ethyl (E)-[1-13C]-3,7-dimethyl-2,6-octadienoate | 105426-75-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 异戊烯醇脂质
• 英文名称: ethyl (E)-[1-13C]-3,7-dimethyl-2,6-octadienoate
• 英文别名: [1-13C]-ethyl-3,7-dimethylocta-2(E),6-dienoate；ethyl (1-¹³C)geranate；ethyl [1-13C]3,7-dimethyl-2,6-octadienoate
• CAS: 105426-75-3
• 化学式: C₁₂H₂₀O₂
• 分子量: 197.279
• InChiKey: ZPKNTCZTABQJPS-DWQIZZDSSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.24
• 重原子数：
  14.0
• 可旋转键数：
  5.0
• 环数：
  0.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.58
• 拓扑面积：
  26.3
• 氢给体数：
  0.0
• 氢受体数：
  2.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  ethyl (E)-[1-13C]-3,7-dimethyl-2,6-octadienoate 在 四溴化碳 、 PPh₃ on polymer support 、 二异丁基氢化铝 作用下， 以 正己烷 、 二氯甲烷 、 甲苯 、 乙腈 为溶剂， 反应 13.0h， 生成 (E)-[1-13C]-3,7-dimethyl-2,6-octadien-1-yl diphosphate
  参考文献：
  名称：

  模型和酶促异戊二烯化反应的过渡态分析

  摘要：

  为了获得酶催化异戊二烯化反应的过渡态 (TS) 结构，首先研究了 SN1 和 SN2 模型与二甲基烯丙基氯的取代反应。模型反应的 13C 动力学同位素效应 (KIE) 通过天然丰度 NMR 方法进行测量，并用于验证将用于随后确定酶促 TS 结构的计算方法。使用通过质谱测量的初级 13C KIE 和次级 2H KIE，计算酶催化反应的 TS 结构；使用 mPW1N 泛函结合 6-31+G(d) 基组的电子结构理论的密度泛函水平用于这些计算。该结构的 CO 键长为 1.69 A，C-S 键长为 3.70 A。

  DOI：

  10.1021/ja069119j
• 作为产物：
  描述：

  6-甲基-5-庚烯-2-酮 、 乙基(二乙氧基磷酰)(1-13C)乙酸酯 在 正丁基锂 作用下， 以 四氢呋喃 、 正己烷 为溶剂， 反应 20.33h， 以83%的产率得到ethyl (E)-[1-13C]-3,7-dimethyl-2,6-octadienoate
  参考文献：
  名称：

  模型和酶促异戊二烯化反应的过渡态分析

  摘要：

  为了获得酶催化异戊二烯化反应的过渡态 (TS) 结构，首先研究了 SN1 和 SN2 模型与二甲基烯丙基氯的取代反应。模型反应的 13C 动力学同位素效应 (KIE) 通过天然丰度 NMR 方法进行测量，并用于验证将用于随后确定酶促 TS 结构的计算方法。使用通过质谱测量的初级 13C KIE 和次级 2H KIE，计算酶催化反应的 TS 结构；使用 mPW1N 泛函结合 6-31+G(d) 基组的电子结构理论的密度泛函水平用于这些计算。该结构的 CO 键长为 1.69 A，C-S 键长为 3.70 A。

  DOI：

  10.1021/ja069119j

文献信息

• Mechanistic Investigations of Two Bacterial Diterpene Cyclases: Spiroviolene Synthase and Tsukubadiene Synthase
  作者：Patrick Rabe、Jan Rinkel、Etilia Dolja、Thomas Schmitz、Britta Nubbemeyer、T. Hoang Luu、Jeroen S. Dickschat

  DOI：10.1002/anie.201612439

  日期：2017.3.1

  two diterpene cyclases from streptomycetes—one with an unknown product that was identified as the spirocyclic hydrocarbon spiroviolene and one with the known product tsukubadiene—were investigated in detail by isotope labeling experiments. Although the structures of the products were very different, the cyclization mechanisms of both enzymes proceed through the same initial cyclization reactions, before

  通过同位素标记实验详细研究了链霉菌中的两种二萜环化酶的机理，一种是未知产物，被鉴定为螺环烃螺环戊烯，另一种是已知的tsukubadiene。尽管产物的结构非常不同，但是两种酶的环化机理都是通过相同的初始环化反应进行的，然后才趋向于各个产物，这反映在酶的密切系统发育关系中。
• Evaluation of Isoprenoid Conformation in Solution and in the Active Site of Protein-Farnesyl Transferase Using Carbon-13 Labeling in Conjunction with Solution- and Solid-State NMR
  作者：Todd J. Zahn、Markus Eilers、Zhengmao Guo、Mohamad B. Ksebati、Matthew Simon、Jeffrey D. Scholten、Steven O. Smith、Richard A. Gibbs

  DOI：10.1021/ja000860f

  日期：2000.8.1

  knowledge of the solution conformation of FPP, as well as its conformation in the active site of FTase. Four bis-13C-labeled derivatives of farnesol and geranylgeraniol have been synthesized and used to prepare the corresponding FPP and GGPP derivatives. The labeled farnesyl and geranylgeranyl derivatives 2−7 were utilized in conjunction with solution 13C NMR to probe the conformation of the prenyl chain

  酶蛋白法呢基转移酶 (FTase) 使用法呢基二磷酸 (FPP) 作为异戊二烯来源，催化 Ras 蛋白和其他关键信号转导蛋白的法呢基化。因此，FTase 抑制剂作为潜在的新型抗癌剂引起了人们的极大兴趣。此类试剂的设计将通过对 FPP 溶液构象及其在 FTase 活性位点中的构象的详细了解来提供信息。已经合成了四种双 13C 标记的法呢醇和香叶基香叶醇衍生物，并用于制备相应的 FPP 和 GGPP 衍生物。标记的法呢基和香叶基香叶基衍生物 2-7 与溶液 13C NMR 结合使用，以探测各种不同溶剂中异戊二烯链的构象。这些研究，连同分子动力学模拟，证明异戊二烯链主要以扩展构象存在。令人惊讶的是，这种对扩展构象的偏好对溶剂不敏感。没有明显的...
• Urano, Shiro; Otani, Ikuko; Matsuo, Mitsuyoshi, Heterocycles, 1985, vol. 23, # 11, p. 2793 - 2796
  作者：Urano, Shiro、Otani, Ikuko、Matsuo, Mitsuyoshi

  DOI：——

  日期：——
• Synthesis and conformational analysis of di-13C-labeled farnesyl diphosphate analogs
  作者：Todd J. Zahn、Mohamad B. Ksebati、Richard A. Gibbs

  DOI：10.1016/s0040-4039(98)00751-5

  日期：1998.6

  Two di-C-13-labeled farnesyl diphosphates (2 and 4) have been prepared using modified versions of the isoprenoid triflate route previously developed in this laboratory. The (3)J(CC) coupling constants far the precursor alcohols 1 and 3 are 1.6 Hz and 3.6 Hz, respectively, in CDCl3, and very similar results were obtained for 2 and 4 in D2O. This indicates a skew or gauche conformation about the C-3-C-4 bond and a trans conformation about the C-4-C-5 bond in both farnesol and FPP. (C) 1998 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.