3',5'-di-O-benzyl-4'-C-azidomethyl-2'-O-acetyluridine | 1361928-05-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 3',5'-di-O-benzyl-4'-C-azidomethyl-2'-O-acetyluridine
• 英文别名: 1-[2'-O-acetyl-3',5'-di-O-benzyl-4'-C-azidomethyl-β-D-ribofuranosyl]uracil；[(2R,3R,4S,5R)-5-(azidomethyl)-2-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-phenylmethoxy-5-(phenylmethoxymethyl)oxolan-3-yl] acetate
• CAS: 1361928-05-3
• 化学式: C₂₆H₂₇N₅O₇
• 分子量: 521.53
• InChiKey: ZUOIQCFDPZOLKN-OUJSJNLKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.5
• 重原子数：
  38
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  118
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3',5'-di-O-benzyl-4'-C-azidomethyl-2'-O-acetyluridine 在 sodium methylate 、 sodium hydride 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 14.67h， 生成 1-[2'-O-methoxyethyl-3',5'-di-O-benzyl-4'-C-azidomethyl-β-D-ribofuranosyl]-3-(4-methoxybenzyl)uracil
  参考文献：
  名称：

  4′-C-乙酰胺甲基-2′-O-甲氧基乙基核酸修饰可提高小干扰 RNA 的热稳定性、核酸酶抗性、效力和 hAgo2 结合

  摘要：

  在本研究中，我们设计了4′- C-乙酰胺甲基-2′- O-甲氧基乙基(4′- C -ACM-2′- O -MOE)尿苷和胸苷修饰，旨在测试它们在小干扰RNA中的作用。热熔解研究表明，在 DNA 双链体中掺入单个 4'- C -ACM-2'- O -MOE 修饰会降低热稳定性。相反，当在 DNA:RNA 杂交体和 siRNA 中引入修饰时，观察到热稳定性增加。 DNA双链体的热失稳归因于不利的熵，这在一定程度上主要由焓因子补偿。在 3' 特异性核酸外切酶、蛇毒磷酸二酯酶 (SVPD) 存在下，dT 20 寡核苷酸 3' 末端倒数第二个位置上的单个 4'- C -ACM-2'- O -MOE 胸苷修饰显示出显着的修饰作用。与包括 2'- O -Me、2'- O -MOE 和 2'-F 在内的单体修饰相比，稳定性更高。在基因沉默研究中，我们发现过客链3'突出端的4'- C -ACM-2'- O

  DOI：

  10.1021/acs.joc.3c02506
• 作为产物：
  描述：

  3-O-benzyl-4-C-[(benzyloxy)methyl]-5-O-[(trifluoromethyl)sulfonyl]-1,2-O-isopropylidene-β-L-lyxofuranose 在 sodium azide 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 溶剂黄146 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 1.5h， 生成 3',5'-di-O-benzyl-4'-C-azidomethyl-2'-O-acetyluridine
  参考文献：
  名称：

  NUCLEOSIDE DERIVATIVE AND USE THEREOF

  摘要：

  下面所表示的核苷衍生物或其盐。（在（1）中，R1表示氢原子、羟基或保护基，在（2）中，X表示卤原子。在（1）和（2）中，R2和R4分别表示氢原子、羟基保护基、磷酸盐或保护磷酸盐基，或-P（═O）nR5R6（n为0或1，R5和R6分别表示氢原子、羟基、保护羟基、巯基、保护巯基、低碳基氧基、氰基低碳基氧基、氨基或取代氨基，当n为1时，R5和R6不同时为氢原子），R3表示NHR7（R7表示氢原子、烷基、烯基或氨基保护基），偶氮基、酰胺基或鸟氨酸基，每个都有连接基（当R7为氢原子时，连接基为烷基），B表示嘌呤-9-基、2-氧代嘧啶-1-基、取代嘌呤-9-基或取代2-氧代嘧啶-1-基中的任何一种基团。）

  公开号：

  US20210371447A1

文献信息

• Synthesis, Structural, and Conformational Analysis of 4′‐ <i>C</i> ‐Alkyl‐2′‐ <i>O</i> ‐Ethyl‐Uridine Modified Nucleosides
  作者：Rahul R. Nikam、S. Harikrishna、Kiran R. Gore

  DOI：10.1002/ejoc.202001348

  日期：2021.2.12

  the therapeutic oligonucleotides. Moreover, sugar puckering and bond orientation play a major role in duplex stability. In this study, we focus on the synthesis, crystal structure, and detailed computational analysis of various 2′,4′‐modified nucleosides, and their effect on duplex stability.

  糖环2'，4'-位的双功能修饰及其在寡核苷酸中的掺入已显示出对治疗性寡核苷酸的糖构象和生物学特性的深刻影响。此外，糖的起皱和键取向在双链体稳定性中起主要作用。在这项研究中，我们专注于各种2'，4'-修饰核苷的合成，晶体结构和详细的计算分析，以及它们对双链体稳定性的影响。
• NUCLEOSIDE DERIVATIVE AND USE THEREFOR
  申请人：Gifu University

  公开号：EP3556764A1

  公开（公告）日：2019-10-23

  To provide a nucleoside that is more practical for RNA pharmaceuticals and other applications and use thereof. A nucleoside derivative represented by formula (1) or (2) below, or a salt thereof. [C1] (In formula (1), R1 represents a hydrogen atom, a hydroxyl group, a hydroxyl group in which a hydrogen atom is substituted by an alkyl group or alkenyl group, or a protected group, and in formula (2), X represent a halogen atom. In formula (1) and formula (2), R2 and R4 may be the same or different, and each represents a hydrogen atom, a hydroxyl protecting group, a phosphate group, a protected phosphate group, or -P(=O)nR5R6 (in which n is 0 or 1, and R5 and R6 may be the same or different, with each representing a hydrogen atom, hydroxyl group, protected hydroxyl group, mercapto group, protected mercapto group, lower alkoxy group, cyano lower alkoxy group, amino group or substituted amino group, but when n is 1, R5 and R6 are not both hydrogen atoms), R3 represents NHR7 (in which R7 represents a hydrogen atom, an alkyl group, an alkenyl group or a protecting group for an amino group), an azide group, an amidino group or a guanidino group, each having a linking group (but when R7 is hydrogen atom, the linking group is an alkylene group which has at least 2 carbon atoms), and B represents any of a purine-9-yl group, 2-oxo-pyrimidin-1-yl group, substituted purine-9-yl group or substituted 2-oxo-pyrimidin-1-yl group.)

  提供一种更实用的核苷，用于 RNA 制药和其他应用及其用途。一种由下式（1）或（2）代表的核苷衍生物或其盐。 [C1] (在式(1)中，R1代表氢原子、羟基、氢原子被烷基或烯基取代的羟基或被保护基，在式(2)中，X代表卤素原子。在式 (1) 和式 (2) 中，R2 和 R4 可以相同或不同，各自代表氢原子、羟基保护基团、磷酸基团、受保护的磷酸基团或 -P(=O)nR5R6 （其中 n 为 0 或 1，R5 和 R6 可以相同或不同、各自代表氢原子、羟基、受保护羟基、巯基、受保护巯基、低级烷氧基、氰基低级烷氧基、氨基或取代氨基，但当 n 为 1 时，R5 和 R6 不能同时代表氢原子、羟基、受保护羟基、巯基、低级烷氧基、氰基低级烷氧基、氨基或取代氨基、R3代表NHR7（其中R7代表氢原子、烷基、烯基或氨基的保护基）、叠氮基、脒基或胍基、B代表嘌呤-9-基、2-氧代嘧啶-1-基、取代的嘌呤-9-基或取代的 2-氧代嘧啶-1-基中的任一基团。)
• Synthesis, Gene Silencing, and Molecular Modeling Studies of 4′-<i>C</i>-Aminomethyl-2′-<i>O</i>-methyl Modified Small Interfering RNAs
  作者：Kiran R. Gore、Ganesh N. Nawale、S. Harikrishna、Vinita G. Chittoor、Sushil Kumar Pandey、Claudia Höbartner、Swati Patankar、P. I. Pradeepkumar

  DOI：10.1021/jo202666m

  日期：2012.4.6

  The linear syntheses of 4'-C-aminomethyl-2'-O-methyl uridine and cytidine nucleoside phosphoramidites were achieved using glucose as the starting material. The modified RNA building blocks were incorporated into small interfering RNAs (siRNAs) by employing solid phase RNA synthesis. Thermal melting studies showed that the modified siRNA duplexes exhibited slightly lower T-m (similar to 1 degrees C/modification) compared to the unmodified duplex. Molecular dynamics simulations revealed that the 4'-C-aminomethyl-2'-O-methyl modified nucleotides adopt South-type conformation in a siRNA duplex, thereby altering the stacking and hydrogen-bonding interactions. These modified siRNAs were also evaluated for their gene silencing efficiency in HeLa cells using a luciferase-based reporter assay. The results indicate that the modifications are well tolerated in various positions of the passenger strand and at the 3' end of the guide strand but are less tolerated in the seed region of the guide strand. The modified siRNAs exhibited prolonged stability in human serum compared to unmodified siRNA. This work has implications for the use of 4'-C-aminomethyl-2'-O-methyl modified nucleotides to overcome some of the challenges associated with the therapeutic utilities of siRNAs.
• Influence of 2′-Fluoro versus 2′-<i>O</i>-Methyl Substituent on the Sugar Puckering of 4′-<i>C</i>-Aminomethyluridine
  作者：Kiran R. Gore、S. Harikrishna、P. I. Pradeepkumar

  DOI：10.1021/jo4012333

  日期：2013.10.4

  Herein, we report the synthesis of 4'-C-aminomethyl-2'-deoxy-2'-fluorouridine, a therapeutically appealing RNA modification. Conformational analysis by DFT calculations and molecular dynamics simulations using trinucleotide model systems revealed that modified sugar adopts C3'-endo conformation. In this conformer, a weak intramolecular C-H center dot center dot center dot F H-bond between the hydrogen atom of the 4'-C-CH2 group and the F atom at the 2' position is observed. Comparative studies with, unmodified, 2'-fluoro-, 2'-O-methyl-, and 4'-C-aminomethyl-2'-O-methyluridine showed the chemical nature of 2'-substituent dictates the sugar puckering of 2',4' modified nucleotides.
• [EN] NUCLEOSIDE DERIVATIVE AND USE THEREFOR<br/>[FR] DÉRIVÉ DE NUCLÉOSIDE ET UTILISATION ASSOCIÉE<br/>[JA] ヌクレオシド誘導体及びその利用
  申请人：UNIV GIFU

  公开号：WO2018110678A1

  公开（公告）日：2018-06-21

  【課題】ＲＮＡ医薬等に適用するのにより実用的なヌクレオシド及びその利用を提供する。 【解決手段】以下の式（１）又は（２）で表される、ヌクレオシド誘導体又はその塩。 （式（１）中、Ｒ1は、水素原子、水酸基、水素原子がアルキル基又はアルケニル基で置換された水酸基又は保護された基を表し、式（２）中、Ｘは、ハロゲン原子を表す。式（１）及び式（２）中、Ｒ2及びＲ4は互いに同一又は異なっていてもよく、水素原子、水酸基の保護基、リン酸基、保護されたリン酸基、又は－Ｐ（＝Ｏ）nＲ5Ｒ6（nは０又は１を示し、Ｒ5及びＲ6は、互いに同一又は異なっていてもよく、水素原子、水酸基、保護された水酸基、メルカプト基、保護されたメルカプト基、低級アルコキシ基、シアノ低級アルコキシ基、アミノ基、又は置換されたアミノ基のいずれかを示す。ただし、ｎが１のときには、Ｒ5及びＲ6が共に水素原子となることはない。）を示し、Ｒ3は、それぞれ連結基を有するＮＨＲ7（Ｒ7は、水素原子、アルキル基、アルケニル基又はアミノ基の保護基を表す。）、アジド基、アミジノ基又はグアニジノ基を表し、Ｂは、プリン－９－イル基、２－オキソ－ピリミジン－１－イル基、置換プリン－９－イル基、又は置換２－オキソ－ピリミジン－１－イル基のいずれかを表す。）