Cytidine 5'-phosphorimidazolide | 69673-09-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: Cytidine 5'-phosphorimidazolide
• 英文别名: Cytidine 5'-phosphoimidazolide；[(2R,3S,4R,5R)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-imidazol-1-ylphosphinic acid
• CAS: 69673-09-2
• 化学式: C₁₂H₁₆N₅O₇P
• 分子量: 373.262
• InChiKey: IBSGRRVVPBLYQF-QCNRFFRDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.8
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  173
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  Cytidine 5'-phosphorimidazolide 在 sodium perchlorate 、 三丁基焦磷酸铵 、 sodium nitrite 作用下， 以 水 、 溶剂黄146 为溶剂， 反应 48.0h， 生成 uridine 5'-triphosphate trisodium salt
  参考文献：
  名称：

  Convenient syntheses of cytidine 5'-triphosphate, guanosine 5'-triphosphate, and uridine 5'-triphosphate and their use in the preparation of UDP-glucose, UDP-glucuronic acid, and GDP-mannose

  摘要：

  DOI：

  10.1021/jo00293a030
• 作为产物：
  描述：

  5'-胞苷酸 以 甲醇 、 乙醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 25.0h， 生成 Cytidine 5'-phosphorimidazolide
  参考文献：
  名称：

  Convenient syntheses of cytidine 5'-triphosphate, guanosine 5'-triphosphate, and uridine 5'-triphosphate and their use in the preparation of UDP-glucose, UDP-glucuronic acid, and GDP-mannose

  摘要：

  DOI：

  10.1021/jo00293a030

文献信息

• Synthesis of nucleoside phosphosulfates
  作者：Joanna Kowalska、Agnieszka Osowniak、Joanna Zuberek、Jacek Jemielity

  DOI：10.1016/j.bmcl.2012.04.039

  日期：2012.6

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• Synthesis of imidazole-activated ribonucleotides using cyanogen chloride
  作者：Ruiqin Yi、Yayoi Hongo、Albert C. Fahrenbach

  DOI：10.1039/c7cc08489g

  日期：——

  We report the syntheses of ribonucleoside 5′-monophosphates activated with imidazole, using a mechanism which relies on the in situ generation of cyanogen chloride from the reaction of cyanide anion with hypochlorous acid. Cyanogen chloride reacts rapidly with imidazole to form diimidazole imine as the major product, a species which affords the activation of ribonucleoside 5′-monophosphates to their

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• Common and Potentially Prebiotic Origin for Precursors of Nucleotide Synthesis and Activation
  作者：Albert C. Fahrenbach、Constantin Giurgiu、Chun Pong Tam、Li Li、Yayoi Hongo、Masashi Aono、Jack W. Szostak

  DOI：10.1021/jacs.7b01562

  日期：2017.7.5

  recently shown that 2-aminoimidazole is a superior nucleotide activating group for nonenzymatic RNA copying. Here we describe a prebiotic synthesis of 2-aminoimidazole that shares a common mechanistic pathway with that of 2-aminooxazole, a previously described key intermediate in prebiotic nucleotide synthesis. In the presence of glycolaldehyde, cyanamide, phosphate and ammonium ion, both 2-aminoimidazole

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• Sequence- and Regioselectivity in the Montmorillonite-Catalyzed Synthesis of RNA
  作者：Shin Miyakawa、James P. Ferris

  DOI：10.1021/ja034328e

  日期：2003.7.1

  nucleotides (pN) with activated monomers (ImpN), the sequence- and regioselectivity was Pu(3')Py > Pu(3')Pu = Pu(2')Py > Pu(2')Pu. The 5'-pyrimidine initiated dimers formed less efficiently than the 5'-purine initiated dimers. Trimer formation was investigated by the synthesis of 8 dimers (pNpN) and measuring the yields of trimers formed in the reaction of each dimer with a mixture of equal molar amounts

  通过检查蒙脱石催化的 RNA 二聚体和三聚体形成中的序列和区域选择性，研究了催化在从活化单体形成有限数量的 RNA 中的可能作用。A 的反应性与 G 的相似，C 的反应性与 U 相当。但嘌呤核苷酸的反应性与嘧啶的反应性不同。在核苷酸 (pN) 与活化单体 (ImpN) 的反应中，序列和区域选择性为 Pu(3')Py > Pu(3')Pu = Pu(2')Py > Pu(2')Pu。5'-嘧啶引发的二聚体形成的效率低于 5'-嘌呤引发的二聚体。通过合成 8 个二聚体 (pNpN) 并测量每个二聚体与等摩尔量的四种活化单体的混合物的反应中形成的三聚体的产率来研究三聚体的形成。二聚体的反应性取决于连接到 RNA 3'-末端的核苷酸和磷酸二酯键的区域化学。提出了基于这些研究的规则来预测在蒙脱石催化反应中形成的 RNA 的序列和区域选择性。这些规则与等摩尔量的 ImpA 和 ImpC 反应形成的 2-5
• Engineering Human Fhit, a Diadenosine Triphosphate Hydrolase, into an Efficient Dinucleoside Polyphosphate Synthase
  作者：Kaisheng Huang、Perry A. Frey

  DOI：10.1021/ja0400640

  日期：2004.8.1

  dinucleoside polyphosphates. Fhit catalyzes the Mg2+-dependent hydrolysis of P1-5'-O-adenosine-P3-5'-O-adenosine triphosphate (Ap3A) to AMP and MgADP. Mutation of His96 to glycine disables Fhit as a catalyst for the hydrolysis of phosphoanhydrides such as Ap3A. However, the mutated enzyme H96G-Fhit efficiently catalyzes the synthesis of phosphoanhydride bonds in reactions of nucleoside-5'-phosphimidazolides

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