thymidine 5'-(6-deoxy-α-D-glucopyranosyl diphosphate) | 24988-24-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: thymidine 5'-(6-deoxy-α-D-glucopyranosyl diphosphate)
• 英文别名: thymidine diphosphate-6-deoxy-D-glucose；TDP-D-quinovose；dTDP-D-Qui；[(2r,3s,5r)-3-Hydroxy-5-(5-Methyl-2,4-Dioxo-3,4-Dihydropyrimidin-1(2h)-Yl)tetrahydrofuran-2-Yl]methyl (2r,3r,4s,5s,6r)-3,4,5-Trihydroxy-6-Methyltetrahydro-2h-Pyran-2-Yl Dihydrogen Diphosphate；[hydroxy-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphoryl] [(2R,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-methyloxan-2-yl] hydrogen phosphate
• CAS: 24988-24-7
• 化学式: C₁₆H₂₆N₂O₁₅P₂
• 分子量: 548.334
• InChiKey: ZOSQFDVXNQFKBY-LPGAPTBISA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.8
• 重原子数：
  35
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.75
• 拓扑面积：
  251
• 氢给体数：
  7
• 氢受体数：
  15

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  thymidine 5'-(6-deoxy-α-D-glucopyranosyl diphosphate) 在 sodium dithionite 、 1,4-dithio-D,L-threitol 、 DesII from Streptomyces venezuelae 、 S-腺苷蛋氨酸 作用下， 生成 dTDP-3-keto-6-deoxy-α-D-glucose
  参考文献：
  名称：

  自由基 SAM 酶 DesII 催化的氧化还原中性脱氨和氧化脱氢反应的化学计量

  摘要：

  来自 Streptomyces venezuelae 的 DesII 是一种自由基 SAM（S-腺苷-l-甲硫氨酸）酶，可催化 TDP-4-amino-4,6-dideoxy-d-葡萄糖脱氨基形成 TDP-3-keto-4,6-双脱氧-d-葡萄糖在TDP-d-脱糖胺的生物合成中的作用。DesII 还催化非生理底物 TDP-D-quinovose 脱氢为 TDP-3-keto-6-deoxy-d-glucose。这些特性促使我们研究 DesII 如何在氧化还原中性脱氨反应与氧化脱氢反应中处理 SAM。TDP-4-amino-4,6-dideoxy-d-葡萄糖的酶促合成的发展促进了这项工作，该酶将转氨平衡与甲酸的热力学有利氧化相结合。在这项研究中，发现 DesII 消耗 SAM 与 TDP 糖的化学计量为 0.96 +/- 0.05 和 1.01 +/- 0。05 分别用于脱氨基和脱氢反应，使用

  DOI：

  10.1021/ja909451a
• 作为产物：
  描述：

  alpha-甲基葡萄糖甙 在 palladium on activated charcoal 、 galactose-1-phosphate thymidylyltransferase 吡啶 、 盐酸 、 四氯化碳 、 lithium aluminium tetrahydride 、 N-Iodosuccinamide 、 三氟甲磺酸 、 magnesium 、 氢气 、 sodium methylate 、 sodium hydride 、 碳酸氢钠 、 溶剂黄146 、 三苯基膦 、 zinc(II) iodide 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 甲苯 为溶剂， 反应 27.0h， 生成 thymidine 5'-(6-deoxy-α-D-glucopyranosyl diphosphate)
  参考文献：
  名称：

  合成天然和“非天然”UDP-和 TDP-核苷酸糖的通用酶法

  摘要：

  DOI：

  10.1021/ja001444y

文献信息

• Active-site engineering of nucleotidylyltransferases and general enzymatic methods for the synthesis of natural and "unnatural" UDP- and TDP-nucleotide sugars
  申请人：——

  公开号：US20030055235A1

  公开（公告）日：2003-03-20

  The present invention provides mutant nucleotidylyl-transferases, such as E p , having altered substrate specificity; methods for their production; and methods of producing nucleotide sugars, which utilize these nucleotidylyl-transferases. The present invention also provides methods of synthesizing desired nucleotide sugars using natural and/or modified Ep or other nucleotidyltransferases; and nucleotide sugars sythesized by the present methods. The present invention further provides new glycosyl phosphates, and methods for making them.

  本发明提供了一种突变型核苷酸转移酶，如E p ，具有改变的底物特异性；其生产方法；以及利用这些核苷酸转移酶生产核苷酸糖的方法。本发明还提供了使用天然和/或修饰的Ep或其他核苷酸转移酶合成所需的核苷酸糖的方法；以及通过本发明方法合成的核苷酸糖。本发明进一步提供了新的糖基磷酸酯，及其制造方法。
• Mechanistic Studies of the Radical<i>S</i>-Adenosylmethionine Enzyme DesII with TDP-<scp>D</scp>-Fucose
  作者：Yeonjin Ko、Mark W. Ruszczycky、Sei-Hyun Choi、Hung-wen Liu

  DOI：10.1002/anie.201409540

  日期：2015.1.12

  DesII is a radical S‐adenosylmethionine (SAM) enzyme that catalyzes the C4‐deamination of TDP‐4‐amino‐4,6‐dideoxyglucose through a C3 radical intermediate. However, if the C4 amino group is replaced with a hydroxy group (to give TDP‐quinovose), the hydroxy group at C3 is oxidized to a ketone with no C4‐dehydration. It is hypothesized that hyperconjugation between the C4 CN/O bond and the partially

  DesII 是一种自由基S-腺苷甲硫氨酸 (SAM) 酶，可通过 C3 自由基中间体催化 TDP-4-氨基-4,6-二脱氧葡萄糖的 C4 脱氨基作用。然而，如果 C4 氨基被羟基取代（得到 TDP-奎诺糖），C3 上的羟基会被氧化成酮，而不会发生 C4 脱水。据推测，C4 C - N/O 键和自由基中间体 C3 处部分填充的 p 轨道之间的超共轭调节了消除与脱氢竞争的程度。为了研究这一假设，我们检查了 DesII 与 TDP-奎诺糖 (TDP-岩藻糖) C4-差向异构体的反应。该反应主要导致 TDP-6-脱氧古洛糖的形成，并可能导致 TDP-岩藻糖的再生。底物自由基的其余部分在 C3-脱氢和 C4-脱水之间大致相等地分配。因此，改变 C4 的立体化学可以实现消除和脱氢之间更平衡的竞争。
• Cooperation of Two Bifunctional Enzymes in the Biosynthesis and Attachment of Deoxysugars of the Antitumor Antibiotic Mithramycin
  作者：Guojun Wang、Pallab Pahari、Madan K. Kharel、Jing Chen、Haining Zhu、Steven G. Van Lanen、Jürgen Rohr

  DOI：10.1002/anie.201205414

  日期：2012.10.15

  Two bifunctional enzymes cooperate in the assembly and the positioning of two sugars, D‐olivose and D‐mycarose, of the anticancer antibiotic mithramycin. MtmC finishes the biosynthesis of both sugar building blocks depending on which MtmGIV activity is supported. MtmGIV transfers these two sugars onto two structurally distinct acceptor substrates. The dual function of these enzymes explains two essential

  两种双功能酶协同组装和定位抗癌抗生素光神霉素的两种糖，D-橄榄糖和D- mycarose。MtmC 根据支持的 MtmGIV 活动完成两种糖构建块的生物合成。MtmGIV 将这两种糖转移到两种结构不同的受体底物上。这些酶的双重功能解释了两种基本但以前未识别的活动。
• ACTIVE-SITE ENGINEERING OF NUCLEOTIDYLYLTRANSFERASES AND GENERAL ENZYMATIC METHODS FOR THE SYNTHESIS OF NATURAL AND "UNNATURAL" UDP- AND TDP-NUCLEOTIDE SUGARS
  申请人：THORSON Jon

  公开号：US20070178487A1

  公开（公告）日：2007-08-02

  The present invention provides mutant nucleotidylyl-transferases, such as E p , having altered substrate specificity; methods for their production; and methods of producing nucleotide sugars, which utilize these nucleotidylyl-transferases. The present invention also provides methods of synthesizing desired nucleotide sugars using natural and/or modified E p or other nucleotidyltransferases; and nucleotide sugars sythesized by the present methods. The present invention further provides new glycosyl phosphates, and methods for making them.

  本发明提供了突变核苷酸转移酶，例如Ep，具有改变的底物特异性；其生产方法；以及利用这些核苷酸转移酶生产核苷酸糖的方法。本发明还提供了使用天然和/或改性的Epor或其他核苷酸转移酶合成所需核苷酸糖的方法；以及通过本方法合成的核苷酸糖。本发明还提供了新的糖基磷酸酯，以及制备它们的方法。
• Target-specific identification and characterization of the putative gene cluster for brasilinolide biosynthesis revealing the mechanistic insights and combinatorial synthetic utility of 2-deoxy-<scp>l</scp>-fucose biosynthetic enzymes
  作者：Hsien-Tai Chiu、Chien-Pao Weng、Yu-Chin Lin、Kuan-Hung Chen

  DOI：10.1039/c5ob02292d

  日期：——

  mechanisms of NbrCDEF enzymes were further characterized by systematic mix-and-match experiments. The enzymes were revealed to display remarkable substrate and partner promiscuity, leading to the establishment of in vitro hybrid deoxysugar biosynthetic pathways throughout an in situ one-pot (iSOP) method. This study represents the first demonstration of TDP-2dF biosynthesis at the enzyme and molecular levels

  表现出强大的免疫抑制和抗真菌活性且毒性极低的油菜素内酯在结构上具有与I型聚酮化合物（PK-1）大内酯相连的异常修饰的2-脱氧-L-岩藻糖（2dF）的结构特征。从致病性生产者诺卡氏菌（Nocardia brasiliensis IFM-0406）上，通过靶标特异性简并引物鉴定出一个210 kb的基因组片段，并随后进行了测序，揭示了一个巨大的nbr基因簇，该簇具有TDP-2dF生物合成所需的基因（nbrCDEF）和那些用于PK-1的生物合成，修饰和调节。结果表明，nbr的遗传和结构域排列PK-1合成酶与巴西内酯的PK-1结构共线性一致。随后的nbrCDEF在大肠杆菌中的异源表达完成了TDP-2dF生物合成的体外重建。通过系统的混合和匹配实验进一步表征了NbrCDEF酶的催化功能和机理。揭示了这些酶显示出显着的底物和伴侣混杂性，从而导致在整个原位建立了体外杂交脱氧糖生物合成途径一锅法（iSOP）