(2S,3S,3AS,9AR)-3-(Benzyloxy)-2-((benzyloxy)methyl)-2-(((tert-butyldiphenylsilyl)oxy)methyl)-7-methyl-2,3,3A,9A-tetrahydro-6H-furo[2',3':4,5]oxazolo[3,2-A]pyrimidin-6-one | 1300589-67-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: (2S,3S,3AS,9AR)-3-(Benzyloxy)-2-((benzyloxy)methyl)-2-(((tert-butyldiphenylsilyl)oxy)methyl)-7-methyl-2,3,3A,9A-tetrahydro-6H-furo[2',3':4,5]oxazolo[3,2-A]pyrimidin-6-one
• 英文别名: (2R,4S,5S,6S)-4-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-11-methyl-5-phenylmethoxy-4-(phenylmethoxymethyl)-3,7-dioxa-1,9-diazatricyclo[6.4.0.02,6]dodeca-8,11-dien-10-one
• CAS: 1300589-67-6
• 化学式: C₄₁H₄₄N₂O₆Si
• 分子量: 688.896
• InChiKey: DCWZCAAJUKZOST-JXWQITIZSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.96
• 重原子数：
  50
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.32
• 拓扑面积：
  78.8
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (2S,3S,3AS,9AR)-3-(Benzyloxy)-2-((benzyloxy)methyl)-2-(((tert-butyldiphenylsilyl)oxy)methyl)-7-methyl-2,3,3A,9A-tetrahydro-6H-furo[2',3':4,5]oxazolo[3,2-A]pyrimidin-6-one 在 吡啶 、 重铬酸吡啶 、 水 、 一水合肼 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 sodium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 乙醇 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 62.34h， 生成 3',5'-di-O-benzyl-4'-carboxy-2'-O-(N-methyleneamino)-5-methyluridine
  参考文献：
  名称：

  BRIDGED ARTIFICIAL NUCLEOSIDE AND NUCLEOTIDE

  摘要：

  本发明的目的是提供一种新型分子用于反义疗法，该分子在体内不易受核酸酶降解，并且对目标mRNA具有高结合亲和力和特异性，能够有效调节特定基因的表达。本发明的新型人工核苷酸在2′,4′-BNA/LNA的桥接结构中引入了酰胺键。含有2′,4′-桥接人工核苷酸的寡核苷酸与已知的2′,4′-BNA/LNA具有相当的单链RNA结合亲和力，并且比LNA具有更高的核酸酶抗性。特别地，由于其比S-oligo对单链RNA的结合亲和力更强，预计将被应用于核酸药物。

  公开号：

  US20120208991A1
• 作为产物：
  描述：

  1,2-O-(异丙亚基)-4-C-[(苯基甲氧基)甲基]-3-O-(苯基甲基)-beta-L-来苏呋喃糖 在 4-二甲氨基吡啶 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 三氟甲烷磺酰氯 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 硫酸 、 溶剂黄146 、 三乙胺 、 甲胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 26.0h， 生成 (2S,3S,3AS,9AR)-3-(Benzyloxy)-2-((benzyloxy)methyl)-2-(((tert-butyldiphenylsilyl)oxy)methyl)-7-methyl-2,3,3A,9A-tetrahydro-6H-furo[2',3':4,5]oxazolo[3,2-A]pyrimidin-6-one
  参考文献：
  名称：

  BRIDGED ARTIFICIAL NUCLEOSIDE AND NUCLEOTIDE

  摘要：

  本发明的目的是提供一种新型分子用于反义疗法，该分子在体内不易受核酸酶降解，并且对目标mRNA具有高结合亲和力和特异性，能够有效调节特定基因的表达。本发明的新型人工核苷酸在2′,4′-BNA/LNA的桥接结构中引入了酰胺键。含有2′,4′-桥接人工核苷酸的寡核苷酸与已知的2′,4′-BNA/LNA具有相当的单链RNA结合亲和力，并且比LNA具有更高的核酸酶抗性。特别地，由于其比S-oligo对单链RNA的结合亲和力更强，预计将被应用于核酸药物。

  公开号：

  US20120208991A1

文献信息

• Synthetic Method for 2′-Amino-LNA Bearing Any of the Four Nucleobases via a Transglycosylation Reaction
  作者：Hiroaki Sawamoto、Yuuki Arai、Shuhei Yamakoshi、Satoshi Obika、Eiji Kawanishi

  DOI：10.1021/acs.orglett.8b00476

  日期：2018.4.6

  A transglycosylation reaction of 2′-amino-locked nucleic acid (LNA) from thymine (T) to other nucleobases adenine (A), guanine (G), and 5-methylcytosine (mC) has been developed. This reaction proceeds in high yield and with high β-selectivity. The mild reaction conditions enable the coexistence of acid-labile protecting groups, including a 4,4′-dimethoxytrytyl (DMTr) group. 2′-Amino-LNAs bearing any

  已经开发了2'-氨基锁定核酸（LNA）从胸腺嘧啶（T）到其他核碱基腺嘌呤（A），鸟嘌呤（G）和5-甲基胞嘧啶（m C）的转糖基化反应。该反应以高产率和高β-选择性进行。温和的反应条件使酸不稳定的保护基（包括4,4'-二甲氧基胰基（DMTr）基）能够共存。现在可以容易地合成带有任何核碱基的2'-氨基-LNA。
• BRIDGED ARTIFICIAL NUCLEOSIDE AND NUCLEOTIDE
  申请人：Obika Satoshi

  公开号：US20120208991A1

  公开（公告）日：2012-08-16

  It is an object of the present invention to provide a novel molecule for antisense therapies which is not susceptible to nuclease degradation in vivo and has a high binding affinity and specificity for the target mRNAs and which can efficiently regulate expression of specific genes. The novel artificial nucleoside of the present invention has an amide bond introduced into a bridge structure of 2′,4′-BNA/LNA. The oligonucleotide containing the 2′,4′-bridged artificial nucleotide has a binding affinity for a single-stranded RNA comparable to known 2′,4′-BNA/LNA and has an increased nuclease resistance over LNA. Particularly, it is expected to be applied to nucleic acid drugs because of its much stronger binding affinity for single-stranded RNAs than S-oligo's affinity

  本发明的目的是提供一种新型分子用于反义疗法，该分子在体内不易受核酸酶降解，并且对目标mRNA具有高结合亲和力和特异性，能够有效调节特定基因的表达。本发明的新型人工核苷酸在2′,4′-BNA/LNA的桥接结构中引入了酰胺键。含有2′,4′-桥接人工核苷酸的寡核苷酸与已知的2′,4′-BNA/LNA具有相当的单链RNA结合亲和力，并且比LNA具有更高的核酸酶抗性。特别地，由于其比S-oligo对单链RNA的结合亲和力更强，预计将被应用于核酸药物。
• 修饰核苷、核苷酸和核酸聚合物及其制备方法 与应用
  申请人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院

  公开号：CN110590886B

  公开（公告）日：2021-03-23

  本发明涉及修饰核苷、核苷酸和核酸聚合物及其制备方法与应用。所述修饰核苷选自具有如式(I)所示结构的化合物、其盐或其异构体；其中，R1选自取代或未取代的碱基或其盐；X代表O或S；R2选自氢或者取代或未取代的：C1～C6烷基、C1～C6杂烷基、C2～C6烯基、C2～C6炔基、芳基或杂芳基；R3和R4独立地选自氢或者取代或未取代的：C1～C6烷基、C1～C6杂烷基；W1和W2独立地选自H或保护基团。所述修饰核苷在6’位引入了腈基，并在此基础上进一步获得修饰核苷酸和核酸聚合物，极大地改善了它们的核酶耐受性，对靶RNA具有高度选择性和较强结合亲和力。