1-{2-O-acetyl-5-azido-3-O-benzyl-4-C-[(benzyloxy)methyl]-5-deoxy-α-L-lyxofuranosyl}thymine | 250708-41-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 1-{2-O-acetyl-5-azido-3-O-benzyl-4-C-[(benzyloxy)methyl]-5-deoxy-α-L-lyxofuranosyl}thymine
• 英文别名: 2’-O-acetyl-4’-C-azidomethyl-3’,5’-di-O-benzylthymidine；1-{2-O-acetyl-5-azido-3-O-benzyl-4-[(benzyloxy)methyl]-5-deoxy-α-L-lyxothranosyl}-5-methylpyrimidine-2,4-(1H,3H)-dione；1-[2'-O-acetyl-3',5'-di-O-benzyl-4'-C-azidomethyl-β-D-ribofuranosyl]thymine；[(2R,3R,4S,5R)-5-(azidomethyl)-2-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-phenylmethoxy-5-(phenylmethoxymethyl)oxolan-3-yl] acetate
• CAS: 250708-41-9
• 化学式: C₂₇H₂₉N₅O₇
• 分子量: 535.557
• InChiKey: OWUVCCYHCLMTNK-VJPXLHPWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.9
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.37
• 拓扑面积：
  118
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-{2-O-acetyl-5-azido-3-O-benzyl-4-C-[(benzyloxy)methyl]-5-deoxy-α-L-lyxofuranosyl}thymine 在 palladium on activated charcoal 、 Lindlar's catalyst 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 sodium hydroxide 、 四丁基氟化铵 、 氨 、 水 、 氢气 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 乙醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 55.0h， 生成 1-{2,5-dideoxy-2-fluoro-5-[(trifluoroacetyl)amino]-α-L-lyxofuranosyl}thymine
  参考文献：
  名称：

  含有新型 4'-C- 或 3'-C-(氨基烷基)-支化胸苷的寡核苷酸

  摘要：

  报道了四种新型 3'-C-支链和 4'-C-支链核苷的合成及其转化为相应的 3'-O-亚磷酰胺结构单元以用于自动寡核苷酸合成。4'-C-支化关键中间体11通过收敛策略合成并转化为其2'-O-甲基和2'-脱氧-2'-氟衍生物，从而制备出含有4'-的新型寡核苷酸类似物C-(氨基甲基)-2'-O-甲基单体X和4'-C-(氨基甲基)-2'-脱氧-2'-氟单体Y(方案2和3)。一般来说，与未修饰的参考相比，这些类似物对互补单链 DNA 和 RNA 的结合亲和力增加（表 1）。2'-O-甲基-RNA寡核苷酸中单体X或单体Y的存在对2'-O-甲基-RNA寡核苷酸对DNA和RNA的结合亲和力具有负面影响。从 3'-C-烯丙基衍生物 28 开始，合成了 3'-C-(3-氨基丙基)-保护的核苷和 3'-O-亚磷酰胺衍生物，从而产生了含有 3'-C-(3-氨基丙基）胸苷单体Z或相应的3'-C-（3-氨基丙基）-2'-O

  DOI：

  10.1002/(sici)1522-2675(20000119)83:1<128::aid-hlca128>3.0.co;2-q
• 作为产物：
  描述：

  溴甲苯 在 吡啶 、 sodium azide 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 硫酸 、 sodium hydride 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 11.58h， 生成 1-{2-O-acetyl-5-azido-3-O-benzyl-4-C-[(benzyloxy)methyl]-5-deoxy-α-L-lyxofuranosyl}thymine
  参考文献：
  名称：

  CROSSLINKED NUCLEIC ACID GUNA, METHOD FOR PRODUCING SAME, AND INTERMEDIATE COMPOUND

  摘要：

  本发明提供了一种生产胍交联人工核酸（以下简称为GuNA）的方法，以及用于其生产的中间化合物。具体而言，本发明提供了一种生产由通式I表示的化合物的方法：（在该式中，R1、R2、R3、R4、R5、R6、m和环A如规范中定义）或其盐，其中还包括将还原剂与通式II表示的化合物发生反应的步骤：（在该式中，R1、R2、R3、R4、R5、R6、m和环A'如规范中定义）。

  公开号：

  US20180251488A1

文献信息

• Incorporation of 4′-C-aminomethyl-2′-O-methylthymidine into DNA by thermophilic DNA polymerases
  作者：Ganesh N. Nawale、Kiran R. Gore、Claudia Höbartner、P. I. Pradeepkumar

  DOI：10.1039/c2cc35222b

  日期：——

  The dual modified nucleotide 4′-C-aminomethyl-2′-O-methylthymidine 5′-triphosphate was synthesized and enzymatically incorporated into DNA by the thermophilic DNA polymerases Pfu and Therminator III. The dual ribose modification imparted increased exonuclease resistance to DNA compared to the well-known 2′-O-methyl modification.

  双修饰核苷酸4′-C-氨基甲基-2′-O-甲基胸苷5′-三磷酸盐被合成并通过嗜热DNA聚合酶Pfu和Therminator III酶促结合到DNA中。与众所周知的2′-O-甲基修饰相比，双核糖修饰赋予DNA更强的外切核酸酶抗性。
• Bridged nucleic acid GuNA, method for producing same, and intermediate compound
  申请人：MITSUBISHI TANABE PHARMA CORPORATION

  公开号：US10961269B2

  公开（公告）日：2021-03-30

  A method for preparing a compound represented by general formula I: or a salt thereof includes a step of reacting a compound represented by formula II: with a reducing agent to cleave an oxazolidine ring fused to a cycle A′. The reducing agent includes at least one of phosphines, metal hydrides, or transition metal catalysts in the presence of hydrogen gas.

  一种制备通式 I 所代表化合物的方法： 或其盐的方法，包括使通式 II 所代表的化合物与通式 III 所代表的化合物反应的步骤： 用还原剂裂解与循环 A′融合的恶唑烷环。还原剂包括在氢气存在下的膦类、金属氢化物或过渡金属催化剂中的至少一种。
• 4′-C-Acetamidomethyl-2′-O-methoxyethyl Nucleic Acid Modifications Improve Thermal Stability, Nuclease Resistance, Potency, and hAgo2 Binding of Small Interfering RNAs
  作者：Sumit Gangopadhyay、Gourav Das、Shalini Gupta、Atanu Ghosh、Siddharam Shivappa Bagale、Pritam Kumar Roy、Mahitosh Mandal、S. Harikrishna、Surajit Sinha、Kiran R. Gore

  DOI：10.1021/acs.joc.3c02506

  日期：2024.3.15

  that our modification could induce prolonged gene silencing due to improved metabolic stability. Molecular modeling studies revealed that the introduction of the 4′-C-ACM-2′-O-MOE modification at the 3′-end of the siRNA guide strand helps to anchor the strand within the PAZ domain of the hAgo2 protein. The overall results indicate that the 4′-C-ACM-2′-O-MOE uridine and thymidine modifications are promising

  在本研究中，我们设计了4′- C-乙酰胺甲基-2′- O-甲氧基乙基(4′- C -ACM-2′- O -MOE)尿苷和胸苷修饰，旨在测试它们在小干扰RNA中的作用。热熔解研究表明，在 DNA 双链体中掺入单个 4'- C -ACM-2'- O -MOE 修饰会降低热稳定性。相反，当在 DNA:RNA 杂交体和 siRNA 中引入修饰时，观察到热稳定性增加。 DNA双链体的热失稳归因于不利的熵，这在一定程度上主要由焓因子补偿。在 3' 特异性核酸外切酶、蛇毒磷酸二酯酶 (SVPD) 存在下，dT 20 寡核苷酸 3' 末端倒数第二个位置上的单个 4'- C -ACM-2'- O -MOE 胸苷修饰显示出显着的修饰作用。与包括 2'- O -Me、2'- O -MOE 和 2'-F 在内的单体修饰相比，稳定性更高。在基因沉默研究中，我们发现过客链3'突出端的4'- C -ACM-2'- O
• Oligonucleotides containing 4′-C-aminomethyl-2′-modified thymidines show increased binding affinity towards DNA and RNA
  作者：Henrik M. Pfundheller、Jesper Wengel

  DOI：10.1016/s0960-894x(99)00452-7

  日期：1999.9

  Oligonucleotides containing 4'-C-aminomethyl-2'-O-methyl or 4'-C-aminomethyl-2'-deoxy-2'-fluoro modified thymidines have been synthesized. Compared with the corresponding oligodeoxynucleotide reference these novel oligonucleotide analogues display increased binding affinity towards complementary single stranded DNA as well as RNA. The possible effect of the positively charged 4'-C-aminomethyl group has been investigated. (C) 1999 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.