6-N-benzoyl-5'-O-tert-butyldimethylsilyladenosine | 69504-16-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 6-N-benzoyl-5'-O-tert-butyldimethylsilyladenosine
• 英文别名: N⁶-benzoyl-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)adenosine；6-N-benzoyl-5’-O-tert-butyldimethylsilyl-adenosine；N6-benzoyl-5'-(tert-butyldimethylsilyl)adenosine；N⁶-benzoyl-O^5'-(tert-butyl-dimethyl-silanyl)-adenosine；N-[9-[(2R,3R,4S,5R)-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]purin-6-yl]benzamide
• CAS: 69504-16-1
• 化学式: C₂₃H₃₁N₅O₅Si
• 分子量: 485.615
• InChiKey: UTOHKNWFOFMWTG-UVLLPENVSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.72
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.48
• 拓扑面积：
  132
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  6-N-benzoyl-5'-O-tert-butyldimethylsilyladenosine 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 lithium isopropoxide 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 30.0h， 生成 N-(9-((2R,5S)-5-(((tert-butyldimethylsilyl)oxy)methyl)-3-oxotetrahydrofuran-2-yl)-9H-purin-6-yl)benzamide
  参考文献：
  名称：

  通过亲电流形制备氟化核苷类似物的统一策略

  摘要：

  在此，我们提出了一种通过易于获得且实验室稳定的 2'-酮核苷的氨基催化、亲电子氟化来制备 3'-氟化核苷类似物的策略。该策略最初是为了促进 3'-氟鸟苷 (3'-FG)（抗癌治疗药物 MK-1454 的一种子结构）的制造而开发的，现已扩展到多种 3'-氟核苷的合成。最后，我们展示了 2'-酮核苷合成子作为进一步多样化平台的实用性，并建议该方法应广泛适用于新型核苷类似物的发现。

  DOI：

  10.1021/acs.orglett.2c03367
• 作为产物：
  描述：

  腺苷 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 三甲基氯硅烷 作用下， 反应 2.0h， 生成 6-N-benzoyl-5'-O-tert-butyldimethylsilyladenosine
  参考文献：
  名称：

  三环烷：构象受限的核苷类似物与从d-核呋喃糖单元获得的新杂三环†

  摘要：

  一种新型的核苷类似物，其中糖部分被新的三环3,7,10-trioxa-11-azatricyclo [5.3.1.0 5,11已经通过底物控制的不对称合成制备了十一碳烷。由偏高碘酸盐氧化得自适当保护或未保护的尿苷，核苷胸苷，胞嘧啶，肌苷，腺苷和鸟苷的1，5-二醛容易与三（羟甲基）氨基甲烷反应，从而提供具有三个新的立体异构中心的相应三环衍生物。通过双环化级联过程，以良好至高收率和非对映选择性非常高地获得了三环化合物。在所有情况下，都观察到八种可能中只有一种立体异构体的形成。常规的NMR实验辅助了新的含立体三联体的三环系统的绝对构型，随后使用X射线晶体结构作为参考进行了化学位移计算，该化学位移与从新的ROESY NMR方法获得的H–H距离非常吻合。该合成与甲硅烷基，三苯甲基和二甲氧基三苯甲基保护基相容。含有ZnCl的新试剂混合物如图2所示，开发了Et 3 SiH和六氟异丙醇用于酸敏感的三环烷核苷的去三苯甲基化。

  DOI：

  10.1039/c7ob02296d

文献信息

• Potential prodrug derivatives of 2',3'-didehydro-2',3'-dideoxynucleosides. Preparations and antiviral activities
  作者：Khairuzzaman B. Mullah、T. Sudhakar Rao、Jan Balzarini、Erik De Clercq、Wesley G. Bentrude

  DOI：10.1021/jm00093a003

  日期：1992.7

  prodrug forms of the antivirals 2',3'-didehydro-2',3'-dideoxyadenosine (D4A) and 2',3'-didehydro-2',3'-dideoxycytosine (D4C) are reported. The 5'-phenyl- and 5'-methylphosphonates (4, 6, 8, and 10) and their phosphonothionate congeners (5, 7, 9, and 11), with the exception of 10, were inactive in vitro against HIV-1 and HIV-2. However, the 5'-phenyl, 5'-methyl, and 5'-(3'-thymidyl) phosphate diesters

  一系列（4-17）潜在的前药形式的抗病毒药2'，3'-didehydro-2'，3'-dideoxyadenosine（D4A）和2'，3'-didehydro-2'的制备和抗病毒活性，报告了3'-脱氧胞嘧啶（D4C）。5'-苯基和5'-甲基膦酸酯（4、6、8和10）及其膦硫代酸酯同源物（5、7、9和11）（除10外）在体外对HIV-1没有活性和HIV-2。然而，磷酸5'-苯基，5'-甲基和5'-（3'-胸苷基）磷酸二酯（12-17）抑制了HIV-1和HIV-2的细胞病变作用（EC50约为1-60 microM）和细胞毒性（CC50约为35-200 microM），其浓度水平与其母体化合物D4A和D4C相当。这强烈表明二酯被水解成核苷D4A和D4C和/或它们的5'-单磷酸酯。在含有10％胎牛血清的培养基中证明了12和13容易水解为这些产物。这些分子可以用作游离核苷及其5'-单磷酸酯的现成前
• Synthesis of Nucleotidylated Poliovirus VPg Proteins
  作者：Gerbrand J. van der Heden van Noort、Herman S. Overkleeft、Gijsbert A. van der Marel、Dmitri V. Filippov

  DOI：10.1021/jo100757t

  日期：2010.8.20

  Phosphitylation of the side chain hydroxyl function of Fmoc protected tyrosine with 5′-phosphoramidites of suitably protected cytidine, adenosine, and guanosine, followed by oxidation gave three novel nucleotidylated amino acid building blocks. After protective group manipulation, these building blocks were used in a solid phase peptide synthesis to afford the nucleotidylated poliovirus proteins VPgpC

  Fmoc保护的酪氨酸的侧链羟基官能团的磷酸化与适当保护的胞苷，腺苷和鸟苷的5'-磷酰胺盐，然后进行氧化，得到了三个新颖的核苷酸化氨基酸结构单元。在保护基团操纵后，将这些结构单元用于固相肽合成中，以提供核苷酸化的脊髓灰质炎病毒蛋白VPgpC，VPgpA和VPgpG。
• Synthesis of Dimeric ADP-Ribose and Its Structure with Human Poly(ADP-ribose) Glycohydrolase
  作者：Michael J. Lambrecht、Matthew Brichacek、Eva Barkauskaite、Antonio Ariza、Ivan Ahel、Paul J. Hergenrother

  DOI：10.1021/ja512528p

  日期：2015.3.18

  Here we describe the chemical synthesis of the ADP-ribose dimer, and we use this compound to obtain the first human PARG substrate-enzyme cocrystal structure. Chemical synthesis of PAR is an attractive alternative to traditional enzymatic synthesis and fractionation, allowing access to products such as dimeric ADP-ribose, which has been detected but never isolated from natural sources. Additionally

  聚 (ADP-核糖基) 化是一种常见的翻译后修饰，可介导多种细胞过程，包括 DNA 损伤修复、染色质调节、转录和细胞凋亡。以均质形式获取聚（ADP-核糖）（PAR）的困难一直阻碍着理解 PAR 与聚（ADP-核糖）糖水解酶（PARG）和其他结合蛋白的相互作用。在这里，我们描述了ADP-核糖二聚体的化学合成，并利用该化合物获得了第一个人类PARG底物-酶共晶结构。 PAR 的化学合成是传统酶法合成和分级分离的一种有吸引力的替代方案，可以获取二聚 ADP-核糖等产品，这种物质已被检测到，但从未从天然来源中分离出来。此外，我们描述了炔基化二聚体的合成，并证明该化合物可用于合成 PAR 探针，包括生物素和荧光团标记的化合物。然后将荧光标记的 ADP-核糖二聚体用于一般基于荧光偏振的 PAR-蛋白质结合测定。最后，我们使用合成的中间体来获取各种 PAR 片段，并对这些化合物作为 PARG 底物进行评
• Inhibition of tRNA-dependent ligase MurM from Streptococcus pneumoniae by phosphonate and sulfonamide inhibitors
  作者：Elena Cressina、Adrian J. Lloyd、Gianfranco De Pascale、B. James Mok、Stephen Caddick、David I. Roper、Christopher G. Dowson、Timothy D.H. Bugg

  DOI：10.1016/j.bmc.2009.03.028

  日期：2009.5

  Ligase MurM catalyses the addition of Ala from alanyl-tRNA(Ala), or Ser from seryl-tRNA(Ser), to lipid intermediate II in peptidoglycan biosynthesis in Streptococcus pneumoniae, and is a determinant of high-level penicillin resistance. Phosphorus-based transition state analogues were designed as inhibitors of the MurM-catalysed reaction. Phosphonamide analogues mimicking the attack of a lysine nucleophile upon Ala-tRNA(Ala) showed no inhibition of MurM, but adenosine 3'-phosphonate analogues showed inhibition of MurM, the most active being a 2'-deoxyadenosine analogue (IC50 100 mu M). Structure/function studies upon this analogue established that modi. cation of the amino group of the aminoalkylphosphonate resulted in loss of potency, and modi. cation of the adenosine 5'-hydroxyl group with either a t-butyl dimethyl silyl or a carbamate functional group resulted in loss of activity. A library of 48 aryl sulfonamides was also screened against MurM using a radiochemical assay, and two compounds showed sub-millimolar inhibition. These compounds are the first small molecule inhibitors of the Fem ligase family of peptidyltransferases found in Gram-positive bacteria. (C) 2009 Elsevier Ltd. All rights reserved.
• Synthesis of Fluorescent, Photolabile 3′-<i>O</i>-Protected Nucleoside Triphosphates for the Base Addition Sequencing Scheme
  作者：Mike B. Welch、Kevin Burgess

  DOI：10.1080/15257779908043067

  日期：1999.2

  The dansylated nucleoside triphosphates la and Ib were prepared as a prelude to investigating sequencing of DNA via a scheme that does not involve electrophoresis.