(Z)-3-(benzyloxymethyl)-1-[2,3-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)-4,5-dehydro-5-deoxy-5-iodo-β-D-ribopentofuranosyl]uracil | 1332757-98-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: (Z)-3-(benzyloxymethyl)-1-[2,3-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)-4,5-dehydro-5-deoxy-5-iodo-β-D-ribopentofuranosyl]uracil
• 英文别名: 3-(benzyloxymethyl)-1-[(Z)-2,3-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)-4,5-dehydro-5-deoxy-5-iodo-β-D-ribopentofuranosyl]uracil；1-[(2R,3R,4S,5Z)-3,4-bis[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy]-5-(iodomethylidene)oxolan-2-yl]-3-(phenylmethoxymethyl)pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 1332757-98-8
• 化学式: C₂₉H₄₅IN₂O₆Si₂
• 分子量: 700.762
• InChiKey: SREQLYWRGJMEBB-SSMFNXRLSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.77
• 重原子数：
  40
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.59
• 拓扑面积：
  77.5
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (Z)-3-(benzyloxymethyl)-1-[2,3-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)-4,5-dehydro-5-deoxy-5-iodo-β-D-ribopentofuranosyl]uracil 在 copper(l) iodide 、 三光气 、 caesium carbonate 、 三乙胺 、 三氟乙酸 、 N,N'-二甲基乙二胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 59.33h， 生成
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of pacidamycin analogues via an Ugi-multicomponent reaction

  摘要：

  The second-generation synthesis of 3'-hydroxypacidamycin D (2) has been accomplished via an Ugi-four component reaction at a late stage of the synthesis. This approach provided ready access to a range of analogues including diastereomers of the diaminobutylic acid residue and hybrid-type analogues of mureidomycins. Biological evaluations of these analogues indicated that the stereochemistry at the diaminobutylic acid residue has a crucial impact on both the MraY biochemical inhibition and whole-cell anti-bacterial activity. (C) 2012 Elsevier Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2012.05.050
• 作为产物：
  描述：

  3-(benzyloxymethyl)-1-[2,3,5-tri-O-(tert-butyldimethylsilyl)-β-D-ribo-pentofuranosyl]uracil 在 吡啶 、 iodonium di(2,4,6-collidinium) triflate 、 碘 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 、 三苯基膦 、 三氟乙酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 二氯甲烷 、 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 23.5h， 生成 (Z)-3-(benzyloxymethyl)-1-[2,3-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)-4,5-dehydro-5-deoxy-5-iodo-β-D-ribopentofuranosyl]uracil
  参考文献：
  名称：

  Total Synthesis of Pacidamycin D by Cu(I)-Catalyzed Oxy Enamide Formation

  摘要：

  The first total synthesis of pacidamycin D, which is expected to be a good candidate as an antibacterial agent against P. aeruginosa, is described. The key elements of our approach feature an efficient and stereocontrolled construction of the Z-oxyvinyl iodide and copper-catalyzed cross-coupling with the tetrapeptide carboxamide.

  DOI：

  10.1021/ol202124b
• 作为试剂：
  描述：

  (2S,3S)-3-((benzyloxy)methylamino)-2-(tert-bytoxyformamido)butyric acid 在 N-甲基吗啉 、 copper(l) iodide 、 palladium on activated charcoal 、 (Z)-3-(benzyloxymethyl)-1-[2,3-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)-4,5-dehydro-5-deoxy-5-iodo-β-D-ribopentofuranosyl]uracil 、 氢气 、 氯化铵 、 caesium carbonate 、 N,N-二异丙基乙胺 、 Methanaminium,N-[(dimethylamino)(3H-1,2,3-triazolo[4,5-b]pyridin-3-yloxy)methylene]-N-methyl-, hexafluorophosphate(1-) 、 N,N'-二甲基乙二胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 50.75h， 生成
  参考文献：
  名称：

  Total Synthesis of Pacidamycin D by Cu(I)-Catalyzed Oxy Enamide Formation

  摘要：

  The first total synthesis of pacidamycin D, which is expected to be a good candidate as an antibacterial agent against P. aeruginosa, is described. The key elements of our approach feature an efficient and stereocontrolled construction of the Z-oxyvinyl iodide and copper-catalyzed cross-coupling with the tetrapeptide carboxamide.

  DOI：

  10.1021/ol202124b

文献信息

• Elucidating the Structural Requirement of Uridylpeptide Antibiotics for Antibacterial Activity
  作者：Yuma Terasawa、Chisato Sataka、Toyotaka Sato、Kazuki Yamamoto、Yukari Fukushima、Chie Nakajima、Yasuhiko Suzuki、Akira Katsuyama、Takanori Matsumaru、Fumika Yakushiji、Shin-ichi Yokota、Satoshi Ichikawa

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.0c00973

  日期：2020.9.10

  The synthesis and biological evaluation of analogues of uridylpeptide antibiotics were described, and the molecular interaction between the 3′-hydroxy analogue of mureidomycin A (3′-hydroxymureidomycin A) and its target enzyme, phospho-MurNAc-pentapeptide transferase (MraY), was analyzed in detail. The structure–activity relationship (SAR) involving MraY inhibition suggests that the side chain at the

  描述了尿苷肽抗生素类似物的合成和生物学评估，并证明了莫来霉素A（3'-羟基尿素霉素A）的3'-羟基类似物与其靶酶磷酸-MurNAc-五肽转移酶（MraY）之间的分子相互作用。详细分析。涉及MraY抑制的结构活性关系（SAR）表明，尿素-二肽部分的侧链不影响MraY抑制。但是，抗铜绿假单胞菌活性形成了鲜明的对比，而尿素-二肽基序是关键的贡献者。还建议核苷肽渗透酶NppA1A2BCD负责3'-羟基mureidomycin A进入细胞质的转运。进一步进行了3'-羟基mureidomycin A尿素-二肽部分的系统SAR分析，并确定了抗菌活性。该研究为基于尿苷肽抗生素的类似物的合理设计提供了指导。
• Total Synthesis and Biological Evaluation of Pacidamycin D and Its 3′-Hydroxy Analogue
  作者：Kazuya Okamoto、Masahiro Sakagami、Fei Feng、Hiroko Togame、Hiroshi Takemoto、Satoshi Ichikawa、Akira Matsuda

  DOI：10.1021/jo202159q

  日期：2012.2.3

  copper-catalyzed cross-coupling with the tetrapeptide carboxamide 5, a thermally unstable compound containing a number of potentially reactive functional groups. This synthetic route also allowed us to easily prepare 3′-hydroxy analogue 32. The assemblage by cross-coupling of the Z-oxyvinyl halide 6 and the carboxamide 5 at a late stage of the synthesis provided ready access to a range of uridylpeptide antibiotics

  描述了pacidamycin D（4）及其3'-羟基类似物32的总合成的全部细节。化学上不稳定的Z-氧酰基烯酰胺部分是在尿肽天然产物中发现的最具挑战性的化学结构。我们合成4的方法的关键要素包括有效且立体控制的Z-氧乙烯基卤化物6和7的构建以及它们在铜催化下与四肽羧酰胺5的交叉偶联，四肽羧酰胺5是一种热不稳定的化合物，含有许多潜在的反应性官能团组。这种合成途径还使我们能够轻松制备3'-羟基类似物32。Z-氧乙烯基卤化物6和羧酰胺5在合成的后期通过交叉偶联而组装在一起，尽管它们固有的不稳定性质和潜在的差向异构化作用，但只要改变它们，就可以轻易地获得一系列的尿肽肽抗生素及其类似物。四肽部分。