N⁴-<2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl>-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)cytidine | 155834-43-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: N⁴-<2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl>-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)cytidine
• 英文别名: N4-{[2-(4-nitrophenyl)ethoxy]carbonyl}-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)cytidine；2-(4-nitrophenyl)ethyl N-[1-[(6aR,8R,9R,9aS)-9-hydroxy-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]carbamate
• CAS: 155834-43-8
• 化学式: C₃₀H₄₆N₄O₁₀Si₂
• 分子量: 678.887
• InChiKey: BXMVBKVPUGXJFK-YULOIDQLSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.16
• 重原子数：
  46
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.63
• 拓扑面积：
  174
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N⁴-<2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl>-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)cytidine 在 4-二甲氨基吡啶 、 四丁基氟化铵 、 对甲苯磺酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 二氯甲烷 、 溶剂黄146 为溶剂， 反应 18.0h， 生成 5'-O-(2-dansylethoxycarbonyl)-N⁴-<2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl>-3'-O-succinoyl-2'-O-(tetrahydro-4-methoxy-2H-pyran-4-yl)cytidine
  参考文献：
  名称：

  核苷酸。第XLII部分。用于保护寡核糖核苷酸合成中的5'-羟基功能的2-dansylethoxy羰基（= 2-{[5-（二甲基氨基）萘-1-基]磺酰基}乙氧基羰基; dnseoc）基团用于保护寡核糖核苷酸合成中的5'-羟基功能†

  摘要：

  2-丹酰基乙氧羰基（Dnseoc）基团通过亚磷酰胺方法使用酸不稳定的四氢-4-甲氧基-2 H-吡喃-4-基（Thmp）基团来保护寡核糖核苷酸合成中的5'-羟基功能。 2'-保护。描述了四种常见核苷腺苷，鸟苷，胞苷和尿苷，以及两种修饰的次要核苷核苷（=核糖基胸腺嘧啶）和假尿苷的单体结构单元（亚磷酰胺和核苷官能化支持物）的合成。

  DOI：

  10.1002/hlca.19940770209
• 作为产物：
  描述：

  1,3二氯-1,1,3,3-四异丙基二硅氧烷 、 N⁴-<2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl>cytidine 在 吡啶 作用下， 反应 18.0h， 生成 N⁴-<2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl>-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)cytidine
  参考文献：
  名称：

  核苷酸。第LXXIX部分

  摘要：

  两个系列的新的核糖核苷3'-亚磷酰胺（参见36 - 42）承载光不稳定[2-（2-硝基苯基）丙氧基]羰基处的5'- Ò位上被合成和表征作为用于光刻合成单体结构单元RNA芯片。通过2-（4-硝基苯基）乙基（npe）和[2-（4-硝基苯基）乙氧基]羰基（npeoc）基团以众所周知的方式实现了碱保护。碳水化合物部分还带有2' - O-（四氢-4-甲氧基-2 H-吡喃-4-基）基团以阻断2'-OH功能。

  DOI：

  10.1002/hlca.201000403

文献信息

• Nucleotides. Part LXXIII
  作者：Ursula Münch、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1002/hlca.200390206

  日期：2003.7

  (2-cyano-1-phenylethoxy)carbonyl (2c1peoc) group was developed as a new base-labile protecting group for the 5′-OH function in solid-phase synthesis of oligoribonucleotides via the phosphoramidite approach. The half-lives of its β-elimination process by 0.1M DBU (1,8-diazabicyclo[5.4.0]undec-7-ene) were determined to be 7–14 s by HPLC investigations. The 2′-OH function was protected with the acid-labile

  （2-氰基-1-苯基乙氧基）羰基（2c1peoc）基团被开发为通过亚磷酰胺固相合成寡核糖核苷酸的5'-OH功能的新的碱不稳定保护基。通过HPLC研究确定其通过0.1M DBU（1,8-二氮杂双环[5.4.0] undec-7-ene）进行的β消除过程的半衰期为7-14 s。酸不稳定的四氢-4-甲氧基-2 H可保护2'-OH功能-吡喃-4-基（thmp）基团，而2-（4-硝基苯基）乙基（npe）和2-（4-硝基苯基）乙氧羰基（npeoc）基团用于保护碱基和磷酸盐部分。描述了单体构件的合成，亚磷酰胺和核苷官能化的载体，以及通过这种方法的寡核糖核苷酸的积累。
• Nucleosides. Part LIX. The 2-(4-nitrophenyl)ethylsulfonyl (Npes) Group: A New Type of Protection in Nucleoside Chemistry
  作者：Magdalena Pfister、Helga Schirmeister、Marion Mohr、Silke Farkas、Klaus-Peter Stengele、Tilman Reiner、Martin Dunkel、Surendra Gokhale、Ramamurthy Charubala、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1002/hlca.19950780706

  日期：1995.11.1

  The 2-(4-nitrophenyl)ethylsulfonyl (npes) group is developed as a new sugar OH-blocking group in the ribonucleoside series. Its cleavage can be performed in a β-eliminating process under aprotic conditions using 1,8-diazabicyclo[5.4.0]undec-7-ene (DBU) as the most effective base. Since sulfonates do not show acyl migration, partial protection of 1,2-cis-diol moieties is possible leading to new types

  2-（4-硝基苯基）乙基磺酰基（npes）基团被开发为核糖核苷系列中新的糖OH封闭基团。可以在非质子条件下以β-消除过程进行裂解，使用1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯（DBU）作为最有效的碱基。由于磺酸盐不显示酰基迁移，因此可能会部分保护1,2-顺式-二醇部分，从而导致新型的寡核苷酸构建基团。一系列由Markiewicz保护的核糖核苷1-10转化为它们的2'- O- [2-（4-硝基苯基）乙基磺酰基]衍生物29-38，其中5'-OSi键可通过酸水解裂解形成39- 45。随后的单甲氧基三苯甲基化导致46-50，和脱甲硅基，得到5'- ø - （单甲氧）-2'- ö - [2-（4-硝基苯基）乙基磺酰基]核糖核苷51-55。酸处理去除三苯甲基也不会伤害npes组（56-58）。完全封闭的2'- O- [2-（4-硝基苯基）乙基磺酰基]核糖核苷96-102的明确合成是通过相应的3'-
• Nucleotides, Part LXVIII, Acetals as New 2′-O-Protecting Functions for the Synthesis of Oligoribonucleotides: Synthesis of Monomeric Building Units and Oligoribonucleotides
  作者：Stefan Matysiak、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1002/1522-2675(20010516)84:5<1066::aid-hlca1066>3.0.co;2-h

  日期：2001.5.16

  For the efficient synthesis of oligoribonucleotides by the 5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl) phosphoramidite approach, the 2′-O-[1-(benzyloxy)ethyl]acetals 56 – 67 were investigated. Studies with the 2′-O-[1-(benzyloxy)ethyl]-5′-O-(dimethoxytrityl)ribonucleoside 3′-phosphoramidites 56 – 59 gave, however, only reasonable results. The oligoribonucleotides obtained showed some impurities since the acid stabilities

  为了通过 5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基) 亚磷酰胺方法有效合成寡核糖核苷酸，研究了 2'-O-[1-(苄氧基)乙基]缩醛 56-67。然而，对 2'-O-[1-(苄氧基)乙基]-5'-O-(二甲氧基三苯甲基)核糖核苷 3'-亚磷酰胺 56 – 59 的研究仅给出了合理的结果。由于缩醛和​​二甲氧基三苯甲基官能团的酸稳定性太接近而无法保证高选择性，因此获得的寡核糖核苷酸显示出一些杂质。新的酸不稳定保护的 2'-O-保护基团与 2-(4-硝基苯基)乙基/[2-(4-硝基苯基)乙氧基]羰基 (npe/npeoc) 策略的碱基保护组合更为成功。描述了单体结构单元及其中间体 8-67 的合成和物理特性，以及自动生成同源和混合寡核苷酸的条件。新的 2'-缩醛保护基团可以在两步过程中被切割掉，并且设计用于平衡它们对于连接的核碱基的稳定性。因此，我们使用 1-3-fluoro-4-[2-