3'-amino-6-N-benzoyl-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2',3'-dideoxyadenosine | 195375-61-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 3'-amino-6-N-benzoyl-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2',3'-dideoxyadenosine
• 英文别名: N-[9-[(2R,4S,5S)-4-amino-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]purin-6-yl]benzamide
• CAS: 195375-61-2
• 化学式: C₂₃H₃₂N₆O₃Si
• 分子量: 468.631
• InChiKey: GNUSSDLUVLFKDL-RCCFBDPRSA-N

物化性质

• 密度：
  1.28±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.72
• 重原子数：
  33
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.48
• 拓扑面积：
  117
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-amino-6-N-benzoyl-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2',3'-dideoxyadenosine 在 四丁基氟化铵 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 40.0h， 生成 (1′R, 3′S, 4′R)-N⁶-benzoyl-3′-tritylamino-2′,3′-dideoxyadenosine
  参考文献：
  名称：

  N3'-> P5'寡脱氧核糖核苷酸磷酸氨基甲酸酯：一种基于亚磷酰胺胺交换反应的新合成方法。

  摘要：

  展示了一种合成N3'-> P5'氨基磷酸亚氨基寡脱氧核苷酸的新方法。本文描述了亚磷酰胺交换反应中所用单体的合成以及与这种新的链组装方式有关的实验细节。亚磷酰胺交换法在每个循环中产生的偶联收率在92-95％的范围内，并且无需进行仪器修饰即可合成嵌合的氨基磷酸酯/磷酸二酯或氨基磷酸酯/硫代磷酸酯寡核苷酸。

  DOI：

  10.1021/jo970801t
• 作为产物：
  描述：

  N-苯甲酰基-5’-O-叔丁基二甲基硅烷基-2’-脱氧腺苷 在 吡啶 、 sodium tetrahydroborate 、 sodium azide 、 palladium on activated charcoal 、 氢气 、 戴斯-马丁氧化剂 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 异丙醇 为溶剂， -60.0~110.0 ℃ 、100.0 kPa 条件下， 反应 56.0h， 生成 3'-amino-6-N-benzoyl-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2',3'-dideoxyadenosine
  参考文献：
  名称：

  具有两性离子主链的NAA修饰的DNA寡核苷酸：AT亚磷酰胺结构单元的立体选择性合成。

  摘要：

  核酸主链的修饰对于寡核苷酸衍生的生物活性剂的开发是必不可少的。NAA修饰代表一种新型的人工核苷酸间连接，可将正电荷定点引入DNA寡核苷酸的聚阴离子主链中。在最初的研究中，在TT位点引入了NAA连锁，现在设想制备在XT基序（X = A，C，G）带有修饰的NAA修饰的寡核苷酸。因此，我们已经开发了NAA连接的“二聚” AT亚磷酰胺结构单元的有效和立体选择性合成，用于自动DNA合成。（S）和（R）构型的NAA基序均以非对映高选择性构建，可提供两种不同的亚磷酰胺试剂，它们被用于固相支持的两个NAA修饰的DNA寡核苷酸的自动合成。这代表了重要的一步，即进一步建立起NAA链接，作为现有的骨架修饰“工具箱”的有用添加，用于设计生物活性寡核苷酸类似物。

  DOI：

  10.3762/bjoc.11.8

文献信息

• [EN] OLIGONUCLEOTIDE COMPOSITIONS AND METHODS OF MAKING THE SAME<br/>[FR] COMPOSITIONS D'OLIGONUCLÉOTIDES ET LEURS PROCÉDÉS DE PRÉPARATION
  申请人：GERON CORP

  公开号：WO2015168310A1

  公开（公告）日：2015-11-05

  The present disclosure provides a solid phase method of making oligonucleotides via sequential coupling cycles including at least one coupling of a dinucleotide dimer subunit to a free 3'-terminal group of a growing chain. The oligonucleotides include at least two nucleoside subunits joined by a N3'→P5' phosphoramidate linkage. The method may include the steps of (a) deprotecting the protected 3' amino group of a terminal nucleoside attached to a solid phase support, said deprotecting forming a free 3' amino group; (b) contacting the free 3' amino group with a 3'-protected amino-dinucleotide-5'-phosphoramidite dimer in the presence of a nucleophilic catalyst to form an internucleoside N3'→P5' phosphoramidite linkage; and (c) oxidizing (e.g., sulfurizing) the linkage. The compositions produced by the subject methods may include a reduced amount of one or more (N-x) oligonucleotide products. Also provided are pharmaceutical compositions including the subject oligonucleotide compositions.

  本公开提供了一种通过顺序偶联循环制备寡核苷酸的固相方法，其中至少包括将二核苷酸二聚体亚基偶联到生长链的自由3'-末端基团的至少一个偶联步骤。这些寡核苷酸包括至少两个核苷酸亚基，通过N3'→P5'磷酰胺酸酯键连接。该方法可能包括以下步骤：(a)去保护连接到固相支持物上的末端核苷酸的保护3'氨基基团，去保护形成自由的3'氨基基团；(b)在存在亲核催化剂的情况下，将自由的3'氨基基团与3'-保护氨基-二核苷酸-5'-磷酰胺酯二聚体反应，形成核苷酸之间的N3'→P5'磷酰胺酯键；(c)氧化（例如，硫化）该键。通过该方法生产的组合物可能包括减少一种或多种(N-x)寡核苷酸产物的数量。还提供了包括该寡核苷酸组合物的制药组合物。
• WO2020016782A5
  申请人：——

  公开号：WO2020016782A5

  公开（公告）日：2022-07-14
• N3‘→P5‘ Oligodeoxyribonucleotide Phosphoramidates:  A New Method of Synthesis Based on a Phosphoramidite Amine-Exchange Reaction
  作者：Jeffrey S. Nelson、Karen L. Fearon、Mark Q. Nguyen、Sarah N. McCurdy、Jeff E. Frediani、Michael F. Foy、Bernard L. Hirschbein

  DOI：10.1021/jo970801t

  日期：1997.10.1

  for the synthesis of N3'-->P5' phosphoramidate oligodeoxynucleotides is demonstrated. Described herein is the synthesis of the monomers utilized in the phosphoramidite amine-exchange process and the experimental details pertaining to this new mode of chain assembly. The phosphoramidite amine-exchange method generates coupling yields in the 92-95% range per cycle and further enables the synthesis of chimeric

  展示了一种合成N3'-> P5'氨基磷酸亚氨基寡脱氧核苷酸的新方法。本文描述了亚磷酰胺交换反应中所用单体的合成以及与这种新的链组装方式有关的实验细节。亚磷酰胺交换法在每个循环中产生的偶联收率在92-95％的范围内，并且无需进行仪器修饰即可合成嵌合的氨基磷酸酯/磷酸二酯或氨基磷酸酯/硫代磷酸酯寡核苷酸。
• NAA-modified DNA oligonucleotides with zwitterionic backbones: stereoselective synthesis of A–T phosphoramidite building blocks
  作者：Boris Schmidtgall、Claudia Höbartner、Christian Ducho

  DOI：10.3762/bjoc.11.8

  日期：——

  We have therefore developed the efficient and stereoselective synthesis of NAA-linked 'dimeric' A-T phosphoramidite building blocks for automated DNA synthesis. Both the (S)- and the (R)-configured NAA-motifs were constructed with high diastereoselectivities to furnish two different phosphoramidite reagents, which were employed for the solid phase-supported automated synthesis of two NAA-modified DNA

  核酸主链的修饰对于寡核苷酸衍生的生物活性剂的开发是必不可少的。NAA修饰代表一种新型的人工核苷酸间连接，可将正电荷定点引入DNA寡核苷酸的聚阴离子主链中。在最初的研究中，在TT位点引入了NAA连锁，现在设想制备在XT基序（X = A，C，G）带有修饰的NAA修饰的寡核苷酸。因此，我们已经开发了NAA连接的“二聚” AT亚磷酰胺结构单元的有效和立体选择性合成，用于自动DNA合成。（S）和（R）构型的NAA基序均以非对映高选择性构建，可提供两种不同的亚磷酰胺试剂，它们被用于固相支持的两个NAA修饰的DNA寡核苷酸的自动合成。这代表了重要的一步，即进一步建立起NAA链接，作为现有的骨架修饰“工具箱”的有用添加，用于设计生物活性寡核苷酸类似物。