N²-isobutyryl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: N²-isobutyryl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine
• 英文别名: N2-isobutyryl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine；N-[9-[(2R,4S,5R)-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-4-(methylsulfanylmethoxy)oxolan-2-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-2-methylpropanamide
• 化学式: C₂₂H₃₇N₅O₅SSi
• 分子量: 511.718
• InChiKey: ZAJCJTJYZOITAP-ARFHVFGLSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.73
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.73
• 拓扑面积：
  141
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N²-isobutyryl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine 在 2-氯-1,3,2-苯并二氧磷杂环己烷-4-酮 、 三正丁胺 、 四丁基氟化铵 、 tris(tetra-n-butylammonium) hydrogen pyrophosphate 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 8.2h， 生成 3’-O-tert-butyldithiomethyl-dGTP
  参考文献：
  名称：

  [EN] DESIGN AND SYNTHESIS OF NOVEL DISULFIDE LINKER BASED NUCLEOTIDES AS REVERSIBLE TERMINATORS FOR DNA SEQUENCING BY SYNTHESIS
  [FR] DÉRIVÉS NUCLÉOTIDIQUES ET LEURS MÉTHODES D'UTILISATION

  摘要：

  在此披露的内容包括化合物、组合物以及它们在核酸测序中的使用方法。

  公开号：

  WO2017058953A1
• 作为产物：
  描述：

  二甲基亚砜 、 N²-isobutyryl-5'-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxyguanosine 在 乙酸酐 、 溶剂黄146 作用下， 以75%的产率得到N²-isobutyryl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  [EN] NUCLEOTIDE DERIVATIVES AND METHODS OF USE THEREOF
  [FR] DÉRIVÉS NUCLÉOTIDIQUES ET LEURS MÉTHODES D'UTILISATION

  摘要：

  本公开的内容包括化合物、组合物以及在核酸测序中的方法。

  公开号：

  WO2017205336A1
• 作为试剂：
  描述：

  N²-isobutyryl-5'-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxyguanosine 、 碳酸氢钠 、 二甲基亚砜 在 乙酸乙酯 、 碳酸氢钠 、 Sodium sulfate-III 、 crude product 、 methanol-dichloromethane 、 N²-isobutyryl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine 作用下， 以 溶剂黄146 、 乙酸酐 为溶剂， 反应 48.0h， 以to produce N2-Isobutyryl-3′-O-(methylthiomethyl)-5′-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2′-deoxyguanosine (FIG. 10, compound 10) as a white powder (3.9 g; 69% yield)的产率得到N²-isobutyryl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  MODIFIED TEMPLATE-INDEPENDENT ENZYMES FOR POLYDEOXYNUCLEOTIDE SYNTHESIS

  摘要：

  该发明涉及一种识别聚合酶的方法，例如改性末端核苷酸转移酶（TdT），该聚合酶能够无需使用模板，将包含可移除的3'-O阻断基团的核苷酸结合到核酸启动子上。该发明还包括已识别的聚合酶以及使用该聚合酶进行预定寡核苷酸序列的新生合成的方法。

  公开号：

  US20160108382A1

文献信息

• [EN] ION SENSOR DNA AND RNA SEQUENCING BY SYNTHESIS USING NUCLEOTIDE REVERSIBLE TERMINATORS<br/>[FR] SÉQUENÇAGE D'ADN ET D'ARN PAR SYNTHÈSE BASÉ SUR LA DÉTECTION D'IONS À L'AIDE DE TERMINATEURS NUCLÉOTIDIQUES RÉVERSIBLES
  申请人：UNIV COLUMBIA

  公开号：WO2017087887A1

  公开（公告）日：2017-05-26

  This disclosure is related to a method for determining the identity of a nucleotide residue of a single-stranded DNA or RNA, or sequencing DNA or RNA, in a solution using an ion-sensing field effect transistor and reversible nucleotide terminators.

  这项披露涉及一种使用离子感应场效应晶体管和可逆核苷酸终止剂在溶液中确定单链DNA或RNA的核苷酸残基身份，或对DNA或RNA进行测序的方法。
• Methods and compositions for incorporating nucleotides
  申请人：Intelligent BioSystems Inc.

  公开号：US09399799B2

  公开（公告）日：2016-07-26

  The invention provides methods and compositions, including, without limitation, algorithms, computer readable media, computer programs, apparatus, and systems for determining the identity of nucleic acids in nucleotide sequences using, for example, data obtained from sequencing by synthesis methods. The methods of the invention include correcting one or more phenomena that are encountered during nucleotide sequencing, such as using sequencing by synthesis methods. These phenomena include, without limitation, sequence lead, sequence lag, spectral crosstalk, and noise resulting from variations in illumination and/or filter responses.

  该发明提供了一种确定核苷酸序列中核酸的身份的方法和组合物，包括但不限于算法、计算机可读介质、计算机程序、设备和系统，例如使用通过合成方法测序获得的数据。该发明的方法包括纠正在核苷酸测序过程中遇到的一个或多个现象，例如使用合成方法测序。这些现象包括但不限于序列领先、序列滞后、光谱串扰以及由于照明和/或滤波器响应变化而导致的噪声。
• Hydroxymethyl linkers for labeling nucleotides
  申请人：INTELLIGENT BIOSYSTEMS, INC.

  公开号：US09322050B2

  公开（公告）日：2016-04-26

  The invention provides methods and compositions, including, without limitation, algorithms, computer readable media, computer programs, apparatus, and systems for determining the identity of nucleic acids in nucleotide sequences using, for example, data obtained from sequencing by synthesis methods. The methods of the invention include correcting one or more phenomena that are encountered during nucleotide sequencing, such as using sequencing by synthesis methods. These phenomena include, without limitation, sequence lead, sequence lag, spectral crosstalk, and noise resulting from variations in illumination and/or filter responses.

  本发明提供了用于确定核苷酸序列中核酸的身份的方法和组合物，包括但不限于算法、计算机可读介质、计算机程序、装置和系统，例如使用由合成测序方法获得的数据。本发明的方法包括纠正在核苷酸测序过程中遇到的一个或多个现象，例如使用合成测序方法。这些现象包括但不限于序列引导、序列滞后、光谱串扰以及由照明和/或滤光片响应变化引起的噪声。
• Methods And Compositions For Incorporating Nucleotides
  申请人：Gordon Steven

  公开号：US20100035253A1

  公开（公告）日：2010-02-11

  The invention provides methods and compositions, including, without limitation, algorithms, computer readable media, computer programs, apparatus, and systems for determining the identity of nucleic acids in nucleotide sequences using, for example, data obtained from sequencing by synthesis methods. The methods of the invention include correcting one or more phenomena that are encountered during nucleotide sequencing, such as using sequencing by synthesis methods. These phenomena include, without limitation, sequence lead, sequence lag, spectral crosstalk, and noise resulting from variations in illumination and/or filter responses.

  本发明提供了用于利用通过合成方法测序获得的数据，确定核酸序列中核苷酸的身份的方法和组合物，包括但不限于算法、计算机可读介质、计算机程序、设备和系统。本发明的方法包括纠正在核苷酸测序中遇到的一个或多个现象，例如使用通过合成方法进行测序。这些现象包括但不限于序列超前、序列滞后、光谱串扰以及由于照明和/或滤光片响应变化而产生的噪声。
• Methods And Compositions For Base Calling Nucleic Acids
  申请人：GORDON STEVEN

  公开号：US20100063743A1

  公开（公告）日：2010-03-11

  The invention provides methods and compositions, including, without limitation, algorithms, computer readable media, computer programs, apparatus, and systems for determining the identity of nucleic acids in nucleotide sequences using, for example, data obtained from sequencing by synthesis methods. The methods of the invention include correcting one or more phenomena that are encountered during nucleotide sequencing, such as using sequencing by synthesis methods. These phenomena include, without limitation, sequence lead, sequence lag, spectral crosstalk, and noise resulting from variations in illumination and/or filter responses.

  本发明提供了一种确定核酸序列中核苷酸身份的方法和组合物，包括但不限于算法、计算机可读介质、计算机程序、装置和系统，例如使用通过合成方法测序获得的数据。本发明的方法包括纠正在核苷酸测序中遇到的一个或多个现象，例如使用通过合成方法测序。这些现象包括但不限于序列提前、序列滞后、光谱串扰以及由于照明和/或滤波器响应变化而产生的噪声。