分子量: 525.753
• InChiKey: CWVNMKRKFJYCCC-LNNXQNCSSA-N

物化性质

• 密度：
  1.36±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.92
• 重原子数：
  35
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.77
• 拓扑面积：
  142
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  9-(3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-β-D-arabinofuranosyl)guanine 在 吡啶 、 sodium hydroxide 、 tert-butyl-ammonium fluoride 、 (N,N-dimethylamino)pyrydine 、 Dowex 50W x 2-100 、 四丁基氟化铵 、 对甲苯磺酸 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 33.0h， 生成 5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-N2-异丁酰基-2'-氟脱氧鸟苷
  参考文献：
  名称：

  Uniformly modified 2'-deoxy-2'-fluoro-phosphorothioate oligonucleotides as nuclease-resistant antisense compounds with high affinity and specificity for RNA targets

  摘要：

  均一化修饰的磷酸二酯或硫代磷酸酯寡核苷酸，包含2'-脱氧-2'-氟腺苷、-鸟苷、-尿苷和-胞苷，首次在此报道，当它们与RNA杂交时，表现出一致的叠加性稳定性提升，同时不会影响碱基配对的特异性。2'-脱氧-2'-氟修饰的寡核苷酸与RNA杂交的圆二色光谱表明，杂交双链呈现完全的A型构象。以磷酸二酯形式存在的2'-脱氧-2'-氟修饰的寡核苷酸对核酸酶不具抵抗力；然而，以硫代磷酸酯形式存在的修饰寡核苷酸则具有极高的核酸酶抗性，并且保留了对RNA靶标的卓越结合亲和力。2'-脱氧-2'-氟修饰对RNA-DNA双链的稳定化效果被证明优于2'-O-甲基核糖的替代。与均一化2'-脱氧-2'-氟修饰寡核苷酸形成的RNA杂交双链不支持HeLa细胞中RNase H活性；然而，将修饰引入到“嵌合”寡核苷酸中已被证明可以激活哺乳动物的RNase H。均一化修饰的2'-脱氧-2'-氟硫代磷酸酯寡核苷酸提供了反义分子，具有（1）对RNA靶标的高结合亲和力和选择性，以及（2）对核酸酶的稳定性。

  DOI：

  10.1021/jm00059a007
• 作为产物：
  描述：

  鸟苷 在 吡啶 、 sodium tetrahydroborate 、 戴斯-马丁氧化剂 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 9-(3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-β-D-arabinofuranosyl)guanine
  参考文献：
  名称：

  Molybdopterin 生物合成：使用 2'-DeoxyGTP 和 2'-ChloroGTP 作为底物类似物捕获 MoaA 催化反应的中间体。

  摘要：

  MoaA 是一种自由基 S-腺苷甲硫氨酸 (AdoMet) 酶，在钼蝶呤生物合成的第一步中催化鸟苷-5'-三磷酸 (GTP) 的复杂重排。在本文中，我们提供了 MoaA 反应产物的额外表征，描述了使用 2'-氯代 GTP 捕获 GTP C3' 自由基，该自由基是由氢原子转移到 5'-脱氧腺苷自由基产生的，以及使用 2'- deoxyGTP 以阻止反应序列中的后期步骤。这些探针，再加上先前报道的中间体的捕获，其中核糖的 C3' 与嘌呤的 C8 相连，使我们能够提出 MoaA 催化反应的合理机制。

  DOI：

  10.1021/ja502663k

文献信息

• [EN] MODIFIED OLIGONUCLEOTIDES AND METHODS OF USE<br/>[FR] OLIGONUCLÉOTIDES MODIFIÉS ET MÉTHODES D'UTILISATION
  申请人：ALIOS BIOPHARMA INC

  公开号：WO2018053185A1

  公开（公告）日：2018-03-22

  Modified oligonucleotides comprising modifications at the 2' and/or 3' positions(s) along with methods of making and use, e.g., against HBV are disclosed.

  修改的寡核苷酸包括在2'和/或3'位置进行修饰的方法以及制备和使用方法，例如用于对抗HBV的方法。
• Antisense modulation of CD40 ligand expression
  申请人：Bennett Frank C.

  公开号：US20060160758A1

  公开（公告）日：2006-07-20

  Antisense compounds, compositions and methods are provided for modulating the expression of CD40 ligand. The compositions comprise antisense compounds, particularly antisense oligonucleotides, targeted to nucleic acids encoding CD40 ligand. Methods of using these compounds for modulation of CD40 ligand expression and for treatment of diseases associated with expression of CD40 ligand are provided.

  提供了用于调节CD40配体表达的反义化合物、组合物和方法。这些组合物包括针对编码CD40配体的核酸的反义化合物，特别是反义寡核苷酸。提供了使用这些化合物调节CD40配体表达和治疗与CD40配体表达相关疾病的方法。
• Synthesis, Oxidation Behavior, Crystallization and Structure of 2‘-Methylseleno Guanosine Containing RNAs
  作者：Holger Moroder、Christoph Kreutz、Kathrin Lang、Alexander Serganov、Ronald Micura

  DOI：10.1021/ja0621400

  日期：2006.8.1

  modified 2'-methylseleno RNAs which represent useful derivatives for phasing of X-ray crystallographic data during their three-dimensional structure determination. Here, we introduce the first synthesis of an appropriate guanosine phosphoramidite, which complements the thus far established set of 2'-methylseleno-modified uridine, cytidine, and adenosine building blocks for solid-phase synthesis. The novel

  我们最近介绍了结合化学和酶促制备位点特定修饰的 2'-甲基硒 RNA 的基本概念，这些 RNA 代表了在其三维结构测定过程中对 X 射线晶体学数据进行定相的有用衍生物。在这里，我们介绍了合适的鸟苷亚磷酰胺的首次合成，它补充了迄今为止建立的用于固相合成的 2'-甲基硒修饰的尿苷、胞苷和腺苷构建块。新的构建块很容易整合到 RNA 中。重要的是，正是 2'-甲基硒鸟苷标记的 RNA 使我们能够揭示 Se 部分的可逆氧化/还原行为，因此它对理解 threo-1,4-dimercapto 的作用做出了宝贵贡献。 -2, 含硒 RNA 的固相合成、脱保护和结晶过程中需要 3-丁二醇 (DTT)。此外，我们研究了 2'-甲基硒 RNA 的结晶特性。我们的研究表明，Se 修饰显着增加了导致晶体生长的条件范围。此外，我们确定了模型 RNA 螺旋的晶体结构，并表明 Se 修饰会影响晶体堆积相互作用，从而有可能
• Synthesis and Crystal Structure of 2′-Se-Modified Guanosine Containing DNA
  作者：Jozef Salon、Jia Sheng、Jianhua Gan、Zhen Huang

  DOI：10.1021/jo902190c

  日期：2010.2.5

  describe a convenient synthesis of a new building block, the 2′-SeMe-modified guanosine (GSe) phosphoramidite, and report the first incorporation of the 2′-Se-G moiety into DNA. The X-ray crystal structure of the 2′-Se-modified octamer DNA (5′-GTGSeTACAC-3′) was determined at a resolution of 1.20 Å. We also found that the 2′-Se modification points to the minor groove and that the modified and native structures

  核酸的硒修饰在X射线晶体结构确定和核酸功能研究中非常重要。在这里，我们描述了一种新型合成单元2'-SeMe修饰的鸟苷（G Se）亚磷酰胺的简便合成方法，并报道了2'-Se-G部分首次掺入DNA。以1.20的分辨率测定了2'-Se-修饰的八聚体DNA（5'-GT G S e TACAC-3'）的X射线晶体结构。我们还发现2'-Se修饰指向小沟，修饰的和天然的结构实际上是相同的。此外，我们观察到2'-Se-G修饰相对于相应的天然DNA可以显着促进晶体生长。
• [EN] ANTISENSE MODULATION OF ENDOTHELIAL LIPASE EXPRESSION<br/>[FR] MODULATION ANTISENS DE L'EXPRESSION DE LIPASE ENDOTHELIALE
  申请人：PHARMACIA CORP

  公开号：WO2004009541A3

  公开（公告）日：2004-05-21