N²-isobutyryl-O⁶-diphenylcarbamoyl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: N²-isobutyryl-O⁶-diphenylcarbamoyl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine
• 英文别名: N2-isobutyryl-O6-diphenylcarbamoyl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine；[9-[(2R,4S,5R)-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-4-(methylsulfanylmethoxy)oxolan-2-yl]-2-(2-methylpropanoylamino)purin-6-yl] N,N-diphenylcarbamate
• 化学式: C₃₅H₄₆N₆O₆SSi
• 分子量: 706.938
• InChiKey: RHCIDPICLMAMQY-UPRLRBBYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.77
• 重原子数：
  49
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.46
• 拓扑面积：
  155
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N²-isobutyryl-O⁶-diphenylcarbamoyl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine 在 磺酰氯 、 potassium thiotosylate 、 环己烯 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  NUCLEOTIDE ANALOGUES

  摘要：

  本发明提供了利用包含由甲亚砜二硫醚作为可裂解保护基团的3'-O位置封端的脱氧核苷三磷酸的方法、组合物、混合物和试剂盒，以及可逆地连接到所述脱氧核苷的核碱基的可检测标签。这些化合物为未来的测序技术提供了新的可能性，包括但不限于合成测序。

  公开号：

  US20170130051A1
• 作为产物：
  描述：

  N²-isobutyryl-5'-O-tert-butyldimethylsilyl-2'-deoxyguanosine 在 吡啶 、 乙酸酐 、 溶剂黄146 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 乙酸乙酯 为溶剂， 反应 51.0h， 生成 N²-isobutyryl-O⁶-diphenylcarbamoyl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  Methods and compositions for incorporating nucleotides

  摘要：

  该发明提供了一种确定核苷酸序列中核酸的身份的方法和组合物，包括但不限于算法、计算机可读介质、计算机程序、设备和系统，例如使用通过合成方法测序获得的数据。该发明的方法包括纠正在核苷酸测序过程中遇到的一个或多个现象，例如使用合成方法测序。这些现象包括但不限于序列领先、序列滞后、光谱串扰以及由于照明和/或滤波器响应变化而导致的噪声。

  公开号：

  US09399799B2
• 作为试剂：
  描述：

  N²-isobutyryl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine 、 吡啶 、 二苯氨基甲酰氯 、 N,N-二异丙基乙胺 在 氮气 、 crude product 、 ethyl acetate n-hexane 、 N²-isobutyryl-O⁶-diphenylcarbamoyl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine 作用下， 反应 3.0h， 以to produce N2-Isobutyryl-O6-(diphenylcarbamoyl)-3′-O-(methylthiomethyl)-5′-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2′-deoxyguanosine (FIG. 10, compound 11), which的产率得到N²-isobutyryl-O⁶-diphenylcarbamoyl-3'-O-(methylthiomethyl)-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  MODIFIED TEMPLATE-INDEPENDENT ENZYMES FOR POLYDEOXYNUCLEOTIDE SYNTHESIS

  摘要：

  该发明涉及一种识别聚合酶的方法，例如改性末端核苷酸转移酶（TdT），该聚合酶能够无需使用模板，将包含可移除的3'-O阻断基团的核苷酸结合到核酸启动子上。该发明还包括已识别的聚合酶以及使用该聚合酶进行预定寡核苷酸序列的新生合成的方法。

  公开号：

  US20160108382A1

文献信息

• DNA sequencing reaction additive
  申请人：Qiagen Sciences, LLC

  公开号：US10844430B2

  公开（公告）日：2020-11-24

  The present invention provides methods, compositions, mixtures and kits utilizing 5-Chloro-2-methyl-4-isothiazolin-3-one in sequencing reactions, and in particular, sequencing reactions where deoxynucleoside triphosphates comprising a 3′-O position capped by a disulfide-based 3′-terminator group are used. In one embodiment, the deoxynucleoside triphosphates comprise a 3′-O position capped by a group comprising methylenedisulfide as a cleavable protecting group and a detectable label reversibly connected to the nucleobase of said deoxynucleoside. In addition, thiol-containing compounds and scavengers of thio-containing compounds are described. Such compounds provide new possibilities for future sequencing technologies, including but not limited to Sequencing by Synthesis.

  本发明提供了利用5-氯-2-甲基-4-异噻唑啉-3-酮在测序反应中的方法、组合物、混合物和试剂盒，特别是在使用由二硫化物基团封端的3′-O位置的脱氧核苷三磷酸的测序反应中。在一种实施例中，脱氧核苷三磷酸包括由亚甲基二硫醚作为可切割保护基团的3′-O位置，并且可检测标签可逆地连接到所述脱氧核苷的核碱基。此外，描述了含硫醇化合物和硫醇化合物的清除剂。这些化合物为未来的测序技术提供了新的可能性，包括但不限于合成测序。
• Methods and compositions for incorporating nucleotides
  申请人：Intelligent BioSystems Inc.

  公开号：US09399799B2

  公开（公告）日：2016-07-26

  The invention provides methods and compositions, including, without limitation, algorithms, computer readable media, computer programs, apparatus, and systems for determining the identity of nucleic acids in nucleotide sequences using, for example, data obtained from sequencing by synthesis methods. The methods of the invention include correcting one or more phenomena that are encountered during nucleotide sequencing, such as using sequencing by synthesis methods. These phenomena include, without limitation, sequence lead, sequence lag, spectral crosstalk, and noise resulting from variations in illumination and/or filter responses.

  该发明提供了一种确定核苷酸序列中核酸的身份的方法和组合物，包括但不限于算法、计算机可读介质、计算机程序、设备和系统，例如使用通过合成方法测序获得的数据。该发明的方法包括纠正在核苷酸测序过程中遇到的一个或多个现象，例如使用合成方法测序。这些现象包括但不限于序列领先、序列滞后、光谱串扰以及由于照明和/或滤波器响应变化而导致的噪声。
• Methods And Compositions For Incorporating Nucleotides
  申请人：Gordon Steven

  公开号：US20100035253A1

  公开（公告）日：2010-02-11

  The invention provides methods and compositions, including, without limitation, algorithms, computer readable media, computer programs, apparatus, and systems for determining the identity of nucleic acids in nucleotide sequences using, for example, data obtained from sequencing by synthesis methods. The methods of the invention include correcting one or more phenomena that are encountered during nucleotide sequencing, such as using sequencing by synthesis methods. These phenomena include, without limitation, sequence lead, sequence lag, spectral crosstalk, and noise resulting from variations in illumination and/or filter responses.

  本发明提供了用于利用通过合成方法测序获得的数据，确定核酸序列中核苷酸的身份的方法和组合物，包括但不限于算法、计算机可读介质、计算机程序、设备和系统。本发明的方法包括纠正在核苷酸测序中遇到的一个或多个现象，例如使用通过合成方法进行测序。这些现象包括但不限于序列超前、序列滞后、光谱串扰以及由于照明和/或滤光片响应变化而产生的噪声。
• Methods And Compositions For Base Calling Nucleic Acids
  申请人：GORDON STEVEN

  公开号：US20100063743A1

  公开（公告）日：2010-03-11

  The invention provides methods and compositions, including, without limitation, algorithms, computer readable media, computer programs, apparatus, and systems for determining the identity of nucleic acids in nucleotide sequences using, for example, data obtained from sequencing by synthesis methods. The methods of the invention include correcting one or more phenomena that are encountered during nucleotide sequencing, such as using sequencing by synthesis methods. These phenomena include, without limitation, sequence lead, sequence lag, spectral crosstalk, and noise resulting from variations in illumination and/or filter responses.

  本发明提供了一种确定核酸序列中核苷酸身份的方法和组合物，包括但不限于算法、计算机可读介质、计算机程序、装置和系统，例如使用通过合成方法测序获得的数据。本发明的方法包括纠正在核苷酸测序中遇到的一个或多个现象，例如使用通过合成方法测序。这些现象包括但不限于序列提前、序列滞后、光谱串扰以及由于照明和/或滤波器响应变化而产生的噪声。
• METHODS AND COMPOSITIONS FOR SEQUENCING NUCLEIC ACIDS USING CHARGE
  申请人：Gordon Steven

  公开号：US20120052489A1

  公开（公告）日：2012-03-01

  The invention provides methods and compositions, and systems for determining the identity of nucleic acids in nucleotide sequences, including sequences with one or more homopolymer regions. The methods of the invention include improvements so as to accurately identify sequences, including the difficult homopolymer sequences that are encountered during nucleotide sequencing, such as pyrosequencing.

  本发明提供了一种用于确定核苷酸序列中核酸的身份的方法、组合物和系统，包括具有一个或多个同聚物区域的序列。本发明的方法包括改进，以准确地识别序列，包括在核苷酸测序期间遇到的难以识别的同聚物序列，例如荧光测序。