methyl (phenyl 4-O-(2-azido-3,6-di-O-benzyl-2-deoxy-4-O-p-methoxybenzyl-α-D-glucopyranosyl)-2-O-benzoyl-3-O-benzyl-1-thio-L-idopyranoside)-uronate | 1394857-50-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 脂肪酰基
• 英文名称: methyl (phenyl 4-O-(2-azido-3,6-di-O-benzyl-2-deoxy-4-O-p-methoxybenzyl-α-D-glucopyranosyl)-2-O-benzoyl-3-O-benzyl-1-thio-L-idopyranoside)-uronate
• 英文别名: methyl (2R,3S,4S,5R,6S)-3-[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-azido-5-[(4-methoxyphenyl)methoxy]-4-phenylmethoxy-6-(phenylmethoxymethyl)oxan-2-yl]oxy-5-benzoyloxy-4-phenylmethoxy-6-phenylsulfanyloxane-2-carboxylate
• CAS: 1394857-50-1
• 化学式: C₅₅H₅₅N₃O₁₂S
• 分子量: 982.121
• InChiKey: GMPKDFATYFBRLO-NICZOZBPSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  10.1
• 重原子数：
  71
• 可旋转键数：
  24
• 环数：
  8.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.31
• 拓扑面积：
  166
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  15

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  methyl (phenyl 4-O-(2-azido-3,6-di-O-benzyl-2-deoxy-4-O-p-methoxybenzyl-α-D-glucopyranosyl)-2-O-benzoyl-3-O-benzyl-1-thio-L-idopyranoside)-uronate 在 N-碘代丁二酰亚胺 、 水 、 silver trifluoromethanesulfonate 、 lithium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  合成的硫酸乙酰肝素二糖的单分子荧光检测

  摘要：

  据报道，首次对结构明确的合成碳水化合物进行单分子荧光检测：用Alexa488标记的硫酸乙酰肝素（HS）二糖片段。对单分子进行了测量，同时在溶液中自由扩散，并在表面束缚的脂质囊泡中进行了受控包封，从而使对碳水化合物分子的观察扩展到了单分子水平。HS-蛋白质相互作用的多样性和动态性质意味着，在分子水平上研究纯HS片段的新工具将大大增强我们对HS的了解。这项工作是合成碳水化合物单分子研究可行性的原理证明，为纯糖胺聚糖（GAG）片段的研究提供了一种新方法。

  DOI：

  10.1002/cphc.201600750
• 作为产物：
  描述：

  1,3,4,6-tetra-O-acetyl-2-deoxy-2-trichloroacetamido-β-D-glucopyranose 在 三乙基硅烷 、 1H-咪唑-1-磺酰叠氮盐酸盐 、 N-溴代丁二酰亚胺(NBS) 、 copper(ll) sulfate pentahydrate 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 三氟化硼乙醚 、 水 、 sodium hydride 、 potassium carbonate 、 对甲苯磺酸 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 丙酮 、 乙腈 、 mineral oil 为溶剂， 反应 120.92h， 生成 methyl (phenyl 4-O-(2-azido-3,6-di-O-benzyl-2-deoxy-4-O-p-methoxybenzyl-α-D-glucopyranosyl)-2-O-benzoyl-3-O-benzyl-1-thio-L-idopyranoside)-uronate
  参考文献：
  名称：

  l-艾杜醛酰胺合成和可扩展转化为肝素相关二糖和四糖

  摘要：

  可按千克规模制备的非对映异构纯氰醇可在一个步骤中有效转化为新型l-艾杜隆酰胺。这种艾杜糖醛酰胺的新区域选择性酰化和亚硝酸戊酯介导的新型温和酰胺水解方法能够实现短时间、可扩展的l-艾杜糖醛酸二乙酸酯 C-4 受体的合成，以及l-艾杜糖醛酸 C-4 受体硫糖苷。描述了将这些有效转化为一系列肝素相关葡萄糖-碘二糖构建块（各种 C-4 保护选项），包括对关键肝素构建块 ido-硫糖苷供体的高效多克访问。1-OAc 二糖通过分化为受体和供体二糖而转化为肝素相关四糖。1,2-二乙酰艾杜糖醛酸甲酯和类似艾杜糖酰胺的X射线和核磁共振数据表明，虽然两者在溶液中均采用1 C 4构象，但艾杜糖醛酸酯在固态时采用4 C 1构象。还报道了新型4 C 1的 X 射线结构-构象锁定双环 1,6-脱水艾糖醛酸内酯以及新型扭曲的4 C 1艾糖醛酸内酯4,6-内酯的 X 射线结构。氘标记还提供了在新型亚硝酸戊酯介导的艾杜糖醛

  DOI：

  10.1021/jo300722y

文献信息

• Synthesis of Heparan Sulfate- and Dermatan Sulfate-Related Oligosaccharides via Iterative Chemoselective Glycosylation Exploiting Conformationally Disarmed [2.2.2] <scp>l</scp>-Iduronic Lactone Thioglycosides
  作者：Robin A. Jeanneret、Charlotte E. Dalton、John M. Gardiner

  DOI：10.1021/acs.joc.9b01594

  日期：2019.12.6

  sulfate (DS) are l-iduronic acid containing glycosaminoglycans (GAGs) which are implicated in a number of biological processes and conditions including cancer and viral infection. Chemical synthesis of HS and DS is required to generate structurally defined oligosaccharides for a biological study. Herein, we present a new synthetic approach to HS and DS oligosaccharides using chemoselective glycosylation

  硫酸乙酰肝素（HS）和硫酸皮肤素（DS）是含有糖胺聚糖（GAG）的l-艾杜糖醛酸，与多种生物过程和疾病有关，包括癌症和病毒感染。HS和DS的化学合成是生成生物学研究所需的结构确定的寡糖所必需的。在本文中，我们提出了一种新的合成方法，该方法使用化学选择性糖基化作用来合成HS和DS寡糖，后者依赖于已解除武装的[2.2.2] l-基内酯基序。该策略提供了用于迭代减少末端链延伸的通用方法，仅使用货架稳定的硫代糖苷结构单元，利用构象转换控制反应性，因此在糖基化之间不需要端基操纵步骤。
• Synthesis and Scalable Conversion of <scp>l</scp>-Iduronamides to Heparin-Related Di- and Tetrasaccharides
  作者：Steen U. Hansen、Gavin J. Miller、Marek Baráth、Karl R. Broberg、Egle Avizienyte、Madeleine Helliwell、James Raftery、Gordon C. Jayson、John M. Gardiner

  DOI：10.1021/jo300722y

  日期：2012.9.21

  structure is also reported for the novel, 4C1-conformationally locked bicyclic 1,6-anhydro iduronate lactone along with an X-ray structures of a novel distorted 4C1 iduronate 4,6-lactone. Deuterium labeling also provides mechanistic insight into the formation of lactone products during the novel amyl nitrite-mediated hydrolysis of iduronamide into the parent iduronic acid functionality.

  可按千克规模制备的非对映异构纯氰醇可在一个步骤中有效转化为新型l-艾杜隆酰胺。这种艾杜糖醛酰胺的新区域选择性酰化和亚硝酸戊酯介导的新型温和酰胺水解方法能够实现短时间、可扩展的l-艾杜糖醛酸二乙酸酯 C-4 受体的合成，以及l-艾杜糖醛酸 C-4 受体硫糖苷。描述了将这些有效转化为一系列肝素相关葡萄糖-碘二糖构建块（各种 C-4 保护选项），包括对关键肝素构建块 ido-硫糖苷供体的高效多克访问。1-OAc 二糖通过分化为受体和供体二糖而转化为肝素相关四糖。1,2-二乙酰艾杜糖醛酸甲酯和类似艾杜糖酰胺的X射线和核磁共振数据表明，虽然两者在溶液中均采用1 C 4构象，但艾杜糖醛酸酯在固态时采用4 C 1构象。还报道了新型4 C 1的 X 射线结构-构象锁定双环 1,6-脱水艾糖醛酸内酯以及新型扭曲的4 C 1艾糖醛酸内酯4,6-内酯的 X 射线结构。氘标记还提供了在新型亚硝酸戊酯介导的艾杜糖醛
• Single-Molecule Fluorescence Detection of a Synthetic Heparan Sulfate Disaccharide
  作者：Charlotte E. Dalton、Steven D. Quinn、Aidan Rafferty、Michael J. Morten、John M. Gardiner、Steven W. Magennis

  DOI：10.1002/cphc.201600750

  日期：2016.11.4

  The first single‐molecule fluorescence detection of a structurally‐defined synthetic carbohydrate is reported: a heparan sulfate (HS) disaccharide fragment labeled with Alexa488. Single molecules have been measured whilst freely diffusing in solution and controlled encapsulation in surface‐tethered lipid vesicles has allowed extended observations of carbohydrate molecules down to the single‐molecule

  据报道，首次对结构明确的合成碳水化合物进行单分子荧光检测：用Alexa488标记的硫酸乙酰肝素（HS）二糖片段。对单分子进行了测量，同时在溶液中自由扩散，并在表面束缚的脂质囊泡中进行了受控包封，从而使对碳水化合物分子的观察扩展到了单分子水平。HS-蛋白质相互作用的多样性和动态性质意味着，在分子水平上研究纯HS片段的新工具将大大增强我们对HS的了解。这项工作是合成碳水化合物单分子研究可行性的原理证明，为纯糖胺聚糖（GAG）片段的研究提供了一种新方法。