Structure-based drug design of novel and highly potent pyruvate dehydrogenase kinase inhibitors
作者:Yuki Bessho、Tatsuo Akaki、Yoshinori Hara、Maki Yamakawa、Shingo Obika、Genki Mori、Minoru Ubukata、Katsutaka Yasue、Yoshitomi Nakane、Yasuo Terasako、Takuya Orita、Satoki Doi、Tomoko Iwanaga、Ayumi Fujishima、Tsuyoshi Adachi、Hiroshi Ueno、Takahisa Motomura
DOI:10.1016/j.bmc.2021.116514
日期:2021.12
explored, and the PDHK2 X-ray structure with a representative compound revealed a novel ATP lid conformation in which the phenyl ring of Phe326 mediated the interaction of the Arg258 sidechain and the compound. Compounds with amide linkers were designed to release the ATP lid by forming an intramolecular pi-pi interaction, and these compounds showed single-digit nM IC50 values in an enzymatic assay. We
丙酮酸脱氢酶激酶 (PDHK) 是许多疾病(包括糖尿病和癌症)的迷人药物靶点。在本报告中,我们描述了我们基于结构的药物设计的三环先导化合物的结果,这导致在酶测定中发现了高效的 PDHK2 和 PDHK4 双重抑制剂。探索了三环核心的 C3 位,具有代表性化合物的 PDHK2 X 射线结构揭示了一种新的 ATP 盖构象,其中 Phe326 的苯环介导了 Arg258 侧链与化合物的相互作用。具有酰胺接头的化合物旨在通过形成分子内 pi-pi 相互作用来释放 ATP 盖,这些化合物显示单位数 nM IC 50酶测定中的值。我们还探索了三环核心的 C4 位以重现观察到的与 C3 位取代的相互作用,并且吡咯烷化合物显示出相同水平的 IC 50值。通过对接模拟优化与 Asn255 侧链的相互作用,具有 2-羧基吡咯部分的化合物也显示出个位数的 nM IC 50值,而与 Arg258 侧链没有阳离子-pi