5′(S)-C-(acetylenylmethyl)-2′,3′-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)uridine | 1620571-25-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 5′(S)-C-(acetylenylmethyl)-2′,3′-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)uridine
• 英文别名: 5′(S)-C-(butylaminomethyl)-2′,3′-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)uridine；2′,3′-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5′-deoxy-5′(S),6′-epoxyuridine
• CAS: 1620571-25-6
• 化学式: C₂₂H₄₀N₂O₆Si₂
• 分子量: 484.74
• InChiKey: JBHFXZZCFVJMIQ-AIHBUXEESA-N

物化性质

• 熔点：
  186-190 °C
• 密度：
  1.11±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.61
• 重原子数：
  32.0
• 可旋转键数：
  6.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.82
• 拓扑面积：
  95.08
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  7.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5′(S)-C-(acetylenylmethyl)-2′,3′-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)uridine 在 水 、 一水合肼 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 80.17h， 生成 C₃₂H₆₀N₄O₉Si₂
  参考文献：
  名称：

  含尿素MraY抑制剂的合成、生物学评价和分子建模

  摘要：

  描述了被 5'-亚甲基脲取代的氨基核糖基尿苷的直接合成。它们的聚合合成涉及由各种活化酰胺和 5' 位被氨甲基取代的叠氮核糖基尿苷形成尿素。这种常见的中间体是由邻苯二甲酰亚氨基尿苷衍生物与核糖基氟作为核糖基供体的非对映选择性糖基化产生的。对合成的 11 种含尿素抑制剂对 MraY 转移酶活性的抑制进行了评估，结果发现 10 种化合物显示了 MraY 抑制作用，IC 50范围为 1.9 μM 至 16.7 μM。还在一组革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌上评估了它们的抗菌活性。四种化合物对革兰氏阳性细菌病原体表现出良好的活性，MIC范围为8至32 μg mL -1 ，包括耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）和屎肠球菌。有趣的是，一种化合物还显示出对铜绿假单胞菌的抗菌活性，MIC 等于 64 μg mL -1 。对接实验预测了活性化合物尿素链在Aquifex aeolicus的 MraY 活性位点内不同疏水区域（HS2

  DOI：

  10.1039/d1ob00710f
• 作为产物：
  描述：

  在 间氯过氧苯甲酸 作用下， 以 aq. phosphate buffer 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 16.0h， 以4.9 g的产率得到5′(S)-C-(acetylenylmethyl)-2′,3′-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)uridine
  参考文献：
  名称：

  含尿素MraY抑制剂的合成、生物学评价和分子建模

  摘要：

  描述了被 5'-亚甲基脲取代的氨基核糖基尿苷的直接合成。它们的聚合合成涉及由各种活化酰胺和 5' 位被氨甲基取代的叠氮核糖基尿苷形成尿素。这种常见的中间体是由邻苯二甲酰亚氨基尿苷衍生物与核糖基氟作为核糖基供体的非对映选择性糖基化产生的。对合成的 11 种含尿素抑制剂对 MraY 转移酶活性的抑制进行了评估，结果发现 10 种化合物显示了 MraY 抑制作用，IC 50范围为 1.9 μM 至 16.7 μM。还在一组革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌上评估了它们的抗菌活性。四种化合物对革兰氏阳性细菌病原体表现出良好的活性，MIC范围为8至32 μg mL -1 ，包括耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）和屎肠球菌。有趣的是，一种化合物还显示出对铜绿假单胞菌的抗菌活性，MIC 等于 64 μg mL -1 。对接实验预测了活性化合物尿素链在Aquifex aeolicus的 MraY 活性位点内不同疏水区域（HS2

  DOI：

  10.1039/d1ob00710f

文献信息

• 5′-Methylene-triazole-substituted-aminoribosyl uridines as MraY inhibitors: synthesis, biological evaluation and molecular modeling
  作者：Mickaël J. Fer、Ahmed Bouhss、Mariana Patrão、Laurent Le Corre、Nicolas Pietrancosta、Ana Amoroso、Bernard Joris、Dominique Mengin-Lecreulx、Sandrine Calvet-Vitale、Christine Gravier-Pelletier

  DOI：10.1039/c5ob00707k

  日期：——

  Two families of compounds were synthesized from a unique epoxide which was regioselectively opened by acetylide ions (for compounds II) or azide ions (for compounds III). Sequential diastereoselective glycosylation with a ribosyl fluoride derivative, Cu(I)-catalyzed azide–alkyne cycloaddition (CuAAC) with various complementary azide and alkyne partners afforded the targeted compounds after final deprotection

  描述了5'-亚甲基-[1,4]-三唑取代的氨基核糖基尿苷的直接合成。由独特的环氧化物合成了两族化合物，该环氧化物被乙炔离子（对于化合物II）或叠氮化物离子（对于化合物III）区域选择性地打开。与核糖基氟化物衍生物，Cu（I）催化的叠氮化物-炔烃环加成（CuAAC）以及各种互补的叠氮化物和炔烃配偶体相继进行非对映选择性糖基化反应，最终脱保护后即可得到目标化合物。所得的16种化合物的生物活性以及先前报道的14种化合物的生物活性I评估缺少5'亚甲基的MraY转移酶活性。在30种测试化合物中，有18种化合物显示出MraY抑制，IC 50为15至150μM。进行了分子建模研究，以合理化所观察到的结构-活性关系（SAR），这使我们能够将最有效化合物的活性与涉及MraY AA的Leu191的相互作用相关联。还评估了抗菌活性，七种化合物对革兰氏阳性细菌病原体表现出良好的活性，MIC范围为8至32μgmL
• New MraYAA Inhibitors with an Aminoribosyl Uridine Structure and an Oxadiazole
  作者：Hongwei Wan、Raja Ben Othman、Laurent Le Corre、Mélanie Poinsot、Martin Oliver、Ana Amoroso、Bernard Joris、Thierry Touzé、Rodolphe Auger、Sandrine Calvet-Vitale、Michaël Bosco、Christine Gravier-Pelletier

  DOI：10.3390/antibiotics11091189

  日期：——

  New inhibitors of the bacterial transferase MraY from Aquifex aeolicus (MraYAA), based on the aminoribosyl uridine central core of known natural MraY inhibitors, have been designed to generate interaction of their oxadiazole linker with the key amino acids (H324 or H325) of the enzyme active site, as observed for the highly potent inhibitors carbacaprazamycin, muraymycin D2 and tunicamycin. A panel of ten compounds was synthetized notably thanks to a robust microwave-activated one-step sequence for the synthesis of the oxadiazole ring that involved the O-acylation of an amidoxime and subsequent cyclization. The synthetized compounds, with various hydrophobic substituents on the oxadiazole ring, were tested against the MraYAA transferase activity. Although with poor antibacterial activity, nine out of the ten compounds revealed the inhibition of the MraYAA activity in the range of 0.8 µM to 27.5 µM.

  以已知天然 MraY 抑制剂的氨基核苷尿苷中心核为基础，设计了来自 Aquifex aeolicus 的细菌转移酶 MraY（MraYAA）的新型抑制剂，以产生其噁二唑连接体与酶活性位点的关键氨基酸（H324 或 H325）之间的相互作用，正如在高效力抑制剂卡帕霉素、木拉霉素 D2 和吐尼霉素中观察到的那样。由于采用了强效的微波激活一步法合成噁二唑环，包括脒肟的 O-酰化和随后的环化，因此合成出了十种化合物。合成的化合物在噁二唑环上具有不同的疏水取代基，并针对 MraYAA 转移酶活性进行了测试。尽管抗菌活性较差，但十个化合物中有九个显示出对 MraYAA 活性的抑制作用，抑制范围在 0.8 µM 至 27.5 µM 之间。
• A Diastereoselective Synthesis of 5′-Substituted-Uridine Derivatives
  作者：Mickaël J. Fer、Pierre Doan、Thierry Prangé、Sandrine Calvet-Vitale、Christine Gravier-Pelletier

  DOI：10.1021/jo501410m

  日期：2014.8.15

  A straightforward strategy for the synthesis of 5'-substituted-uridine derivatives is described. It relies on the introduction of various substituents at C-5' at the last step of the synthesis by regioselective nucleophilic opening of a unique epoxide that provides access to a small library of compounds. This epoxide results from the diastereoselective epoxidation, performed at a multigram scale, of a uridine-derived alkene. The configuration of the newly created 5' asymmetric center has been unambiguously assigned by X-ray diffraction analysis.