O⁶-benzyl-8-bromo-3',5'-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxy-guanosine | 479408-22-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: O⁶-benzyl-8-bromo-3',5'-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxy-guanosine
• 英文别名: O⁶-benzyl-8-bromo-3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine；6-O-benzyl-8-bromo-3,'5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine；8-bromo-3',5'-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-O6-benzyl-2'-deoxyguanosine；8-bromo-9-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-6-phenylmethoxypurin-2-amine
• CAS: 479408-22-5
• 化学式: C₂₉H₄₆BrN₅O₄Si₂
• 分子量: 664.79
• InChiKey: CGFIUJHZJRBUOX-BHDDXSALSA-N

物化性质

• 沸点：
  679.7±65.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.26±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.45
• 重原子数：
  41
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.62
• 拓扑面积：
  107
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  O⁶-benzyl-8-bromo-3',5'-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxy-guanosine 在 potassium phosphate 、 10% palladium on carbon 、 四丁基氟化铵 、 氢气 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 xylenes 为溶剂， 反应 0.5h， 生成 8-(4-chlorophenoxy)-2'-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  8-苯氧基-2'-脱氧鸟苷核苷类似物的合成

  摘要：

  通过核碱基对外源亲电子物质的亲核攻击在体内形成的核碱基加合物可以影响加合物核苷的构象和生物学影响。当代研究旨在解决 O-连接的 8-苯氧基-嘌呤加合物的发生和相关性；然而，合成这些核苷的制备技术以前没有被描述过。本文报道了一种相对容易合成 O 连接的 8-dG 苯酚加合物与多种给电子、吸电子和空间要求高的苯酚。

  DOI：

  10.1002/ejoc.201100013
• 作为产物：
  描述：

  叔丁基二甲基氯硅烷 在 吡啶 、 咪唑 、 偶氮二甲酸二异丙酯 、 三苯基膦 作用下， 以 1,4-二氧六环 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 O⁶-benzyl-8-bromo-3',5'-bis(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxy-guanosine
  参考文献：
  名称：

  SYNTHESIS OF OLIGONUCLEOTIDES BEARING AN ARYLAMINE MODIFICATION IN THE C8-POSITION OF 2′-DEOXYGUANOSINE

  摘要：

  C8-Arylamine-dG adducts were converted into their corresponding 5'-0-DMTr-3'-0-phosphoramidite-C8-arylamine-dG derivatives. These compounds were used for the automated synthesis of site-specifically modified oligonucleotides. The oh oligonucleotides were studied for their CD properties, T. values, and their effects on primer extension assays using human DNA-polymerase beta.

  DOI：

  10.1081/ncn-200060267

文献信息

• Influence of Chlorine Substitution on the Hydrolytic Stability of Biaryl Ether Nucleoside Adducts Produced by Phenolic Toxins
  作者：Michael S. Kuska、Mohadeseh Majdi Yazdi、Aaron A. Witham、Heidi A. Dahlmann、Shana J. Sturla、Stacey D. Wetmore、Richard A. Manderville

  DOI：10.1021/jo401122j

  日期：2013.7.19

  kinetic study is reported for the acid-catalyzed hydrolysis of oxygen (O)-linked biaryl ether 8-2′-deoxyguanosine (dG) adducts produced by phenolic toxins following metabolism into phenoxyl radical intermediates. Strikingly, the reaction rate of hydrolysis at pH 1 decreases as electron-withdrawing chlorine (Cl) substituents are added to the phenoxyl ring. The Hammett plot for hydrolysis at pH 1 shows a linear

  动力学研究报道了由酚类毒素代谢成苯氧基自由基中间体后，由氧（O）连接的联芳基醚8-2'-脱氧鸟苷（dG）加合物的酸催化水解。令人惊讶的是，随着吸电子的氯（Cl）取代基被添加到苯氧基环中，在pH 1下的水解反应速率降低。在pH哈米特情节进行水解1示出了具有ρ的线性负斜率X = -0.65，这意味着增加氯取代通过降低Ñ减少水解速率7碱度。分光光度滴定法可提供N 7 H + p K a未取代的加合物8-苯氧基-dG（Ph-O-dG）的数值为1.1。模型吡啶化合物表明，对于4-Cl-Ph-O-dG和2,6-二氯-Ph-O-dG（DCP-O-dG），N 7 H + p K a值分别为0.92和0.37。密度泛函理论（DFT）的计算也突出了8-苯氧基取代基降低N 7碱性的能力，并预测了水中高度氯化的O-连接的8-dG加合物对N 3-质子化的偏好。这些计算也为O的水解反应性提供了理论依据如电喷雾质谱法（
• Highly Efficient Synthesis of a Phosphoramidite Building Block of C8-Deoxyguanosine Adducts of Aromatic Amines
  作者：Chris Meier、Sonja Gräsl

  DOI：10.1055/s-2002-25354

  日期：——

  The synthesis of 5′-O-DMTr-3′-O-phosphoramidite-C8-arylamine-dG adducts 11 and 12 is described. The compounds are potential building blocks for the automated synthesis of site-specifically modified oligonucleotides. The C8-adducts were synthesized by a palladium-catalyzed cross-coupling reaction.

  描述了5′-O-DMTr-3′-O-磷酰胺-衍生的C8-芳胺-dG加合物11和12的合成。这些化合物是自动合成位点特异性改性寡核苷酸的潜在构建块。C8-加合物是通过钯催化的交叉耦合反应合成的。
• Synthesis of Oligonucleotides Containing 2′-Deoxyguanosine Adducts of Nitropyrenes
  作者：Laureen C. Colis、Debasis Chakraborti、Pablo Hilario、Christopher McCarty、Ashis K. Basu

  DOI：10.1080/15257770902736426

  日期：2009.3.11

  Two different approaches to synthesize oligonucleotides containing the 2 ′-deoxyguanosine adducts formed by nitropyrenes are described. A direct reaction of an unmodified oligonucleotide with an activated nitropyrene derivative is a convenient biomimetic approach for generating the major adducts in DNA. A total synthetic approach, by contrast, involves several synthetic steps, including Buchwald-Hartwig

  描述了两种不同的合成寡核苷酸的方法，这些寡核苷酸包含由硝基吡啶形成的2'-脱氧鸟苷加合物。未经修饰的寡核苷酸与活化的硝基py衍生物的直接反应是一种方便的仿生方法，用于在DNA中生成主要的加合物。相比之下，总的合成方法涉及几个合成步骤，包括Buchwald-Hartwig Pd催化的偶联，但可用于以高收率将主要和次要加合物掺入DNA中。
• Site-Specific Incorporation of<i>N</i>-(2′-Deoxyguanosine-8-yl)-6-aminochrysene Adduct in DNA and Its Replication in Human Cells
  作者：Paritosh Pande、Kimberly R. Rebello、Arindom Chatterjee、Spandana Naldiga、Ashis K. Basu

  DOI：10.1021/acs.chemrestox.0c00197

  日期：2020.7.20

  5-(dG-N2-yl)-6-AC. Here, we report the total synthesis of a site-specific oligonucleotide containing the 6-NC-derived C8 dG adduct, N-(dG-8-yl)-6-AC. Pd-catalyzed Buchwald-Hartwig cross coupling of 6-aminochrysene with protected C8-bromo-dG derivative served as the key reaction to furnish protected N-(dG-8-yl)-6-AC in 56% yield. The monomer for solid-phase DNA synthesis was prepared by its deprotection followed

  环境污染物6-硝基丙烯（6-NC）是大鼠的一种强力诱变剂和一种乳致癌物。6-NC是新生小鼠测定中测试过的最有效的致癌物。在哺乳动物细胞中，其通过硝基还原以及环氧化和硝基还原途径的组合被代谢激活。硝基还原途径产生两个带有2'-脱氧鸟苷（dG）的主要加合物，一个在C8位，N-（dG-8-yl）-6-AC，另一个在外环N 2位，5- （dG- N 2-基）-6-AC。在这里，我们报告了包含6-NC衍生的C8 dG加合物N的位点特异性寡核苷酸的总合成-（dG-8-yl）-6-AC。Pd催化6-氨基amino与受保护的C8-溴-dG衍生物的Buchwald-Hartwig交叉偶联是提供受保护的N-（dG-8-基）-6-AC的关键反应，产率为56％。通过脱保护然后转化为相应的5'- O-二甲氧基三苯甲基3'-亚磷酰胺制备用于固相DNA合成的单体，该单体用于合成位点特异性加成的寡核苷酸。纯化和鉴定后，将
• Synthesis of DNA Strands Site-Specifically Damaged by C8-Arylamine Purine Adducts and Effects on Various DNA Polymerases
  作者：Nicolas Böge、Maike I. Jacobsen、Zita Szombati、Sabrina Baerns、Francesca Di Pasquale、Andreas Marx、Chris Meier

  DOI：10.1002/chem.200800979

  日期：2008.12.8

  C8-Arylamine-dG and C8-arylamine-dA adducts have been prepared using palladium cross-coupling chemistry. These adducts were subsequently converted into the corresponding 5'-O-DMTr-C8-arylamine-3'-O-phosphoramidites and then used for the automated synthesis of different site-specifically modified oligonucleotides. These "damaged" oligonucleotides have been characterized by ESI-MS, UV thermal stability

  使用钯交叉偶联化学已经制备了C8-芳胺-dG和C8-芳基胺-dA加合物。随后将这些加合物转化为相应的5'-O-DMTr-C8-芳基胺-3'-O-亚磷酰胺，然后用于自动合成不同的位点特异性修饰的寡核苷酸。这些“损坏”的寡核苷酸已通过ESI-MS，UV热稳定性测定和圆二色性进行了表征，它们已用于EcoRI测定以及使用各种DNA聚合酶的引物延伸研究中。