3-O-benzyl-4-C-[(benzyloxy)methyl]-5-O-[(trifluoromethyl)sulfonyl]-1,2-O-isopropylidene-β-L-lyxofuranose | 263547-07-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: 3-O-benzyl-4-C-[(benzyloxy)methyl]-5-O-[(trifluoromethyl)sulfonyl]-1,2-O-isopropylidene-β-L-lyxofuranose
• 英文别名: 3-O-benzyl-4-[(benzyloxy)methyl]-1,2-O-(1-methylethylidene)-5-O-(trifluoromethylsulfonyl)-β-L-lyxofuranose；3,5-di-O-benzyl-4-C-{(trifluoromethanesulfonyl)oxy}methyl-1,2-O-(1-methylethylidene)-α-D-ribofuranose；((3aR,5S,6S,6aR)-6-(benzyloxy)-5-((benzyloxy)methyl)-2,2-dimethyltetrahydrofuro[2,3-d][1,3]dioxol-5-yl)methyl trifluoromethanesulfonate；[(3aR,5S,6S,6aR)-2,2-dimethyl-6-phenylmethoxy-5-(phenylmethoxymethyl)-6,6a-dihydro-3aH-furo[2,3-d][1,3]dioxol-5-yl]methyl trifluoromethanesulfonate
• CAS: 263547-07-5
• 化学式: C₂₄H₂₇F₃O₈S
• 分子量: 532.535
• InChiKey: FFGOCPMNEHLYOP-FBPBVXOASA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.6
• 重原子数：
  36
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  97.9
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3-O-benzyl-4-C-[(benzyloxy)methyl]-5-O-[(trifluoromethyl)sulfonyl]-1,2-O-isopropylidene-β-L-lyxofuranose 在 sodium azide 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 硫酸 、 甲胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 10.58h， 生成 1-{5-azido-3-O-benzyl-4-C-[(benzyloxy)methyl]-5-deoxy-α-L-lyxofuranosyl}thymine
  参考文献：
  名称：

  CROSSLINKED NUCLEIC ACID GUNA, METHOD FOR PRODUCING SAME, AND INTERMEDIATE COMPOUND

  摘要：

  本发明提供了一种生产胍交联人工核酸（以下简称为GuNA）的方法，以及用于其生产的中间化合物。具体而言，本发明提供了一种生产由通式I表示的化合物的方法：（在该式中，R1、R2、R3、R4、R5、R6、m和环A如规范中定义）或其盐，其中还包括将还原剂与通式II表示的化合物发生反应的步骤：（在该式中，R1、R2、R3、R4、R5、R6、m和环A'如规范中定义）。

  公开号：

  US20180251488A1
• 作为产物：
  描述：

  3-O-苄基-4-C-羟甲基-1,2-O-异亚丙基-ALPHA-D-呋喃核糖 在 吡啶 、 二正丁基氧化锡 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 16.0h， 生成 3-O-benzyl-4-C-[(benzyloxy)methyl]-5-O-[(trifluoromethyl)sulfonyl]-1,2-O-isopropylidene-β-L-lyxofuranose
  参考文献：
  名称：

  含有新型 4'-C- 或 3'-C-(氨基烷基)-支化胸苷的寡核苷酸

  摘要：

  报道了四种新型 3'-C-支链和 4'-C-支链核苷的合成及其转化为相应的 3'-O-亚磷酰胺结构单元以用于自动寡核苷酸合成。4'-C-支化关键中间体11通过收敛策略合成并转化为其2'-O-甲基和2'-脱氧-2'-氟衍生物，从而制备出含有4'-的新型寡核苷酸类似物C-(氨基甲基)-2'-O-甲基单体X和4'-C-(氨基甲基)-2'-脱氧-2'-氟单体Y(方案2和3)。一般来说，与未修饰的参考相比，这些类似物对互补单链 DNA 和 RNA 的结合亲和力增加（表 1）。2'-O-甲基-RNA寡核苷酸中单体X或单体Y的存在对2'-O-甲基-RNA寡核苷酸对DNA和RNA的结合亲和力具有负面影响。从 3'-C-烯丙基衍生物 28 开始，合成了 3'-C-(3-氨基丙基)-保护的核苷和 3'-O-亚磷酰胺衍生物，从而产生了含有 3'-C-(3-氨基丙基）胸苷单体Z或相应的3'-C-（3-氨基丙基）-2'-O

  DOI：

  10.1002/(sici)1522-2675(20000119)83:1<128::aid-hlca128>3.0.co;2-q

文献信息

• Conformationally Constrained 2‘-<i>N</i>,4‘-<i>C</i>-Ethylene-Bridged Thymidine (Aza-ENA-T):  Synthesis, Structure, Physical, and Biochemical Studies of Aza-ENA-T-Modified Oligonucleotides
  作者：Oommen P. Varghese、Jharna Barman、Wimal Pathmasiri、Oleksandr Plashkevych、Dmytro Honcharenko、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1021/ja0634977

  日期：2006.11.1

  l-4'-cyanomethylene 11 to give a pair of 3',5'-bis-OBn-protected diastereomerically pure aza-ENA-Ts (12a and 12b) with the fused piperidino skeleton in the chair conformation, whereas the pentofuranosyl moiety is locked in the North-type conformation (7 degrees < P < 27 degrees, 44 degrees < phi m < 52 degrees). The origin of the chirality of two diastereomerically pure aza-ENA-Ts was found to be due

  2'-脱氧-2'-N,4'-C-亚乙基桥连胸苷 (aza-ENA-T) 已使用涉及 2'-ara-三氟甲基磺酰基-4'-氰基亚甲基 11 的关键环化步骤合成，得到一对 3',5'-bis-OBn 保护的非对映异构纯 aza-ENA-Ts（12a 和 12b），具有椅子构象中的稠合哌啶骨架，而呋喃戊糖基部分锁定在 North 型构象（7度 < P < 27 度，44 度 < phi m < 52 度）。发现两个非对映异构纯 aza-ENA-T 的手性起源是由于环内手性 2'-氮，其在 12b 中具有轴向 NH，在 12a 中具有赤道 NH。后者是热力学优选的，而前者是动力学优选的，Ea = 25.4 kcal mol-1，这是迄今为止在双环胺中在锥体 NH 处观察到的最高反转势垒。5'-O-DMTr-aza-ENA-T-3'-亚磷酰胺用于固相合成，得到四种不同的单修饰 15 聚体反义寡核苷酸
• NUCLEOSIDE DERIVATIVE AND USE THEREOF
  申请人：GIFU UNIVERSITY

  公开号：US20210371447A1

  公开（公告）日：2021-12-02

  A nucleoside derivative represented below, or a salt thereof. (In (1), R 1 represents a hydrogen atom, a hydroxyl group or a protected group, and in (2), X represent a halogen atom. In (1) and (2), R 2 and R 4 each represent a hydrogen atom, a hydroxyl protecting, phosphate, or protected phosphate group, or —P(═O) n R 5 R 6 (n is 0 or 1, R 5 and R 6 each representing a hydrogen atom, hydroxyl, protected hydroxyl, mercapto, protected mercapto, lower alkoxy, cyano lower alkoxy, amino or substituted amino group, when n is 1, R 5 and R 6 are not both hydrogen atoms), R 3 represents NHR 7 (R 7 represents a hydrogen atom, alkyl, alkenyl or protecting group for an amino group), an azide, amidino or guanidino group, each having a linking group (when R 7 is hydrogen atom, the linking group is an alkylene group), and B represents any of a purine-9-yl, 2-oxo-pyrimidin-1-yl, substituted purine-9-yl or substituted 2-oxo-pyrimidin-1-yl group.)

  下面所表示的核苷衍生物或其盐。（在（1）中，R1表示氢原子、羟基或保护基，在（2）中，X表示卤原子。在（1）和（2）中，R2和R4分别表示氢原子、羟基保护基、磷酸盐或保护磷酸盐基，或-P（═O）nR5R6（n为0或1，R5和R6分别表示氢原子、羟基、保护羟基、巯基、保护巯基、低碳基氧基、氰基低碳基氧基、氨基或取代氨基，当n为1时，R5和R6不同时为氢原子），R3表示NHR7（R7表示氢原子、烷基、烯基或氨基保护基），偶氮基、酰胺基或鸟氨酸基，每个都有连接基（当R7为氢原子时，连接基为烷基），B表示嘌呤-9-基、2-氧代嘧啶-1-基、取代嘌呤-9-基或取代2-氧代嘧啶-1-基中的任何一种基团。）
• NUCLEOSIDE DERIVATIVE AND USE THEREFOR
  申请人：Gifu University

  公开号：EP3556764A1

  公开（公告）日：2019-10-23

  To provide a nucleoside that is more practical for RNA pharmaceuticals and other applications and use thereof. A nucleoside derivative represented by formula (1) or (2) below, or a salt thereof. [C1] (In formula (1), R1 represents a hydrogen atom, a hydroxyl group, a hydroxyl group in which a hydrogen atom is substituted by an alkyl group or alkenyl group, or a protected group, and in formula (2), X represent a halogen atom. In formula (1) and formula (2), R2 and R4 may be the same or different, and each represents a hydrogen atom, a hydroxyl protecting group, a phosphate group, a protected phosphate group, or -P(=O)nR5R6 (in which n is 0 or 1, and R5 and R6 may be the same or different, with each representing a hydrogen atom, hydroxyl group, protected hydroxyl group, mercapto group, protected mercapto group, lower alkoxy group, cyano lower alkoxy group, amino group or substituted amino group, but when n is 1, R5 and R6 are not both hydrogen atoms), R3 represents NHR7 (in which R7 represents a hydrogen atom, an alkyl group, an alkenyl group or a protecting group for an amino group), an azide group, an amidino group or a guanidino group, each having a linking group (but when R7 is hydrogen atom, the linking group is an alkylene group which has at least 2 carbon atoms), and B represents any of a purine-9-yl group, 2-oxo-pyrimidin-1-yl group, substituted purine-9-yl group or substituted 2-oxo-pyrimidin-1-yl group.)

  提供一种更实用的核苷，用于 RNA 制药和其他应用及其用途。一种由下式（1）或（2）代表的核苷衍生物或其盐。 [C1] (在式(1)中，R1代表氢原子、羟基、氢原子被烷基或烯基取代的羟基或被保护基，在式(2)中，X代表卤素原子。在式 (1) 和式 (2) 中，R2 和 R4 可以相同或不同，各自代表氢原子、羟基保护基团、磷酸基团、受保护的磷酸基团或 -P(=O)nR5R6 （其中 n 为 0 或 1，R5 和 R6 可以相同或不同、各自代表氢原子、羟基、受保护羟基、巯基、受保护巯基、低级烷氧基、氰基低级烷氧基、氨基或取代氨基，但当 n 为 1 时，R5 和 R6 不能同时代表氢原子、羟基、受保护羟基、巯基、低级烷氧基、氰基低级烷氧基、氨基或取代氨基、R3代表NHR7（其中R7代表氢原子、烷基、烯基或氨基的保护基）、叠氮基、脒基或胍基、B代表嘌呤-9-基、2-氧代嘧啶-1-基、取代的嘌呤-9-基或取代的 2-氧代嘧啶-1-基中的任一基团。)
• Bridged nucleic acid GuNA, method for producing same, and intermediate compound
  申请人：MITSUBISHI TANABE PHARMA CORPORATION

  公开号：US10961269B2

  公开（公告）日：2021-03-30

  A method for preparing a compound represented by general formula I: or a salt thereof includes a step of reacting a compound represented by formula II: with a reducing agent to cleave an oxazolidine ring fused to a cycle A′. The reducing agent includes at least one of phosphines, metal hydrides, or transition metal catalysts in the presence of hydrogen gas.

  一种制备通式 I 所代表化合物的方法： 或其盐的方法，包括使通式 II 所代表的化合物与通式 III 所代表的化合物反应的步骤： 用还原剂裂解与循环 A′融合的恶唑烷环。还原剂包括在氢气存在下的膦类、金属氢化物或过渡金属催化剂中的至少一种。
• Oligonucleotides containing 4′-C-aminomethyl-2′-modified thymidines show increased binding affinity towards DNA and RNA
  作者：Henrik M. Pfundheller、Jesper Wengel

  DOI：10.1016/s0960-894x(99)00452-7

  日期：1999.9

  Oligonucleotides containing 4'-C-aminomethyl-2'-O-methyl or 4'-C-aminomethyl-2'-deoxy-2'-fluoro modified thymidines have been synthesized. Compared with the corresponding oligodeoxynucleotide reference these novel oligonucleotide analogues display increased binding affinity towards complementary single stranded DNA as well as RNA. The possible effect of the positively charged 4'-C-aminomethyl group has been investigated. (C) 1999 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.