3-C-allyl-3-O-benzyl-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-α-D-erythro-pentofuranose | 457067-99-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: 3-C-allyl-3-O-benzyl-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-α-D-erythro-pentofuranose
• 英文别名: 3-C-allyl-3-O-benzyl-4-C-hydroxymethyl-1,2-di-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose；3-C-allyl-3-O-benzyl-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-α-D-ribofuranose；[(3aR,6S,6aR)-5-(hydroxymethyl)-2,2-dimethyl-6-phenylmethoxy-6-prop-2-enyl-3a,6a-dihydrofuro[2,3-d][1,3]dioxol-5-yl]methanol
• CAS: 457067-99-1
• 化学式: C₁₉H₂₆O₆
• 分子量: 350.412
• InChiKey: NPDIYJBTNCZBBJ-BXWFABGCSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.1
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.58
• 拓扑面积：
  77.4
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3-C-allyl-3-O-benzyl-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-α-D-erythro-pentofuranose 在 四氧化锇 4-二甲氨基吡啶 、 sodium hydroxide 、 sodium tetrahydroborate 、 sodium periodate 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 硫酸 、 水 、 sodium hexamethyldisilazane 、 sodium hydride 、 对甲苯磺酸 、 溶剂黄146 、 三乙胺 、 甲胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 1,2-二氯乙烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 叔丁醇 为溶剂， 反应 51.0h， 生成 1-[(2R,3R,3aS,7aR)-3-(2-methoxypropan-2-yloxy)-3a-phenylmethoxy-7a-(phenylmethoxymethyl)-3,4,5,7-tetrahydro-2H-furo[2,3-c]pyran-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  具有典型S型糖构象的反式-3'，4'-桥联核酸的合成及性能

  摘要：

  具有构象受限的糖部分的核苷类似物的合成是非常令人感兴趣的。本研究描述了在4,2-二氧杂双环[4.3.0]壬烷骨架和C2'位置有甲氧基的BNA（桥联核酸）单体1和2的合成。构象分析表明这些单体的糖部分被限制在典型的S型构象中。难以合成核糖型单体1的亚磷酰胺衍生物，而成功地制备了阿拉伯糖型单体2的亚磷酰胺并掺入到寡脱氧核苷酸（ODN）中。所获得的含有2个ODN衍生物的杂交能力通过熔融温度（T m）测量来评估具有互补链的链。结果，尽管双链体的稳定性低于相应的天然DNA / DNA或DNA / RNA双链体的稳定性，但ODN衍生物与DNA和RNA的互补序列互补。

  DOI：

  10.1021/jo051187l
• 作为产物：
  描述：

  (1R)-1-[(3aR,5R,6R,6aR)-2,2-dimethyl-6-phenylmethoxy-6-prop-2-enyl-5,6a-dihydro-3aH-furo[2,3-d][1,3]dioxol-5-yl]ethane-1,2-diol 在 sodium hydroxide 、 sodium periodate 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 为溶剂， 反应 18.75h， 生成 3-C-allyl-3-O-benzyl-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-α-D-erythro-pentofuranose
  参考文献：
  名称：

  具有典型S型糖构象的反式-3'，4'-桥联核酸的合成及性能

  摘要：

  具有构象受限的糖部分的核苷类似物的合成是非常令人感兴趣的。本研究描述了在4,2-二氧杂双环[4.3.0]壬烷骨架和C2'位置有甲氧基的BNA（桥联核酸）单体1和2的合成。构象分析表明这些单体的糖部分被限制在典型的S型构象中。难以合成核糖型单体1的亚磷酰胺衍生物，而成功地制备了阿拉伯糖型单体2的亚磷酰胺并掺入到寡脱氧核苷酸（ODN）中。所获得的含有2个ODN衍生物的杂交能力通过熔融温度（T m）测量来评估具有互补链的链。结果，尽管双链体的稳定性低于相应的天然DNA / DNA或DNA / RNA双链体的稳定性，但ODN衍生物与DNA和RNA的互补序列互补。

  DOI：

  10.1021/jo051187l

文献信息

• 3′,4′-trans-Linked bicyclic nucleosides locked in S-type conformations
  作者：Helena Thomasen、Michael Meldgaard、Morten Freitag、Michael Petersen、Jesper Wengel、Poul Nielsen

  DOI：10.1039/b205031e

  日期：——

  A novel class of 3',4'-trans-linked bicyclic nucleosides with locked S-type furanose conformations is introduced by synthesis of two model derivatives; one was obtained by cyclic ether formation and the other by ring-closing metathesis methodology.

  通过合成两个模型衍生物，引入一类具有锁定的S型呋喃糖构象的3'，4'-反式联环双环核苷。一种通过环醚形成获得，另一种通过闭环易位方法获得。
• 3‘-C-Branched LNA-Type Nucleosides Locked in an N-Type Furanose Ring Conformation:  Synthesis, Incorporation into Oligodeoxynucleotides, and Hybridization Studies
  作者：Michael Meldgaard、Flemming Gundorph Hansen、Jesper Wengel

  DOI：10.1021/jo049159a

  日期：2004.9.1

  protected 3‘-C-branched LNA-type phosphoramidite building blocks 17, 27, and 38, containing furanose rings locked in an N-type conformation, were synthesized from a known 3-C-allyl allofuranose derivative using strategies relying on the introduction of the branching alkyl chain before condensation with the nucleobase. Synthesis of 3‘-C-hydroxypropyl derivatives proved superior to synthesis of the 3‘-C-hydroxyethyl

  三保护的3'-C-支LNA型亚磷酰胺构建模块17，27，和38，将含有锁定在N型构象呋喃糖环，从一个已知的3-合成Ç -烯丙基allofuranose衍生物使用的策略依赖于引入与核碱基缩合之前的支链烷基链的结构。3'-合成Ç羟丙基衍生物证明优于3'-合成Ç羟乙基衍生物，和前被转化成相应的3'- Ç氨丙基衍生物。亚磷酰胺27和38随后将其应用于自动化DNA合成仪，从而将3个3'-C支链的LNA型单体X，Y和Z引入寡聚脱氧核苷酸，并研究了它们对杂交性能的影响。相对于3' - C-羟丙基-LNA单体X，观察到引入3' - C-氨基丙基-LNA单体Y的双链稳定作用，尤其是在低盐条件下。这表明单体Y的伯氨基在所应用的杂交条件下，α-β是质子化的，并且该带正电荷的基团在主沟中的定位具有显着的双链体稳定作用。单体Y通过柱上共轭法通过甘氨酰单元进一步官能化而得到单体Z，该单体Z显示出比单体Y更小的稳定作用。
• NUCLEOSIDE ANALOGUES WHOSE SUGAR MOIETIES ARE BOUND IN S-FORM AND OLIGONUCLEOTIDE DERIVATIVES COMPRISING NUCLEOTIDE ANALOGUES THEREOF
  申请人：Imanishi, Takeshi

  公开号：EP1486504A1

  公开（公告）日：2004-12-15

  Compounds of the following general formula (1) and salts thereof: where A represents an alkylene group having 1 to 2 carbon atoms, etc.; B represents an aromatic heterocyclic group which may have a substituent, etc.; R1 and R2 each represent a hydrogen atom, a protective group for a hydroxyl group for synthesis of nucleic acid, a phosphate group, or -P(R4)R5 [where R4 and R5 are the same or different, and each represent a hydroxyl group, a hydroxyl group protected with a protective group for synthesis of nucleic acid, a mercapto group, a mercapto group protected with a protective group for synthesis of nucleic acid, etc.]; and R3 represents a hydrogen atom, a halogen atom, a hydroxyl group, a hydroxyl group protected with a protective group for synthesis of nucleic acid, etc. These compounds are useful for producing oligonucleotide analogues useful for the antisense method, antigene method, etc., and for producing their intermediates.

  以下通用式（1）及其盐的化合物：其中A代表具有1至2个碳原子的烷基基团等；B代表可能具有取代基的芳香杂环基团等；R1和R2分别代表氢原子，用于核酸合成的羟基保护基，磷酸基，或-P（R4）R5 [其中R4和R5相同或不同，每个代表羟基，用于核酸合成的羟基保护基，巯基，用于核酸合成的巯基保护基等]；R3代表氢原子，卤素原子，羟基，用于核酸合成的羟基保护基等。这些化合物可用于生产用于反义方法、抗基因方法等的寡核苷酸类似物，以及生产它们的中间体。
• A ring-closing metathesis based synthesis of bicyclic nucleosides locked in S-type conformations by hydroxyl functionalised 3′,4′-trans linkages
  作者：Morten Freitag、Helena Thomasen、Nanna K Christensen、Michael Petersen、Poul Nielsen

  DOI：10.1016/j.tet.2004.03.019

  日期：2004.4

  introduced in this nucleoside reveals a large potential for further derivatisation, and as the first example, a stereoselective dihydroxylation followed by deprotection afforded a multihydroxylated bicyclic nucleoside. The configuration and conformational behaviour was determined by NMR spectroscopy and ab initio calculations, and both this bicyclic nucleoside and its unsaturated analogue were found to

  [4.3.0]双环核苷，含有不饱和羟基化的3'，4'-反式链接已被有效地合成。因此，以双丙酮-d-葡萄糖为起始原料，用于烯丙基的立体选择性格氏反应，核碱基偶联以及随后的闭环复分解（RCM）反应被用作关键反应。引入该核苷中的环己烯部分显示出进一步衍生化的巨大潜力，并且作为第一个实例，立体选择性二羟基化然后脱保护得到了多羟基化的双环核苷。通过NMR光谱和从头算来确定构型和构象行为，并且发现该双环核苷及其不饱和类似物都强烈地受S-型构象的限制。
• Synthesis and conformation of a novel bridged nucleoside with S-type sugar puckering, trans-3′,4′-BNA monomer
  作者：Satoshi Obika、Mitsuaki Sekiguchi、Tomohisa Osaki、Nao Shibata、Miyuki Masaki、Yoshiyuki Hari、Takeshi Imanishi

  DOI：10.1016/s0040-4039(02)00784-0

  日期：2002.6

  A novel bridged nucleoside bearing a 4,7-dioxabicyclo[4.3.0]nonane skeleton, trans-3′,4′-BNA monomer, was successfully synthesized. A 1H NMR experiment and an X-ray crystallographic analysis revealed that the sugar puckering of the 3′,4′-BNA monomer was restricted to an S-type (C3′-exo) conformation.

  成功合成了一种新型的带有4,7-二氧杂双环[4.3.0]壬烷骨架，反式-3'，4'-BNA单体的桥联核苷。阿1个1 H NMR实验以及X射线结晶分析表明，该糖的3'，4'-BNA单体被限制在一个S型（C的起皱3' -外型）构象。