2'-O-acetyl-3',5'-di-O-benzyl-4'-C-(tert-butyldiphenylsilyloxymethyl)-5-methyluridine | 1300589-63-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 2'-O-acetyl-3',5'-di-O-benzyl-4'-C-(tert-butyldiphenylsilyloxymethyl)-5-methyluridine
• 英文别名: [(2R,3R,4S,5S)-5-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-2-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-phenylmethoxy-5-(phenylmethoxymethyl)oxolan-3-yl] acetate
• CAS: 1300589-63-2
• 化学式: C₄₃H₄₈N₂O₈Si
• 分子量: 748.948
• InChiKey: BFAGYBJBJCUDEG-YLNWORBTSA-N

物化性质

• 密度：
  1.24±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.42
• 重原子数：
  54
• 可旋转键数：
  16
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  113
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-O-acetyl-3',5'-di-O-benzyl-4'-C-(tert-butyldiphenylsilyloxymethyl)-5-methyluridine 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 三氟甲烷磺酰氯 、 水 、 甲胺 、 sodium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 [(2R,3S,4S,5S)-5-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-2-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-phenylmethoxy-5-(phenylmethoxymethyl)oxolan-3-yl] trifluoromethanesulfonate
  参考文献：
  名称：

  BRIDGED ARTIFICIAL NUCLEOSIDE AND NUCLEOTIDE

  摘要：

  本发明的目的是提供一种新型分子用于反义疗法，该分子在体内不易受核酸酶降解，并且对目标mRNA具有高结合亲和力和特异性，能够有效调节特定基因的表达。本发明的新型人工核苷酸在2′,4′-BNA/LNA的桥接结构中引入了酰胺键。含有2′,4′-桥接人工核苷酸的寡核苷酸与已知的2′,4′-BNA/LNA具有相当的单链RNA结合亲和力，并且比LNA具有更高的核酸酶抗性。特别地，由于其比S-oligo对单链RNA的结合亲和力更强，预计将被应用于核酸药物。

  公开号：

  US20120208991A1
• 作为产物：
  描述：

  1,2-O-(异丙亚基)-4-C-[(苯基甲氧基)甲基]-3-O-(苯基甲基)-beta-L-来苏呋喃糖 在 4-二甲氨基吡啶 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 硫酸 、 溶剂黄146 、 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 24.5h， 生成 2'-O-acetyl-3',5'-di-O-benzyl-4'-C-(tert-butyldiphenylsilyloxymethyl)-5-methyluridine
  参考文献：
  名称：

  BRIDGED ARTIFICIAL NUCLEOSIDE AND NUCLEOTIDE

  摘要：

  本发明的目的是提供一种新型分子用于反义疗法，该分子在体内不易受核酸酶降解，并且对目标mRNA具有高结合亲和力和特异性，能够有效调节特定基因的表达。本发明的新型人工核苷酸在2′,4′-BNA/LNA的桥接结构中引入了酰胺键。含有2′,4′-桥接人工核苷酸的寡核苷酸与已知的2′,4′-BNA/LNA具有相当的单链RNA结合亲和力，并且比LNA具有更高的核酸酶抗性。特别地，由于其比S-oligo对单链RNA的结合亲和力更强，预计将被应用于核酸药物。

  公开号：

  US20120208991A1

文献信息

• 修饰核苷、核苷酸和核酸聚合物及其制备方法 与应用
  申请人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院

  公开号：CN110590886B

  公开（公告）日：2021-03-23

  本发明涉及修饰核苷、核苷酸和核酸聚合物及其制备方法与应用。所述修饰核苷选自具有如式(I)所示结构的化合物、其盐或其异构体；其中，R1选自取代或未取代的碱基或其盐；X代表O或S；R2选自氢或者取代或未取代的：C1～C6烷基、C1～C6杂烷基、C2～C6烯基、C2～C6炔基、芳基或杂芳基；R3和R4独立地选自氢或者取代或未取代的：C1～C6烷基、C1～C6杂烷基；W1和W2独立地选自H或保护基团。所述修饰核苷在6’位引入了腈基，并在此基础上进一步获得修饰核苷酸和核酸聚合物，极大地改善了它们的核酶耐受性，对靶RNA具有高度选择性和较强结合亲和力。
• Synthesis of the Methyl Analog of 2′-<i>O</i>,4′-<i>C</i>-Ethylene-Bridged 5-Methyluridine via Intramolecular Radical Cyclization and Properties of Modified Oligonucleotides
  作者：Yuta Ito、Norika Tsutsui、Takashi Osawa、Yoshiyuki Hari

  DOI：10.1021/acs.joc.9b01035

  日期：2019.7.19

  The synthesis of 6′S-Me-2′-O,4′-C-ethylene-bridged 5-methyluridine (6′S-Me-ENA-T) was achieved using visible light-mediated stereoselective radical cyclization as a key step. This is the first example of a method for constructing a 2′,4′-bridged structure from a 4′-carbon radical intermediate. The 6′S-Me-ENA-T monomer was successfully incorporated into oligonucleotides, and their properties were examined

  6 'S -Me-2'- O，4'- C-乙烯桥联的5-甲基尿苷（6 'S -Me-ENA-T）的合成以可见光介导的立体选择性自由基环化为关键步骤。这是从4'-碳自由基中间体构造2'，4'-桥结构的方法的第一个例子。将6 'S -Me-ENA-T单体成功地掺入寡核苷酸中，并检查了它们的性质。与相应的LNA-和ENA-修饰的寡核苷酸相比，含有6 'S -Me-ENA-T的寡核苷酸表现出对单链RNA的高度选择性杂交亲和力和优异的酶稳定性。
• Synthesis and Properties of a Bridged Nucleic Acid with a Perhydro-1,2-oxazin-3-one Ring
  作者：Ajaya R. Shrestha、Yoshiyuki Hari、Aiko Yahara、Takashi Osawa、Satoshi Obika

  DOI：10.1021/jo201597e

  日期：2011.12.16

  A novel derivative of 2',4'-bridged nucleic acid, named hydroxamate-bridged nucleic acid (HxNA), containing a six-membered perhydro-1,2-oxazin-3-one ring, was designed and synthesized. The introduction of a carbonyl function along with an N-O linkage in the six-membered bridged structure is the unique structural feature of the novel 2',4'-bridged nucleic acid analogue. The design was carried out to restrict the flexibility of the sugar moiety through the trigonal planarity of carbonyl function, which would improve the properties of the modification. The synthesized monomer was incorporated into oligonucleotides, and their properties were examined. The HxNA-modified oligonucleotides exhibited selectively high affinity toward complementary ssRNA. Furthermore, the nuclease resistance of the HxNA-modified oligonucleotide was found to be higher than that of the corresponding natural and 2',4'-BNA/LNA-modified oligonucleotides. Interestingly, exposure of HxNA modified oligonucleotide to 3'-exonuclease resulted in gradual opening of the bridge, which stopped further digestion. Moreover, ring-opening of only one modification at the 3'-end of the oligonucleotides was observed, even if two or three HxNA modifications were present in the sequence. The results demonstrate the strong potential of the HxNA modification as a switch for the generation of highly nuclease-resistant RNA selective oligonucleotide in situ, which could have potential applications in antisense technology.