7-nitro-3-β-D-ribofuranosyl-3H-imidazo<4,5-b>pyridine | 109151-84-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 7-nitro-3-β-D-ribofuranosyl-3H-imidazo<4,5-b>pyridine
• 英文别名: (2R,3S,4R,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(7-nitroimidazo[4,5-b]pyridin-3-yl)oxolane-3,4-diol
• CAS: 109151-84-0
• 化学式: C₁₁H₁₂N₄O₆
• 分子量: 296.239
• InChiKey: MCXDDINBJJAZAR-PNHWDRBUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.05
• 重原子数：
  21.0
• 可旋转键数：
  3.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  143.77
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  9.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  7-nitro-3-β-D-ribofuranosyl-3H-imidazo<4,5-b>pyridine 在 盐酸 、 重铬酸吡啶 、 氯化亚砜 、 对甲苯磺酸 作用下， 以 氯仿 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 34.67h， 生成 N-ethyl-1'-deoxy-1'-(1-deaza-6-nitro-9H-purin-9-yl)-β-D-ribofuranuronamide
  参考文献：
  名称：

  腺苷受体激动剂：腺苷衍生物的1-deaza类似物的合成和生物学评估。

  摘要：

  为了寻找更具选择性的A1腺苷受体激动剂，N6-[（R）-（-）-1-甲基-2-苯乙基] -1-脱氮杂腺苷（1-deaza-R-PIA，3a），N6-环戊基-从5,7-二氯-3-β-D合成了1-deazaadenosine（1-deazaCPA，3b），N6-cyclohexyl-1-deazaadenosine（1-deazaCHA，3c）和相应的2-氯衍生物2a-c。 -核呋喃糖基-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶。另一方面，制备了N-乙基-1′-脱氧-1′-（1-deaza-6-氨基-9H-嘌呤-9-基）-β-D-呋喃呋喃核糖酰胺（1-deazaNECA，10）。为了寻找更具选择性的A2激动剂，从7-硝基-3-β-D-呋喃呋喃糖基-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶中合成了吡咯烷酮。在腺苷酸环化酶和放射性配体结合研究中已经确定了所有deaza类似物对腺苷受体的活性。1-DeazaNECA被证

  DOI：

  10.1021/jm00401a018
• 作为产物：
  描述：

  7-nitroimidazo[4,5-b]pyridine 在 氨 、 四氯化锡 作用下， 以 甲醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 31.0h， 生成 7-nitro-3-β-D-ribofuranosyl-3H-imidazo<4,5-b>pyridine
  参考文献：
  名称：

  改进的1-去氮杂腺苷的合成和抗肿瘤活性。

  摘要：

  据报道，通过还原新的核苷7-硝基-3-β-D-呋喃呋喃糖基-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶（6），可以更方便地合成1-脱氮腺苷（1）。在氯化锡存在下，使7-硝基咪唑并[[4,5-b]吡啶与1,2,3,5-四-O-乙酰基-β-D-呋喃呋喃糖反应，然后用甲醇处理，得到化合物6。氨。1-Deazaadenosine（1）在体外作为HeLa，KB，P388和L1210白血病细胞系生长的抑制剂表现出良好的活性，ID50值范围从0.34 microM（KB）到1.8 microM（P388）。硝基衍生物6表现出对相同细胞系的中等活性。

  DOI：

  10.1021/jm00392a029

文献信息

• Atom-Specific Mutagenesis Reveals Structural and Catalytic Roles for an Active-Site Adenosine and Hydrated Mg²⁺ in Pistol Ribozymes
  作者：Sandro Neuner、Christoph Falschlunger、Elisabeth Fuchs、Maximilian Himmelstoss、Aiming Ren、Dinshaw J. Patel、Ronald Micura

  DOI：10.1002/anie.201708679

  日期：2017.12.11

  The pistol RNA motif represents a new class of self‐cleaving ribozymes of yet unknown biological function. Our recent crystal structure of a pre‐catalytic state of this RNA shows guanosine G40 and adenosine A32 close to the G53–U54 cleavage site. While the N1 of G40 is within 3.4 Å of the modeled G53 2′‐OH group that attacks the scissile phosphate, thus suggesting a direct role in general acid–base

  手枪RNA基序代表了一类新的自我裂解的核酶，其生物学功能尚不清楚。我们最近对该RNA进行催化前的状态的晶体结构显示，鸟苷G40和腺苷A32靠近G53–U54裂解位点。虽然G40的N1在模拟可裂解磷酸的G53 2'-OH基团的模型Å内3.4Å之内，从而暗示了其在一般酸碱催化中的直接作用，但A32的功能尚不清楚。我们提供了来自原子特异性诱变的证据，即A32的N1和N3碱基均未参与催化。相比之下，A32的核糖2'-OH对于通过G键作为A32与G40之间的桥接单元的H键网络正确定位G40似乎至关重要。我们还发现，活动位点Mg 2+的内球协调性受到破坏阳离子与G33的N7结合会使核酶急剧变慢。提出了一种机制性的建议，其中A32发挥结构作用，而水合Mg 2+在裂解中起催化作用。
• Purine and 1-deazapurine ribonucleosides and deoxyribonucleosides: synthesis and biological activity
  作者：Gloria Cristalli、Sauro Vittori、Alessandra Eleuteri、Mario Grifantini、Rosaria Volpini、Giulio Lupidi、Laura Capolongo、Enrico Pesenti

  DOI：10.1021/jm00111a044

  日期：1991.7

  6-hydroxylamino derivatives of 1-deazapurine 9, 12, and 17 and also the blocked compound 13 are inhibitors of ADA whereas the purine derivatives 4 and 6 and the nitro compounds 11 and 16 are resistant to the enzyme. 7-(Hydroxylamino)-3-(2-deoxy-beta-D-erythro-pentofuranosyl)-3H-imi dazo[4,5- b]pyridine, the less cytotoxic but the most active ADA inhibitor in the series (Ki = 2.7 x 10(-7)), greatly potentiates

  合成了一系列6-（羟氨基）嘌呤和-1-脱氮嘌呤核苷，并测试了它们的抗肿瘤和腺苷脱氨酶抑制活性。所有检查的分子均显示出与参考化合物6-（羟基氨基）-9-β-D-呋喃呋喃糖基嘌呤（HAPR）和ara-A相当的体外活性，其ID50为0.9 microM至约100 microM。1-脱氮嘌呤9、12和17的6-羟基氨基衍生物以及被保护的化合物13是ADA的抑制剂，而嘌呤衍生物4和6以及硝基化合物11和16对该酶具有抗性。7-（羟氨基）-3-（2-脱氧-β-D-赤-戊呋喃糖基）-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶，细胞毒性较小，但是该系列中活性最高的ADA抑制剂（Ki = 2.7 x 10（-7）），可大大增强ara-A的体外抗肿瘤活性。
• Atomic Mutagenesis of N6-Methyladenosine Reveals Distinct Recognition Modes by Human m6A Reader and Eraser Proteins
  作者：Florian Seitz、Tina Jungnickel、Nicole Kleiber、Jens Kretschmer、Julia Dietzsch、Juliane Adelmann、Katherine E. Bohnsack、Markus T. Bohnsack、Claudia Höbartner

  DOI：10.1021/jacs.4c00626

  日期：2024.3.20

  atom-specific changes that are introduced by chemical synthesis, such as the replacement of nitrogen by carbon atoms. Synthetic RNA oligonucleotides containing site-specifically incorporated 1-deaza-, 3-deaza-, and 7-deaza-m6A nucleosides were prepared by solid-phase synthesis and their RNA binding and demethylation by recombinant proteins were evaluated. We found distinct differences in substrate recognition

  N 6 -甲基腺苷 (m 6 A) 是细胞 RNA 中重要的修饰核苷，与多种细胞过程相关，并与疾病有关。与 m 6 A 动态安装和去除相关的酶是药物研究中重点研究的目标，这需要详细了解蛋白质对 m 6 A 的识别模式。在这里，我们利用 m 6 A 的原子诱变系统地研究了两种人类 m 6 A 去甲基化酶 FTO 和 ALKBH5 的机制以及 YTH 阅读器蛋白 YTHDF2/DC1/DC2 的结合模式。原子诱变是指通过化学合成引入的原子特异性变化，例如用碳原子取代氮。通过固相合成制备含有位点特异性掺入的1-脱氮-、3-脱氮-和7-脱氮-m 6 A核苷的合成RNA寡核苷酸，并评估它们的RNA结合和重组蛋白的去甲基化。我们发现底物识别和转化存在明显差异，并揭示了酶活性的结构偏好。这项工作中引入的 deaza m 6 A 类似物将成为 m 6 A 研究中其他蛋白质的有用探针。
• CRISTALLI, GLORIA;FRANCHETTI, PALMARISA;GRIFANTINI, MARIO;VITTORI, SAURO;+, J. MED. CHEM., 31,(1988) N 6, 1179-1183
  作者：CRISTALLI, GLORIA、FRANCHETTI, PALMARISA、GRIFANTINI, MARIO、VITTORI, SAURO、+

  DOI：——

  日期：——
• CRISTALLI, GLORIA;FRANCHETTI, PALMARISA;GRIFANTINI, MARIO;VITTORI, SAURO;+, J. MED. CHEM., 30,(1987) N 9, 1686-1688
  作者：CRISTALLI, GLORIA、FRANCHETTI, PALMARISA、GRIFANTINI, MARIO、VITTORI, SAURO、+

  DOI：——

  日期：——