5'-O-tert-butyldimethylsilyl-5,6-dihydrothymidine | 912293-95-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 5'-O-tert-butyldimethylsilyl-5,6-dihydrothymidine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-5-methyl-1,3-diazinane-2,4-dione
• CAS: 912293-95-9
• 化学式: C₁₆H₃₀N₂O₅Si
• 分子量: 358.51
• InChiKey: JVPASWNGCXVMFF-FJAVPRTDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.67
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.88
• 拓扑面积：
  88.1
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-tert-butyldimethylsilyl-5,6-dihydrothymidine 在 RuCl2(1,3-dimesityl-imidazolidin-2-yl)(PCy3)(=CHPh) 吡啶 、 咪唑 、 氢氟酸 、 N-乙基异丙基胺 、 lithium diisopropyl amide 作用下， 以 四氢呋喃 、 正己烷 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 甲苯 、 乙腈 为溶剂， 反应 110.67h， 生成
  参考文献：
  名称：

  DNA孢子光产物类似物的合成和立体化学分配。

  摘要：

  缺乏详细酶学研究所需的确定底物，严重阻碍了由孢子光产物（SP）裂解酶修复酶进行的DNA修复过程的研究。该问题特别严重，因为修复酶属于强氧敏感性自由基（S）-腺苷甲硫氨酸（SAM）酶，众所周知，这种酶很难处理。我们报告了孢子光产物类似物1 a和1 b的合成，它们具有开放的骨架和非对映异构体。为了解决立体化学分配的问题，制备了另外两个具有封闭主链的衍生物2a和2b。合成2 a / b的关键步骤是基于易位的大环化，可大大提高合成孢子光产物衍生物的构象刚度。环状异构体的NOESY实验提供了清晰的峰间模式，可以明确地分配立体化学。将结果转移到异构体1a和1b的数据中，随后将其用于酶修复研究。这些研究是用来自嗜热脂肪地芽孢杆菌的新型孢子光产物裂解酶修复酶进行的。研究表明，根据我们最近对枯草芽孢杆菌的孢子光产物裂解酶进行的研究，发现只有S异构体1a被识别和修复。现在，制备确定的功能性底物的能力为SP裂解

  DOI：

  10.1002/chem.200600169
• 作为产物：
  描述：

  α-bromo-3′,5′-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-3-[(trimethylsilylethoxy)methyl]thymidine 在 (S)-adenosylmethionine 咪唑 、 DL-dithiothreitol 、 potassium chloride 、 四丁基氟化铵 、 四氯化锡 、 lithium diisopropyl amide 作用下， 以 四氢呋喃 、 正己烷 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 甲苯 为溶剂， 反应 20.5h， 生成 5'-O-tert-butyldimethylsilyl-5,6-dihydrothymidine
  参考文献：
  名称：

  DNA孢子光产物类似物的合成和立体化学分配。

  摘要：

  缺乏详细酶学研究所需的确定底物，严重阻碍了由孢子光产物（SP）裂解酶修复酶进行的DNA修复过程的研究。该问题特别严重，因为修复酶属于强氧敏感性自由基（S）-腺苷甲硫氨酸（SAM）酶，众所周知，这种酶很难处理。我们报告了孢子光产物类似物1 a和1 b的合成，它们具有开放的骨架和非对映异构体。为了解决立体化学分配的问题，制备了另外两个具有封闭主链的衍生物2a和2b。合成2 a / b的关键步骤是基于易位的大环化，可大大提高合成孢子光产物衍生物的构象刚度。环状异构体的NOESY实验提供了清晰的峰间模式，可以明确地分配立体化学。将结果转移到异构体1a和1b的数据中，随后将其用于酶修复研究。这些研究是用来自嗜热脂肪地芽孢杆菌的新型孢子光产物裂解酶修复酶进行的。研究表明，根据我们最近对枯草芽孢杆菌的孢子光产物裂解酶进行的研究，发现只有S异构体1a被识别和修复。现在，制备确定的功能性底物的能力为SP裂解

  DOI：

  10.1002/chem.200600169

文献信息

• Crystal Structures and Repair Studies Reveal the Identity and the Base-Pairing Properties of the UV-Induced Spore Photoproduct DNA Lesion
  作者：Korbinian Heil、Andrea Christa Kneuttinger、Sabine Schneider、Ulrike Lischke、Thomas Carell

  DOI：10.1002/chem.201100177

  日期：2011.8.22

  UV light is one of the major causes of DNA damage. In spore DNA, due to an unusual packing of the genetic material, a special spore photoproduct lesion (SP lesion) is formed, which is repaired by the enzyme spore photoproduct lyase (Spl), a radical S‐adenosylmethionine (SAM) enzyme. We report here the synthesis and DNA incorporation of a DNA SP lesion analogue lacking the phosphodiester backbone. The

  紫外线是DNA损伤的主要原因之一。在孢子DNA中，由于遗传物质的异常堆积，形成了特殊的孢子光产物病灶（SP病灶），该酶被孢子光产物裂解酶（SPl）（一种S-腺苷甲硫氨酸（SAM）自由基）酶修复。我们在这里报告缺少磷酸二酯主链的DNA SP损伤类似物的合成和DNA掺入。寡核苷酸用于修复研究，并与聚合酶作为模板共结晶，以阐明SP病变的构型并提供有关病变碱基配对特性的信息。结构分析与修复研究一起使我们能够清楚地了解优先修复的病变非对映异构体的身份。