1,2-di-O-acetyl-3,5-di-O-benzyl-4-C-(p-toluenesulphonyloxymethyl)-α-D-ribofuranose | 209968-86-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: 1,2-di-O-acetyl-3,5-di-O-benzyl-4-C-(p-toluenesulphonyloxymethyl)-α-D-ribofuranose
• 英文别名: 4-C-[(phenylmethoxy)methyl]-3-O-(phenylmethyl)-1,2-diacetate 5-(4-methylbenzenesulfonate)-L-lyxofuranose；[(3R,4S,5S)-2-acetyloxy-5-[(4-methylphenyl)sulfonyloxymethyl]-4-phenylmethoxy-5-(phenylmethoxymethyl)oxolan-3-yl] acetate
• CAS: 209968-86-5
• 化学式: C₃₁H₃₄O₁₀S
• 分子量: 598.671
• InChiKey: SARJCTLCJVZESL-MZYSEHNVSA-N

物化性质

• 沸点：
  693.8±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.32±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.8
• 重原子数：
  42
• 可旋转键数：
  15
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  132
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1,2-di-O-acetyl-3,5-di-O-benzyl-4-C-(p-toluenesulphonyloxymethyl)-α-D-ribofuranose 在 palladium dihydroxide N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 potassium carbonate 、 环己烯 作用下， 以 甲醇 、 乙醇 、 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 34.5h， 生成 2-[N-(dimethylaminomethylidene)amino]-1-(2-O,4-C-methylene-β-D-ribofuranosyl)imidazole
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and Triplex-Forming Ability of 2',4'-BNAs Bearing Imidazoles as a Nucleobase

  摘要：

  为了以三链体形式扩展双链 DNA (dsDNA) 靶标的序列，合成并掺入了具有咪唑作为核碱基的 2',4'-BNA（2'-O,4'-C-亚甲基桥核酸）成寡核苷酸。通过使用解链温度 (Tm) 测量来评估修饰寡核苷酸的三链体形成能力。

  DOI：

  10.1248/cpb.53.843
• 作为产物：
  描述：

  对甲苯磺酰氯 在 4-二甲氨基吡啶 、 硫酸 、 溶剂黄146 、 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 15.0h， 生成 1,2-di-O-acetyl-3,5-di-O-benzyl-4-C-(p-toluenesulphonyloxymethyl)-α-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  带有腺嘌呤碱基的硒亚甲基锁定核酸 (SeLNA) 核苷单元的合成

  摘要：

  摘要 研究了带有腺嘌呤碱基的硒亚甲基锁定核酸核苷 (SeLNA-A) 的合成。我们首先检查了 5',3'-O-TIPDS 保护的 4'-C-（羟甲基）核糖腺嘌呤衍生物的 2'-位的立体反转反应，得到相应的阿拉伯糖腺嘌呤。三氟甲磺酸化后，用乙醇中的硒和硼氢化钠的混合物处理阿拉伯糖基腺嘌呤衍生物，成功构建了所需的 SeLNA 骨架。最后，通过用氟化物处理去除 TIPDS 得到 SeLNA-A 核苷。在这项研究中，我们发现了 SeLNA-A 的热不稳定特性。有必要了解SeLNA更精确的特性以实现其寡核苷酸合成。

  DOI：

  10.1080/15257770.2019.1675169

文献信息

• Design, Synthesis, and Properties of 2‘,4‘-BNA^NC:  A Bridged Nucleic Acid Analogue
  作者：S. M. Abdur Rahman、Sayori Seki、Satoshi Obika、Haruhisa Yoshikawa、Kazuyuki Miyashita、Takeshi Imanishi

  DOI：10.1021/ja710342q

  日期：2008.4.1

  incorporated into oligonucleotides, and their properties were investigated and compared with those of 2',4'-BNA (LNA)-modified oligonucleotides. Compared to 2',4'-BNA (LNA)-modified oligonucleotides, 2',4'-BNA(NC) congeners were found to possess: (i) equal or higher binding affinity against an RNA complement with excellent single-mismatch discriminating power, (ii) much better RNA selective binding, (iii)

  设计并合成了新型桥接核酸类似物 2',4'-BNA(NC)（2'-O,4'-C-氨基亚甲基桥接核酸），包含一个六元桥接结构和 NO 键有效地展示了构建全氢-1,2-恶嗪环的一锅式分子内 NC 键形成关键反应（11 和 12）。合成了 2',4'-BNA(NC) (2',4'-BNA(NC)[NH]、[NMe] 和 [NBn]) 的三种单体并将其掺入寡核苷酸中，并研究了它们的性质并与 2',4'-BNA (LNA) 修饰的寡核苷酸相比。与 2',4'-BNA (LNA) 修饰的寡核苷酸相比，发现 2',4'-BNA(NC) 同源物具有：(i) 对 RNA 补体具有相同或更高的结合亲和力，具有出色的单错配识别能力力量，(ii) 更好的 RNA 选择性结合，(iii) 更强且更具序列选择性的三链体形成特征，以及 (iv) 极高的核酸酶抗性，甚至高于 S(p)-硫代磷酸酯类似物。具有这些优异特性的
• Novel convenient syntheses of LNA [2.2.1]bicyclo nucleosides
  作者：Alexei A. Koshkin、Vivek K. Rajwanshi、Jesper Wengel

  DOI：10.1016/s0040-4039(98)00706-0

  日期：1998.6

  oligonucleotide analogue containing [2.2.1]bicyclo nucleoside monomers. A novel and significantly improved method for convergent synthesis of LNA [2.2.1]bicyclo nucleosides using a 4-C-tosyloxymethyl-1, 2-di-O-acetyl furanose as a key synthon is described. In addition, an alternative, robust linear approach allowing selective formation of the desired [2.2.1]bicyclo LNA nucleosides via a tricyclic nucleoside

  LNA（锁定核酸）是一种新型的寡核苷酸类似物，含有[2.2.1]双环核苷单体。描述了一种新颖且显着改进的方法，该方法使用4-C-甲苯磺酰氧基甲基-1，2-二-O-乙酰基呋喃糖作为关键合成子，聚合合成LNA [2.2.1]双环核苷。此外，介绍了一种替代的，稳健的线性方法，该方法允许通过三环核苷中间体选择性形成所需的[2.2.1]双环LNA核苷。
• Stable Oligonucleotide-Directed Triplex Formation at Target Sites with CG Interruptions: Strong Sequence-Specific Recognition by 2′,4′-Bridged Nucleic-Acid-Containing 2-Pyridones under Physiological Conditions
  作者：Satoshi Obika、Yoshiyuki Hari、Mitsuaki Sekiguchi、Takeshi Imanishi

  DOI：10.1002/1521-3765(20021018)8:20<4796::aid-chem4796>3.0.co;2-o

  日期：2002.10.18

  homopurine-homopyrimidine sequence. To develop novel nucleoside analogues which recognize CG interruption in homopurine-homopyrimidine dsDNA, we synthesized a novel 2'-O,4'-C-methyleneribonucleic acid (2'-O,4'-C-methylene bridged nucleic acid; 2',4'-BNA) that bears the unnatural nucleobases, 2-pyridone (PB) or its 5-methyl congener (mPB); these analogues were introduced into pyrimidine TFOs using a DNA synthesizer

  可以被三链体形成寡核苷酸（TFO）识别的双链DNA（dsDNA）的序列限于高嘌呤-高嘧啶序列。为了开发可识别高嘌呤-高嘧啶dsDNA中CG中断的新型核苷类似物，我们合成了新型2'-O，4'-C-亚甲基核糖核酸（2'-O，4'-C-亚甲基桥接的核酸； 2'， 4'-BNA）带有非天然核碱基2-吡啶酮（PB）或其5-甲基同源物（mPB）；使用DNA合成仪将这些类似物引入嘧啶TFO。还合成了具有2'-脱氧-β-D-呋喃呋喃糖基-2-吡啶酮（P）或2'，4'-BNA碱性单体（HB）的TFO。各种合成的15-mer TFO和相应的高嘌呤-高嘧啶dsDNA的三链体形成能力，在紫外熔融实验中检查了含有一个嘧啶-嘌呤（PyPu）中断的化合物。发现在生理条件下（7 mM磷酸钠，140 mM KCl，5 mM精胺，pH 7.0），TFO中的PB和mPB成功识别了CG中断。此外，还证实了在包含三个CG中断的ds
• A 2′,4′-Bridged Nucleic Acid Containing 2-Pyridone as a Nucleobase: Efficient Recognition of a C⋅G Interruption by Triplex Formation with a Pyrimidine Motif
  作者：Satoshi Obika、Yoshiyuki Hari、Mitsuaki Sekiguchi、Takeshi Imanishi

  DOI：10.1002/1521-3773(20010601)40:11<2079::aid-anie2079>3.0.co;2-z

  日期：2001.6.1

  Significantly enhanced binding affinity to C⋅G base pairs without loss of sequence selectivity is achieved by using a nucleotide containing a 2-pyridone and a 2'-O,4'-C-methylene-bridged nucleic acid analogue (PB , see picture). The degree of stabilization of the triplex formed enables C⋅G interruptions in a homopurine⋅homopyrimidine double-stranded DNA to be detected.

  通过使用含有2-吡啶酮和2'-O，4'-C-亚甲基桥联核酸类似物的核苷酸，可以实现对C⋅G碱基对的结合亲和力显着提高，而不会失去序列选择性（P B，参见图片）。形成的三链体的稳定程度使得能够检测高嘌呤·高嘧啶双链DNA中的C·G中断。
• Synthesis of [2.2.1]bicyclo nucleosides
  申请人：Exiqon A/S

  公开号：US20030092905A1

  公开（公告）日：2003-05-15

  A synthesis of [2.2.1]bicyclo nucleosides which is shorter and provides higher overall yields proceeds via the key intermediate of the general formula III, wherein R 4 and R 5 are, for instance, sulfonates and R 7 is, for instance, a halogen or an acetate. From compounds of the general formula II, such as 3-O-aryl-4-C-hydroxymethyl-1,2-O-isopropylidene-&agr;-D-ribofuranose, intermediates of the general formula III are suitable for coupling with silylated nucleobases. Upon one-pot base-induced ring-closure and desulfonation of the formed [2.2.1]bicyclo nucleoside, a short route to each the LNA (Locked Nucleic Acid) derivatives of adenosine, cytosine, uridine, thymidine and guanidine is demonstrated. The use of the 5′-sulfonated ring-closed intermediate also allows for synthesis of 5′-amino- and thio-LNAs. 1

  通过通式III的关键中间体进行合成[2.2.1]双环核苷，该方法较短且提供更高的总收率，其中R4和R5例如为磺酸盐，R7例如为卤素或醋酸盐。从通式II的化合物，例如3-O-芳基-4-C-羟甲基-1,2-O-异丙基亚-D-核糖，通式III的中间体适用于与硅化核苷碱进行偶联。通过一锅法碱催化环闭合和去磺酸化形成的[2.2.1]双环核苷，演示了腺嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶和鸟嘌呤的LNA（锁定核酸）衍生物的短路线。使用5'-磺酸化环闭合中间体还允许合成5'-氨基和硫代-LNA。