N-苯甲酰基-2'-O-[(甲硫基)甲基]-3',5'-O-[1,1,3,3-四(1-甲基乙基)-1,3-二硅氧烷二基]胞苷 | 139434-68-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 中文名称: N-苯甲酰基-2'-O-[(甲硫基)甲基]-3',5'-O-[1,1,3,3-四(1-甲基乙基)-1,3-二硅氧烷二基]胞苷
• 英文名称: N⁴-benzoyl-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-2'-O-[(methylthio)methyl]cytidine
• 英文别名: N-Benzoyl-2'-o-[(methylthio)methyl]-3',5'-o-[1,1,3,3-tetrakis(1-methylethyl)-1,3-disiloxanediyl]cytidine；N-[1-[(6aR,8R,9R,9aR)-9-(methylsulfanylmethoxy)-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
• CAS: 139434-68-7
• 化学式: C₃₀H₄₇N₃O₇SSi₂
• 分子量: 649.956
• InChiKey: CWVIBHROGHPVKN-UNXBZVTQSA-N

物化性质

• 密度：
  1.21

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.06
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.63
• 拓扑面积：
  133
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-苯甲酰基-2'-O-[(甲硫基)甲基]-3',5'-O-[1,1,3,3-四(1-甲基乙基)-1,3-二硅氧烷二基]胞苷 在 磺酰氯 、 3 Angstroem MS 、 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 18.0h， 生成 N⁴-benzoyl-2'-O-(tert-butyldithiomethyl)cytidine
  参考文献：
  名称：

  使用 2'-O-DTM 保护合成 RNA

  摘要：

  叔丁基二硫甲基 (DTM) 是一种新型的羟基保护基团，可在还原条件下裂解，被开发并应用于固相 RNA 合成过程中的 2'-OH 保护。此功能与寡核苷酸合成中使用的所有标准保护基团兼容，并允许快速、高产地合成 RNA。含有 2'-O-DTM 基团的寡核苷酸可以在尽可能温和的水性和均相条件下轻松脱保护。保留的 5'-O-DMTr 功能可用于高通量盒式 RNA 纯化。

  DOI：

  10.1021/ja0636587
• 作为产物：
  描述：

  N6-苯甲酰基腺苷 在 吡啶 、 乙酸酐 、 溶剂黄146 作用下， 反应 27.5h， 生成 N-苯甲酰基-2'-O-[(甲硫基)甲基]-3',5'-O-[1,1,3,3-四(1-甲基乙基)-1,3-二硅氧烷二基]胞苷
  参考文献：
  名称：

  使用 2'-O-DTM 保护合成 RNA

  摘要：

  叔丁基二硫甲基 (DTM) 是一种新型的羟基保护基团，可在还原条件下裂解，被开发并应用于固相 RNA 合成过程中的 2'-OH 保护。此功能与寡核苷酸合成中使用的所有标准保护基团兼容，并允许快速、高产地合成 RNA。含有 2'-O-DTM 基团的寡核苷酸可以在尽可能温和的水性和均相条件下轻松脱保护。保留的 5'-O-DMTr 功能可用于高通量盒式 RNA 纯化。

  DOI：

  10.1021/ja0636587

文献信息

• An azidomethyl protective group in the synthesis of oligoribonucleotides by the phosphotriester method
  作者：V. A. Efimov、A. V. Aralov、S. V. Fedunin、V. N. Klykov、O. G. Chakhmakhcheva

  DOI：10.1134/s1068162009020149

  日期：2009.3

  A rapid and effective method of an automatic oligoribonucleotide synthesis alternative to the phosphoroamidite one was developed based on the phosphotriester approach of internucleotide bond formation under intramolecular O-nucleophilic catalysis and the use of an azidomethyl group for protection of a nucleotide 2'-hydroxyl function.

  基于分子内O-亲核催化下核苷酸间键形成的磷酸三酯方法，并利用叠氮基甲基保护核苷酸2'-羟基功能，开发了一种快速有效的寡核苷酸自动寡核苷酸合成方法，替代了磷酰胺
• Assessment of 4-Nitrogenated Benzyloxymethyl Groups for 2‘-Hydroxyl Protection in Solid-Phase RNA Synthesis
  作者：Jacek Cieślak、Jon S. Kauffman、Michelle J. Kolodziejski、John R. Lloyd、Serge L. Beaucage

  DOI：10.1021/ol0629824

  日期：2007.2.1

  The search for a 2'-OH protecting group that would impart ribonucleoside phosphoramidites with coupling kinetics and coupling efficiencies comparable to those of deoxyribonucleoside phosphoramidites led to an assessment of 2'-O-(4-nitrogenated benzyloxy)methyl groups through solid-phase RNA synthesis using phosphoramidites 2a-d, 12a, and 14a. These phosphoramidites exhibited rapid and efficient coupling

  寻找能够赋予核糖核苷亚磷酰胺具有与脱氧核糖核苷亚磷酰胺相当的偶联动力学和偶联效率的2'-OH保护基，导致通过固相RNA评估了2'-O-（4-硝化苄氧基）甲基使用亚磷酰胺2a-d，12a和14a进行合成。这些亚磷酰胺显示出快速和有效的偶联性能。特别值得注意的是0.1 M AcOH中2'-O- [4-（N-甲基氨基）苄氧基]甲基的裂解，这在90摄氏度下于15分钟内导致U19dT。
• The 4-(<i>N</i>-Dichloroacetyl-<i>N</i>-methylamino)benzyloxymethyl Group for 2‘-Hydroxyl Protection of Ribonucleosides in the Solid-Phase Synthesis of Oligoribonucleotides
  作者：Jacek Cieślak、Andrzej Grajkowski、Jon S. Kauffman、Robert J. Duff、Serge L. Beaucage

  DOI：10.1021/jo702717g

  日期：2008.4.1

  motivated the development of ribonucleoside phosphoramidites that would exhibit coupling kinetics and coupling efficiencies comparable to those of deoxyribonucleoside phosphoramidites. To fulfill these needs, the novel 4-(N-dichloroacetyl-N-methylamino)benzyloxymethyl group for 2‘-hydroxyl protection of ribonucleoside phosphoramidites 9a−d has been implemented (Schemes 1 and 2). The solid-phase synthesis

  用于控制基因表达的基于RNA的新兴技术引发了对合成寡核糖核苷酸的高需求，并激发了核糖核苷亚磷酰胺的发展，其显示出与脱氧核糖核苷亚磷酰胺相当的偶联动力学和偶联效率。为了满足这些需求，已经实施了用于核糖核苷亚磷酰胺9a - d的2'-羟基保护的新颖的4-（N-二氯乙酰基-N-甲基氨基）苄氧基甲基（方案1和2）。然后使用9a - d作为0.2 M的无水MeCN和5-苄硫基-1 H溶液进行AUCCGUAGCUAACGUCAUGG的固相合成-四唑作为活化剂。9a - d的耦合效率在180 s的耦合时间内平均为99％。除去所有碱基敏感的保护基团后，在90°C的30分钟内于缓冲的0.1 M AcOH（pH 3.8）中完成从RNA寡核苷酸上切割剩余的2'-[4-（N-甲基氨基）苄基]缩醛的反应。 。完全脱保护的AUCCGUAGCUAACGUCAUGG的RP-HPLC和PAGE分析可与具有相同序列的商业RN
• TheS,X-acetals in nucleoside chemistry. I. The synthesis of 2′- and 5′-O-methylthiomethylribonucleosides
  作者：A. E. Pechenov、S. G. Zavgorodny、V. I. Shvets、A. I. Miroshnikov

  DOI：10.1007/bf02759285

  日期：2000.5

  Ribonucleoside 2′- and 5′-O-methylthiomethyl derivatives were synthesized from selectively protected nucleosides by the action of a dimethyl sulfoxide-acetic anhydride-acetic acid mixture.

  核糖核苷 2'- 和 5'-O-甲硫基甲基衍生物是通过二甲亚砜-乙酸酐-乙酸混合物的作用从选择性保护的核苷合成的。
• Syntheses of prodrug-type 2′-O-methyldithiomethyl oligonucleotides modified at natural four nucleoside residues and their conversions into natural 2′-hydroxy oligonucleotides under reducing condition
  作者：Junsuke Hayashi、Yosuke Ochi、Yasuyuki Morita、Katsuma Soubou、Yuhei Ohtomo、Misa Nishigaki、Yuko Tochiyama、Osamu Nakagawa、Shun-ichi Wada、Hidehito Urata

  DOI：10.1016/j.bmc.2018.10.025

  日期：2018.12

  (siRNA) bearing 2′-O-methyldithiomethyl (2′-O-MDTM) uridine exhibits efficient knockdown activity and nuclease resistance. In this report, we describe the preparation of 2′-O-MDTM oligonucleotides modified not only at uridine but also at adenosine, guanosine and cytidine residues by post-synthetic modification. Precursor oligonucleotides bearing 2′-O-(2,4,6-trimethoxybenzylthiomethyl) (2′-O-TMBTM) adenosine

  我们以前曾报道，带有2'- O-甲基二硫甲基（2'- O- MDTM）尿苷的还原环境响应型前药型小干扰RNA（siRNA）表现出有效的敲低活性和核酸酶抗性。在此报告中，我们描述了通过合成后修饰不仅修饰尿苷，而且修饰腺苷，鸟苷和胞苷残基的2'- O- MDTM寡核苷酸的制备。前体寡核苷酸轴承2'- ø - （2,4,6- trimethoxybenzylthiomethyl）（2'- ö -TMBTM）腺苷，鸟苷，胞苷和用二甲基反应（甲硫基）锍四氟硼酸盐以形成2'- ø -MDTM寡核苷酸在与带有2'-的寡核苷酸的方式相同O -TMBTM尿苷。此外，在模拟溶质的条件下，将带有2'- O- MDTM腺苷，鸟苷和胞苷的寡核苷酸有效地转化为相应的天然2'-羟基寡核苷酸。